TEXT   109

md.str.txt

Guest on 2nd September 2021 05:26:17 PM

  1. * DRUDE model compound topology file
  2. * New format
  3. * June
  4. *
  5.  
  6. !from toppar_drude_master_c35a1.str. only published residues included.
  7. !august
  8.  
  9. ! note use of D for second character to indicate Drude
  10. ! polarizable FF (be careful of Cadmium: use CDM)
  11.  
  12. ! Parameter labeling after !
  13. ! RESName, generic compound name of model compound followed by additional comments
  14. ! for example ! BENZ, benzene, based on crystal survey data
  15.  
  16. !ioformat extended
  17.  
  18. bomlev -1
  19.  
  20. read rtf card !append
  21. * Topology for drude model compounds
  22. *
  23. 34
  24.  
  25. MASS     1 HDP1A     1.00800 H  ! polar H, general
  26. MASS     2 HDA1A     1.00800 H  ! aliphatic, H, methyl (-CH), general
  27. MASS     3 HDA2A     1.00800 H  ! aliphatic, H, methyl (-CH2), general
  28. MASS     4 HDA2R5    1.00800 H  ! aliphatic, H, methyl (-CH2), 5-membered ring
  29. MASS     5 HDA3A     1.00800 H  ! aliphatic, H, methyl (-CH3), general
  30. MASS     6 HDA3B     1.00800 H  ! aliphatic, H, methyl (-CH3), special case for methanol
  31. MASS     7 HDR5A     1.00800 H  ! 5-membered ring, HG and HD2 in imidazole
  32. MASS     8 HDR5B     1.00800 H  ! 5-membered ring, HE1 in imidazole
  33. MASS     9 HDR5C     1.00800 H  ! 5-membered ring, HE1 in protonated imidazole
  34. MASS    10 HDR6A     1.00800 H  ! aromatic H, 6-membered ring, general
  35. MASS    11 HDR6B     1.00800 H  ! aromatic H, 6-membered ring, adjacent to N (pyridine)
  36.  
  37. MASS    21 CD2O1A   12.01100 C  ! carbonyl C, neutral (amide)
  38. MASS    22 CD2O2A   12.01100 C  ! carboxylate C, anionic
  39. MASS    23 CD2R5A   12.01100 C  ! 5-membered ring, his
  40. MASS    24 CD2R5B   12.01100 C  ! 5-membered ring, his, between 2 Ns
  41. MASS    25 CD2R6A   12.01100 C  ! aromatic C, 6-membered ring
  42. MASS    26 CD2R6D   12.01100 C  ! aromatic C, 6-membered ring, between 2 heteroatoms (pyrimidine)
  43. MASS    27 CD30A    12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 0 hydrogens
  44. MASS    28 CD31A    12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 1 hydrogen
  45. MASS    29 CD32A    12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 2 hydrogens
  46. MASS    30 CD325A   12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 2 hydrogens, 5-membered ring
  47. MASS    31 CD325B   12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 2 hydrogens, ether, 5-membered ring, THF
  48. MASS    32 CD326A   12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 2 hydrogens, ether, 6-membered ring, THP
  49. MASS    33 CD33A    12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 3 hydrogens
  50. MASS    34 CD33B    12.01100 C  ! aliphatic sp3 C, 3 hydrogens: special case for methanol
  51.  
  52. MASS    50 ND2A1    14.00700 N  ! amide, primary (ACEM)
  53. MASS    51 ND2A2    14.00700 N  ! amide, secondary (NMA, peptide bond)
  54. MASS    52 ND2A3    14.00700 N  ! amide, tertiary (DMA)
  55. MASS    53 ND2R5A   14.00700 N  ! neutral his protonated ring nitrogen
  56. MASS    54 ND2R5B   14.00700 N  ! neutral his unprotonated ring nitrogen
  57. MASS    55 ND2R5C   14.00700 N  ! positive his protonated ring nitrogen
  58. MASS    56 ND2R6A   14.00700 N  ! aromatic N, 6-membered ring (pyridine)
  59.  
  60. MASS    71 OD2C1A   15.99940 O  ! carbonyl O, neutral (acetone, NMA, acetamide)
  61. MASS    72 OD2C2A   15.99940 O  ! carboxylate O, anionic (acetate, also in phosphate)
  62. MASS    73 OD30A    15.99940 O  ! ether oxygen
  63. MASS    74 OD30B    15.99940 O  ! ester oxygen (phosphate)
  64. MASS    75 OD305A   15.99940 O  ! ether oxygen, 5-membered ring (tetrahydrofuran)
  65. MASS    76 OD31A    15.99900 O  ! hydroxyl oxygen
  66. MASS    77 OD31B    15.99900 O  ! hydroxyl oxygen, special case for long, primary alcohols
  67. ! Rare gases, dummy atom, lone pair
  68. MASS   100 DUM       0.00000 H  ! dummy atom
  69. MASS   101 HED       4.00260 He ! helium
  70. MASS   102 NED      20.17970 Ne ! neon  
  71. MASS   103 LP        0.00000 H  ! general lone pair
  72. MASS   104 DRUD      0.00000 H  ! drude particle
  73. MASS   105 LPR       0.00000 H  ! general lone pair
  74. !! SWM4 TIP4P polarizable water model
  75. MASS   151 ODW      15.99940 O  ! water oxygen
  76. MASS   152 HDW       1.00800 H  ! water hydrogen
  77. MASS   153 DOH2      0.00000 H  ! water Drude
  78. MASS   226 SD2C2A   32.06000 S  ! MESH
  79. MASS   227 SD2C2B   32.06000 S  ! ETSH
  80.  
  81. !DEFA FIRS NTER LAST CTER
  82. !reset default patches
  83. DEFA FIRS NONE LAST NONE
  84. AUTOGENERATE ANGLES DIHEDRALS DRUDE  !note use of DRUDE
  85.  
  86. ! SWM4-NDP water
  87.  
  88. RESI SWM4   0.000
  89. GROUP
  90. ATOM OH2  ODW      0.00000  TYPE DOH2   ALPHA -0.97825258 THOLE 1.3  
  91. ATOM OM   LP      -1.11466
  92. ATOM H1   HDW      0.55733
  93. ATOM H2   HDW      0.55733
  94. BOND OH2 H1
  95. BOND OH2 H2
  96. BOND OH2 OM
  97. BOND H1  H2 ! for SHAKE
  98. ANGLE H1 OH2 H2
  99. ACCEPTOR OH2
  100. LONEPAIR bisector OM OH2 H1 H2 distance 0.24034492 angle 0.0 dihe 0.0
  101. IC   H1   OH2   H2    H1    0.9572 104.52     0.00   37.74   1.5139
  102. IC   H1   OM   *OH2   H2    0.9572  52.26   180.00   52.26   0.9572
  103. IC   H2   H1    OH2   OM    1.5139  37.74     0.01   52.26   0.24034492
  104. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  105.  
  106. !!alkanes
  107.  
  108. RESI MES -1.000 ! methanethiolate, fylin, jan09, only change the charges
  109. !
  110. ! H1A
  111. ! \
  112. ! H1B--C1--S1 (-)
  113. ! /
  114. ! H1C
  115. !
  116. GROUP
  117. ATOM CB  CD33A  -0.325  ALPHA -1.553 THOLE 1.300
  118. ATOM HB1 HDA3A   0.071
  119. ATOM HB2 HDA3A   0.071
  120. ATOM HB3 HDA3A   0.071
  121. ATOM SG  SD2C2A -0.888  ALPHA -2.313 THOLE 1.300
  122. ATOM LP1A LPR 0.000
  123. BOND CB SG
  124. BOND CB HB1 CB HB2 CB HB3
  125. BOND SG LP1A
  126. LONEPAIR relative LP1A SG CB HB1 distance 0.45 angle 180.0 dihe 180.0
  127. IC HB1 C1 H12 S1 2.3848 143.76 0.00 109.54 1.8127
  128. IC SG HB1 *CB HB2 1.8110 108.69 90.00 108.40 1.1110
  129. IC SG HB1 *CB HB3 1.8110 108.69 180.00 108.40 1.1110
  130. IC SG HB1 *CB HB2 0.0000 0.00 90.00 0.00 0.0000
  131. IC SG HB1 *CB HB3 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000
  132. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  133.  
  134. Resi ETHA           0.00 ! ethane
  135. !
  136. !   H1      H4
  137. !    \      /
  138. !  H2-C1--C2-H5
  139. !    /      \
  140. !  H3        H6
  141. !
  142. GROUP
  143.  Atom H11 HDA3A     0.059
  144.  Atom H12 HDA3A     0.059
  145.  Atom H13 HDA3A     0.059
  146.  Atom C1  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  147. GROUP              
  148.  Atom H21 HDA3A     0.059
  149.  Atom H22 HDA3A     0.059
  150.  Atom H23 HDA3A     0.059
  151.  Atom C2  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  152. Bond c1 h11  c1 h12  c1 h13
  153. Bond c1 c2   c2 h21  c2 h22  c2 h23
  154. ! IC for ETHA staggered conformer MP2/6-31G* optimized
  155. IC   H11   C1   C2    H21   1.0932  111.18  180.00  111.18   1.0932
  156. IC   H11   C1   C2    H22   1.0932  111.18  -60.00  111.18   1.0932
  157. IC   H11   C1   C2    H23   1.0932  111.18   60.00  111.18   1.0932
  158. IC   H12   C1   C2    H23   1.0932  111.18  180.00  111.18   1.0932
  159. IC   H13   C1   C2    H23   1.0932  111.18  -60.00  111.18   1.0932
  160. IC   C1    C2   H21   BLNK  1.5261  111.18    0.00    0.00   0.0000
  161. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  162.  
  163. RESI PROP          0.00 ! propane, adm jr.
  164. !
  165. !  H11   H21    H31
  166. !    \    |     /
  167. ! H12-C1--C2--C3-H32
  168. !    /    |     \
  169. !  H13   H22    H33
  170. !
  171. GROUP              
  172.  Atom H11 HDA3A     0.059
  173.  Atom H12 HDA3A     0.059
  174.  Atom H13 HDA3A     0.059  
  175.  Atom C1  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  176. GROUP            
  177.  Atom C2  CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  178.  Atom H21 HDA2A     0.078
  179.  Atom H22 HDA2A     0.078
  180. GROUP
  181.  Atom H31 HDA3A     0.059
  182.  Atom H32 HDA3A     0.059
  183.  Atom H33 HDA3A     0.059
  184.  Atom C3  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  185. Bond c1 h11 c1 h12  c1 h13
  186. Bond c1 c2  c2 h21  c2 h22
  187. bond c2 c3  c3 h31  c3 h32  c3 h33
  188. ! IC for PROP staggered conformer MP2/6-31G* optimized
  189. IC   C1    C2   C3    H31   1.5260  112.39   59.77  110.82   1.0946
  190. IC   C1    C2   C3    H32   1.5260  112.39  180.00  111.49   1.0938
  191. IC   C1    C2   C3    H33   1.5260  112.39  -59.77  110.82   1.0946
  192. IC   H11   C1   C2    C3    1.0946  110.82  -59.77  112.39   1.5260
  193. IC   H11   C1   C2    H21   1.0946  110.82   62.14  109.48   1.0960
  194. IC   H11   C1   C2    H22   1.0946  110.82  178.32  109.48   1.0960
  195. IC   C3    C2   C1    H12   1.5260  112.39   59.77  110.82   1.0946
  196. IC   C3    C2   C1    H13   1.5260  112.39  180.00  111.49   1.0938
  197. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  198.  
  199. Resi BUTA          0.00 ! butane
  200. !
  201. !  H11   H21 H31    H41
  202. !    \    |   |     /
  203. ! H12-C1--C2--C3--C4-H42
  204. !    /    |   |     \
  205. !  H13   H22 H33    H43
  206. GROUP
  207. Atom  H11 HDA3A     0.059
  208. Atom  H12 HDA3A     0.059
  209. Atom  H13 HDA3A     0.059
  210. Atom  C1  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  211. GROUP                  
  212. Atom  H21 HDA2A     0.078
  213. Atom  H22 HDA2A     0.078
  214. Atom  C2  CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  215. GROUP                
  216. Atom  H31 HDA2A     0.078
  217. Atom  H32 HDA2A     0.078
  218. atom  C3  CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  219. GROUP
  220. atom  H41 HDA3A     0.059
  221. atom  H42 HDA3A     0.059
  222. atom  H43 HDA3A     0.059
  223. atom  C4  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  224. Bond h11 c1  h12 c1  h13 c1  c1 c2
  225. Bond h21 c2  h22 c2  c2  c3
  226. Bond h31 c3  h32 c3  c3  c4
  227. Bond h41 c4  h42 c4  h43 c4
  228. ! IC for BUTA trans conformer MP2/6-31G* optimized
  229. IC   C1    C2   C3    C4    1.5263  112.90  180.00  112.90   1.5263
  230. IC   C1    C2   C3    H31   1.5263  112.90   57.85  109.11   1.0973
  231. IC   C1    C2   C3    H32   1.5263  112.90  -57.85  109.11   1.0973
  232. IC   C2    C3   C4    H41   1.5268  112.90  -59.80  110.84   1.0944
  233. IC   C2    C3   C4    H42   1.5268  112.90   59.80  110.84   1.0944
  234. IC   C2    C3   C4    H43   1.5268  112.90  180.00  111.48   1.0940
  235. IC   H11   C1   C2    C3    1.0944  110.84   59.80  112.90   1.5268
  236. IC   H11   C1   C2    H21   1.0944  110.84 -178.34  109.62   1.0973
  237. IC   H11   C1   C2    H22   1.0944  110.84  -62.06  109.62   1.0973
  238. IC   H12   C1   C2    C3    1.0940  111.48 -180.00  112.90   1.5268
  239. IC   H13   C1   C2    C3    1.0944  110.84  -59.80  112.90   1.5268
  240. IC   H21   C2   C3    C4    1.0973  109.11   57.85  112.90   1.5263
  241. IC   H22   C2   C3    C4    1.0973  109.11  -57.85  112.90   1.5263
  242. IC   H31   C3   C4    H43   1.0973  109.62  -58.14  111.48   1.0940
  243. IC   H32   C3   C4    H43   1.0973  109.62   58.14  111.48   1.0940
  244. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  245.  
  246. Resi PENT        0.00 ! pentane, adm jr.
  247. !
  248. !  H11   H21 H31 H41    H51
  249. !    \    |   |   |     /
  250. ! H12-C1--C2--C3--C4--C5-H52
  251. !    /    |   |   |     \
  252. !  H13   H22 H33 H42    H53
  253. !
  254. GROUP                
  255.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  256.  Atom H11  HDA3A     0.059
  257.  Atom H12  HDA3A     0.059
  258.  Atom H13  HDA3A     0.059
  259. GROUP
  260.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  261.  Atom H21  HDA2A     0.078
  262.  Atom H22  HDA2A     0.078
  263. GROUP                
  264.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  265.  Atom H31  HDA2A     0.078
  266.  Atom H32  HDA2A     0.078
  267. GROUP
  268.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  269.  Atom H41  HDA2A     0.078
  270.  Atom H42  HDA2A     0.078
  271. GROUP
  272.  Atom C5   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  273.  Atom H51  HDA3A     0.059
  274.  Atom H52  HDA3A     0.059
  275.  Atom H53  HDA3A     0.059
  276.  
  277. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5
  278. Bond  C1   H11    C1   H12    C1   H13    C2   H21    C2   H22
  279. Bond  C3   H31    C3   H32    C4   H41    C4   H42    C5   H51
  280. Bond  C5   H52    C5   H53
  281. ! IC for PENT tt conformer MP2/6-31G* optimized
  282. IC   C1    C2   C3    C4    1.5264  112.83  180.00  113.35   1.5266
  283. IC   C2    C3   C4    C5    1.5266  113.35  180.00  112.83   1.5264
  284. IC   C3    C4   C5    H51   1.5266  112.83  180.00  111.50   1.0940
  285. IC   H11   C1   C2    C3    1.0940  111.50  180.00  112.83   1.5266
  286. IC   H11   C2   *C1   H12   1.0940  111.50  120.20  110.82   1.0945
  287. IC   H11   C2   *C1   H13   1.0940  111.50 -120.20  110.82   1.0945
  288. IC   C1    C3   *C2   H21   1.5264  112.83  122.12  109.12   1.0973
  289. IC   C1    C3   *C2   H22   1.5264  112.83 -122.12  109.12   1.0973
  290. IC   C2    C4   *C3   H31   1.5266  113.35  122.09  109.25   1.0986
  291. IC   C2    C4   *C3   H32   1.5266  113.35 -122.09  109.25   1.0986
  292. IC   C3    C5   *C4   H41   1.5266  112.83  121.83  109.63   1.0973
  293. IC   C3    C5   *C4   H42   1.5266  112.83 -121.83  109.63   1.0973
  294. IC   C4    H51  *C5   H52   1.5264  111.50  121.91  107.89   1.0945
  295. IC   C4    H51  *C5   H53   1.5264  111.50 -121.91  107.89   1.0945
  296. patc firs none last none
  297.  
  298. Resi HEXA          0.00 ! hexane, adm jr.
  299. !
  300. !  H11   H21 H31 H41 H51    H61
  301. !    \    |   |   |   |    /
  302. ! H12-C1--C2--C3--C4--C5--C6-H62
  303. !    /    |   |   |   |    \
  304. !  H13   H22 H33 H42 H52    H63
  305. !
  306. GROUP                
  307.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  308.  Atom H11  HDA3A     0.059
  309.  Atom H12  HDA3A     0.059
  310.  Atom H13  HDA3A     0.059
  311. GROUP
  312.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  313.  Atom H21  HDA2A     0.078
  314.  Atom H22  HDA2A     0.078
  315. GROUP                
  316.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  317.  Atom H31  HDA2A     0.078
  318.  Atom H32  HDA2A     0.078
  319. GROUP
  320.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  321.  Atom H41  HDA2A     0.078
  322.  Atom H42  HDA2A     0.078
  323. GROUP
  324.  Atom C5   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  325.  Atom H51  HDA2A     0.078
  326.  Atom H52  HDA2A     0.078
  327. GROUP
  328.  Atom C6   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  329.  Atom H61  HDA3A     0.059
  330.  Atom H62  HDA3A     0.059
  331.  Atom H63  HDA3A     0.059
  332.  
  333. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5     C5   C6
  334. Bond  C1   H11    C1   H12    C1   H13    C2   H21    C2   H22
  335. Bond  C3   H31    C3   H32    C4   H41    C4   H42    C5   H51
  336. Bond  C5   H52    C6   H61    C6   H62    C6   H63    
  337. ! IC for HEXA ttt conformer MP2/6-31G* optimized
  338. IC   C1    C2   C3    C4    1.5263  112.85  180.00  113.27   1.5274
  339. IC   C2    C3   C4    C5    1.5267  113.27  180.00  113.27   1.5267
  340. IC   C3    C4   C5    C6    1.5274  113.27  180.00  112.85   1.5263
  341. IC   C4    C5   C6    H61   1.5267  112.85  180.00  111.48   1.0941
  342. IC   H11   C1   C2    C3    1.0941  111.48  180.00  112.85   1.5267
  343. IC   H11   C2   *C1   H12   1.0941  111.48  120.20  110.84   1.0945
  344. IC   H11   C2   *C1   H13   1.0941  111.48 -120.20  110.84   1.0945
  345. IC   C3    C1   *C2   H21   1.5267  112.85  121.86  109.61   1.0973
  346. IC   C3    C1   *C2   H22   1.5267  112.85 -121.86  109.61   1.0973
  347. IC   C4    C2   *C3   H31   1.5274  113.27  122.07  109.25   1.0985
  348. IC   C4    C2   *C3   H32   1.5274  113.27 -122.07  109.25   1.0985
  349. IC   C5    C3   *C4   H41   1.5267  113.27 -122.06  109.28   1.0985
  350. IC   C5    C3   *C4   H42   1.5267  113.27  122.06  109.28   1.0985
  351. IC   C6    C4   *C5   H51   1.5263  112.85  122.12  109.14   1.0973
  352. IC   C6    C4   *C5   H52   1.5263  112.85 -122.12  109.14   1.0973
  353. IC   H61   C5   *C6   H62   1.0941  111.48  120.20  110.84   1.0945
  354. IC   H61   C5   *C6   H63   1.0941  111.48 -120.20  110.84   1.0945
  355. patc firs none last none
  356.  
  357. Resi HEPT          0.00 ! heptane, adm jr.
  358. !
  359. !  H11   H21 H31 H41     H71
  360. !    \    |   |   |      /
  361. ! H12-C1--C2--C3--C4....C7-H72
  362. !    /    |   |   |      \
  363. !  H13   H22 H33 H42     H73
  364. !
  365. GROUP                
  366.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  367.  Atom H11  HDA3A     0.059
  368.  Atom H12  HDA3A     0.059
  369.  Atom H13  HDA3A     0.059
  370. GROUP
  371.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  372.  Atom H21  HDA2A     0.078
  373.  Atom H22  HDA2A     0.078
  374. GROUP                
  375.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  376.  Atom H31  HDA2A     0.078
  377.  Atom H32  HDA2A     0.078
  378. GROUP
  379.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  380.  Atom H41  HDA2A     0.078
  381.  Atom H42  HDA2A     0.078
  382. GROUP
  383.  Atom C5   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  384.  Atom H51  HDA2A     0.078
  385.  Atom H52  HDA2A     0.078
  386. GROUP
  387.  Atom C6   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  388.  Atom H61  HDA2A     0.078
  389.  Atom H62  HDA2A     0.078
  390. GROUP
  391.  Atom C7   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  392.  Atom H71  HDA3A     0.059
  393.  Atom H72  HDA3A     0.059
  394.  Atom H73  HDA3A     0.059
  395.  
  396. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5     C5   C6
  397. Bond  C6   C7
  398. Bond  C1   H11    C1   H12    C1   H13    C2   H21    C2   H22
  399. Bond  C3   H31    C3   H32    C4   H41    C4   H42    C5   H51
  400. Bond  C5   H52    C6   H61    C6   H62    C7   H71    C7   H72
  401. Bond  C7   H73    
  402. ! IC for HEPT tttt conformer MP2/6-31G* optimized
  403. IC   C1    C2   C3    C4    1.5265  112.82  180.00  113.31   1.5271
  404. IC   C2    C3   C4    C5    1.5270  113.31  180.00  113.24   1.5271
  405. IC   C3    C4   C5    C6    1.5271  113.24  180.00  113.32   1.5270
  406. IC   C4    C5   C6    C7    1.5271  113.32  180.00  112.81   1.5264
  407. IC   C5    C6   C7    H71   1.5270  112.81   59.80  110.84   1.0945
  408. IC   H11   C1   C2    C3    1.0940  111.50  180.00  112.82   1.5270
  409. IC   H11   C2   *C1   H12   1.0940  111.50  120.20  110.84   1.0945
  410. IC   H11   C2   *C1   H13   1.0940  111.50 -120.20  110.84   1.0945
  411. IC   C3    C1   *C2   H21   1.5270  112.82  121.84  109.62   1.0973
  412. IC   C3    C1   *C2   H22   1.5270  112.82 -121.84  109.62   1.0973
  413. IC   C4    C2   *C3   H31   1.5271  113.31  122.09  109.23   1.0986
  414. IC   C4    C2   *C3   H32   1.5271  113.31 -122.09  109.23   1.0986
  415. IC   C5    C3   *C4   H41   1.5271  113.24 -122.06  109.27   1.0985
  416. IC   C5    C3   *C4   H42   1.5271  113.24  122.06  109.27   1.0985
  417. IC   C6    C4   *C5   H51   1.5270  113.32  122.06  109.29   1.0986
  418. IC   C6    C4   *C5   H52   1.5270  113.32 -122.06  109.29   1.0986
  419. IC   C7    C5   *C6   H61   1.5264  112.81  122.11  109.13   1.0973
  420. IC   C7    C5   *C6   H62   1.5264  112.81 -122.11  109.13   1.0973
  421. IC   H71   C6   *C7   H72   1.0945  110.84  120.20  111.51   1.0940
  422. IC   H71   C6   *C7   H73   1.0945  110.84 -119.60  110.84   1.0945
  423. patc firs none last none
  424.  
  425. Resi OCT           0.00 ! octane, adm jr.
  426. !
  427. !  H11   H21 H31 H41     H81
  428. !    \    |   |   |      /
  429. ! H12-C1--C2--C3--C4....C8-H82
  430. !    /    |   |   |      \
  431. !  H13   H22 H33 H42     H83
  432. !
  433. GROUP                
  434.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  435.  Atom H11  HDA3A     0.059
  436.  Atom H12  HDA3A     0.059
  437.  Atom H13  HDA3A     0.059
  438. GROUP
  439.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  440.  Atom H21  HDA2A     0.078
  441.  Atom H22  HDA2A     0.078
  442. GROUP                
  443.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  444.  Atom H31  HDA2A     0.078
  445.  Atom H32  HDA2A     0.078
  446. GROUP
  447.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  448.  Atom H41  HDA2A     0.078
  449.  Atom H42  HDA2A     0.078
  450. GROUP
  451.  Atom C5   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  452.  Atom H51  HDA2A     0.078
  453.  Atom H52  HDA2A     0.078
  454. GROUP
  455.  Atom C6   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  456.  Atom H61  HDA2A     0.078
  457.  Atom H62  HDA2A     0.078
  458. GROUP
  459.  Atom C7   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  460.  Atom H71  HDA2A     0.078
  461.  Atom H72  HDA2A     0.078
  462. GROUP
  463.  Atom C8   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  464.  Atom H81  HDA3A     0.059
  465.  Atom H82  HDA3A     0.059
  466.  Atom H83  HDA3A     0.059
  467.  
  468. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5     C5   C6
  469. Bond  C6   C7     C7   C8
  470. Bond  C1   H11    C1   H12    C1   H13    C2   H21    C2   H22
  471. Bond  C3   H31    C3   H32    C4   H41    C4   H42    C5   H51
  472. Bond  C5   H52    C6   H61    C6   H62    C7   H71    C7   H72
  473. Bond  C8   H81    C8   H82    C8   H83    
  474.  
  475. patc firs none last none
  476.  
  477. Resi OCT2          0.00 ! octane, adm jr.
  478. !
  479. !  H11   H21 H31 H41     H81
  480. !    \    |   |   |      /
  481. ! H12-C1--C2--C3--C4....C8-H82
  482. !    /    |   |   |      \
  483. !  H13   H22 H33 H42     H83
  484. !
  485. ! half-octane for crystal calculations (see xtloct1.inp)
  486. GROUP                
  487.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  488.  Atom H11  HDA3A     0.059
  489.  Atom H12  HDA3A     0.059
  490.  Atom H13  HDA3A     0.059
  491. GROUP
  492.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  493.  Atom H21  HDA2A     0.078
  494.  Atom H22  HDA2A     0.078
  495. GROUP                
  496.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  497.  Atom H31  HDA2A     0.078
  498.  Atom H32  HDA2A     0.078
  499. GROUP
  500.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  501.  Atom H41  HDA2A     0.078
  502.  Atom H42  HDA2A     0.078
  503.  
  504. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4
  505. Bond  C1   H11    C1   H12    C1   H13    C2   H21    C2   H22
  506. Bond  C3   H31    C3   H32    C4   H41    C4   H42    
  507. IC   C1   C2   C3   C4   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  508. IC   C2   C3   C4   H41  0.0000    0.00   60.00    0.00   0.0000
  509. IC   C2   C3   C4   H42  0.0000    0.00  -60.00    0.00   0.0000
  510. IC   H11  C1   C2   C3   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  511. IC   H11  C2  *C1   H12  0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  512. IC   H11  C2  *C1   H13  0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  513. IC   C1   C3  *C2   H21  0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  514. IC   C1   C3  *C2   H22  0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  515. IC   C2   C4  *C3   H31  0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  516. IC   C2   C4  *C3   H32  0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  517. patc firs none last none
  518.  
  519. RESI DECA          0.00 ! decane, Igor Vorobyov
  520. !
  521. !  H1A   H2A H3A H4A     H10A
  522. !    \    |   |   |      /
  523. ! H1B-C1--C2--C3--C4...--C10-H10B
  524. !    /    |   |   |      \
  525. !  H1C   H2B H3B H4B     H10C
  526. !
  527. GROUP                
  528.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  529.  Atom H1A  HDA3A     0.059
  530.  Atom H1B  HDA3A     0.059
  531.  Atom H1C  HDA3A     0.059
  532. GROUP
  533.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  534.  Atom H2A  HDA2A     0.078
  535.  Atom H2B  HDA2A     0.078
  536. GROUP                
  537.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  538.  Atom H3A  HDA2A     0.078
  539.  Atom H3B  HDA2A     0.078
  540. GROUP
  541.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  542.  Atom H4A  HDA2A     0.078
  543.  Atom H4B  HDA2A     0.078
  544. GROUP
  545.  Atom C5   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  546.  Atom H5A  HDA2A     0.078
  547.  Atom H5B  HDA2A     0.078
  548. GROUP
  549.  Atom C6   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  550.  Atom H6A  HDA2A     0.078
  551.  Atom H6B  HDA2A     0.078
  552. GROUP
  553.  Atom C7   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  554.  Atom H7A  HDA2A     0.078
  555.  Atom H7B  HDA2A     0.078
  556. GROUP
  557.  Atom C8   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  558.  Atom H8A  HDA2A     0.078
  559.  Atom H8B  HDA2A     0.078
  560. GROUP
  561.  Atom C9   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  562.  Atom H9A  HDA2A     0.078
  563.  Atom H9B  HDA2A     0.078
  564. GROUP
  565.  Atom C10  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  566.  Atom H10A HDA3A     0.059
  567.  Atom H10B HDA3A     0.059
  568.  Atom H10C HDA3A     0.059
  569.  
  570. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5
  571. Bond  C5   C6     C6   C7     C7   C8     C8   C9     C9   C10
  572. Bond  C1   H1A    C1   H1B    C1   H1C    C2   H2A    C2   H2B
  573. Bond  C3   H3A    C3   H3B    C4   H4A    C4   H4B    
  574. Bond  C5   H5A    C5   H5B    C6   H6A    C6   H6B    
  575. Bond  C7   H7A    C7   H7B    C8   H8A    C8   H8B    
  576. Bond  C9   H9A    C9   H9B    C10  H10A   C10  H10B  C10  H10C
  577. patc firs none last none
  578.  
  579. RESI PEND          0.00 ! pentadecane, Igor Vorobyov
  580. !
  581. !  H1A   H2A H3A H4A      H15A  
  582. !    \    |   |   |      /    
  583. ! H1B-C1--C2--C3--C4..--C15-H15B  
  584. !    /    |   |   |      \    
  585. !  H1C   H2B H3B H4B      H15C  
  586. !
  587. GROUP                
  588.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  589.  Atom H1A  HDA3A     0.059
  590.  Atom H1B  HDA3A     0.059
  591.  Atom H1C  HDA3A     0.059
  592. GROUP
  593.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  594.  Atom H2A  HDA2A     0.078
  595.  Atom H2B  HDA2A     0.078
  596. GROUP                
  597.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  598.  Atom H3A  HDA2A     0.078
  599.  Atom H3B  HDA2A     0.078
  600. GROUP
  601.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  602.  Atom H4A  HDA2A     0.078
  603.  Atom H4B  HDA2A     0.078
  604. GROUP
  605.  Atom C5   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  606.  Atom H5A  HDA2A     0.078
  607.  Atom H5B  HDA2A     0.078
  608. GROUP
  609.  Atom C6   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  610.  Atom H6A  HDA2A     0.078
  611.  Atom H6B  HDA2A     0.078
  612. GROUP
  613.  Atom C7   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  614.  Atom H7A  HDA2A     0.078
  615.  Atom H7B  HDA2A     0.078
  616. GROUP
  617.  Atom C8   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  618.  Atom H8A  HDA2A     0.078
  619.  Atom H8B  HDA2A     0.078
  620. GROUP
  621.  Atom C9   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  622.  Atom H9A  HDA2A     0.078
  623.  Atom H9B  HDA2A     0.078
  624. GROUP
  625.  Atom C10   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  626.  Atom H10A  HDA2A    0.078
  627.  Atom H10B  HDA2A    0.078
  628. GROUP
  629.  Atom C11   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  630.  Atom H11A  HDA2A    0.078
  631.  Atom H11B  HDA2A    0.078
  632. GROUP
  633.  Atom C12   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  634.  Atom H12A  HDA2A    0.078
  635.  Atom H12B  HDA2A    0.078
  636. GROUP
  637.  Atom C13   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  638.  Atom H13A  HDA2A    0.078
  639.  Atom H13B  HDA2A    0.078
  640. GROUP
  641.  Atom C14   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  642.  Atom H14A  HDA2A    0.078
  643.  Atom H14B  HDA2A    0.078
  644. GROUP
  645.  Atom C15   CD33A   -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  646.  Atom H15A  HDA3A    0.059
  647.  Atom H15B  HDA3A    0.059
  648.  Atom H15C  HDA3A    0.059
  649.  
  650. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5
  651. Bond  C5   C6     C6   C7     C7   C8     C8   C9     C9   C10
  652. Bond  C10  C11    C11  C12    C12  C13    C13  C14    C14  C15
  653. Bond  C1   H1A    C1   H1B    C1   H1C    C2   H2A    C2   H2B
  654. Bond  C3   H3A    C3   H3B    C4   H4A    C4   H4B    
  655. Bond  C5   H5A    C5   H5B    C6   H6A    C6   H6B    
  656. Bond  C7   H7A    C7   H7B    C8   H8A    C8   H8B    
  657. Bond  C9   H9A    C9   H9B    C10  H10A   C10  H10B  
  658. Bond  C11  H11A   C11  H11B   C12  H12A   C12  H12B  
  659. Bond  C13  H13A   C13  H13B      
  660. Bond  C14  H14A   C14  H14B   C15  H15A   C15  H15B  C15  H15C
  661. patc firs none last none
  662.  
  663. RESI OCTD          0.00 ! octadecane, Igor Vorobyov
  664. !
  665. !  H1A   H2A H3A H4A      H18A  
  666. !    \    |   |   |      /      
  667. ! H1B-C1--C2--C3--C4..--C18-H18B
  668. !    /    |   |   |      \      
  669. !  H1C   H2C H3B H4B      H18C  
  670. !
  671. GROUP                
  672.  Atom C1   CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  673.  Atom H1A  HDA3A     0.059
  674.  Atom H1B  HDA3A     0.059
  675.  Atom H1C  HDA3A     0.059
  676. GROUP
  677.  Atom C2   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  678.  Atom H2A  HDA2A     0.078
  679.  Atom H2B  HDA2A     0.078
  680. GROUP                
  681.  Atom C3   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  682.  Atom H3A  HDA2A     0.078
  683.  Atom H3B  HDA2A     0.078
  684. GROUP
  685.  Atom C4   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  686.  Atom H4A  HDA2A     0.078
  687.  Atom H4B  HDA2A     0.078
  688. GROUP
  689.  Atom C5   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  690.  Atom H5A  HDA2A     0.078
  691.  Atom H5B  HDA2A     0.078
  692. GROUP
  693.  Atom C6   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  694.  Atom H6A  HDA2A     0.078
  695.  Atom H6B  HDA2A     0.078
  696. GROUP
  697.  Atom C7   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  698.  Atom H7A  HDA2A     0.078
  699.  Atom H7B  HDA2A     0.078
  700. GROUP
  701.  Atom C8   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  702.  Atom H8A  HDA2A     0.078
  703.  Atom H8B  HDA2A     0.078
  704. GROUP
  705.  Atom C9   CD32A    -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  706.  Atom H9A  HDA2A     0.078
  707.  Atom H9B  HDA2A     0.078
  708. GROUP
  709.  Atom C10   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  710.  Atom H10A  HDA2A    0.078
  711.  Atom H10B  HDA2A    0.078
  712. GROUP
  713.  Atom C11   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  714.  Atom H11A  HDA2A    0.078
  715.  Atom H11B  HDA2A    0.078
  716. GROUP
  717.  Atom C12   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  718.  Atom H12A  HDA2A    0.078
  719.  Atom H12B  HDA2A    0.078
  720. GROUP
  721.  Atom C13   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  722.  Atom H13A  HDA2A    0.078
  723.  Atom H13B  HDA2A    0.078
  724. GROUP
  725.  Atom C14   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  726.  Atom H14A  HDA2A    0.078
  727.  Atom H14B  HDA2A    0.078
  728. GROUP
  729.  Atom C15   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  730.  Atom H15A  HDA2A    0.078
  731.  Atom H15B  HDA2A    0.078
  732. GROUP
  733.  Atom C16   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  734.  Atom H16A  HDA2A    0.078
  735.  Atom H16B  HDA2A    0.078
  736. GROUP
  737.  Atom C17   CD32A   -0.156  ALPHA -1.660  THOLE 1.3
  738.  Atom H17A  HDA2A    0.078
  739.  Atom H17B  HDA2A    0.078
  740. GROUP
  741.  Atom C18   CD33A   -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  742.  Atom H18A  HDA3A    0.059
  743.  Atom H18B  HDA3A    0.059
  744.  Atom H18C  HDA3A    0.059
  745.  
  746. Bond  C1   C2     C2   C3     C3   C4     C4   C5
  747. Bond  C5   C6     C6   C7     C7   C8     C8   C9     C9   C10
  748. Bond  C10  C11    C11  C12    C12  C13    C13  C14    C14  C15
  749. Bond  C15  C16    C16  C17    C17  C18  
  750. Bond  C1   H1A    C1   H1B    C1   H1C    C2   H2A    C2   H2B
  751. Bond  C3   H3A    C3   H3B    C4   H4A    C4   H4B    
  752. Bond  C5   H5A    C5   H5B    C6   H6A    C6   H6B    
  753. Bond  C7   H7A    C7   H7B    C8   H8A    C8   H8B    
  754. Bond  C9   H9A    C9   H9B    C10  H10A   C10  H10B  
  755. Bond  C11  H11A   C11  H11B   C12  H12A   C12  H12B  
  756. Bond  C13  H13A   C13  H13B   C14  H14A   C14  H14B      
  757. Bond  C15  H15A   C15  H15B   C16  H16A   C16  H16B        
  758. Bond  C17  H17A   C17  H17B   C18  H18A   C18  H18B  C18  H18C  
  759. patc firs none last none
  760.  
  761. !! Branched alkanes
  762.  
  763. RESI IBUT          0.00 ! Iso-butane
  764. !
  765. !          H12
  766. !           |
  767. !       H11-C1-H13
  768. !           |
  769. !           CT-HT
  770. !          / \
  771. !         /   \
  772. !   H21-C2     C3-H31
  773. !      / |     | \
  774. !   H22 H23   H33 H32
  775. !
  776. !
  777. GROUP
  778. atom  CT  CD31A    -0.095  ALPHA -1.302  THOLE 1.3
  779. atom  HT  HDA1A     0.095
  780. GROUP
  781. Atom  C1  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  782. Atom  H11 HDA3A     0.059
  783. Atom  H12 HDA3A     0.059
  784. Atom  H13 HDA3A     0.059
  785. GROUP
  786. Atom  C2  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  787. Atom  H21 HDA3A     0.059
  788. Atom  H22 HDA3A     0.059
  789. Atom  H23 HDA3A     0.059
  790. GROUP
  791. atom  C3  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  792. Atom  H31 HDA3A     0.059
  793. atom  H32 HDA3A     0.059
  794. atom  H33 HDA3A     0.059
  795. Bond ct  c1  ct  c2  ct c3 ct  ht
  796. Bond c1 h11 c1 h12 c1 h13
  797. Bond c2 h21 c2 h22 c2 h23
  798. Bond c3 h31 c3 h32 c3 h33
  799. !! IC for IBUT staggered conformer MP2/6-31G* optimized
  800. IC   C1    CT   C2    H21   1.5272  110.84  178.49  111.23   1.0946
  801. IC   C2    CT   C1    H11   1.5272  110.84  -57.98  111.23   1.0946
  802. IC   C1    CT   C3    H31   1.5272  110.84  -57.98  111.23   1.0946
  803. IC   C2    C1   *CT   C3    1.5272  110.84 -123.53  110.84   1.5272
  804. IC   C2    C1   *CT   HT    1.5272  110.84  118.24  108.06   1.0986
  805. IC   H11   CT   *C1   H12   1.0946  111.23  119.74  110.37   1.0958
  806. IC   H11   CT   *C1   H13   1.0946  111.23 -120.51  111.23   1.0946
  807. IC   H21   CT   *C2   H22   1.0946  111.23  119.74  110.37   1.0958
  808. IC   H21   CT   *C2   H23   1.0946  111.23 -120.51  111.23   1.0946
  809. IC   H31   CT   *C3   H32   1.0946  111.23  119.74  110.37   1.0958
  810. IC   H31   CT   *C3   H33   1.0946  111.23 -120.51  111.23   1.0946
  811. patc firs none last none
  812.  
  813. RESI NEOP           0.00 ! Neo-pentane, viv
  814. !
  815. !      H11 H12 H13
  816. !         \ | /
  817. !           C1    
  818. !   H43     |    H21
  819. !      \    |   /
  820. !   H42-C4--CT--C2-H22
  821. !      /    |   \
  822. !   H41     |    H23
  823. !           C3      
  824. !         / | \    
  825. !      H31 H32 H33  
  826. !
  827. GROUP
  828. atom  CT  CD30A     0.000  ALPHA -1.302  THOLE 1.3
  829. GROUP
  830. Atom  c1  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  831. Atom  h11 HDA3A     0.059
  832. Atom  h12 HDA3A     0.059
  833. Atom  h13 HDA3A     0.059
  834. GROUP  
  835. Atom  c2  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  836. Atom  h21 HDA3A     0.059
  837. Atom  h22 HDA3A     0.059
  838. Atom  h23 HDA3A     0.059
  839. GROUP
  840. atom  c3  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  841. Atom  h31 HDA3A     0.059
  842. atom  h32 HDA3A     0.059
  843. atom  h33 HDA3A     0.059
  844. GROUP
  845. atom  c4  CD33A    -0.177  ALPHA -2.051  THOLE 1.3
  846. Atom  h41 HDA3A     0.059
  847. atom  h42 HDA3A     0.059
  848. atom  h43 HDA3A     0.059
  849.  
  850. Bond ct  c1  ct  c2  ct c3 ct  c4
  851. Bond c1 h11 c1 h12 c1 h13
  852. Bond c2 h21 c2 h22 c2 h23
  853. Bond c3 h31 c3 h32 c3 h33
  854. Bond c4 h41 c4 h42 c4 h43
  855. patc firs none last none
  856.  
  857. !! cyclic alkanes
  858.  
  859. RESI CPEN         0.00   ! cyclopentane, viv
  860. !
  861. !     H3A   H4A  
  862. !     |     |    
  863. ! H3B-C3---C4-H4B
  864. !     |     |    
  865. ! H2A-C2   C5-H5A
  866. !    /\    /\    
  867. ! H2B  \  /  H5B
  868. !       C1      
  869. !      / \        
  870. !     H1A H1B
  871. !
  872. GROUP
  873. ATOM C1   CD325A   -0.0530  ALPHA -1.395  THOLE 1.3
  874. ATOM H1A  HDA2R5    0.0265
  875. ATOM H1B  HDA2R5    0.0265
  876. GROUP
  877. ATOM C2   CD325A   -0.0530  ALPHA -1.395  THOLE 1.3
  878. ATOM H2A  HDA2R5    0.0265
  879. ATOM H2B  HDA2R5    0.0265
  880. GROUP
  881. ATOM C3   CD325A   -0.0530  ALPHA -1.395  THOLE 1.3
  882. ATOM H3A  HDA2R5    0.0265
  883. ATOM H3B  HDA2R5    0.0265
  884. GROUP
  885. ATOM C4   CD325A   -0.0530  ALPHA -1.395  THOLE 1.3
  886. ATOM H4A  HDA2R5    0.0265
  887. ATOM H4B  HDA2R5    0.0265
  888. GROUP
  889. ATOM C5   CD325A   -0.0530  ALPHA -1.395  THOLE 1.3
  890. ATOM H5A  HDA2R5    0.0265
  891. ATOM H5B  HDA2R5    0.0265
  892.  
  893. BOND C1 H1A  C1 H1B  C1 C2
  894. BOND C2 H2A  C2 H2B  C2 C3
  895. BOND C3 H3A  C3 H3B  C3 C4
  896. BOND C4 H4A  C4 H4B  C4 C5
  897. BOND C5 H5A  C5 H5B  C5 C1
  898. !! IC for CPEN C2 conformer MP2/6-31G* optimized
  899. IC   C1    C2   C3    C4    1.5485  105.88  -13.32  105.00   1.5334
  900. IC   H1A   C1   C2    C3    1.0958  110.05  104.06  105.88   1.5485
  901. IC   C5    C2   *C1   H1A   1.5334  105.00  117.38  110.05   1.0958
  902. IC   H1A   C2   *C1   H1B   1.0958  110.05  119.30  112.68   1.0944
  903. IC   C3    C1   *C2   H2A   1.5485  105.88 -120.88  110.89   1.0943
  904. IC   H2A   C1   *C2   H2B   1.0943  110.89 -118.52  111.32   1.0943
  905. IC   C4    C2   *C3   H3A   1.5334  105.00 -123.32  112.68   1.0944
  906. IC   H3A   C2   *C3   H3B   1.0944  112.68 -119.30  110.05   1.0958
  907. IC   C5    C3   *C4   H4A   1.5288  102.87 -116.68  110.22   1.0972
  908. IC   H4A   C3   *C4   H4B   1.0972  110.22 -120.38  113.00   1.0949
  909. IC   C4    C1   *C5   H5A   1.5288  102.87  122.95  113.00   1.0949
  910. IC   C4    C1   *C5   H5B   1.5288  102.87 -116.68  110.22   1.0972
  911. patc firs none last none
  912.  
  913. RESI CHEX         0.00 ! cyclohexane, viv
  914. !
  915. !    H4A  H4B
  916. !      \  /
  917. !       C4
  918. ! H3A  /  \  H5A
  919. !    \/    \/
  920. ! H3B-C3   C5-H5B
  921. !     |    |
  922. !     |    |
  923. ! H2A-C2   C6-H6A
  924. !    /\    /\
  925. ! H2B  \  /  H6B
  926. !       C1
  927. !      /  \
  928. !    H1A  H1B
  929. !
  930. GROUP
  931. ATOM C1   CD32A   -0.080  ALPHA -1.359  THOLE 1.3
  932. ATOM H1A  HDA2A    0.040
  933. ATOM H1B  HDA2A    0.040
  934. GROUP
  935. ATOM C2   CD32A   -0.080  ALPHA -1.359  THOLE 1.3
  936. ATOM H2A  HDA2A    0.040
  937. ATOM H2B  HDA2A    0.040
  938. GROUP
  939. ATOM C3   CD32A   -0.080  ALPHA -1.359  THOLE 1.3
  940. ATOM H3A  HDA2A    0.040
  941. ATOM H3B  HDA2A    0.040
  942. GROUP
  943. ATOM C4   CD32A   -0.080  ALPHA -1.359  THOLE 1.3
  944. ATOM H4A  HDA2A    0.040
  945. ATOM H4B  HDA2A    0.040
  946. GROUP
  947. ATOM C5   CD32A   -0.080  ALPHA -1.359  THOLE 1.3
  948. ATOM H5A  HDA2A    0.040
  949. ATOM H5B  HDA2A    0.040
  950. GROUP
  951. ATOM C6   CD32A   -0.080  ALPHA -1.359  THOLE 1.3
  952. ATOM H6A  HDA2A    0.040
  953. ATOM H6B  HDA2A    0.040
  954.  
  955. BOND C1 H1A  C1 H1B  C1 C2
  956. BOND C2 H2A  C2 H2B  C2 C3
  957. BOND C3 H3A  C3 H3B  C3 C4
  958. BOND C4 H4A  C4 H4B  C4 C5
  959. BOND C5 H5A  C5 H5B  C5 C6
  960. BOND C6 H6A  C6 H6B  C6 C1
  961. !! IC for CHEX chair conformer MP2/6-31G* optimized
  962. IC   C1  C2 C3  C4      1.5294  111.17  -55.59  111.17   1.5294
  963. IC   C2  C3 C4  C5      1.5294  111.17   55.59  111.17   1.5294
  964. IC   C6  C1 C2  C3      1.5294  111.17   55.59  111.17   1.5294
  965. IC   C2  C6 *C1 H1A     1.5294  111.17 -122.75  110.33   1.0967
  966. IC   H1A C6 *C1 H1B     1.0967  110.33 -116.87  109.11   1.0988
  967. IC   C3  C1 *C2 H2A     1.5294  111.17 -120.39  109.11   1.0988
  968. IC   H2A C1 *C2 H2B     1.0988  109.11 -116.87  110.33   1.0967
  969. IC   C4  C2 *C3 H3A     1.5294  111.17 -122.75  110.34   1.0967
  970. IC   H3A C2 *C3 H3B     1.0967  110.34 -116.87  109.11   1.0988
  971. IC   C5  C3 *C4 H4A     1.5294  111.17 -120.39  109.11   1.0988
  972. IC   H4A C3 *C4 H4B     1.0988  109.11 -116.87  110.33   1.0967
  973. IC   C6  C4 *C5 H5A     1.5294  111.17 -122.75  110.33   1.0967
  974. IC   H5A C4 *C5 H5B     1.0967  110.33 -116.87  109.11   1.0988
  975. IC   C5  C1 *C6 H6A     1.5294  111.17  120.39  109.11   1.0988
  976. IC   C5  C1 *C6 H6B     1.5294  111.17 -122.75  110.33   1.0967
  977. patc firs none last none
  978.  
  979. !! Cyclic ethers, December 2006
  980.  
  981. RESI THF          0.00   ! Tetrahydrofuran
  982. !
  983. !     H2A   H3A
  984. !     |     |
  985. ! H2B-C2---C3-H3B
  986. !     |    |
  987. !     |    |
  988. ! H1A-C1   C4-H4A
  989. !    /\    /\
  990. ! H1B  \  /  H4B
  991. !       O1        
  992. !                
  993. GROUP
  994. ATOM O1   OD305A    0.000  ALPHA -0.583  THOLE 1.3
  995. ATOM C1   CD325B    0.121  ALPHA -1.194  THOLE 1.3
  996. ATOM H1A  HDA2R5    0.023
  997. ATOM H1B  HDA2R5    0.023
  998. ATOM C2   CD325B   -0.048  ALPHA -1.201  THOLE 1.3
  999. ATOM H2A  HDA2R5    0.026
  1000. ATOM H2B  HDA2R5    0.026
  1001. ATOM C3   CD325B   -0.048  ALPHA -1.201  THOLE 1.3
  1002. ATOM H3A  HDA2R5    0.026
  1003. ATOM H3B  HDA2R5    0.026
  1004. ATOM C4   CD325B    0.121  ALPHA -1.194  THOLE 1.3
  1005. ATOM H4A  HDA2R5    0.023
  1006. ATOM H4B  HDA2R5    0.023
  1007. ATOM LP1A LP       -0.171
  1008. ATOM LP1B LP       -0.171
  1009. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1010.  
  1011. BOND O1 C1   C1 H1A  C1 H1B  C1 C2
  1012. BOND C2 H2A  C2 H2B  C2 C3
  1013. BOND C3 H3A  C3 H3B  C3 C4
  1014. BOND C4 H4A  C4 H4B  C4 O1
  1015. BOND O1 LP1A O1 LP1B C1 LP1A C1 LP1B C4 LP1A C4 LP1B
  1016. BOND O1 LPX  C1 LPX  C4 LPX
  1017.  
  1018. LONEPAIR bisector LP1A O1 C1 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1019. LONEPAIR bisector LP1B O1 C1 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1020. LONEPAIR bisector LPX  O1 C1 C4 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1021. ANISOTROPY O1 LPX LP1A LP1B A11 0.8889  A22 1.2222
  1022.  
  1023. !! IC for THF C2 conformer MP2/6-31G* optimized
  1024. IC   O1    C1   C2    C3    1.4368  106.09   32.94  101.18   1.5273
  1025. IC   C1    C2   C3    C4    1.5252  101.18  -39.14  101.18   1.5252
  1026. IC   C2    C3   C4    O1    1.5273  101.18   32.94  106.09   1.4368
  1027. IC   C3    C4   O1    C1    1.5252  106.09  -12.88  109.31   1.4368
  1028. IC   C4    O1   C1    C2    1.4368  109.31  -12.88  106.09   1.5252
  1029. IC   O1    C2   *C1   H1A   1.4368  106.09  118.91  113.61   1.0945
  1030. IC   O1    C2   *C1   H1B   1.4368  106.09 -118.66  111.00   1.0989
  1031. IC   C1    C3   *C2   H2A   1.5252  101.18  116.76  110.18   1.0949
  1032. IC   C1    C3   *C2   H2B   1.5252  101.18 -121.33  113.76   1.0935
  1033. IC   C2    C4   *C3   H3A   1.5273  101.18  121.95  112.88   1.0935
  1034. IC   C2    C4   *C3   H3B   1.5273  101.18 -116.64  110.35   1.0949
  1035. IC   C3    O1   *C4   H4A   1.5252  106.09  119.76  109.32   1.0989
  1036. IC   C3    O1   *C4   H4B   1.5252  106.09 -122.32  108.34   1.0945
  1037. patc firs none last none
  1038.  
  1039. RESI TF2M        0.00    ! 2-methyl-THF
  1040. !
  1041. !              H2A   H3A    
  1042. !           |     |      
  1043. !       H2B-C2---C3-H3B  
  1044. !           |    |      
  1045. !           |    |      
  1046. !       H1A-C1   C4-H4A  
  1047. !          /\    /\      
  1048. !    H5A-C5  \  /  H4B  
  1049. !        /\   O1        
  1050. !     H5B  H5C          
  1051. !
  1052. GROUP
  1053. ATOM O1   OD305A    0.000  ALPHA -0.583  THOLE 1.3
  1054. ATOM C1   CD325B    0.144  ALPHA -1.194  THOLE 1.3
  1055. ATOM H1A  HDA2R5    0.023
  1056. ATOM C2   CD325B   -0.048  ALPHA -1.201  THOLE 1.3
  1057. ATOM H2A  HDA2R5    0.026
  1058. ATOM H2B  HDA2R5    0.026
  1059. ATOM C3   CD325B   -0.048  ALPHA -1.201  THOLE 1.3
  1060. ATOM H3A  HDA2R5    0.026
  1061. ATOM H3B  HDA2R5    0.026
  1062. ATOM C4   CD325B    0.121  ALPHA -1.194  THOLE 1.3
  1063. ATOM H4A  HDA2R5    0.023
  1064. ATOM H4B  HDA2R5    0.023
  1065. ATOM C5   CD33A    -0.177  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1066. ATOM H5A  HDA3A     0.059
  1067. ATOM H5B  HDA3A     0.059
  1068. ATOM H5C  HDA3A     0.059
  1069. ATOM LP1A LP       -0.171
  1070. ATOM LP1B LP       -0.171
  1071. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1072.  
  1073. BOND O1 C1   C1 H1A  C1 C2
  1074. BOND C2 H2A  C2 H2B  C2 C3
  1075. BOND C3 H3A  C3 H3B  C3 C4
  1076. BOND C4 H4A  C4 H4B  C4 O1
  1077. BOND C1 C5   C5 H5A  C5 H5B C5 H5C
  1078. BOND O1 LP1A O1 LP1B C1 LP1A C1 LP1B C4 LP1A C4 LP1B
  1079. BOND O1 LPX  C1 LPX  C4 LPX
  1080.  
  1081. LONEPAIR bisector LP1A O1 C1 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1082. LONEPAIR bisector LP1B O1 C1 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1083. LONEPAIR bisector LPX  O1 C1 C4 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1084. ANISOTROPY O1 LPX LP1A LP1B A11 0.8889  A22 1.2222
  1085.  
  1086. !! IC for TF2M C2 conformer MP2/6-31G* optimized
  1087. IC   O1    C1   C2    C3    1.4443  106.24   14.28  103.29   1.5304
  1088. IC   C4    O1   C1    C2    1.4284  108.41   12.12  106.24   1.5435
  1089. IC   O1    C1   C5    H5A   1.4443  107.53   53.68  110.10   1.0928
  1090. IC   C2    O1   *C1   C5    1.5435  106.24  122.57  107.53   1.5167
  1091. IC   C2    O1   *C1   H1A   1.5435  106.24 -118.83  108.34   1.0993
  1092. IC   C3    C1   *C2   H2A   1.5304  103.29  122.32  112.09   1.0941
  1093. IC   H2A   C1   *C2   H2B   1.0941  112.09  120.11  110.49   1.0949
  1094. IC   C4    C2   *C3   H3A   1.5208  100.72  115.91  110.89   1.0944
  1095. IC   H3A   C2   *C3   H3B   1.0944  110.89  122.35  113.36   1.0940
  1096. IC   C3    O1   *C4   H4A   1.5208  104.28 -122.07  107.42   1.0931
  1097. IC   C3    O1   *C4   H4B   1.5208  104.28  119.33  110.91   1.1016
  1098. IC   H5A   C1   *C5   H5B   1.0928  110.10  120.29  110.81   1.0947
  1099. IC   H5A   C1   *C5   H5C   1.0928  110.10 -119.30  109.89   1.0938
  1100. patc firs none last none
  1101.  
  1102. RESI THP           0.00  ! Tetrahydro-2H-Puran VIV
  1103. !
  1104. !    H3A  H3B
  1105. !      \  /
  1106. !       C3
  1107. ! H2A  /  \  H4A
  1108. !    \/    \/
  1109. ! H2B-C2   C4-H4B
  1110. !     |    |
  1111. !     |    |
  1112. ! H1A-C1   C5-H5A
  1113. !    /\    /\
  1114. ! H1B  \  /  H5B
  1115. !       O1
  1116. !
  1117. GROUP
  1118. ATOM O1   OD30A     0.000  ALPHA -0.583  THOLE 1.3
  1119. ATOM C1   CD326A    0.031  ALPHA -1.322  THOLE 1.3
  1120. ATOM H1A  HDA2A     0.038
  1121. ATOM H1B  HDA2A     0.038
  1122. ATOM C2   CD326A   -0.019  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1123. ATOM H2A  HDA2A     0.032
  1124. ATOM H2B  HDA2A     0.032
  1125. ATOM C3   CD326A   -0.146  ALPHA -1.406  THOLE 1.3
  1126. ATOM H3A  HDA2A     0.062
  1127. ATOM H3B  HDA2A     0.062
  1128. ATOM C4   CD326A   -0.019  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1129. ATOM H4A  HDA2A     0.032
  1130. ATOM H4B  HDA2A     0.032
  1131. ATOM C5   CD326A    0.031  ALPHA -1.322  THOLE 1.3
  1132. ATOM H5A  HDA2A     0.038
  1133. ATOM H5B  HDA2A     0.038
  1134. ATOM LP1A LP       -0.141
  1135. ATOM LP1B LP       -0.141
  1136. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1137.  
  1138. BOND O1 C1   C1 H1A  C1 H1B  C1 C2
  1139. BOND C2 H2A  C2 H2B  C2 C3
  1140. BOND C3 H3A  C3 H3B  C3 C4
  1141. BOND C4 H4A  C4 H4B  C4 C5
  1142. BOND C5 H5A  C5 H5B  C5 O1
  1143. BOND O1 LP1A O1 LP1B C1 LP1A C1 LP1B C5 LP1A C5 LP1B
  1144. BOND O1 LPX  C1 LPX  C5 LPX
  1145.  
  1146. LONEPAIR bisector LP1A O1 C1 C5 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1147. LONEPAIR bisector LP1B O1 C1 C5 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1148. LONEPAIR bisector LPX  O1 C1 C5 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1149. ANISOTROPY O1 LPX LP1A LP1B A11 0.8889  A22 1.2222
  1150.  
  1151. !! IC for THP chair conformer MP2/6-31G* optimized
  1152. IC O1   C1    C2    C3         1.4266  111.33   57.16  109.96   1.5293
  1153. IC C1   C2    C3    C4         1.5230  109.96  -52.34  109.87   1.5293
  1154. IC C5   O1    C1    C2         1.4266  110.87  -61.89  111.33   1.5230
  1155. IC C2   O1    *C1   H1A        1.5230  111.33 -121.53  105.76   1.0934
  1156. IC H1A  O1    *C1   H1B        1.0934  105.76 -116.45  109.72   1.1033
  1157. IC C3   C1    *C2   H2A        1.5293  109.96  122.65  109.93   1.0971
  1158. IC H2A  C1    *C2   H2B        1.0971  109.93  117.29  108.46   1.0963
  1159. IC C4   C2    *C3   H3A        1.5293  109.87 -122.83  110.84   1.0956
  1160. IC H3A  C2    *C3   H3B        1.0956  110.84 -117.43  109.20   1.0986
  1161. IC C5   C3    *C4   H4A        1.5230  109.96 -119.25  109.78   1.0963
  1162. IC H4A  C3    *C4   H4B        1.0963  109.78 -118.81  111.12   1.0971
  1163. IC C4   O1    *C5   H5A        1.5230  111.33  121.53  105.76   1.0934
  1164. IC C4   O1    *C5   H5B        1.5230  111.33 -122.02  109.72   1.1033  
  1165. patc firs none last none
  1166.  
  1167. !! Acyclic ethers
  1168.  
  1169. RESI DMET            0.00 ! Dimethylether, viv
  1170. !
  1171. !         H11      H31
  1172. !         |         |
  1173. !   H13 - C1 - O2 - C3 - H33
  1174. !         |         |
  1175. !        H12       H32
  1176. !
  1177. GROUP
  1178. ATOM C1   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1179. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1180. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1181. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1182. ATOM O2   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1183. ATOM C3   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1184. ATOM H31  HDA3A     0.054
  1185. ATOM H32  HDA3A     0.054
  1186. ATOM H33  HDA3A     0.054
  1187. ATOM LP2A LP       -0.110
  1188. ATOM LP2B LP       -0.110
  1189. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1190.  
  1191. BOND C1  O2   O2 C3
  1192. BOND C1  H11  C1 H12  C1 H13
  1193. BOND C3  H31  C3 H32  C3 H33
  1194. BOND O2  LP2A O2 LP2B C1 LP2A C1 LP2B C3 LP2A C3 LP2B
  1195. BOND O2  LPX  C1 LPX  C3 LPX
  1196.  
  1197. LONEPAIR bisector LP2A O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1198. LONEPAIR bisector LP2B O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1199. LONEPAIR bisector LPX  O2 C1 C3 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1200. ANISOTROPY O2 LPX LP2A LP2B A11 0.8889  A22 1.2222
  1201.  
  1202. !! IC for DMET staggered (C2v) conformer MP2/6-31G* optimized
  1203. IC C1    O2    C3   H31     1.4156  111.05  -60.70  111.47   1.0993
  1204. IC H11   C1    O2   C3      1.0993  111.47  -60.70  111.05   1.4156
  1205. IC H11   O2   *C1   H12     1.0993  111.47 -119.30  106.89   1.0906
  1206. IC H11   O2   *C1   H13     1.0993  111.47  121.39  111.47   1.0993
  1207. IC H31   O2   *C3   H32     1.0993  111.47 -119.30  106.89   1.0906
  1208. IC H31   O2   *C3   H33     1.0993  111.47  121.39  111.47   1.0993
  1209. patc firs none last none
  1210.  
  1211. RESI MEET            0.00 ! Methylethylether, viv
  1212. !
  1213. !         H1A  H2A      H4A
  1214. !         |    |         |
  1215. !   H1C - C1 - C2 - O3 - C4 - H4C
  1216. !         |    |         |
  1217. !        H1B  H2B       H4B
  1218. !
  1219. GROUP
  1220. ATOM C1   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1221. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1222. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1223. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1224. ATOM C2   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1225. ATOM H21  HDA2A     0.054
  1226. ATOM H22  HDA2A     0.054
  1227. ATOM O3   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1228. ATOM C4   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1229. ATOM H41  HDA3A     0.054
  1230. ATOM H42  HDA3A     0.054
  1231. ATOM H43  HDA3A     0.054
  1232. ATOM LP3A LP       -0.110
  1233. ATOM LP3B LP       -0.110
  1234. ATOM LPX  LP         0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1235.  
  1236. BOND C1 C2   C2 O3   O3 C4
  1237. BOND C1 H11  C1 H12  C1 H13
  1238. BOND C2 H21  C2 H22
  1239. BOND C4 H41  C4 H42  C4 H43
  1240. BOND O3 LP3A O3 LP3B C2 LP3A C2 LP3B C4 LP3A C4 LP3B
  1241. BOND O3 LPX  C2 LPX  C4 LPX
  1242.  
  1243. LONEPAIR bisector LP3A O3 C2 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1244. LONEPAIR bisector LP3B O3 C2 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1245. LONEPAIR bisector LPX  O3 C2 C4 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1246. ANISOTROPY O3 LPX LP3A LP3B A11 0.8889  A22 1.2222
  1247.  
  1248. !! IC for MEET trans (t) conformer MP2/6-31G* optimized
  1249. IC C1     C2    O3     C4         1.5296  110.11 -180.00  111.05   1.4190
  1250. IC C2     O3    C4     H41        1.4183  111.05   60.36  110.32   1.1113
  1251. IC H11    C1    C2     O3         1.1106  110.47  180.00  110.11   1.4183
  1252. IC H11    C2    *C1    H12        1.1106  110.47  120.09  110.34   1.1111
  1253. IC H11    C2    *C1    H13        1.1106  110.47 -120.09  110.34   1.1111
  1254. IC O3     C1    *C2    H21        1.4183  110.11 -120.56  109.50   1.1125
  1255. IC O3     C1    *C2    H22        1.4183  110.11  120.56  109.50   1.1125
  1256. IC H41    O3    *C4    H42        1.1113  110.32 -120.72  110.32   1.1113
  1257. IC H41    O3    *C4    H43        1.1113  110.32  119.64  109.66   1.1110
  1258. patc firs none last none
  1259.  
  1260. RESI DEET            0.00 ! Diethylether, alex
  1261. !
  1262. !         H1A  H2A      H4A  H5A
  1263. !         |    |         |    |
  1264. !   H1C - C1 - C2 - O3 - C4 - C5 - H5C
  1265. !         |    |         |    |
  1266. !        H1B  H2B       H4B  H5B
  1267. !
  1268. GROUP
  1269. ATOM C1   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1270. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1271. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1272. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1273. ATOM C2   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1274. ATOM H21  HDA2A     0.054
  1275. ATOM H22  HDA2A     0.054
  1276. ATOM O3   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1277. ATOM C4   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1278. ATOM H41  HDA2A     0.054
  1279. ATOM H42  HDA2A     0.054
  1280. ATOM C5   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1281. ATOM H51  HDA3A     0.054
  1282. ATOM H52  HDA3A     0.054
  1283. ATOM H53  HDA3A     0.054
  1284. ATOM LP3A LP       -0.110
  1285. ATOM LP3B LP       -0.110
  1286. ATOM LPX  LP         0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1287.  
  1288. BOND C1 C2   C2 O3   O3 C4   C4 C5
  1289. BOND C1 H11  C1 H12  C1 H13
  1290. BOND C2 H21  C2 H22
  1291. BOND C4 H41  C4 H42
  1292. BOND C5 H51  C5 H52  C5 H53
  1293. BOND O3 LP3A O3 LP3B C2 LP3A C2 LP3B C4 LP3A C4 LP3B
  1294. BOND O3 LPX  C2 LPX  C4 LPX
  1295.  
  1296. LONEPAIR bisector LP3A O3 C2 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1297. LONEPAIR bisector LP3B O3 C2 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1298. LONEPAIR bisector LPX  O3 C2 C4 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1299. ANISOTROPY O3 LPX LP3A LP3B A11 0.8889  A22 1.2222
  1300.  
  1301. !! IC for DEET tt conformer MP2/6-31G* optimized
  1302. IC  C1   C2   O3   C4         1.5296  110.07  180.00  111.30   1.4188
  1303. IC  C2   O3   C4   C5         1.4188  111.30  180.00  110.07   1.5296
  1304. IC  H11  C1   C2   O3         1.1107  110.48 -180.00  110.07   1.4188
  1305. IC  O3   C4   C5   H51        1.4188  110.07  180.00  110.48   1.1107
  1306. IC  H11  C2   *C1  H12        1.1107  110.48  120.09  110.35   1.1111
  1307. IC  H11  C2   *C1  H13        1.1107  110.48 -120.09  110.35   1.1111
  1308. IC  O3   C1   *C2  H21        1.4188  110.07  120.56  109.49   1.1125
  1309. IC  O3   C1   *C2  H22        1.4188  110.07 -120.56  109.49   1.1125
  1310. IC  C5   O3   *C4  H41        1.5296  110.07  120.48  109.62   1.1125
  1311. IC  C5   O3   *C4  H42        1.5296  110.07 -120.48  109.62   1.1125
  1312. IC  H51  C4   *C5  H52        1.1107  110.48  120.09  110.35   1.1111
  1313. IC  H51  C4   *C5  H53        1.1107  110.48 -120.09  110.35   1.1111
  1314. patc firs none last none
  1315.  
  1316. RESI DME             0.00 ! Dimethoxyethane, adm jr.
  1317. !
  1318. ! H12  H11
  1319. !    \ /
  1320. ! H13-C1  H31  H32  H61  H62
  1321. !       \   \  /      \  /
  1322. !        O2--C3        C6-H63
  1323. !              \      /
  1324. !           H41-C4--O5
  1325. !              /
  1326. !           H42
  1327. !
  1328. GROUP
  1329. ATOM C1   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1330. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1331. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1332. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1333. ATOM O2   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1334. ATOM C3   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1335. ATOM H31  HDA2A     0.054
  1336. ATOM H32  HDA2A     0.054
  1337. ATOM C4   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1338. ATOM H41  HDA2A     0.054
  1339. ATOM H42  HDA2A     0.054
  1340. ATOM O5   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1341. ATOM C6   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1342. ATOM H61  HDA3A     0.054
  1343. ATOM H62  HDA3A     0.054
  1344. ATOM H63  HDA3A     0.054
  1345. ATOM LP2A LP       -0.110
  1346. ATOM LP2B LP       -0.110
  1347. ATOM LPX2 LP         0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1348. ATOM LP5A LP       -0.110
  1349. ATOM LP5B LP       -0.110
  1350. ATOM LPX5 LP         0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1351.  
  1352. BOND C1 H11  C1 H12  C1 H13
  1353. BOND C1 O2   O2 C3
  1354. BOND C3 H31  C3 H32  C3 C4
  1355. BOND C4 H41  C4 H42
  1356. BOND C4 O5   O5 C6
  1357. BOND C6 H61  C6 H62  C6 H63
  1358. BOND O2 LP2A O2 LP2B C1 LP2A C1 LP2B C3 LP2A C3 LP2B
  1359. BOND O2 LPX2 C1 LPX2 C3 LPX2
  1360. BOND O5 LP5A O5 LP5B C4 LP5A C4 LP5B C6 LP5A C6 LP5B
  1361. BOND O5 LPX5 C4 LPX5 C6 LPX5
  1362.  
  1363. LONEPAIR bisector LP2A O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1364. LONEPAIR bisector LP2B O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1365. LONEPAIR bisector LPX2 O2 C1 C3 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1366. ANISOTROPY O2 LPX2 LP2A LP2B A11 0.8889  A22 1.2222
  1367.  
  1368. LONEPAIR bisector LP5A O5 C4 C6 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1369. LONEPAIR bisector LP5B O5 C4 C6 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1370. LONEPAIR bisector LPX5 O5 C4 C6 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1371. ANISOTROPY O5 LPX5 LP5A LP5B A11 0.8889  A22 1.2222
  1372.  
  1373. !! IC for DME ttt conformer MP2/6-31G(d) opt.
  1374. IC  C1     O2    C3      C4         1.4177  111.45 -180.00  106.95   1.5133
  1375. IC  H11    C1    O2      C3         1.0906  106.80  180.00  111.45   1.4180
  1376. IC  O2     C3    C4      O5         1.4180  106.95  180.00  106.95   1.4180
  1377. IC  C3     C4    O5      C6         1.5133  106.95 -180.00  111.45   1.4177
  1378. IC  C4     O5    C6      H61        1.4180  111.45  180.00  106.80   1.0906
  1379. IC  H11    O2    *C1     H12        1.0906  106.80  119.29  111.35   1.0986
  1380. IC  H11    O2    *C1     H13        1.0906  106.80 -119.29  111.35   1.0986
  1381. IC  C4     O2    *C3     H31        1.5133  106.95 -119.86  111.19   1.1001
  1382. IC  H31    O2    *C3     H32        1.1001  111.19 -120.27  111.19   1.1001
  1383. IC  O5     C3    *C4     H41        1.4180  106.95 -120.75  109.80   1.1001
  1384. IC  H41    C3    *C4     H42        1.1001  109.80 -118.49  109.80   1.1001
  1385. IC  H61    O5    *C6     H62        1.0906  106.80  119.29  111.35   1.0986
  1386. IC  H61    O5    *C6     H63        1.0906  106.80 -119.29  111.35   1.0986
  1387. patc firs none last none
  1388.  
  1389. RESI MPET           0.00  ! Methyl Propyl Ether, 9/29/06 viv
  1390. !
  1391. !        H11       H31  H41  H51
  1392. !         |         |    |    |
  1393. !  H11 - C1 - O2 - C3 - C4 - C5 - H53
  1394. !         |         |    |    |
  1395. !        H12       H32  H42  H52
  1396. !
  1397. GROUP
  1398. ATOM C1   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1399. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1400. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1401. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1402. ATOM O2   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1403. ATOM C3   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1404. ATOM H31  HDA2A     0.054
  1405. ATOM H32  HDA2A     0.054
  1406. ATOM C4   CD32A    -0.108  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1407. ATOM H41  HDA2A     0.054
  1408. ATOM H42  HDA2A     0.054
  1409. ATOM C5   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1410. ATOM H51  HDA3A     0.054
  1411. ATOM H52  HDA3A     0.054
  1412. ATOM H53  HDA3A     0.054
  1413. ATOM LP2A LP       -0.110
  1414. ATOM LP2B LP       -0.110
  1415. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1416.  
  1417. BOND C1 H11  C1 H12  C1 H13  C1 O2
  1418. BOND O2 C3   C3 H31  C3 H32  C3 C4
  1419. BOND C4 H41  C4 H42  C4 C5
  1420. BOND C5 H51  C5 H52  C5 H53
  1421. BOND O2 LP2A O2 LP2B C1 LP2A C1 LP2B C3 LP2A C3 LP2B
  1422. BOND O2 LPX  C1 LPX  C3 LPX
  1423.  
  1424. LONEPAIR bisector LP2A O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1425. LONEPAIR bisector LP2B O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1426. LONEPAIR bisector LPX  O2 C1 C3 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1427. ANISOTROPY O2 LPX LP2A LP2B A11 0.8889  A22 1.2222
  1428.  
  1429. !! IC for MPET tt conformer MP2/6-31G(d) opt.
  1430. IC   C1    O2   C3    C4    1.4167  111.53  180.00  108.22   1.5159
  1431. IC   O2    C3   C4    C5    1.4196  108.22  180.00  112.12   1.5264
  1432. IC   H11   C1   O2    C3    1.0991  111.47  -60.71  111.53   1.4196
  1433. IC   C3    C4   C5    H51   1.5159  112.12   60.05  111.12   1.0944
  1434. IC   H11   O2   *C1   H12   1.0991  111.47 -119.29  106.86   1.0908
  1435. IC   H11   O2   *C1   H13   1.0991  111.47  121.42  111.47   1.0991
  1436. IC   C4    O2   *C3   H31   1.5159  108.22 -120.91  110.25   1.1031
  1437. IC   H31   O2   *C3   H32   1.1031  110.25 -118.17  110.25   1.1031
  1438. IC   C5    C3   *C4   H41   1.5264  112.12 -122.18  108.33   1.0947
  1439. IC   H41   C3   *C4   H42   1.0947  108.33 -115.64  108.33   1.0947
  1440. IC   H51   C4   *C5   H52   1.0944  111.12 -120.11  111.12   1.0944
  1441. IC   H51   C4   *C5   H53   1.0944  111.12  119.95  111.05   1.0931
  1442. patc firs none last none
  1443.  
  1444. RESI MBET             0.00  ! Methyl Butyl Ether, 9/30/06 viv
  1445. !
  1446. !        H11       H31  H41  H51  H6A
  1447. !         |         |    |    |    |
  1448. !  H11 - C1 - O2 - C3 - C4 - C5 - C6 - H6C
  1449. !         |         |    |    |    |
  1450. !        H12       H32  H42  H52  H6B
  1451. !
  1452. GROUP
  1453. ATOM C1   CD33A    -0.052  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1454. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1455. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1456. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1457. ATOM O2   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1458. ATOM C3   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1459. ATOM H31  HDA2A     0.054
  1460. ATOM H32  HDA2A     0.054
  1461. ATOM C4   CD32A    -0.108  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1462. ATOM H41  HDA2A     0.054
  1463. ATOM H42  HDA2A     0.054
  1464. ATOM C5   CD32A    -0.108  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1465. ATOM H51  HDA2A     0.054
  1466. ATOM H52  HDA2A     0.054
  1467. ATOM C6   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1468. ATOM H61  HDA3A     0.054
  1469. ATOM H62  HDA3A     0.054
  1470. ATOM H63  HDA3A     0.054
  1471. ATOM LP2A LP       -0.110
  1472. ATOM LP2B LP       -0.110
  1473. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1474.  
  1475. BOND C1 H11  C1 H12  C1 H13  C1 O2
  1476. BOND O2 C3   C3 H31  C3 H32  C3 C4
  1477. BOND C4 H41  C4 H42  C4 C5
  1478. BOND C5 H51  C5 H52  C5 C6
  1479. BOND C6 H61  C6 H62  C6 H63
  1480. BOND O2 LP2A O2 LP2B C1 LP2A C1 LP2B C3 LP2A C3 LP2B
  1481. BOND O2 LPX  C1 LPX  C3 LPX
  1482.  
  1483. LONEPAIR bisector LP2A O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1484. LONEPAIR bisector LP2B O2 C1 C3 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1485. LONEPAIR bisector LPX  O2 C1 C3 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1486. ANISOTROPY O2 LPX LP2A LP2B A11 0.8889  A22 1.2222
  1487.  
  1488. !! IC for MBET ttt conformer MP2/6-31G(d) opt.
  1489. IC   C1    O2   C3    C4    1.4167  111.49 -180.00  108.17   1.5161
  1490. IC   H11   C1   O2    C3    1.0908  106.86 -180.00  111.49   1.4201
  1491. IC   O2    C3   C4    C5    1.4201  108.17 -180.00  112.65   1.5270
  1492. IC   C3    C4   C5    C6    1.5161  112.65 -180.00  112.43   1.5265
  1493. IC   C4    C5   C6    H61   1.5270  112.43  -59.80  110.80   1.0942
  1494. IC   H11   O2   *C1   H12   1.0908  106.86 -119.29  111.47   1.0991
  1495. IC   H11   O2   *C1   H13   1.0908  106.86  119.29  111.47   1.0992
  1496. IC   C4    O2   *C3   H31   1.5161  108.17 -120.93  110.21   1.1030
  1497. IC   H31   O2   *C3   H32   1.1030  110.21 -118.13  110.21   1.1030
  1498. IC   C5    C3   *C4   H41   1.5270  112.65 -122.13  108.47   1.0960
  1499. IC   H41   C3   *C4   H42   1.0960  108.47 -115.75  108.47   1.0960
  1500. IC   C6    C4   *C5   H51   1.5265  112.43 -121.91  109.41   1.0972
  1501. IC   H51   C4   *C5   H52   1.0972  109.41 -116.18  109.41   1.0972
  1502. IC   H61   C5   *C6   H62   1.0942  110.80 -120.20  111.41   1.0938
  1503. IC   H61   C5   *C6   H63   1.0942  110.80  119.61  110.80   1.0942
  1504. patc firs none last none
  1505.  
  1506. RESI EPET            0.00 ! Ethyl Propyl Ether, viv
  1507. !
  1508. !       H11  H21      H41  H51   H61
  1509. !       |    |         |    |    |
  1510. ! H13 - C1 - C2 - O3 - C4 - C5 - C6 - H63
  1511. !       |    |         |    |    |
  1512. !      H12  H22       H42  H52   H62
  1513. !
  1514. GROUP
  1515. ATOM C1   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1516. ATOM H11  HDA3A     0.054
  1517. ATOM H12  HDA3A     0.054
  1518. ATOM H13  HDA3A     0.054
  1519. ATOM C2   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1520. ATOM H21  HDA2A     0.054
  1521. ATOM H22  HDA2A     0.054
  1522. ATOM O3   OD30A     0.000  ALPHA -0.637  THOLE 1.3
  1523. ATOM C4   CD32A     0.002  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1524. ATOM H41  HDA2A     0.054
  1525. ATOM H42  HDA2A     0.054
  1526. GROUP
  1527. ATOM C5   CD32A    -0.108  ALPHA -1.156  THOLE 1.3
  1528. ATOM H51  HDA2A     0.054
  1529. ATOM H52  HDA2A     0.054
  1530. GROUP
  1531. ATOM C6   CD33A    -0.162  ALPHA -1.436  THOLE 1.3
  1532. ATOM H61  HDA3A     0.054
  1533. ATOM H62  HDA3A     0.054
  1534. ATOM H63  HDA3A     0.054
  1535. ATOM LP3A LP       -0.110
  1536. ATOM LP3B LP       -0.110
  1537. ATOM LPX  LP        0.00 !dummy for anisotropic polarizability
  1538.  
  1539. BOND C1 C2   C2 O3   O3 C4
  1540. BOND C4 C5   C5 C6
  1541. BOND C1 H11  C1 H12  C1 H13
  1542. BOND C2 H21  C2 H22
  1543. BOND C4 H41  C4 H42
  1544. BOND C5 H51  C5 H52
  1545. BOND C6 H61  C6 H62  C6 H63
  1546. BOND O3 LP3A O3 LP3B C2 LP3A C2 LP3B C4 LP3A C4 LP3B
  1547. BOND O3 LPX  C2 LPX  C4 LPX
  1548.  
  1549. LONEPAIR bisector LP3A O3 C2 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe  90.0
  1550. LONEPAIR bisector LP3B O3 C2 C4 distance 0.35 angle 110.0 dihe 270.0
  1551. LONEPAIR bisector LPX  O3 C2 C4 distance 0.10 angle   0.0 dihe   0.0
  1552. ANISOTROPY O3 LPX LP3A LP3B A11 0.8889  A22 1.2222
  1553.  
  1554. !! IC for EPET ttt conformer MP2/6-31G(d) opt.
  1555. IC   C1    C2   O3    C4    1.5140  107.70  180.00  112.04   1.4204
  1556. IC   H11   C1   C2    O3    1.0938  110.62  180.00  107.70   1.4216
  1557. IC   C2    O3   C4    C5    1.4216  112.04  180.00  108.18   1.5162
  1558. IC   O3    C4   C5    C6    1.4204  108.18  180.00  112.13   1.5264
  1559. IC   C4    C5   C6    H61   1.5162  112.13  -60.05  111.11   1.0944
  1560. IC   H11   C2   *C1   H12   1.0938  110.62 -120.23  110.08   1.0920
  1561. IC   H11   C2   *C1   H13   1.0938  110.62  120.23  110.08   1.0920
  1562. IC   O3    C1   *C2   H21   1.4216  107.70  120.47  110.86   1.1015
  1563. IC   O3    C1   *C2   H22   1.4216  107.70 -120.47  110.86   1.1015
  1564. IC   C5    O3   *C4   H41   1.5162  108.18 -120.89  110.26   1.1029
  1565. IC   C5    O3   *C4   H42   1.5162  108.18  120.89  110.26   1.1029
  1566. IC   C6    C4   *C5   H51   1.5264  112.13 -122.18  108.33   1.0948
  1567. IC   C6    C4   *C5   H52   1.5264  112.13  122.18  108.33   1.0948
  1568. IC   H61   C5   *C6   H62   1.0944  111.11 -119.95  111.06   1.0931
  1569. IC   H61   C5   *C6   H63   1.0944  111.11  120.10  111.11   1.0944
  1570. patc firs none last none
  1571.  
  1572. !! Miscelaneous compounds
  1573.  
  1574. RESI DUM        0.00 ! DUMMY ATOM
  1575. GROUP
  1576. ATOM DUM DUM    0.00
  1577. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1578.  
  1579. RESI HE         0.00 ! helium
  1580. GROUP
  1581. ATOM HE    HED  0.00  ALPHA -0.205
  1582. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1583.  
  1584. RESI NE         0.00 ! neon
  1585. GROUP
  1586. ATOM NE    NED  0.00  ALPHA -0.396
  1587. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1588.  
  1589. RESI HE1        0.00 ! helium
  1590. GROUP
  1591. ATOM HE01 HED   0.00  ALPHA -0.205
  1592. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1593.  
  1594. RESI NE1       0.00 ! neon
  1595. GROUP
  1596. ATOM NE01  NED 0.00   ALPHA -0.396
  1597. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1598.  
  1599. !! Aromatics
  1600.  
  1601. RESI BENZ         0.00  ! benzene, adm jr.
  1602. !
  1603. !            HD1  HE1
  1604. !             |    |
  1605. !            CD1--CE1
  1606. !            /      \
  1607. !       HG--CG      CZ--HZ
  1608. !            \      /
  1609. !            CD2--CE2
  1610. !             |    |
  1611. !            HD2  HE2
  1612. !
  1613. GROUP
  1614. ATOM CG   CD2R6A   -0.08   ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1615. ATOM HG   HDR6A     0.08
  1616. ATOM CD1  CD2R6A   -0.08   ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1617. ATOM HD1  HDR6A     0.08
  1618. ATOM CD2  CD2R6A   -0.08   ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1619. ATOM HD2  HDR6A     0.08
  1620. ATOM CE1  CD2R6A   -0.08   ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1621. ATOM HE1  HDR6A     0.08
  1622. ATOM CE2  CD2R6A   -0.08   ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1623. ATOM HE2  HDR6A     0.08
  1624. ATOM CZ   CD2R6A   -0.08   ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1625. ATOM HZ   HDR6A     0.08
  1626. BOND CD1 CG CD2 CG CE1 CD1
  1627. BOND CE2 CD2 CZ CE1 CZ CE2
  1628. BOND CG HG CD1 HD1 CD2 HD2 CE1 HE1
  1629. BOND CE2 HE2 CZ HZ
  1630. IC CG   CD1  CE1  CZ    0.0000  0.0000   0.0000  0.0000  0.0000
  1631. IC CD1  CE1  CZ   CE2   0.0000  0.0000   0.0000  0.0000  0.0000
  1632. IC CE1  CZ   CE2  CD2   0.0000  0.0000   0.0000  0.0000  0.0000
  1633. IC CD1  CD2  *CG  HG    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000
  1634. IC CE1  CG   *CD1 HD1   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000
  1635. IC CE2  CG   *CD2 HD2   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000
  1636. IC CZ   CD1  *CE1 HE1   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000
  1637. IC CZ   CD2  *CE2 HE2   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000
  1638. IC CE1  CE2  *CZ  HZ    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000
  1639. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1640.  
  1641. RESI TOLU         0.00   ! toluene
  1642. !
  1643. !                   HD1  HE1
  1644. !                    |    |
  1645. !         HB1       CD1--CE1
  1646. !            \     /        \
  1647. !        HB2-CB--CG         CZ--HZ
  1648. !            /     \        /
  1649. !         HB3       CD2--CE2
  1650. !                    |    |
  1651. !                   HD2  HE2
  1652. !
  1653. GROUP
  1654. ATOM CB   CD33A    -0.226  ALPHA -1.473  THOLE 1.3
  1655. ATOM HB1  HDA3A     0.079
  1656. ATOM HB2  HDA3A     0.079
  1657. ATOM HB3  HDA3A     0.079
  1658. ATOM CG   CD2R6A    0.036  ALPHA -0.875  THOLE 1.3
  1659. ATOM CD1  CD2R6A   -0.088  ALPHA -1.214  THOLE 1.3
  1660. ATOM HD1  HDR6A     0.099
  1661. ATOM CD2  CD2R6A   -0.088  ALPHA -1.214  THOLE 1.3
  1662. ATOM HD2  HDR6A     0.099
  1663. ATOM CE1  CD2R6A   -0.119  ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1664. ATOM HE1  HDR6A     0.098
  1665. ATOM CE2  CD2R6A   -0.119  ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1666. ATOM HE2  HDR6A     0.098
  1667. ATOM CZ   CD2R6A   -0.125  ALPHA -1.376  THOLE 1.3
  1668. ATOM HZ   HDR6A     0.098
  1669.  
  1670. BOND CD1 CG  CD2 CG  CE1 CD1
  1671. BOND CE2 CD2 CZ  CE1 CZ  CE2 CG  CB
  1672. BOND CD1 HD1 CD2 HD2 CE1 HE1
  1673. BOND CE2 HE2 CZ HZ
  1674. BOND CB  HB1 CB HB2 CB HB3
  1675. IC CG   CD1  CE1  CZ    0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
  1676. IC CD1  CE1  CZ   CE2   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
  1677. IC CE1  CZ   CE2  CD2   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
  1678. IC CD1  CD2  *CG  CB    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1679. IC CE1  CG   *CD1 HD1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1680. IC CE2  CG   *CD2 HD2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1681. IC CZ   CD1  *CE1 HE1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1682. IC CZ   CD2  *CE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1683. IC CE1  CE2  *CZ  HZ    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1684. IC CD1  CG   CB   HB1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  1685. IC CG   HB1  *CB  HB2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  1686. IC CG   HB1  *CB  HB3   0.0000  0.0000 -120.0000  0.0000  0.0000
  1687. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  1688. !
  1689.  
  1690. !!alcohols
  1691. RESI MEOH         0.00 ! methanol, va
  1692. !
  1693. !  H1A
  1694. !     \
  1695. ! H1B--C1--O1
  1696. !     /      \
  1697. !  H1C       HO1
  1698. !
  1699. GROUP
  1700. ATOM C1   CD33B    -0.140  ALPHA -1.000  THOLE 1.3
  1701. ATOM O1   OD31A     0.000  ALPHA -1.028  THOLE 1.3
  1702. ATOM HO1  HDP1A     0.360
  1703. ATOM H1A  HDA3B     0.080
  1704. ATOM H1B  HDA3B     0.080
  1705. ATOM H1C  HDA3B     0.080
  1706. ATOM LP1A LP       -0.230
  1707. ATOM LP1B LP       -0.230
  1708.  
  1709. BOND C1  O1   O1 HO1
  1710. BOND C1  H1A  C1 H1B  C1  H1C
  1711. BOND O1  LP1A O1 LP1B C1  LP1A C1 LP1B
  1712.  
  1713. LONEPAIR relative LP1A O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.9 dihe  91.0
  1714. LONEPAIR relative LP1B O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.9 dihe 269.0
  1715. ANISOTROPY O1 C1 LP1A LP1B A11 0.8108 A22 1.2162
  1716.  
  1717. !use ic generate
  1718. IC HO1  O1   C1   H1A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1719. IC HO1  H1A  *C1   O1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1720. IC H1A  O1   *C1  H1B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1721. IC H1A  O1   *C1  H1C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1722.  
  1723. RESI ETOH        0.00 ! ethanol, adm jr.
  1724. !
  1725. !  H2A  H1A  H1B
  1726. !     \   \  /
  1727. ! H2B--C2--C1
  1728. !     /      \
  1729. !  H2C        O1--HO1
  1730. !
  1731. GROUP
  1732. ATOM C1   CD32A    -0.060  ALPHA -1.000  THOLE 1.3
  1733. ATOM O1   OD31A     0.000  ALPHA -1.028  THOLE 1.3
  1734. ATOM HO1  HDP1A     0.360
  1735. ATOM H1A  HDA2A     0.080
  1736. ATOM H1B  HDA2A     0.080
  1737. ATOM C2   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1738. ATOM H2A  HDA3A     0.060
  1739. ATOM H2B  HDA3A     0.060
  1740. ATOM H2C  HDA3A     0.060
  1741. ATOM LP1A LP       -0.230
  1742. ATOM LP1B LP       -0.230
  1743.  
  1744. BOND C1  C2   C1  O1   C1  H1A  C1  H1B  O1  HO1
  1745. BOND C2  H2A  C2  H2B  C2  H2C
  1746. BOND O1  LP1A O1  LP1B C1  LP1A C1 LP1B
  1747.  
  1748. LONEPAIR relative LP1A O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.0 dihe  91.0
  1749. LONEPAIR relative LP1B O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.0 dihe 269.0
  1750. ANISOTROPY O1 C1 LP1A LP1B A11 0.8108 A22 1.2162
  1751.  
  1752. IC HO1  O1   C1   C2         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1753. IC C2   O1   *C1  H1A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1754. IC C2   O1   *C1  H1B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1755. IC O1   C1   C2   H2A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1756. IC H2A  C1   *C2  H2B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1757. IC H2A  C1   *C2  H2C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1758.  
  1759. RESI PRO1        0.00
  1760. !
  1761. !       H3A  H2A  H1A H1B
  1762. !         \   \   \  /
  1763. !     H3B--C3--C2--C1
  1764. !         /   /      \
  1765. !       H3C  H2B      O1--HO1
  1766. !
  1767. GROUP
  1768. ATOM C1   CD32A    -0.060  ALPHA -1.000  THOLE 1.3
  1769. ATOM O1   OD31B     0.000  ALPHA -1.028  THOLE 1.3
  1770. ATOM HO1  HDP1A     0.360
  1771. ATOM H1A  HDA2A     0.080
  1772. ATOM H1B  HDA2A     0.080
  1773. GROUP
  1774. ATOM C2   CD32A    -0.120  ALPHA -1.200  THOLE 1.3
  1775. ATOM H2A  HDA2A     0.060
  1776. ATOM H2B  HDA2A     0.060
  1777. GROUP
  1778. ATOM C3   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1779. ATOM H3A  HDA3A     0.060
  1780. ATOM H3B  HDA3A     0.060
  1781. ATOM H3C  HDA3A     0.060
  1782. ATOM LP1A LP       -0.230
  1783. ATOM LP1B LP       -0.230
  1784.  
  1785. BOND C1  C2   C1  O1   C1  H1A  C1  H1B  O1  HO1
  1786. BOND C2  H2A  C2  H2B  C2  C3
  1787. BOND C3  H3A  C3  H3B  C3  H3C
  1788. BOND O1  LP1A O1  LP1B C1  LP1A C1 LP1B
  1789.  
  1790. LONEPAIR relative LP1A O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.0 dihe  91.0
  1791. LONEPAIR relative LP1B O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.0 dihe 269.0
  1792. ANISOTROPY O1 C1 LP1A LP1B A11 0.8108 A22 1.2162
  1793.  
  1794. IC HO1  O1   C1   C2         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1795. IC O1   C1   C2   C3         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1796. IC C2   O1   *C1  H1A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1797. IC C2   O1   *C1  H1B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1798. IC C3   C1   *C2  H2A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1799. IC C3   C1   *C2  H2B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1800. IC C1   C2   C3   H3A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1801. IC H3A  C2   *C3  H3B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1802. IC H3A  C2   *C3  H3C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1803.  
  1804. RESI BUO1         0.00
  1805. !
  1806. !      H4A H3A H2A H1A H1B
  1807. !        \   \   \   \ /
  1808. !    H4B--C4--C3--C2--C1
  1809. !        /   /   /     \
  1810. !      H4C H3B H2B      O1--HO1
  1811. !
  1812. GROUP
  1813. ATOM C1   CD32A    -0.060  ALPHA -1.000  THOLE 1.3
  1814. ATOM O1   OD31B     0.000  ALPHA -1.028  THOLE 1.3
  1815. ATOM HO1  HDP1A     0.360
  1816. ATOM H1A  HDA2A     0.080
  1817. ATOM H1B  HDA2A     0.080
  1818. GROUP
  1819. ATOM C2   CD32A    -0.120  ALPHA -1.200  THOLE 1.3
  1820. ATOM H2A  HDA2A     0.060
  1821. ATOM H2B  HDA2A     0.060
  1822. GROUP
  1823. ATOM C3   CD32A    -0.120  ALPHA -1.200  THOLE 1.3
  1824. ATOM H3A  HDA2A     0.060
  1825. ATOM H3B  HDA2A     0.060
  1826. GROUP
  1827. ATOM C4   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1828. ATOM H4A  HDA3A     0.060
  1829. ATOM H4B  HDA3A     0.060
  1830. ATOM H4C  HDA3A     0.060
  1831. ATOM LP1A LP       -0.230
  1832. ATOM LP1B LP       -0.230
  1833.  
  1834. BOND C1  C2   C1  O1   C1  H1A  C1  H1B  O1  HO1
  1835. BOND C2  H2A  C2  H2B  C2  C3
  1836. BOND C3  H3A  C3  H3B  C3  C4
  1837. BOND C4  H4A  C4  H4B  C4  H4C
  1838. BOND O1  LP1A O1  LP1B C1  LP1A C1 LP1B
  1839.  
  1840. LONEPAIR relative LP1A O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.0 dihe  91.0
  1841. LONEPAIR relative LP1B O1 C1 HO1 distance 0.35 angle 110.0 dihe 269.0
  1842. ANISOTROPY O1 C1 LP1A LP1B A11 0.8108 A22 1.2162
  1843.  
  1844. IC HO1  O1   C1   C2         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1845. IC O1   C1   C2   C3         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1846. IC C1   C2   C3   C4         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1847. IC C2   O1   *C1  H1A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1848. IC C2   O1   *C1  H1B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1849. IC C3   C1   *C2  H2A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1850. IC C3   C1   *C2  H2B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1851. IC C4   C2   *C3  H3A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1852. IC C4   C2   *C3  H3B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1853. IC C2   C3   C4   H4A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1854. IC H4A  C3   *C4  H4B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1855. IC H4A  C3   *C4  H4C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1856.  
  1857. RESI PRO2         0.00 ! 2-propanol, adm jr.
  1858. !
  1859. !  H1B  H1C  H3C H3B
  1860. !     \ /      \ /
  1861. ! H1A--C1      C3--H3A
  1862. !        \    /
  1863. !          C2
  1864. !        /    \
  1865. !      O2     H2A
  1866. !       |
  1867. !      HO2
  1868. !
  1869. GROUP
  1870. ATOM C2   CD31A     0.000  ALPHA -1.000  THOLE 1.3
  1871. ATOM O2   OD31A     0.000  ALPHA -1.028  THOLE 1.3
  1872. ATOM HO2  HDP1A     0.360
  1873. ATOM H2A  HDA1A     0.100
  1874. GROUP
  1875. ATOM C1   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1876. ATOM H1A  HDA3A     0.060
  1877. ATOM H1B  HDA3A     0.060
  1878. ATOM H1C  HDA3A     0.060
  1879. GROUP
  1880. ATOM C3   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1881. ATOM H3A  HDA3A     0.060
  1882. ATOM H3B  HDA3A     0.060
  1883. ATOM H3C  HDA3A     0.060
  1884. ATOM LP2A LP       -0.230
  1885. ATOM LP2B LP       -0.230
  1886.  
  1887. BOND C1  C2   C2  C3   C2  O2   C2  H2A  O2  HO2
  1888. BOND C1  H1A  C1  H1B  C1  H1C  C3  H3A  C3  H3B  C3  H3C
  1889. BOND O2  LP2A O2  LP2B C2  LP2A C2  LP2B
  1890.  
  1891. LONEPAIR relative LP2A O2 C2 HO2 distance 0.35 angle 110.0 dihe  91.0
  1892. LONEPAIR relative LP2B O2 C2 HO2 distance 0.35 angle 110.0 dihe 269.0
  1893. ANISOTROPY O2 C2 LP2A LP2B A11 0.8108 A22 1.2162
  1894.  
  1895. IC HO2  O2   C2   H2A        0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000
  1896. IC H2A  O2   *C2  C1         0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1897. IC H2A  O2   *C2  C3         0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1898. IC O2   C2   C1   H1A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1899. IC H1A  C2   *C1  H1B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1900. IC H1A  C2   *C1  H1C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1901. IC O2   C2   C3   H3A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1902. IC H3A  C2   *C3  H3B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1903. IC H3A  C2   *C3  H3C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1904.  
  1905. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  1906.  
  1907. RESI BUO2           0.00 ! 2-butanol, va
  1908. !
  1909. !  H1B  H1C  H3A H3B  H4A
  1910. !     \ /      \ /   /
  1911. ! H1A--C1      C3---C4--H4B
  1912. !        \    /      \
  1913. !          C2         H4C
  1914. !         /  \
  1915. !        O2   H2A
  1916. !        |
  1917. !        HO2
  1918. !
  1919. GROUP
  1920. ATOM C2   CD31A     0.000  ALPHA -1.000  THOLE 1.3
  1921. ATOM O2   OD31A     0.000  ALPHA -1.028  THOLE 1.3
  1922. ATOM HO2  HDP1A     0.360
  1923. ATOM H2A  HDA1A     0.100
  1924. GROUP
  1925. ATOM C1   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1926. ATOM H1A  HDA3A     0.060
  1927. ATOM H1B  HDA3A     0.060
  1928. ATOM H1C  HDA3A     0.060
  1929. GROUP
  1930. ATOM C3   CD32A    -0.120  ALPHA -1.200  THOLE 1.3
  1931. ATOM H3A  HDA2A     0.060
  1932. ATOM H3B  HDA2A     0.060
  1933. GROUP
  1934. ATOM C4   CD33A    -0.180  ALPHA -1.400  THOLE 1.3
  1935. ATOM H4A  HDA3A     0.060
  1936. ATOM H4B  HDA3A     0.060
  1937. ATOM H4C  HDA3A     0.060
  1938. ATOM LP2A LP       -0.230
  1939. ATOM LP2B LP       -0.230
  1940.  
  1941. BOND C1  C2   C2  C3   C2  O2   C2  H2A  O2  HO2
  1942. BOND C1  H1A  C1  H1B  C1  H1C  C3  H3A  C3  H3B  C3  C4
  1943. BOND C4  H4A  C4  H4B  C4  H4C
  1944. BOND O2  LP2A O2  LP2B C2  LP2A C2  LP2B
  1945.  
  1946. LONEPAIR relative LP2A O2 C2 HO2 distance 0.35 angle 110.0 dihe  91.0
  1947. LONEPAIR relative LP2B O2 C2 HO2 distance 0.35 angle 110.0 dihe 269.0
  1948. ANISOTROPY O2 C2 LP2A LP2B A11 0.8108 A22 1.2162
  1949.  
  1950. IC HO2  O2   C2   H2A        0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000
  1951. IC H2A  O2   *C2  C1         0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1952. IC H2A  O2   *C2  C3         0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1953. IC O2   C2   C3   C4         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1954. IC O2   C2   C1   H1A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1955. IC H1A  C2   *C1  H1B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1956. IC H1A  C2   *C1  H1C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1957. IC C4   C2   *C3  H3A        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1958. IC C4   C2   *C3  H3B        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1959. IC C2   C3   C4   H4A        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1960. IC H4A  C3   *C4  H4B        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  1961. IC H4A  C3   *C4  H4C        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  1962.  
  1963. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  1964.  
  1965. RESI ACEM          0.00 ! acetamide, adm jr.
  1966. !
  1967. !  HL1           Ht (trans to O)
  1968. !     \         /
  1969. ! HL2--CL--C---N
  1970. !     /    ||   \
  1971. !  HL3     O     Hc (cis to O)
  1972. !
  1973. GROUP
  1974. ATOM CL   CD33A    -0.210   ALPHA -1.384  THOLE 1.186
  1975. ATOM C    CD2O1A    0.749   ALPHA -1.045  THOLE 0.452
  1976. ATOM N    ND2A1    -0.687   ALPHA -1.456  THOLE 1.521
  1977. ATOM Hc   HDP1A     0.346
  1978. ATOM Ht   HDP1A     0.289
  1979. ATOM O    OD2C1A   -0.001   ALPHA -0.870  THOLE 1.711
  1980. ATOM HL1  HDA3A     0.040
  1981. ATOM HL2  HDA3A     0.040
  1982. ATOM HL3  HDA3A     0.040
  1983. ATOM LPA  LP       -0.376
  1984. ATOM LPB  LP       -0.230
  1985.  
  1986. BOND  C   N   N   Hc  N   Ht   C   O
  1987. BOND  C   CL  CL  HL1 CL  HL2  CL  HL3
  1988. BOND  O   LPA O   LPB C   LPA  C   LPB
  1989. IMPR  C  CL N  O
  1990. IMPR  N  HC HT C
  1991.  
  1992. LONEPAIR relative LPA O C CL distance 0.30 angle 91.0 dihe 0.0
  1993. LONEPAIR relative LPB O C N  distance 0.30 angle 91.0 dihe 0.0
  1994. ANISOTROPY O C CL N  A11 0.6968  A22 1.2194
  1995.  
  1996. IC N    C   CL  HL1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1997. IC HL1  CL  C   O          0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000
  1998. IC CL   C   N   HC         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  1999. IC HC   C   *N  HT         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2000. IC HL1  C   *CL HL2        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  2001. IC HL1  C   *CL HL3        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  2002.  
  2003. RESI NMA           0.00 ! N-methylacetamide
  2004. !
  2005. !  Hl1           H
  2006. !     \         /
  2007. ! Hl2--CL--C---N
  2008. !     /    ||   \
  2009. !  Hl3     O     Cc--Hc3  (typically cis to O)
  2010. !               /  \
  2011. !             Hc1  Hc2
  2012. !
  2013. GROUP
  2014. ATOM CL   CD33A    -0.279   ALPHA -1.759  THOLE 0.219
  2015. ATOM HL1  HDA3A     0.053
  2016. ATOM HL2  HDA3A     0.053
  2017. ATOM HL3  HDA3A     0.053
  2018. ATOM C    CD2O1A    0.630   ALPHA -1.104  THOLE 1.073
  2019. ATOM O    OD2C1A   -0.008   ALPHA -0.819  THOLE 1.123
  2020. ATOM N    ND2A2    -0.428   ALPHA -1.263  THOLE 1.088
  2021. ATOM H    HDP1A     0.301
  2022. ATOM CC   CD33A    -0.060   ALPHA -1.411  THOLE 0.219
  2023. ATOM HC1  HDA3A     0.087
  2024. ATOM HC2  HDA3A     0.087
  2025. ATOM HC3  HDA3A     0.087
  2026. ATOM LPA  LP       -0.316
  2027. ATOM LPB  LP       -0.260
  2028.  
  2029. BOND  HL1 CL   HL2 CL   HL3 CL
  2030. BOND  CL  C    C   N    N   CC
  2031. BOND  C   O    N   H          
  2032. BOND  HC1 CC   HC2 CC   HC3 CC
  2033. BOND  O LPA  O LPB C LPA C LPB
  2034. IMPR  C  CL N  O
  2035.  
  2036. LONEPAIR relative LPA O C CL distance 0.30 angle 91.0 dihe 0.0
  2037. LONEPAIR relative LPB O C N  distance 0.30 angle 91.0 dihe 0.0
  2038. ANISOTROPY O C CL N  A11 0.6968  A22 1.2194
  2039.  
  2040. IC N    C   CL   HL1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2041. IC HL1  CL  C    O          0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000
  2042. IC CL   C   N    CC         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2043. IC CC   C   *N   H          0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2044. IC HL1  C   *CL  HL2        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  2045. IC HL1  C   *CL  HL3        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  2046. IC C    N   CC   HC1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2047. IC HC1  N   *CC  HC2        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  2048. IC HC1  N   *CC  HC3        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  2049.  
  2050. RESI DMA            0.00 ! N,N-dimethylacetamide, Ed Harder
  2051. !
  2052. !             Ht1 Ht2
  2053. !               \  /
  2054. !  Hl1           Ct--Ht3  (trans to O)
  2055. !     \         /
  2056. ! Hl2--CL--C---N
  2057. !     /    ||   \
  2058. !  Hl3     O     Cc--Hc3  (cis to O)
  2059. !               /  \
  2060. !             Hc1  Hc2
  2061. !
  2062. GROUP
  2063. ATOM CL   CD33A    -0.194   ALPHA -1.684  THOLE 0.812
  2064. ATOM HL1  HDA3A     0.038
  2065. ATOM HL2  HDA3A     0.038
  2066. ATOM HL3  HDA3A     0.038
  2067. ATOM C    CD2O1A    0.538   ALPHA -1.064  THOLE 1.010
  2068. ATOM O    OD2C1A   -0.010   ALPHA -0.870  THOLE 1.248
  2069. ATOM N    ND2A3    -0.307   ALPHA -1.008  THOLE 1.319
  2070. ATOM Ct   CD33A     0.063   ALPHA -1.426  THOLE 0.812
  2071. ATOM Ht1  HDA3A     0.053
  2072. ATOM Ht2  HDA3A     0.053
  2073. ATOM Ht3  HDA3A     0.053
  2074. ATOM Cc   CD33A     0.033   ALPHA -1.328  THOLE 0.812
  2075. ATOM Hc1  HDA3A     0.050
  2076. ATOM Hc2  HDA3A     0.050
  2077. ATOM Hc3  HDA3A     0.050
  2078. ATOM LPA  LP       -0.287
  2079. ATOM LPB  LP       -0.259
  2080.  
  2081. BOND  CL  C    C    O   C   N   N   Ct  N   Cc
  2082. BOND  HL1 CL   HL2 CL   HL3 CL
  2083. BOND  Hc1 Cc   Hc2 Cc   Hc3 Cc
  2084. BOND  Ht1 Ct   Ht2 Ct   Ht3 Ct
  2085. BOND  O   LPA  O   LPB  C   LPA C LPB
  2086. IMPR  C  CL N  O
  2087.  
  2088. LONEPAIR relative LPA O C CL distance 0.30 angle 91.0 dihe 0.0
  2089. LONEPAIR relative LPB O C N  distance 0.30 angle 91.0 dihe 0.0
  2090. ANISOTROPY O C CL N  A11 0.6968  A22 1.2194
  2091.  
  2092. IC  N    C   CL   HL1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2093. IC  HL1  CL  C    O          0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000
  2094. IC  CL   C   N    CT         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2095. IC  CT   C   *N   CC         0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2096. IC  HL1  C   *CL  HL2        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  2097. IC  HL1  C   *CL  HL3        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  2098. IC  C    N   CT   HT1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2099. IC  HT1  N   *CT  HT2        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  2100. IC  HT1  N   *CT  HT3        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  2101. IC  C    N   CC   HC1        0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  2102. IC  HC1  N   *CC  HC2        0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
  2103. IC  HC1  N   *CC  HC3        0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000
  2104.  
  2105. end  !end of RTF
  2106.  
  2107. read para card !append
  2108. * Drude polarizable FF parameters
  2109. *
  2110.  
  2111. BONDS
  2112. !atom type      Kb       b0
  2113. !============================================
  2114.  
  2115. !SWM4-NDP parameters G. Lamoureux 2005
  2116. ODW   HDW      450.00      0.9572     ! SWM4, SWM4-NDP water, Guillaume 2005
  2117. HDW   HDW        0.00      1.5139     ! SWM4, SWM4-NDP water, Guillaume 2005
  2118. ODW   LP         0.00      0.24034492 ! SWM4, SWM4-NDP water, Guillaume 2005
  2119. ODW   DOH2     500.00      0.000      ! SWM4, SWM4-NDP water, Guillaume 2005
  2120. !! Alkane standard C27 parameeters. Not modified from original.
  2121. CD31A  HDA1A   309.00      1.111  ! IBUT, isobutane, alkanes, 4/98
  2122. CD32A  HDA2A   309.00      1.111  ! alkanes, 4/98
  2123. CD33A  HDA3A   322.00      1.111  ! alkanes, 4/98
  2124. CD33B  HDA3B   322.00      1.111  ! alkanes, 4/98, MEOH, methanol special case
  2125. CD30A  CD32A   222.50      1.538  ! alkanes, 10/98
  2126. CD30A  CD33A   222.50      1.538  ! NEOP, neopentane, 10/98
  2127. CD31A  CD31A   222.50      1.500  ! alkanes, 3/92
  2128. CD31A  CD32A   222.50      1.538  ! alkanes, 3/92
  2129. CD31A  CD33A   222.50      1.538  ! alkanes, 3/92
  2130. CD32A  CD32A   222.50      1.530  ! alkanes, 3/92
  2131. CD32A  CD33A   222.50      1.528  ! alkanes, 3/92
  2132. SD2C2A CD33A 218.00 1.832 ! MESH
  2133. SD2C2A LPR 0.00 0.000 ! MESH
  2134. SD2C2B CD32A 200.00 1.810 !
  2135. SD2C2B LPR 0.00 0.00 !
  2136.  
  2137. CD33A  CD33A   222.50      1.530  ! alkanes, 3/92
  2138. CD33B  CD33B   222.50      1.530  ! alkanes, 3/92, MEOH, methanol special case
  2139. !! ethers
  2140. CD32A    OD30A    360.00      1.415   ! DEET, diethylether, alex
  2141. CD33A    OD30A    360.00      1.415   ! DEET, diethylether, alex
  2142. CD325A   CD325A   195.00      1.548   ! CPEN, cyclopentane, viv
  2143. CD325A   HDA2R5   307.00      1.116   ! CPEN, cyclopentane, viv
  2144. CD325B   OD305A   350.00      1.425   ! THF, CSD/NDB survey, viv
  2145. CD325B   CD325B   195.00      1.518   ! THF, CSD/NDB survey, viv
  2146. CD325B   HDA2R5   307.00      1.100   ! THF, THF neutron diffr, viv
  2147. CD325B   CD33A    222.50      1.528   ! TF2M, 2-methyl-THF,viv
  2148. CD326A   HDA2A    309.00      1.111   ! THP, tetrahydropyran, viv
  2149. CD326A   CD326A   222.50      1.530   ! THP, tetrahydropyran, viv
  2150. CD326A   OD30A    360.00      1.415   ! THP, tetrahydropyran, viv
  2151. !! Ribose parameters. Not modified from original
  2152. CD33A    OD30B   340.0       1.437  ! DMPA, dimethylphosphate, cryst. survey geom., viv 10/03
  2153. CD32A    OD30B   340.0       1.440  ! DMPA, dimethylphosphate
  2154. OD30B    PD1A    250.0       1.602  ! DMPA, dimethylphosphate, adm jr pol, 12/01
  2155. OD2C2A   PD1A    530.0       1.492  ! DMPA, dimethylphosphate, adm jr pol, 12/01
  2156. !Aromatic group
  2157. CD2R6A CD2R6A  315.000     1.3650 ! BENZ, benzene, geom + freq, peml 2005  
  2158. HDR6A  CD2R6A  340.000     1.0800 ! BENZ, benzene, geom + freq, peml 2005
  2159. CD33A  CD2R6A  230.000     1.4900 ! TOLU, toluene, geom + freq, peml 2005
  2160. CD2R6A ND2R6A  420.000     1.3050 ! PYR, pyridine, geom + freq, peml 2005
  2161. CD2R6D ND2R6A  420.000     1.3050 ! PYRM, pyrimidine, geom + freq, peml 2006                
  2162. HDR6B  CD2R6D  340.000     1.0800 ! PYRM, pyrimidine, geom + freq, peml 2006
  2163. ! Imidazole
  2164. CD2R5A CD2R5A  410.000     1.3600 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006  
  2165. HDR5A  CD2R5B  340.000     1.0900 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2166. HDR5C  CD2R5A  365.000     1.0830 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2167. ND2R5A CD2R5A  400.000     1.3800 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2168. ND2R5A CD2R5B  400.000     1.3600 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2169. ND2R5A HDP1A   466.000     1.0000 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2170. ND2R5B CD2R5A  400.000     1.3800 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2171. ND2R5B CD2R5B  400.000     1.3200 ! IMID, imidazole, geom + freq, peml 2006
  2172. !
  2173. !Alcohols
  2174. OD31A   CD33B    430.000     1.4250 ! MEOH, methanol
  2175. OD31A   HDP1A    536.500     0.9700 ! MEOH, methanol
  2176. OD31B   HDP1A    536.500     0.9700 ! PRO1, 1-propanol
  2177. OD31A   CD32A    396.000     1.4250 ! ETOH, ethanol
  2178. OD31B   CD32A    396.000     1.4250 ! ETOH, ethanol
  2179. OD31A   CD31A    350.000     1.4400 ! PRO2, 2-propanol
  2180. !alcohols
  2181. !LP bonds
  2182. !LP    X           0.000     0.000
  2183. CD33B LP          0.000     0.000
  2184. DOH2  LP        500.000     0.0000
  2185. LP    OD31A       0.000     0.0000
  2186. LP    OD31B       0.000     0.0000
  2187. LP    CD31A       0.000     0.0000
  2188. LP    OD2C1A      0.000     0.0000
  2189. LP    CD2O1A      0.000     0.0000
  2190. LP    OD305A      0.000     0.000  ! lone pair correction for THF
  2191. LP    CD325B      0.000     0.000  ! lone pair correction for THF
  2192. LP    OD30A       0.000     0.000  ! lone pair correction for DEET
  2193. LP    CD32A       0.000     0.000  ! lone pair correction for DEET
  2194. DRUD     X        500.000
  2195. !
  2196. !Amides
  2197. ! NMA, N-methylacetamide
  2198. ND2A2    CD2O1A   370.000     1.3400 !
  2199. ND2A2    CD33A    330.000     1.4330 !
  2200. ND2A2    HDP1A    440.000     1.0250 !
  2201. OD2C1A   CD2O1A   623.000     1.2390 !
  2202. CD2O1A   CD33A    305.000     1.5170 !
  2203. ! ACEM, acetamide
  2204. ND2A1    CD2O1A   420.000     1.3500
  2205. ND2A1    HDP1A    480.000     1.0250
  2206. ! DMA, N,N-dimethylacetamide
  2207. ND2A3    CD2O1A   370.000     1.3100 !
  2208. ND2A3    CD33A    330.000     1.4500 !
  2209. ! ALAD, alanine dipeptide
  2210. ND2A2    CD31A    330.000     1.4330 !
  2211. CD2O1A   CD31A    305.000     1.5170 !
  2212.  
  2213.  
  2214. ANGLES
  2215. !atom types     Ktheta  Theta0   Kub     S0
  2216. !==================================================
  2217. !
  2218. HDW    ODW    HDW     55.000    104.52  ! SWM4-NDP water Guillaume 2005
  2219. !
  2220. HDA1A  CD31A  CD31A   34.500    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 3/92
  2221. HDA1A  CD31A  CD32A   34.500    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 3/92
  2222. HDA1A  CD31A  CD33A   34.500    110.10   22.53   2.179  ! IBUT, isobutane, alkane, 3/92
  2223. HDA2A  CD32A  CD30A   26.500    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98 ? need check
  2224. HDA2A  CD32A  CD31A   26.500    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98
  2225. HDA2A  CD32A  CD32A   26.500    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98
  2226. HDA2A  CD32A  CD33A   34.600    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98
  2227. HDA3A  CD33A  CD30A   33.430    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98 ? need check
  2228. HDA3A  CD33A  CD31A   33.430    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98
  2229. HDA3A  CD33A  CD32A   34.600    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98
  2230. HDA3A  CD33A  CD33A   37.500    110.10   22.53   2.179  ! alkane, 4/98
  2231. HDA2A  CD32A  HDA2A   35.50     109.00    5.40   1.802  ! alkane, 3/92
  2232. HDA3A  CD33A  HDA3A   35.50     108.40    5.40   1.802  ! alkane, 3/92
  2233. HDA3B  CD33B  HDA3B   35.50     108.40    5.40   1.802  ! alkane, 3/92, special for MEOH, methanol
  2234. CD30A  CD32A  CD32A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol ? need check
  2235. CD30A  CD32A  CD33A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol ? need check
  2236. CD31A  CD31A  CD31A   53.350    111.00    8.00   2.561  ! alkane, 3/92
  2237. CD31A  CD31A  CD32A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol
  2238. CD31A  CD31A  CD33A   53.350    108.50    8.00   2.561  ! alkane, 3/92
  2239. CD31A  CD32A  CD31A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol
  2240. CD31A  CD32A  CD32A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol
  2241. CD31A  CD32A  CD33A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol
  2242. CD32A  CD30A  CD32A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol ? need check
  2243. CD32A  CD31A  CD32A   58.350    113.50   11.16   2.561  ! glycerol
  2244. CD32A  CD32A  CD32A   58.350    113.60   11.16   2.561  ! alkane, 3/92
  2245. CD32A  CD32A  CD33A   58.000    115.00    8.00   2.561  ! alkane, 3/92
  2246. CD33A  CD30A  CD33A   53.350    114.00    8.00   2.561  ! alkane 3/2/92  ? need check
  2247. CD33A  CD31A  CD32A   53.350    114.00    8.00   2.561  ! alkane 3/2/92
  2248. CD33A  CD31A  CD33A   53.350    114.00    8.00   2.561  ! alkane 3/2/92
  2249. CD33A  CD32A  CD33A   53.350    114.00    8.00   2.561  ! alkane 3/2/92
  2250. !! ethers
  2251. CD325A   CD325A   CD325A    58.00     106.00   11.16   2.561  ! cpen 10/17/05 viv
  2252. HDA2R5   CD325A   CD325A    35.00     111.40   22.53   2.179  ! cpen 10/17/05 viv
  2253. HDA2R5   CD325A   HDA2R5    38.50     106.80    5.40   1.80200! cpen 10/17/05 viv
  2254. HDA2R5   CD325B   CD325B    35.00     111.40   22.53   2.179  ! cpen 10/17/05 viv
  2255. HDA2R5   CD325B   HDA2R5    38.50     106.80    5.40   1.802  ! cpen 10/17/05 viv
  2256. CD325B   CD325B   CD325B    58.00     109.50   11.16   2.561  ! THF, CSD/NDB survey, viv
  2257. OD305A   CD325B   CD325B    45.00     111.10                  ! THF, viv 10/21/05
  2258. CD325B   OD305A   CD325B    95.00     111.00                  ! THF, viv 10/21/05
  2259. HDA2R5   CD325B   OD305A    70.00     107.30                  ! THF, viv 10/21/05
  2260. HDA3A    CD33A    CD325B    34.600    110.10   22.53   2.179  ! TF2M, viv
  2261. CD325B   CD325B   CD33A     58.000    115.00    8.00   2.561  ! TF2M, viv
  2262. HDA2R5   CD325B   CD33A     34.600    110.10   22.53   2.179  ! TF2M, viv
  2263. OD305A   CD325B   CD33A     45.00     111.50                  ! TF2M, viv
  2264. CD32A    OD30A    CD32A     95.00     109.70                  ! DEET, diethylether, alex
  2265. CD33A    OD30A    CD32A     95.00     109.70                  ! DEET, diethylether, alex
  2266. CD33A    OD30A    CD33A     95.00     109.70                  ! DME dimethylether,viv
  2267. OD30A    CD32A    CD32A     45.00     111.50                  ! diethylether, alex
  2268. OD30A    CD32A    CD33A     45.00     111.50                  ! diethylether, alex
  2269. HDA2A    CD326A   CD326A    34.500    110.10   22.53   2.179  ! cyclohexane, sng
  2270. HDA2A    CD326A   HDA2A     35.50     109.00    5.40   1.802  ! THP viv
  2271. CD326A   CD326A   CD326A    58.350    112.00   11.16   2.561  ! cyclohexane, sng
  2272. OD30A    CD326A   CD326A    45.00     111.50                  ! THP, viv
  2273. CD326A   OD30A    CD326A    95.00     109.70                  ! THP, viv
  2274. HDA2A    CD326A   OD30A     45.00     109.50                  ! THP, sng
  2275. HDA3A  CD33A  OD30A   60.00     109.50 ! DEET, temp, alex
  2276. HDA2A  CD32A  OD30A   60.00     109.50 ! DEET, temp, alex
  2277.  
  2278. !!Alcohols
  2279. HDP1A    OD31A    CD33B     58.200    106.00 ! MEOH, methanol
  2280. OD31A    CD33B    HDA3B     61.000    108.89 ! MEOH, methanol
  2281. HDP1A    OD31A    CD32A     49.000    106.00 ! ETOH, ethanol
  2282. HDP1A    OD31B    CD32A     49.000    106.00 ! PRO1, 1-propanol
  2283. OD31A    CD32A    HDA2A     54.000    111.50 ! ETOH, ethanol
  2284. OD31B    CD32A    HDA2A     54.000    111.50 ! PRO1, 1-propanol
  2285. OD31A    CD32A    CD33A     66.000    112.50 ! ETOH, ethanol
  2286. OD31B    CD32A    CD32A     66.000    112.50 ! PRO1, 1-propanol
  2287. HDP1A    OD31A    CD31A     59.000    108.00 ! PRO2, 2-propanol
  2288. OD31A    CD31A    CD33A     66.000    113.10 ! PRO2, 2-propanol
  2289. OD31A    CD31A    HDA1A     47.000    104.00 ! PRO2, 2-propanol
  2290. OD31A    CD31A    CD32A     59.300    113.10 ! BUO2, 2-butanol
  2291. !! Aromatics
  2292. CD2R6A CD2R6A CD2R6A   50.000    120.00   10.00   2.41620 ! BENZ, benzene
  2293. HDR6A  CD2R6A CD2R6A   30.000    120.00   22.00   2.15250 ! BENZ, benzene
  2294. CD33A  CD2R6A CD2R6A   45.800    122.30 ! TOLU, toluene
  2295. HDA3A  CD33A  CD2R6A   49.300    107.50 ! TOLU, toluene
  2296. CD2R6A CD2R6A ND2R6A   10.000    129.00 ! PYR, pyridine
  2297. CD2R6A ND2R6A CD2R6A   10.00      96.00    55.00   2.28000 ! PYR, pyridine
  2298. HDR6A  CD2R6A ND2R6A   30.00     112.00    35.00   2.05000 ! PYR, pyridine
  2299. CD2R6D ND2R6A CD2R6A   10.00      96.00    55.00   2.28000 ! PYRM, pyrimidine
  2300. HDR6B  CD2R6D ND2R6A   30.00     112.00    35.00   2.05000 ! PYRM, pyrimidine
  2301. ND2R6A CD2R6D ND2R6A   10.00     129.00  ! PYRM, pyrimidine, similar to CD2R6A CD2R6A ND2RB
  2302. HDP1A  OD31A  CD2R6A   65.00     108.00 ! XXX, phenol
  2303. OD31A  CD2R6A CD2R6A   45.20     120.00 ! XXX, phenol
  2304. SD2C2A CD33A HDA3A 35.00 112.42 ! Optimized, target: 111.38
  2305. SD2C2B CD32A HDA2A 25.00 106.30 ! from SD31B CD32A HDA2A
  2306. SD2C2B CD32A CD33A 46.00 113.20 ! from SD31B CD32A HDA2A
  2307. HDA3A  CD33A  HDA3A   35.50     108.40    5.40   1.802  ! alkane, 3/92
  2308.  
  2309. !Amides
  2310. ! NMA, N-methylacetamide
  2311. ND2A2    CD2O1A   CD33A     70.00   116.20
  2312. OD2C1A   CD2O1A   ND2A2     70.00   122.80
  2313. OD2C1A   CD2O1A   CD33A     73.00   121.00
  2314. CD33A    ND2A2    CD2O1A    60.00   119.00
  2315. HDP1A    ND2A2    CD33A     41.00   117.50
  2316. HDP1A    ND2A2    CD2O1A    42.00   123.50
  2317. CD2O1A   CD33A    HDA3A     42.50   111.30
  2318. ND2A2    CD33A    HDA3A     51.50   109.50
  2319. CD33A    CD2O1A   LP         0.00   180.0
  2320. OD2C1A   CD2O1A   LP         0.00   180.0
  2321. ND2A2    CD2O1A   LP         0.00   180.0
  2322. LP       CD2O1A   LP         0.00   180.0
  2323. CD2O1A   OD2C1A   LP         0.00   180.0
  2324. LP       OD2C1A   LP         0.00   180.0
  2325. CD2O1A   LP       OD2C1A     0.00   180.0
  2326. !
  2327. ! ACEM, acetamide
  2328. ND2A1    CD2O1A   CD33A     40.00   114.00
  2329. OD2C1A   CD2O1A   ND2A1     85.00   125.00
  2330. HDP1A    ND2A1    CD2O1A    50.00   123.50
  2331. HDP1A    ND2A1    HDP1A     24.00   113.00
  2332. ND2A1    CD2O1A   LP         0.00   180.00
  2333. !
  2334. ! DMA, N,N-dimethylacetamide
  2335. ND2A3    CD2O1A   CD33A     70.00   115.00
  2336. OD2C1A   CD2O1A   ND2A3     70.00   123.00
  2337. CD33A    ND2A3    CD33A     40.00   121.60
  2338. CD33A    ND2A3    CD2O1A    10.00   119.20
  2339. ND2A3    CD33A    HDA3A     51.50   109.50
  2340. ND2A3    CD2O1A   LP         0.00   180.00
  2341. !
  2342.  
  2343. !LP angles
  2344. CD31A  OD31A  LP        0.0      0.0
  2345. CD32A  OD31A  LP        0.0      0.0
  2346. CD33A  OD31A  LP        0.0      0.0
  2347. HDP1A  OD31A  LP        0.0      0.0
  2348. CD32A    CD31A    LP    0.0      0.0
  2349. OD31A    CD31A    LP    0.0      0.0
  2350. HDA1A    CD31A    LP    0.0      0.0
  2351. CD33A    CD31A    LP    0.0      0.0
  2352. LP       CD31A    LP    0.0      0.0
  2353. CD31A    LP       OD31A 0.0      0.0
  2354. OD31B    CD32A    LP    0.0      0.0
  2355. HDP1A    OD31B    LP    0.0      0.0
  2356. CD32A    LP       OD31B 0.0      0.0
  2357. OD31A    CD32A    LP    0.0      0.0
  2358. CD32A    LP       OD31A 0.0      0.0
  2359. HDA3B    CD33B    LP    0.0      0.0
  2360. OD31A    CD33B    LP    0.0      0.0
  2361. LP       CD33B    LP    0.0      0.0
  2362. CD33B    LP       OD31A 0.0      0.0
  2363. LP     OD31A  LP        0.0      0.0
  2364. CD33A    CD32A    LP    0.0      0.0
  2365. HDA2A    CD32A    LP    0.0      0.0
  2366. OD30A    CD32A    LP    0.0      0.0
  2367. LP       CD32A    LP    0.0      0.0
  2368. CD32A    OD30A    LP    0.0      0.0
  2369. LP       OD30A    LP    0.0      0.0
  2370. CD32A    LP       OD30A 0.0      0.0
  2371. CD32A    LP       CD32A 0.0      0.0
  2372. HDA3A    CD33A    LP    0.0      0.0
  2373. OD30A    CD33A    LP    0.0      0.0
  2374. LP       CD33A    LP    0.0      0.0
  2375. CD32A    CD32A    LP    0.0      0.0
  2376. CD33A    OD30A    LP    0.0      0.0
  2377. CD32A    LP       CD33A 0.0      0.0
  2378. CD33A    LP       CD33A 0.0      0.0
  2379. OD30A    LP       CD33A 0.0      0.0
  2380. CD325B   OD305A   LP    0.0      0.0
  2381. LP       OD305A   LP    0.0      0.0
  2382. OD305A   CD325B   LP    0.0      0.0
  2383. HDA2R5   CD325B   LP    0.0      0.0
  2384. CD325B   CD325B   LP    0.0      0.0
  2385. CD33A    CD325B   LP    0.0      0.0
  2386. LP       CD325B   LP    0.0      0.0
  2387. OD305A   LP       CD325B 0.0      0.0
  2388. CD325B   LP       CD325B 0.0      0.0
  2389. CD326A   OD30A    LP    0.0      0.0
  2390. OD30A    CD326A   LP    0.0      0.0
  2391. HDA2A    CD326A   LP    0.0      0.0
  2392. CD326A   CD326A   LP    0.0      0.0
  2393. LP       CD326A   LP    0.0      0.0
  2394. OD30A    LP       CD326A 0.0      0.0
  2395. CD326A   LP       CD326A 0.0      0.0
  2396. CD32A    OD31B    LP      0.0     0.0
  2397. CD33B    OD31A    LP      0.0     0.0
  2398. LP       OD31B    LP      0.0     0.0
  2399.  
  2400. DIHEDRALS
  2401. !atom types            Kchi     n     delta
  2402. !=================================================
  2403.  
  2404. !! Alkane standard C27 parameters. Not modified from original.
  2405. SD2C2B CD32A CD33A HDA3A 0.175 3 0.0 !
  2406. CD31A  CD30A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! NEOP, nopentane, 3/92
  2407. CD32A  CD30A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! NEOP, nopentane, 3/92
  2408. CD33A  CD30A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! NEOP, nopentane, 3/92
  2409. CD31A  CD30A  CD33A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! NEOP, nopentane, 3/92
  2410. CD32A  CD30A  CD32A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! NEOP, nopentane, 3/92
  2411. CD33A  CD30A  CD33A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! NEOP, nopentane, alkane, 3/92
  2412. !
  2413. HDA1A  CD31A  CD31A  HDA1A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2414. CD31A  CD31A  CD31A  HDA1A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2415. CD32A  CD31A  CD31A  HDA1A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2416. CD33A  CD31A  CD31A  HDA1A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2417. HDA1A  CD31A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2418. HDA1A  CD31A  CD32A  CD31A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2419. HDA1A  CD31A  CD32A  CD32A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2420. HDA1A  CD31A  CD32A  CD33A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2421. CD31A  CD31A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2422. CD32A  CD31A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2423. CD33A  CD31A  CD32A  HDA2A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2424. !
  2425. HDA1A  CD31A  CD33A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2426. CD31A  CD31A  CD33A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2427. CD32A  CD31A  CD33A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2428. CD33A  CD31A  CD33A  HDA3A     0.20000    3     0.00 ! IBUT, isobutane, 3/92
  2429. !
  2430. HDA2A  CD32A  CD32A  HDA2A     0.19000    3     0.00 ! BUTA, butane, 4/98, yin and mackerell
  2431. CD30A  CD32A  CD32A  HDA2A     0.19000    3     0.00 ! BUTA, butane, 4/98, yin and mackerell
  2432. CD31A  CD32A  CD32A  HDA2A     0.19000    3     0.00 ! BUTA, butane, 4/98, yin and mackerell
  2433. CD32A  CD32A  CD32A  HDA2A     0.19000    3     0.00 ! BUTA, butane, 4/98, yin and mackerell
  2434. CD33A  CD32A  CD32A  HDA2A     0.19000    3     0.00 ! BUTA, butane, 4/98, yin and mackerell
  2435. !
  2436. HDA2A  CD32A  CD33A  HDA3A     0.16000    3     0.00 ! PROP, propane, 4/98, yin and mackerell
  2437. CD30A  CD32A  CD33A  HDA3A     0.16000    3     0.00 ! PROP, propane, 4/98, yin and mackerell
  2438. CD31A  CD32A  CD33A  HDA3A     0.16000    3     0.00 ! PROP, propane, 4/98, yin and mackerell
  2439. CD32A  CD32A  CD33A  HDA3A     0.16000    3     0.00 ! PROP, propane, 4/98, yin and mackerell
  2440. CD33A  CD32A  CD33A  HDA3A     0.16000    3     0.00 ! PROP, propane, 4/98, yin and mackerell
  2441. !
  2442. HDA3A  CD33A  CD33A  HDA3A     0.15250    3     0.00 ! ETHA, ethane,  4/98, yin and mackerell
  2443. !
  2444. !! Generic parameters are substituted by explicit. viv
  2445. !X      CD31A  CD31A  X        0.20000    3     0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell
  2446. !X      CD31A  CD32A  X        0.20000    3     0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell
  2447. !X      CD31A  CD33A  X        0.20000    3     0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell
  2448. !X      CD32A  CD33A  X        0.16000    3     0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell
  2449. !X      CD32A  CD32A  X        0.19000    3     0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell
  2450. !! Alkane C27m parameters. igor vorobyov et al 2005
  2451. CD33A  CD32A CD32A CD33A     0.20000   5     0.00 ! BUTA, butane, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2452. CD33A  CD32A CD32A CD33A     0.14400   4     0.00 ! BUTA, butane, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2453. CD33A  CD32A CD32A CD33A     0.08400   3     0.00 ! BUTA, butane, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2454. CD33A  CD32A CD32A CD33A     0.12600   2     0.00 ! BUTA, butane, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2455. CD33A  CD31A  CD32A  CD33A      0.20000   5     0.00 ! alkane, Igor 3/26/2005
  2456. CD33A  CD31A  CD32A  CD33A      0.14400   4     0.00 ! alkane, Igor 3/26/2005
  2457. CD33A  CD31A  CD32A  CD33A      0.08400   3     0.00 ! alkane, Igor 3/26/2005
  2458. CD33A  CD31A  CD32A  CD33A      0.12600   2     0.00 ! alkane, Igor 3/26/2005
  2459. !
  2460. CD33A CD32A CD32A CD32A     0.14200   5     0.00 ! PENT/HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2461. CD33A CD32A CD32A CD32A     0.10500   4     0.00 ! PENT/HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2462. CD33A CD32A CD32A CD32A     0.08200   3   180.00 ! PENT/HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2463. CD33A CD32A CD32A CD32A     0.05300   2     0.00 ! PENT/HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2464. !
  2465. CD32A CD32A CD32A CD32A     0.13600   5     0.00 ! HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2466. CD32A CD32A CD32A CD32A     0.07800   4     0.00 ! HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2467. CD32A CD32A CD32A CD32A     0.13900   3   180.00 ! HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2468. CD32A CD32A CD32A CD32A     0.08300   2     0.00 ! HEXA/HEPT, hybrid CCSD(T)/cc-pVQZ surf. fit, viv 3/26/2005
  2469. !!Alcohols
  2470. HDA3B  CD33B   OD31A   HDP1A   0.1790  3   0.00 ! MEOH, methanol
  2471. HDP1A  OD31A   CD32A   CD33A   1.2500  1   0.00 ! ETOH, ethanol
  2472. HDP1A  OD31A   CD32A   CD33A   0.3500  2   0.00 ! ETOH, ethanol
  2473. HDP1A  OD31A   CD32A   CD33A   0.3600  3   0.00 ! ETOH, ethanol
  2474. HDP1A  OD31A   CD32A   HDA2A   0.1400  2   0.00 ! ETOH, ethanol
  2475. HDP1A  OD31A   CD32A   HDA2A   0.1300  3   0.00 ! ETOH, ethanol
  2476. HDP1A  OD31B   CD32A   HDA2A   0.1400  2   0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2477. HDP1A  OD31B   CD32A   HDA2A   0.1300  3   0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2478. OD31A  CD32A   CD33A   HDA3A   0.1750  3   0.00 ! ETOH, ethanol
  2479. HDP1A   OD31B   CD32A   CD32A       1.0500  1     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2480. HDP1A   OD31B   CD32A   CD32A       0.3700  2     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2481. HDP1A   OD31B   CD32A   CD32A       0.3400  3     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2482. CD33A   CD32A   CD32A   OD31B       0.2000  1     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2483. CD33A   CD32A   CD32A   OD31B       0.4100  2     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2484. CD33A   CD32A   CD32A   OD31B       0.4000  3     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2485. HDA2A   CD32A   CD32A   OD31B       0.2700  1     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2486. HDA2A   CD32A   CD32A   OD31B       0.0500  2     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2487. HDA2A   CD32A   CD32A   OD31B       0.1200  3     0.00 ! PRO1, 1-propanol
  2488.  
  2489. HDP1A   OD31A   CD31A   CD33A       1.6600  1     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2490. HDP1A   OD31A   CD31A   CD33A       0.1200  2     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2491. HDP1A   OD31A   CD31A   CD33A       0.3400  3     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2492. HDA1A   CD31A   OD31A   HDP1A       0.0600  1     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2493. HDA1A   CD31A   OD31A   HDP1A       0.0600  2     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2494. HDA1A   CD31A   OD31A   HDP1A       0.0000  3     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2495. OD31A   CD31A   CD33A   HDA3A       0.0750  3     0.00 ! PRO2, 2-propanol
  2496. CD32A   CD32A   CD32A   OD31B       0.2000  1     0.00 ! BUO1, 1-butanol
  2497. CD32A   CD32A   CD32A   OD31B       0.4100  2     0.00 ! BUO1, 1-butanol
  2498. CD32A   CD32A   CD32A   OD31B       0.4000  3     0.00 ! BUO1, 1-butanol
  2499. CD33A   CD32A   CD31A   OD31A       0.2000  1     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2500. CD33A   CD32A   CD31A   OD31A       0.4100  2     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2501. CD33A   CD32A   CD31A   OD31A       0.4000  3     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2502. HDP1A   OD31A   CD31A   CD32A       1.6600  1     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2503. HDP1A   OD31A   CD31A   CD32A       0.1200  2     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2504. HDP1A   OD31A   CD31A   CD32A       0.3400  3     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2505. OD31A   CD31A   CD32A   HDA2A       0.0750  3     0.00 ! BUO2, 2-butanol
  2506.  
  2507. !! ethers
  2508. CD33A    CD325A   CD325A   CD33A       0.16000    3     0.0 ! CPEN, cyclopentane, viv
  2509. CD33A    CD325A   CD325A   CD325A      0.16000    3     0.0 ! CPEN, viv
  2510. CD33A    CD325A   CD325A   HDA2R5      0.16000    3     0.0 ! CPEN, viv
  2511. HDA2R5   CD325A   CD325A   HDA2R5      0.16000    3     0.0 ! CPEN, viv
  2512. CD325A   CD325A   CD325A   HDA2R5      0.16000    3     0.0 ! CPEN, viv
  2513. CD325A   CD325A   CD325A   CD325A      0.41000    3   180.0 ! CPEN, cyclopentane, viv 10/4/05
  2514. CD33A    CD325B   CD325B   CD33A       0.19000    3     0.0 ! THF, tetrahydrofuran, viv
  2515. CD33A    CD325B   CD325B   CD325B      0.19000    3     0.0 ! THF, viv
  2516. CD33A    CD325B   CD325B   HDA2R5      0.19000    3     0.0 ! THF, viv
  2517. HDA2R5   CD325B   CD325B   HDA2R5      0.19000    3     0.0 ! THF, viv
  2518. CD325B   CD325B   CD325B   HDA2R5      0.19000    3     0.0 ! THF, viv
  2519. OD305A   CD325B   CD325B   HDA2R5      0.19000    3     0.0 ! THF viv
  2520. CD325B   CD325B   CD325B   CD325B      0.41000    3   180.0 ! THF, viv
  2521. HDA2R5   CD325B   CD33A    HDA3A       0.16000    3     0.0 ! TF2M, viv
  2522. CD325B   CD325B   CD33A    HDA3A       0.16000    3     0.0 ! TF2M, viv
  2523. OD305A   CD325B   CD33A    HDA3A       0.16000    3     0.0 ! TF2M, viv
  2524. HDA2R5   CD325B   OD305A   CD325B      0.3000     3     0.0 ! THF, viv
  2525. OD305A   CD325B   CD325B   CD325B      0.0000     3     0.0 ! THF, viv
  2526. CD325B   CD325B   OD305A   CD325B      0.5000     3     0.0 ! THF, viv
  2527. CD33A    CD325B   OD305A   CD325B      0.3000     3     0.0 ! TF2M, viv
  2528. CD33A    CD326A   CD326A   CD33A       0.19000    3     0.0 ! THP, tetrahydropyran, viv
  2529. CD33A    CD326A   CD326A   CD326A      0.19000    3     0.0 ! THP, viv
  2530. CD33A    CD326A   CD326A   HDA2A       0.19000    3     0.0 ! THP, viv
  2531. HDA2A    CD326A   CD326A   HDA2A       0.19000    3     0.0 ! THP, viv
  2532. HDA2A    CD326A   CD326A   CD326A      0.19000    3     0.0 ! THP, viv
  2533. OD30A    CD326A   CD326A   HDA2A       0.19000    3     0.0 ! THP, viv
  2534. HDA2A    CD326A   CD33A    HDA3A       0.16000    3     0.0 ! Methyl-THP, viv
  2535. CD326A   CD326A   CD33A    HDA3A       0.16000    3     0.0 ! Methyl-THP, viv
  2536. OD30A    CD326A   CD33A    HDA3A       0.16000    3     0.0 ! Methyl-THP, viv
  2537. CD326A   CD326A   CD326A   CD326A      0.49829    2     0.0 ! THP, sng cyclohexane 2/06
  2538. CD326A   CD326A   CD326A   CD326A     -0.59844    3     0.0 ! THP, sng cyclohexane 2/06
  2539. CD326A   CD326A   CD326A   CD326A      0.41746    4     0.0 ! THP, sng cyclohexane 2/06
  2540. CD326A   CD326A   CD326A   CD326A     -0.24829    5     0.0 ! THP, sng cyclohexane 2/06
  2541. OD30A    CD326A   CD326A   CD326A     -0.19225    1     0.0 ! THP, sng 1/06
  2542. OD30A    CD326A   CD326A   CD326A     -1.00000    2     0.0 ! THP, sng 1/06
  2543. OD30A    CD326A   CD326A   CD326A      0.59457    3     0.0 ! THP, sng 1/06
  2544. OD30A    CD326A   CD326A   CD326A     -0.07862    4     0.0 ! THP, sng 1/06
  2545. CD326A   OD30A    CD326A   CD326A    -0.52702    1     0.0 ! THP,  sng 1/06
  2546. CD326A   OD30A    CD326A   CD326A     0.68297    2     0.0 ! THP,  sng 1/06
  2547. CD326A   OD30A    CD326A   CD326A    -0.20977    3     0.0 ! THP,  sng 1/06
  2548. CD326A   OD30A    CD326A   CD326A     0.15037    4     0.0 ! THP,  sng 1/06
  2549. !
  2550. CD326A   OD30A    CD326A   HDA2A      0.28400    3     0.0 ! DMET, viv
  2551. !
  2552. !!  Linear ether parameters. Alex Dec 04, ATM 2005
  2553. HDA2A   CD32A   CD32A     OD30A     0.19000    3     0.0 ! DEET, diethylether alex
  2554. OD30A   CD32A   CD33A    HDA3A      0.16000    3     0.0 ! DEET, alex
  2555. HDA2A   CD32A   OD30A    CD32A      0.28400    3     0.0 ! DEET, alex
  2556. HDA3A   CD33A   OD30A    CD32A      0.28400    3     0.0 ! DEET, alex
  2557. HDA2A   CD32A   OD30A    CD33A      0.28400    3     0.0 ! DEET, alex
  2558. HDA3A   CD33A   OD30A    CD33A      0.28400    3     0.0 ! DME, viv
  2559. CD33A   CD32A   OD30A    CD32A      0.40       1     0.0 ! DEET, ATM
  2560. CD33A   CD32A   OD30A    CD32A      0.49       3     0.0 ! DEET
  2561. CD33A   CD32A   OD30A    CD33A      0.40       1     0.0 ! MEE, viv
  2562. CD33A   CD32A   OD30A    CD33A      0.49       3     0.0 ! MEE, viv
  2563. CD32A   CD32A   OD30A   CD33A       0.57       1     0.0 ! DMOE, 1,2-dimethoxyethane (DMOE), 2/12/05, ATM
  2564. CD32A   CD32A   OD30A   CD33A       0.29       2     0.0 ! DMOE, ATM
  2565. CD32A   CD32A   OD30A   CD33A       0.43       3     0.0 ! DMOE, ATM
  2566. CD32A   CD32A   OD30A    CD32A      0.57       1     0.0 ! DMOE, ATM
  2567. CD32A   CD32A   OD30A    CD32A      0.29       2     0.0 ! DMOE, ATM
  2568. CD32A   CD32A   OD30A    CD32A      0.43       3     0.0 ! DMOE, ATM
  2569. OD30A   CD32A   CD32A   OD30A       0.3681     1     0.0 ! DMOE, viv
  2570. OD30A   CD32A   CD32A   OD30A       1.2036     2     0.0 ! DMOE, viv
  2571. OD30A   CD32A   CD32A   OD30A       0.1171     3     0.0 ! DMOE, viv
  2572. OD30A   CD32A   CD32A   OD30A       0.1612     4     0.0 ! DMOE, viv
  2573. OD30A   CD32A   CD32A   OD30A       0.0340     5     0.0 ! DMOE, viv
  2574. OD30A   CD32A   CD32A   OD30A       0.0225     6     0.0 ! DMOE, viv
  2575. OD30A   CD32A   CD32A   CD33A       0.16       1   180.0 ! MPE, methylpropylether, 2/12/05, ATM
  2576. OD30A   CD32A   CD32A   CD33A       0.39       2     0.0 ! MPE, ATM
  2577. OD30A   CD32A   CD32A   CD32A       0.16       1   180.0 ! MPE, ATM
  2578. OD30A   CD32A   CD32A   CD32A       0.39       2     0.0 ! MPE, ATM
  2579. !! Aromatic
  2580. CD2R6A CD2R6A CD2R6A CD2R6A    2.8000     2   180.00 ! BENZ, benzene, geom + freq, peml 2005
  2581. HDR6A  CD2R6A CD2R6A CD2R6A    4.2000     2   180.00 ! BENZ, benzene, geom + freq, peml 2005
  2582. HDR6A  CD2R6A CD2R6A HDR6A     2.4000     2   180.00 ! BENZ, benzene, geom + freq, peml 2005
  2583. CD33A  CD2R6A CD2R6A CD2R6A    3.1000     2   180.00 ! TOLU, toluene, geom + freq, peml 2005
  2584. HDR6A  CD2R6A CD2R6A CD33A     4.2000     2   180.00 ! TOLU, toluene, geom + freq, peml 2005
  2585. HDA3A  CD33A  CD2R6A CD2R6A    0.0000     6     0.00 ! TOLU, toluene, geom + freq, peml 2005
  2586. HDA3A  CD33A  CD2R6A HDR6A     0.0000     6     0.00 ! TOLU, toluene, geom + freq, peml 2005
  2587. CD2R6A CD2R6A CD2R6A ND2R6A    0.8000     2   180.00 ! PYR, pyridine
  2588. CD2R6A CD2R6A ND2R6A CD2R6A    1.2000     2   180.00 ! PYR, pyridine
  2589. HDR6A  CD2R6A CD2R6A ND2R6A    2.8000     2   180.00 ! PYR, pyridine
  2590. HDR6A  CD2R6A ND2R6A CD2R6A    5.8000     2   180.00 ! PYR, pyridine
  2591. CD2R6A CD2R6A ND2R6A CD2R6D    1.2000     2   180.00 ! PYRM, pyrimidine
  2592. HDR6A  CD2R6A ND2R6A CD2R6D    5.8000     2   180.00 ! PYRM, pyrimidine
  2593. CD2R6A ND2R6A CD2R6D ND2R6A    0.8000     2   180.00 ! PYRM, pyrimidine
  2594. HDR6B  CD2R6D ND2R6A CD2R6A    5.8000     2   180.00 ! PYRM, pyrimidine
  2595. HDP1A  OD31A  CD2R6A CD2R6A    0.9900     2   180.00 ! XXX, phenol
  2596. OD31A  CD2R6A CD2R6A CD2R6A    3.1000     2   180.00 ! XXX, phenol
  2597. OD31A  CD2R6A CD2R6A HDR6A     4.2000     2   180.00 ! XXX, phenol
  2598. CD2R6A CD2R6A ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 ! PYR, pyridine
  2599. HDR6A  CD2R6A ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 ! PYR, pyridine
  2600. ND2R6A CD2R6A ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 ! PYR, pyridine
  2601. !    X CD2R6A ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 !use wildcards for LPs (needs testing)
  2602. HDR6B  CD2R6D ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 ! PYRM, pyrimidine
  2603. ND2R6A CD2R6D ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 ! PYRM, pyrimidine
  2604. !    X CD2R6D ND2R6A LP        0.0000     1     0.00 ! PYRM, pyrimidine
  2605. CD2R5B ND2R5A CD2R5A CD2R5A   14.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2606. CD2R5B ND2R5B CD2R5A CD2R5A   14.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2607. HDP1A  ND2R5A CD2R5A CD2R5A    1.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2608. HDR5A  CD2R5A CD2R5A HDR5A     1.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2609. HDR5A  CD2R5B ND2R5A CD2R5A    3.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2610. HDR5A  CD2R5B ND2R5A HDP1A     1.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2611. HDR5A  CD2R5B ND2R5B CD2R5A    3.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2612. ND2R5A CD2R5A CD2R5A HDR5C     3.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2613. ND2R5A CD2R5B ND2R5B CD2R5A   14.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2614. ND2R5B CD2R5A CD2R5A HDR5C     3.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2615. ND2R5B CD2R5A CD2R5A ND2R5A   14.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2616. ND2R5B CD2R5B ND2R5A CD2R5A   14.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2617. ND2R5B CD2R5B ND2R5A HDP1A     1.0000     2   180.00 ! IMID, imidazole
  2618. ND2R5A CD2R5B ND2R5B LP        0.0000     1     0.00 ! IMID, imidazole
  2619. HDR5A  CD2R5B ND2R5B LP        0.0000     1     0.00 ! IMID, imidazole
  2620. CD2R5A CD2R5A ND2R5B LP        0.0000     1     0.00 ! IMID, imidazole
  2621. HDR5C  CD2R5A ND2R5B LP        0.0000     1     0.00 ! IMID, imidazole
  2622. !    X CD2R5B ND2R5B LP        0.0000     1     0.00 ! use wildcards for LPs (needs testing)
  2623. !    X CD2R5A ND2R5B LP        0.0000     1     0.00 ! use wildcards for LPs (needs testing)
  2624. !! Amides and peptides
  2625. ! NMA, N-methylacetamide
  2626. CD33A    CD2O1A   ND2A2    CD33A      1.7000  1     0.00  !
  2627. CD33A    CD2O1A   ND2A2    CD33A      2.0000  2   180.00  !
  2628. OD2C1A   CD2O1A   ND2A2    CD33A      2.0000  2   180.00  !
  2629. OD2C1A   CD2O1A   ND2A2    HDP1A      2.8000  2   180.00  !
  2630. HDP1A    ND2A2    CD2O1A   CD33A      2.8000  2   180.00  !
  2631. HDA3A    CD33A    ND2A2    CD2O1A     0.0900  3   180.00  !
  2632. HDA3A    CD33A    ND2A2    HDP1A      0.0900  3     0.00  !
  2633. ND2A2    CD2O1A   CD33A    HDA3A      0.1000  3   180.00  !
  2634. OD2C1A   CD2O1A   CD33A    HDA3A      0.0000  3   180.00  !
  2635. !
  2636. ! ACEM, acetamide
  2637. CD33A    CD2O1A   ND2A1    HDP1A      2.0000  2   180.00
  2638. OD2C1A   CD2O1A   ND2A1    HDP1A      2.0000  2   180.00
  2639. ND2A1    CD2O1A   CD33A    HDA3A      0.0700  3   180.00
  2640. !
  2641. ! DMA, N,N-dimethylacetamide
  2642. OD2C1A   CD2O1A   ND2A3    CD33A      2.0000  2   180.00  !
  2643. CD33A    CD2O1A   ND2A3    CD33A      1.7000  1     0.00  !
  2644. CD33A    CD2O1A   ND2A3    CD33A      2.0000  2   180.00  !
  2645. CD33A    ND2A3    CD33A    HDA3A      0.3000  3     0.00  !
  2646. CD2O1A   ND2A3    CD33A    HDA3A      0.0000  3     0.00  !
  2647. ND2A3    CD2O1A   CD33A    HDA3A      0.0000  3   180.00  !
  2648. !
  2649.  
  2650. IMPROPER
  2651. !
  2652. !V(improper) = Kpsi(psi - psi0)**2
  2653. !
  2654. !Kpsi: kcal/mole/rad**2
  2655. !psi0: degrees
  2656. !note that the second column of numbers (0) is ignored
  2657. !
  2658. ! NMA, N-methylacetamide
  2659. OD2C1A   ND2A2   CD33A   CD2O1A  120.0000   0   0.0000
  2660. ! ACEM, acetamide
  2661. OD2C1A   ND2A1   CD33A   CD2O1A   90.0000   0   0.0000
  2662. ND2A1    HDP1A   HDP1A   CD2O1A    4.0000   0   0.0000
  2663. ! DMA, N,N-dimethylacetamide
  2664. OD2C1A   ND2A3   CD33A   CD2O1A   60.0000   0   0.0000
  2665.  
  2666. NONBONDED nbxmod 5 atom vatom cdiel vdistance switch vswitch -
  2667. cutnb 160.0 ctofnb 120.0 ctonnb 100.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5
  2668.  
  2669. HDW      0.0   -0.0000    0.0000 ! SWM4, SWM4-NDP water, GL, 2005
  2670. HDA1A    0.0   -0.0450    1.3400 ! IBUT, isobutane,    exp. dHvap/MV, viv 1/05
  2671. HDA2A    0.0   -0.0350    1.3400 ! PROP, propane,      exp. dHvap/MV, viv 11/04
  2672. HDA2R5   0.0   -0.0350    1.3000 ! CPEN, cyclopentane, MD sim., 8/06 viv
  2673. HDA3A    0.0   -0.0240    1.3400 ! ETHA, ethane,  yin and mackerell, 4/98
  2674. HDA3B    0.0   -0.0350    1.3400 ! special methyl H for MEOH, methanol
  2675. HDP1A    0.0   -0.0100    0.4000 !  -0.01  0.9 ! ethanol 1,4-term ! polar hydrogen, adm jr. and va
  2676. HDR6A    0.0   -0.0430    1.3000 ! BENZ, benzene
  2677. SD2C2A   0.0 -0.2000 2.1700
  2678. SD2C2B 0.0 -0.1000 2.2600
  2679. LPR 0.0 -0.1000 2.0500
  2680.  
  2681. CD2O2A   0.0   -0.230     1.8000 !
  2682. CD2R6A   0.0   -0.0680    2.0000 ! BENZ, benzene
  2683. CD30A    0.0   -0.0320    2.0000  0.0 -0.01 1.9 ! NEOP, neopentane, by analogy from CD31A, needs work
  2684. CD31A    0.0   -0.0320    2.0000  0.0 -0.01 1.9 ! IBUT, isobutane,  dHvap/MV, viv 1/05
  2685. CD32A    0.0   -0.0560    2.0100  0.0 -0.01 1.9 ! PROP, propane, 4/98, yin, adm jr.
  2686. CD325A   0.0   -0.0600    2.0200  0.0 -0.01 1.9 ! CPEN, cyclopentane, viv
  2687. CD325B   0.0   -0.0600    2.0200  0.0 -0.01 1.9 ! THF, tetrahydrofuran, from CPEN, viv
  2688. CD326A   0.0   -0.0560    2.0100  0.0 -0.01 1.9 ! THP, tetrahydropyran, viv
  2689. CD33A    0.0   -0.0780    2.0400  0.0 -0.01 1.9 ! ETHA, ethane, 4/98, yin, adm jr.
  2690. CD33B    0.0   -0.1100    2.0400  0.0 -0.01 1.9 ! special methyl C for MEOH, methanol
  2691.  
  2692. ODW      0.0   -0.21094325  1.78692899 ! SWM4, SWM4-NDP water, GL, 2005
  2693. OD30A    0.0   -0.1500    1.6570 ! THF, tetrahydrofuran, drude+lp,H2O int.+ cond phase  5/30/06 viv !linear ether test  viv
  2694. OD305A   0.0   -0.1500    1.6570 ! THF, tetrahydrofuran, drude+lp,H2O int.+ cond phase  5/30/06 viv
  2695. OD31A    0.0   -0.15      1.765  ! alcohols, va
  2696. OD31B    0.0   -0.15      1.740  ! alcohols, va, long chain primary alcohols
  2697. !
  2698. !! Rare gas parameters
  2699. HED      0.0   -0.021270  1.4800 ! HE, helium, experimental pot. energy surface, adm jr., 12/95
  2700. NED      0.0   -0.086000  1.5300 ! NE, neon, semiempirical pot. energy surface, adm jr., 12/95
  2701. ! Ions
  2702. !DUM      0.0   -0.0000    0.0000  ! dummy atom
  2703. D*       0.0   -0.0000    0.0000  ! Wildcard for Drudes and dummy atom
  2704. LP       0.0   -0.0000    0.0000
  2705.  
  2706. NBFIX
  2707.  
  2708. END

Raw Paste


Login or Register to edit or fork this paste. It's free.