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amber.prm.txt

Guest on 21st May 2021 09:35:01 PM

  1. *  AMBER ff14SB force field conversion
  2. *  See: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b00255
  3. *  J. Chem. Theory Comput., DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00255
  4. *
  5.  
  6. !
  7. !  This is a semi-automatic conversion of the AMBER parm14SB force field, which
  8. !  is comprised of two following files:
  9. !   $AMBERHOME/dat/leap/parm/parm10.dat
  10. !   $AMBERHOME/dat/leap/parm/frcmod.ff14SB
  11. !  according to the description in $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
  12. !
  13. !  Converted by Dr. Xibing He, Florida State University, in July 2015
  14. !  Email: <hexibing_at_gmail.com>
  15. !
  16. !  Years ago Dr. Jeff Klauda (Univ. of Maryland, College Park) converted the
  17. !  AMBER99 & AMBER99SB force-field files to CHARMM format:
  18. !     http://terpconnect.umd.edu/~jbklauda/research/download.html
  19. !  His work was taken as reference to this conversion work.
  20. !
  21. !  All the atom type names are the same except where otherwise noted.
  22. !  Note: type N* renamed to NG
  23. !        type C* renamed to CG
  24. !  In Dr. Klauda's conversion files of AMBER99, types N* is renamed to NS, and
  25. !      type C* renamed to CS. But in AMBER14SB, atom type CS already exists.
  26. !
  27. !  The VDW parameter of SOD (Na+), POT (K+) and CLA (Cl-) are copied from
  28. !   Dr. Cheatham's & Dr. Klauda's files. They cannot be found in parm10.dat or
  29. !   frcmod.ff14SB under the AMBER directory $AmberTools15/dat/leap/parm/, but
  30. !   still can be found in parm99.dat, and the parameters agree with those in
  31. !   Dr. Cheatham's & Dr. Klauda's files.
  32. !
  33. ! The following remarks are copied from Dr. Klauda's conversion file of ff99SB:
  34. !
  35. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  36. !  note: the HO and HW nonbonded parameters, although zero in
  37. !  Cornell et al. should not have a 0.0 vdw radius in CHARMM
  38. !  to avoid difficulties with the 0.0/0.0 in the FAST OFF
  39. !  van der Waal code...
  40. !
  41. !  note: the default nonbonded options chosen here are to match AMBER.
  42. !  It is not recommended that users actually run with GROUP based
  43. !  truncation and a switch unless really trying to match AMBER.  
  44. !  Better would be ATOM based FSHIFT VSHIFT, however note that this
  45. !  does modify the energies (and effectively the parameters).
  46. !
  47. !  Also note that long-range interactions are handeled differently between
  48. !  AMBER and CHARMM.  To avoid differences when comparing energies and
  49. !  forces the the cuttoffs were set to be large in the individule
  50. !  comparison input files, i.e. 80 Angs.
  51. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  52. !
  53. !
  54.  
  55. ATOMS
  56. MASS  -1  C         12.01000 ! sp2 C carbonyl group
  57. MASS  -1  CA        12.01000 ! sp2 C pure aromatic (benzene)
  58. MASS  -1  CB        12.01000 ! sp2 aromatic C, 5&6 membered ring junction
  59. MASS  -1  CC        12.01000 ! sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS
  60. MASS  -1  CD        12.01000 ! sp2 C atom in the middle of: C=CD-CD=C
  61. MASS  -1  CI        12.01000 ! parmbsc0
  62. MASS  -1  CK        12.01000 ! sp2 C 5 memb.ring in purines (dA,dG)
  63. MASS  -1  CP        12.01000 ! sp2 C 5 memb.ring in purines (G)
  64. MASS  -1  CM        12.01000 ! sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6 (dT,dC)
  65. MASS  -1  CS        12.01000 ! sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6 (U)
  66. MASS  -1  CN        12.01000 ! sp2 C aromatic 5&6 memb.ring junct.(TRP)
  67. MASS  -1  CQ        12.01000 ! sp2 C in 5 mem.ring of purines between 2 N
  68. MASS  -1  CR        12.01000 ! sp2 arom as CQ but in HIS
  69. MASS  -1  CT        12.01000 ! sp3 aliphatic C
  70. MASS  -1  CV        12.01000 ! sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N and 1 H (HIS)
  71. MASS  -1  CW        12.01000 ! sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N-H and 1 H (HIS)
  72. MASS  -1  CG        12.01000 ! sp2 arom. 5 memb.ring w/1 subst. (TRP)
  73. MASS  -1  CX        12.01000 ! protein C-alpha (new to ff10)
  74. MASS  -1  CY        12.01000 ! nitrile C (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  75. MASS  -1  CZ        12.01000 ! sp C (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  76. MASS  -1  C5        12.01000 ! sp2 C 5 memb.ring in purines (A)
  77. MASS  -1  C4        12.01000 ! sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6 (C)
  78. MASS  -1  CO        12.01000 ! sp2 C carboxylate group
  79. MASS  -1  C2      12.01000 ! sp3 aliphatic C with two (duo) heavy atoms
  80. MASS  -1  C3        12.01000 ! sp3 aliphatic C with three (tres) heavy atoms
  81. MASS  -1  C8        12.01000 ! sp3 aliphatic C basic AA side chain
  82. MASS  -1  C0        40.08000 ! calcium
  83. MASS  -1  H          1.00800 ! H bonded to nitrogen atoms
  84. MASS  -1  HC         1.00800 ! H aliph. bond. to C without electrwd.group
  85. MASS  -1  H1         1.00800 ! H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group
  86. MASS  -1  H2         1.00800 ! H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups
  87. MASS  -1  H3         1.00800 ! H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups
  88. MASS  -1  HA         1.00800 ! H arom. bond. to C without elctrwd. groups
  89. MASS  -1  H4         1.00800 ! H arom. bond. to C with 1 electrwd. group
  90. MASS  -1  H5         1.00800 ! H arom.at C with 2 elctrwd. gr,+HCOO group
  91. MASS  -1  HO         1.00800 ! hydroxyl group
  92. MASS  -1  HS         1.00800 ! hydrogen bonded to sulphur (pol?)
  93. MASS  -1  HW         1.00800 ! H in TIP3P water
  94. MASS  -1  HP         1.00800 ! H bonded to C next to positively charged gr
  95. MASS  -1  HZ         1.00800 ! H bond sp C (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  96. MASS  -1  F         19.00000 ! fluorine (not fluoride!)
  97. MASS  -1  Cl        35.45000 ! chlorine  (Applequist) (not chloride!)
  98. MASS  -1  Br        79.90000 ! bromine  (Applequist) (not bromide!)
  99. MASS  -1  I        126.90000 ! iodine   (Applequist) (not iodide!)
  100. MASS  -1  MG        24.30500 ! magnesium
  101. MASS  -1  N         14.01000 ! sp2 nitrogen in amide groups
  102. MASS  -1  NA        14.01000 ! sp2 N in 5 memb.ring w/H atom (HIS)
  103. MASS  -1  NB        14.01000 ! sp2 N in 5 memb.ring w/LP (HIS,ADE,GUA)
  104. MASS  -1  NC        14.01000 ! sp2 N in 6 memb.ring w/LP (ADE,GUA)
  105. MASS  -1  N2        14.01000 ! sp2 N in amino groups
  106. MASS  -1  N3        14.01000 ! sp3 N for charged amino groups (Lys, etc)
  107. MASS  -1  NT        14.01000 ! sp3 N for amino groups amino groups
  108. MASS  -1  NG        14.01000 ! sp2 N
  109. MASS  -1  NY        14.01000 ! nitrile N (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  110. MASS  -1  O         16.00000 ! carbonyl group oxygen
  111. MASS  -1  O2        16.00000 ! carboxyl and phosphate group oxygen
  112. MASS  -1  OW        16.00000 ! oxygen in TIP3P water
  113. MASS  -1  OH        16.00000 ! oxygen in hydroxyl group
  114. MASS  -1  OS        16.00000 ! ether and ester oxygen
  115. MASS  -1  OP        16.00000 ! 2- phosphate oxygen
  116. MASS  -1  P         30.97000 ! phosphate,pol:JACS,112,8543,90,K.J.Miller
  117. MASS  -1  S         32.06000 ! S in disulfide linkage,pol:JPC,102,2399,98
  118. MASS  -1  SH        32.06000 ! S in cystine
  119. !MASS  -1  CU 63.55   ! copper
  120. !MASS  -1  FE 55.00   ! iron
  121. MASS  -1  Zn        65.40000 ! Zn2+
  122. MASS  -1  EP         0.00000 ! extra point
  123. MASS  -1  SOD       22.99000 ! Na+
  124. MASS  -1  POT       39.10000 ! K+
  125. MASS  -1  CLA       35.45000 ! Cl-
  126.  
  127. BONDS
  128. OW   HW  553.0    0.9572    !  TIP3P water
  129. HW   HW  553.0    1.5136    !  TIP3P water
  130. C    C   310.0    1.525     !  Junmei et al, 1999
  131. C    CA  469.0    1.409     !  JCC,7,(1986),230; (not used any more in TYR)
  132. C    CB  447.0    1.419     !  JCC,7,(1986),230; GUA
  133. C    CM  410.0    1.444     !  JCC,7,(1986),230; THY,URA
  134. C    CS  410.0    1.444     !  JCC,7,(1986),230; THY,URA
  135. C    CT  317.0    1.522     !  JCC,7,(1986),230; AA
  136. C    CX  317.0    1.522     !  JCC,7,(1986),230; AA (was C-CT)
  137. C    N   490.0    1.335     !  JCC,7,(1986),230; AA
  138. C    NG  424.0    1.383     !  JCC,7,(1986),230; CYT,URA
  139. C    NA  418.0    1.388     !  JCC,7,(1986),230; GUA.URA
  140. C    NC  457.0    1.358     !  JCC,7,(1986),230; CYT
  141. C    O   570.0    1.229     !  JCC,7,(1986),230; AA,CYT,GUA,THY,URA
  142. C    O2  656.0    1.250     !  JCC,7,(1986),230; GLU,ASP
  143. C    OH  450.0    1.364     !  JCC,7,(1986),230; (not used any more for TYR)
  144. C    OS  450.0    1.323     !  Junmei et al, 1999
  145. C    H4  367.0    1.080     !  Junmei et al, 1999
  146. C    H5  367.0    1.080     !  Junmei et al, 1999
  147. CA   CA  469.0    1.400     !  JCC,7,(1986),230; BENZENE,PHE,TRP,TYR
  148. CA   CB  469.0    1.404     !  JCC,7,(1986),230; ADE,TRP
  149. CA   CM  427.0    1.433     !  JCC,7,(1986),230; CYT
  150. CA   CS  427.0    1.433     !  JCC,7,(1986),230; CYT
  151. CA   CN  469.0    1.400     !  JCC,7,(1986),230; TRP
  152. CA   CT  317.0    1.510     !  JCC,7,(1986),230; PHE,TYR
  153. CA   HA  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; PHE,TRP,TYR
  154. CA   H4  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; no assigned
  155. CA   N2  481.0    1.340     !  JCC,7,(1986),230; ARG,CYT,GUA
  156. CA   NA  427.0    1.381     !  JCC,7,(1986),230; GUA
  157. CA   NC  483.0    1.339     !  JCC,7,(1986),230; ADE,CYT,GUA
  158. CA   OH  450.0    1.364     !  substituted for C-OH in tyr
  159. CB   CB  520.0    1.370     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  160. CB   NG  436.0    1.374     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  161. CB   NB  414.0    1.391     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  162. CB   NC  461.0    1.354     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  163. CD   HA  367.0    1.080     !  Junmei et al, 1999
  164. CD   CD  469.0    1.400     !  Junmei et al, 1999
  165. CD   CM  549.0    1.350     !  Junmei et al, 1999
  166. CD   CS  549.0    1.350     !  Junmei et al, 1999
  167. CD   CT  317.0    1.510     !  Junmei et al, 1999
  168. CK   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; ADE,GUA
  169. CK   NG  440.0    1.371     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  170. CK   NB  529.0    1.304     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  171. CP   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; ADE,GUA
  172. CP   NG  440.0    1.371     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  173. CP   NB  529.0    1.304     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  174. CM   CM  549.0    1.350     !  JCC,7,(1986),230; CYT,THY,URA
  175. CM   CT  317.0    1.510     !  JCC,7,(1986),230; THY
  176. CM   HA  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; CYT,URA
  177. CM   H4  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; CYT,URA
  178. CM   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; not assigned
  179. CM   NG  448.0    1.365     !  JCC,7,(1986),230; CYT,THY,URA
  180. CM   OS  480.0    1.240     !  Junmei et al, 1999
  181. CS   CS  549.0    1.350     !  JCC,7,(1986),230; CYT,THY,URA
  182. CS   CT  317.0    1.510     !  JCC,7,(1986),230; THY
  183. CS   HA  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; CYT,URA
  184. CS   H4  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; CYT,URA
  185. CS   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; not assigned
  186. CS   NG  448.0    1.365     !  JCC,7,(1986),230; CYT,THY,URA
  187. CS   OS  480.0    1.240     !  Junmei et al, 1999
  188. CQ   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; ADE
  189. CQ   NC  502.0    1.324     !  JCC,7,(1986),230; ADE
  190. CT   CT  310.0    1.526     !  JCC,7,(1986),230; AA, SUGARS
  191. CX   CT  310.0    1.526     !  JCC,7,(1986),230; AA, SUGARS (was CT-CT)
  192. CT   HC  340.0    1.090     !  changed from 331 bsd on NMA nmodes; AA, SUGARS
  193. CT   H1  340.0    1.090     !  changed from 331 bsd on NMA nmodes; AA, RIBOSE
  194. CX   H1  340.0    1.090     !  changed from 331 bsd on NMA nmodes; AA, RIBOSE (was CT-H1)
  195. CT   H2  340.0    1.090     !  changed from 331 bsd on NMA nmodes; SUGARS
  196. CT   H3  340.0    1.090     !  changed from 331 bsd on NMA nmodes; not assigned
  197. CT   HP  340.0    1.090     !  changed from 331; AA-lysine, methyl ammonium cation
  198. CX   HP  340.0    1.090     !  changed from 331; AA-lysine, methyl ammonium cation (was CT-HP)
  199. CT   NG  337.0    1.475     !  JCC,7,(1986),230; ADE,CYT,GUA,THY,URA
  200. CT   N2  337.0    1.463     !  JCC,7,(1986),230; ARG
  201. CT   OH  320.0    1.410     !  JCC,7,(1986),230; SUGARS
  202. CT   OS  320.0    1.410     !  JCC,7,(1986),230; NUCLEIC ACIDS
  203. CG   HC  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes, not needed AA
  204. CG   CB  388.0    1.459     !  JCC,7,(1986),230; TRP
  205. CG   CT  317.0    1.495     !  JCC,7,(1986),230; TRP
  206. CG   CW  546.0    1.352     !  JCC,7,(1986),230; TRP
  207. CB   CN  447.0    1.419     !  JCC,7,(1986),230; TRP
  208. CC   CT  317.0    1.504     !  JCC,7,(1986),230; HIS
  209. CC   CV  512.0    1.375     !  JCC,7,(1986),230; HIS(delta)
  210. CC   CW  518.0    1.371     !  JCC,7,(1986),230; HIS(epsilon)
  211. CC   NA  422.0    1.385     !  JCC,7,(1986),230; HIS
  212. CC   NB  410.0    1.394     !  JCC,7,(1986),230; HIS
  213. CN   NA  428.0    1.380     !  JCC,7,(1986),230; TRP
  214. CR   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes;HIS
  215. CR   NA  477.0    1.343     !  JCC,7,(1986),230; HIS
  216. CR   NB  488.0    1.335     !  JCC,7,(1986),230; HIS
  217. CT   N   337.0    1.449     !  JCC,7,(1986),230; AA
  218. CX   N   337.0    1.449     !  JCC,7,(1986),230; AA  (was CT-N)
  219. CT   N3  367.0    1.471     !  JCC,7,(1986),230; LYS
  220. CX   N3  367.0    1.471     !  JCC,7,(1986),230; LYS (was CT-N3)
  221. CT   NT  367.0    1.471     !  for neutral amines
  222. CT   S   227.0    1.810     !  changed from 222.0 based on dimethylS nmodes
  223. CT   SH  237.0    1.810     !  changed from 222.0 based on methanethiol nmodes
  224. CT   CY  400.0    1.458     !  Howard et al JCC.16,243,1995
  225. CT   CZ  400.0    1.459     !  Howard et al JCC,16,243,1995
  226. CV   H4  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; HIS
  227. CV   NB  410.0    1.394     !  JCC,7,(1986),230; HIS
  228. CW   H4  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes;HIS(epsilon,+)
  229. CW   NA  427.0    1.381     !  JCC,7,(1986),230; HIS,TRP
  230. CY   NY  600.0    1.150     !  Howard et al JCC,16,243,1995
  231. CZ   CZ  600.0    1.206     !  Howard et al JCC,16,243,1995
  232. CZ   HZ  400.0    1.056     !  Howard et al JCC,16,243,1995
  233. OP   P   525.0    1.480     !  JCC,7,(1986),230; NA PHOSPHATES
  234. O2   P   525.0    1.480     !  JCC,7,(1986),230; NA PHOSPHATES
  235. OH   P   230.0    1.610     !  JCC,7,(1986),230; NA PHOSPHATES
  236. OS   P   230.0    1.610     !  JCC,7,(1986),230; NA PHOSPHATES
  237. NA   P   250.0    1.840     !  phosphohistidine
  238. H    N2  434.0    1.010     !  JCC,7,(1986),230; ADE,CYT,GUA,ARG
  239. H    NG  434.0    1.010     !  for plain unmethylated bases ADE,CYT,GUA,ARG
  240. H    NA  434.0    1.010     !  JCC,7,(1986),230; GUA,URA,HIS
  241. H    N   434.0    1.010     !  JCC,7,(1986),230; AA
  242. H    N3  434.0    1.010     !  JCC,7,(1986),230; LYS
  243. H    NT  434.0    1.010     !  for neutral amines
  244. HO   OH  553.0    0.960     !  JCC,7,(1986),230; SUGARS,SER,TYR
  245. HO   OS  553.0    0.960     !  JCC,7,(1986),230; NUCLEOTIDE ENDS
  246. HS   SH  274.0    1.336     !  JCC,7,(1986),230; CYS
  247. S    S   166.0    2.038     !  JCC,7,(1986),230; CYX   (SCHERAGA)
  248. F    CT  367.0    1.380     !  JCC,13,(1992),963;CF4; R0=1.332 FOR CHF3
  249. Cl   CT  232.0    1.766     !  6-31g* opt
  250. Br   CT  159.0    1.944     !  Junmei et al,99
  251. I    CT  148.0    2.166     !  Junmei et al,99
  252. F    CA  386.0    1.359     !  Junmei et al,99
  253. Cl   CA  193.0    1.727     !  Junmei et al,99
  254. I    CA  171.0    2.075     !  Junmei et al,99
  255. Br   CA  172.0    1.890     !  Junmei et al,99
  256. EP   O   600.0    0.200     !  or 0.35
  257. EP   OH  600.0    0.200     !  or 0.35
  258. EP   OS  600.0    0.200     !  or 0.35
  259. EP   N3  600.0    0.200     !  or 0.35
  260. EP   NT  600.0    0.200     !  or 0.35
  261. EP   NB  600.0    0.200     !  or 0.35 histidines, nucleic acids
  262. EP   NC  600.0    0.200     !  or 0.35 nucleic acids
  263. EP   S   600.0    0.700     !  cys,cyx,met
  264. EP   SH  600.0    0.700     !  cys,cyx
  265. CI   H1  340.0    1.090     !  parmbsc0
  266. CI   CT  310.0    1.526     !  parmbsc0
  267. OS   CI  320.0    1.410     !  parmbsc0
  268. OH   CI  320.0    1.410     !  parmbsc0
  269. C5   H5  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; ADE,GUA
  270. C5   NG  440.0    1.371     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  271. C5   NB  529.0    1.304     !  JCC,7,(1986),230; ADE,GUA
  272. C    C4  410.0    1.444     !  JCC,7,(1986),230; THY,URA
  273. CA   C4  427.0    1.433     !  JCC,7,(1986),230; CYT
  274. C4   C4  549.0    1.350     !  JCC,7,(1986),230; CYT,THY,URA
  275. C4   CT  317.0    1.510     !  JCC,7,(1986),230; THY
  276. C4   HA  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; CYT,URA
  277. C4   H4  367.0    1.080     !  changed from 340. bsd on C6H6 nmodes; CYT,URA
  278. C4   NG  448.0    1.365     !  JCC,7,(1986),230; CYT,THY,URA
  279. C    C2  317.0    1.5220    !  
  280. CG   C2  317.0    1.4950    !  
  281. C8   C8  310.0    1.5260    !  
  282. C8   CX  310.0    1.5260    !  
  283. C8   H1  340.0    1.0900    !  
  284. C8   HC  340.0    1.0900    !  
  285. C8   HP  340.0    1.0900    !  
  286. C8   N2  337.0    1.4630    !  
  287. C8   N3  367.0    1.4710    !  
  288. CA   C2  317.0    1.5100    !  
  289. CC   C2  317.0    1.5040    !  
  290. CO   O2  656.0    1.2500    !  
  291. CO   C2  317.0    1.5220    !  
  292. CT   C2  310.0    1.5260    !  
  293. CT   C3  310.0    1.5260    !  
  294. CX   C2  310.0    1.5260    !  
  295. CX   C3  310.0    1.5260    !  
  296. H1   C2  340.0    1.0900    !  
  297. H1   C3  340.0    1.0900    !  
  298. HC   C2  340.0    1.0900    !  
  299. HC   C3  340.0    1.0900    !  
  300. OH   C2  320.0    1.4100    !  
  301. OH   C3  320.0    1.4100    !  
  302. S    C2  227.0    1.8100    !  
  303. SH   C2  237.0    1.8100    !  
  304. C2   C2  310.0    1.5260    !  
  305. C2   C3  310.0    1.5260    !  
  306.  
  307. THETAS
  308. HW   OW   HW    100.      104.52  !  TIP3P water
  309. HW   HW   OW      0.      127.74  !  (found in crystallographic water with 3 bonds)
  310. C    C    O     80.0      120.00  !  Junmei et al, 1999 acrolein
  311. C    C    OH    80.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  312. CA   C    CA    63.0      120.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA
  313. CA   C    OH    70.0      120.00  !  AA (not used in tyr)
  314. CA   C    OS    70.0      120.00  !  phosphotyrosine
  315. CC   NA   P     76.7      125.10  !  phosphohistidine
  316. CR   NA   P     76.7      125.10  !  phosphohistidine
  317. NA   P    OP    42.9      102.38  !  phosphohistidine
  318. CB   C    NA    70.0      111.30  !  NA
  319. CB   C    O     80.0      128.80  !
  320. CM   C    NA    70.0      114.10  !
  321. CM   C    O     80.0      125.30  !
  322. CS   C    NA    70.0      114.10  !
  323. CS   C    O     80.0      125.30  !
  324. CT   C    O     80.0      120.40  !
  325. CX   C    O     80.0      120.40  !  (was CT-C-O)
  326. CT   C    O2    70.0      117.00  !
  327. CX   C    O2    70.0      117.00  !  (was CT-C -O2)
  328. CT   C    N     70.0      116.60  !  AA general
  329. CX   C    N     70.0      116.60  !  AA general  (was CT-C-N)
  330. CT   C    CT    63.0      117.00  !  Junmei et al, 1999
  331. CT   C    OS    80.0      115.00  !  Junmei et al, 1999
  332. CT   C    OH    80.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  333. CX   C    OH    80.0      110.00  !  Junmei et al, 1999 (was CT-C-OH)
  334. NG   C    NA    70.0      115.40  !
  335. NG   C    NC    70.0      118.60  !
  336. NG   C    O     80.0      120.90  !
  337. NA   C    O     80.0      120.60  !
  338. NC   C    O     80.0      122.50  !
  339. N    C    O     80.0      122.90  !  AA general
  340. O    C    O     80.0      126.00  !  AA COO- terminal residues
  341. O    C    OH    80.0      120.00  !  (check with Junmei for: theta0:120.0?)
  342. O    C    OS    80.0      125.00  !  Junmei et al, 1999
  343. O2   C    O2    80.0      126.00  !  AA GLU            (SCH JPC 79,2379)
  344. H4   C    C     50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  345. H4   C    CM    50.0      115.00  !  Junmei et al, 1999
  346. H4   C    CS    50.0      115.00  !  Junmei et al, 1999
  347. H4   C    CT    50.0      115.00  !  Junmei et al, 1999
  348. H4   C    O     50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  349. H4   C    OH    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  350. H5   C    N     50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  351. H5   C    O     50.0      119.00  !  Junmei et al, 1999
  352. H5   C    OH    50.0      107.00  !  Junmei et al, 1999
  353. H5   C    OS    50.0      107.00  !  Junmei et al, 1999
  354. C    CA   CA    63.0      120.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes
  355. C    CA   HA    50.0      120.00  !  AA (not used in tyr)
  356. CA   CA   CA    63.0      120.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes
  357. CA   CA   CB    63.0      120.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes
  358. CA   CA   CT    70.0      120.00  !
  359. CA   CA   HA    50.0      120.00  !
  360. CA   CA   H4    50.0      120.00  !
  361. CA   CA   OH    70.0      120.00  !  replacement in tyr
  362. CA   CA   CN    63.0      120.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA trp
  363. CB   CA   HA    50.0      120.00  !
  364. CB   CA   H4    50.0      120.00  !
  365. CB   CA   N2    70.0      123.50  !
  366. CB   CA   NC    70.0      117.30  !
  367. CM   CA   N2    70.0      120.10  !
  368. CM   CA   NC    70.0      121.50  !
  369. CS   CA   N2    70.0      120.10  !
  370. CS   CA   NC    70.0      121.50  !
  371. CN   CA   HA    50.0      120.00  !  AA trp
  372. NA   CA   NC    70.0      123.30  !
  373. N2   CA   NA    70.0      116.00  !
  374. N2   CA   NC    70.0      119.30  !
  375. N2   CA   N2    70.0      120.00  !  AA arg
  376. F    CA   CA    70.0      121.00  !  Junmei et al,99
  377. Cl   CA   CA    70.0      118.80  !  Junmei et al,99
  378. Br   CA   CA    70.0      118.80  !  Junmei et al,99
  379. I    CA   CA    70.0      118.80  !  Junmei et al,99
  380. C    CB   CB    63.0      119.20  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA gua
  381. C    CB   NB    70.0      130.00  !
  382. CA   CB   CB    63.0      117.30  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA ade
  383. CA   CB   NB    70.0      132.40  !  
  384. CB   CB   NG    70.0      106.20  !
  385. CB   CB   NB    70.0      110.40  !
  386. CB   CB   NC    70.0      127.70  !
  387. CG   CB   CA    63.0      134.90  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA trp
  388. CG   CB   CN    63.0      108.80  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA trp
  389. CA   CB   CN    63.0      116.20  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA trp
  390. NG   CB   NC    70.0      126.20  !
  391. CD   CD   CM    63.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  392. CD   CD   CS    63.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  393. CD   CD   CT    70.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  394. CM   CD   CT    70.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  395. CS   CD   CT    70.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  396. HA   CD   HA    35.0      119.00  !  Junmei et al, 1999
  397. HA   CD   CD    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  398. HA   CD   CM    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  399. HA   CD   CS    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  400. H5   CK   NG    50.0      123.05  !
  401. H5   CK   NB    50.0      123.05  !
  402. NG   CK   NB    70.0      113.90  !
  403. H5   CP   NG    50.0      123.05  !
  404. H5   CP   NB    50.0      123.05  !
  405. NG   CP   NB    70.0      113.90  !
  406. C    CM   CM    63.0      120.70  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA thy
  407. C    CM   CT    70.0      119.70  !
  408. C    CM   HA    50.0      119.70  !
  409. C    CM   H4    50.0      119.70  !
  410. CA   CM   CM    63.0      117.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA cyt
  411. CA   CM   HA    50.0      123.30  !
  412. CA   CM   H4    50.0      123.30  !
  413. CM   CM   CT    70.0      119.70  !
  414. CM   CM   HA    50.0      119.70  !
  415. CM   CM   H4    50.0      119.70  !
  416. CM   CM   NG    70.0      121.20  !
  417. CM   CM   OS    80.0      125.00  !  Junmei et al, 1999
  418. H4   CM   NG    50.0      119.10  !
  419. H4   CM   OS    50.0      113.00  !  Junmei et al, 1999
  420. HA   CM   HA    35.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  421. HA   CM   CD    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  422. HA   CM   CT    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  423. C    CS   CS    63.0      120.70  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA thy
  424. C    CS   CT    70.0      119.70  !
  425. C    CS   HA    50.0      119.70  !
  426. C    CS   H4    50.0      119.70  !
  427. CA   CS   CS    63.0      117.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA cyt
  428. CA   CS   HA    50.0      123.30  !
  429. CA   CS   H4    50.0      123.30  !
  430. CM   CS   CT    70.0      119.70  !
  431. CS   CS   HA    50.0      119.70  !
  432. CS   CS   H4    50.0      119.70  !
  433. CS   CS   NG    70.0      121.20  !
  434. CS   CS   OS    80.0      125.00  !  Junmei et al, 1999
  435. H4   CS   NG    50.0      119.10  !
  436. H4   CS   OS    50.0      113.00  !  Junmei et al, 1999
  437. HA   CS   HA    35.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  438. HA   CS   CD    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  439. HA   CS   CT    50.0      120.00  !  Junmei et al, 1999
  440. NC   CQ   NC    70.0      129.10  !
  441. H5   CQ   NC    50.0      115.45  !
  442. H1   CT   H1    35.0      109.50  !
  443. H1   CX   H1    35.0      109.50  !  (was H1-CT-H1)
  444. H1   CT   NG    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  445. H1   CT   OH    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  446. H1   CT   OS    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  447. H1   CT   CM    50.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  448. H1   CT   CS    50.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  449. H1   CT   CY    50.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  450. H1   CT   CZ    50.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  451. H1   CT   N     50.0      109.50  !  AA general  changed based on NMA nmodes
  452. H1   CX   N     50.0      109.50  !  AA general  (was H1-CT-N)
  453. H1   CT   S     50.0      109.50  !  AA cys     changed based on NMA nmodes
  454. H1   CT   SH    50.0      109.50  !  AA cyx     changed based on NMA nmodes
  455. H1   CT   N2    50.0      109.50  !  AA arg     changed based on NMA nmodes
  456. H1   CT   NT    50.0      109.50  !  neutral amines
  457. H2   CT   H2    35.0      109.50  !  AA lys
  458. H2   CT   NG    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  459. H2   CT   OS    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  460. HP   CT   HP    35.0      109.50  !  AA lys, ch3nh4+
  461. HP   CX   HP    35.0      109.50  !  AA lys, ch3nh4+ (was HP-CT-HP)
  462. HP   CT   N3    50.0      109.50  !  AA lys, ch3nh3+, changed based on NMA nmodes
  463. HP   CX   N3    50.0      109.50  !  AA lys, ch3nh3+, changed based on NMA nmodes (was HP-CT-N3)
  464. HC   CT   HC    35.0      109.50  !
  465. HC   CT   CM    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  466. HC   CT   CS    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  467. HC   CT   CD    50.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  468. HC   CT   CZ    50.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  469. C    CT   H1    50.0      109.50  !  AA general  changed based on NMA nmodes
  470. C    CX   H1    50.0      109.50  !  AA general  (was C-CT-H1)
  471. C    CT   HP    50.0      109.50  !  AA zwitterion  changed based on NMA nmodes
  472. C    CX   HP    50.0      109.50  !  AA zwitterion  changed based on NMA nmodes (was C -CT-HP)
  473. C    CT   HC    50.0      109.50  !  AA gln      changed based on NMA nmodes
  474. C    CT   N     63.0      110.10  !  AA general
  475. C    CX   N     63.0      110.10  !  AA general  (was C-CT-N)
  476. C    CT   N3    80.0      111.20  !  AA amino terminal residues
  477. C    CX   N3    80.0      111.20  !  AA amino terminal residues (was C -CT-N3)
  478. C    CT   CT    63.0      111.10  !  AA general
  479. C    CT   CX    63.0      111.10  !  AA general (was C -CT-CT)
  480. C    CX   CT    63.0      111.10  !  AA general  (was C-CT-CT)
  481. C    CT   OS    60.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  482. CA   CT   HC    50.0      109.50  !  AA tyr     changed based on NMA nmodes
  483. CC   CT   CT    63.0      113.10  !  AA his
  484. CC   CT   CX    63.0      113.10  !  AA his (was CC-CT-CT)
  485. CC   CT   HC    50.0      109.50  !  AA his     changed based on NMA nmodes
  486. CM   CT   CT    63.0      111.00  !  Junmei et al, 1999 (last change: Mar24,99)
  487. CM   CT   OS    50.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  488. CS   CT   CT    63.0      111.00  !  Junmei et al, 1999 (last change: Mar24,99)
  489. CS   CT   OS    50.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  490. CT   CT   CT    40.0      109.50  !
  491. CT   CT   CX    40.0      109.50  !  (was CT-CT-CT)
  492. CT   CT   HC    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  493. CX   CT   HC    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HC)
  494. CT   CT   H1    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  495. CT   CX   H1    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-H1)
  496. CX   CT   H1    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-H1)
  497. CT   CT   H2    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  498. CT   CT   HP    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  499. CT   CX   HP    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
  500. CT   CT   NG    50.0      109.50  !
  501. CT   CT   OH    50.0      109.50  !
  502. CX   CT   OH    50.0      109.50  !  (was CT-CT-OH)
  503. CT   CT   OS    50.0      109.50  !
  504. CT   CT   S     50.0      114.70  !  AA cyx            (SCHERAGA  JPC 79,1428)
  505. CX   CT   S     50.0      114.70  !  AA cyx            (SCHERAGA  JPC 79,1428) (was CT-CT-S )
  506. CT   CT   SH    50.0      108.60  !  AA cys
  507. CX   CT   SH    50.0      108.60  !  AA cys (was CT-CT-SH)
  508. CT   CT   CA    63.0      114.00  !  AA phe tyr          (SCH JPC  79,2379)
  509. CX   CT   CA    63.0      114.00  !  AA phe tyr          (SCH JPC  79,2379) (was CT-CT-CA)
  510. CT   CT   N2    80.0      111.20  !  AA arg             (JCP 76, 1439)
  511. CT   CT   N     80.0      109.70  !  AA ala, general    (JACS 94, 2657)
  512. CT   CX   N     80.0      109.70  !  AA ala, general    (was CT-CT-N)
  513. CT   CT   N3    80.0      111.20  !  AA lys             (JCP 76, 1439)
  514. CT   CX   N3    80.0      111.20  !  AA lys             (JCP 76, 1439) (was CT-CT-N3)
  515. CT   CT   NT    80.0      111.20  !  neutral amines
  516. CT   CT   CY    63.0      110.00  !  Junmei et al, 1999    
  517. CT   CT   CZ    63.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  518. CG   CT   CT    63.0      115.60  !  AA trp
  519. CG   CT   CX    63.0      115.60  !  AA trp (was C*-CT-CT)
  520. CG   CT   HC    50.0      109.50  !  AA trp    changed based on NMA nmodes
  521. OS   CT   OS   160.0      101.00  !  Junmei et al, 1999
  522. OS   CT   CY    50.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  523. OS   CT   CZ    50.0      110.00  !  Junmei et al, 1999
  524. OS   CT   NG    50.0      109.50  !
  525. F    CT   F     77.0      109.10  !  JCC,13,(1992),963;
  526. F    CT   H1    50.0      109.50  !  JCC,13,(1992),963;
  527. F    CT   CT    50.0      109.00  !  
  528. F    CT   H2    50.0      109.50  !
  529. Cl   CT   CT    50.0      108.50  !  (6-31g* opt value)
  530. Cl   CT   H1    50.0      108.50  !  (6-31g* opt value)  
  531. Br   CT   CT    50.0      108.00  !  Junmei et al 99
  532. Br   CT   H1    50.0      106.50  !  Junmei et al 99
  533. I    CT   CT    50.0      106.00  !  Junmei et al,99
  534. CT   CC   NA    70.0      120.00  !  AA his
  535. CT   CC   CV    70.0      120.00  !  AA his
  536. CT   CC   NB    70.0      120.00  !  AA his
  537. CV   CC   NA    70.0      120.00  !  AA his
  538. CW   CC   NA    70.0      120.00  !  AA his
  539. CW   CC   NB    70.0      120.00  !  AA his
  540. CT   CC   CW    70.0      120.00  !  AA his
  541. H5   CR   NA    50.0      120.00  !  AA his
  542. H5   CR   NB    50.0      120.00  !  AA his
  543. NA   CR   NA    70.0      120.00  !  AA his
  544. NA   CR   NB    70.0      120.00  !  AA his
  545. CC   CV   H4    50.0      120.00  !  AA his
  546. CC   CV   NB    70.0      120.00  !  AA his
  547. H4   CV   NB    50.0      120.00  !  AA his
  548. CC   CW   H4    50.0      120.00  !  AA his
  549. CC   CW   NA    70.0      120.00  !  AA his
  550. CG   CW   H4    50.0      120.00  !  AA trp
  551. CG   CW   NA    70.0      108.70  !  AA trp
  552. H4   CW   NA    50.0      120.00  !  AA his
  553. CB   CG   CT    70.0      128.60  !  AA trp
  554. CB   CG   CW    63.0      106.40  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA trp
  555. CT   CG   CW    70.0      125.00  !  AA trp
  556. CA   CN   CB    63.0      122.70  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; AA trp
  557. CA   CN   NA    70.0      132.80  !  AA trp
  558. CB   CN   NA    70.0      104.40  !  AA trp
  559. CT   CY   NY    80.0      180.00  !  Junmei et al, 1999
  560. CT   CZ   CZ    80.0      180.00  !  Junmei et al, 1999
  561. CZ   CZ   HZ    50.0      180.00  !  Junmei et al, 1999
  562. C    N    CT    50.0      121.90  !  AA general
  563. C    N    CX    50.0      121.90  !  AA general  (was C-N-CT)
  564. C    N    H     50.0      120.00  !  AA general, gln, asn,changed based on NMA nmodes
  565. CT   N    H     50.0      118.04  !  AA general,     changed based on NMA nmodes
  566. CX   N    H     50.0      118.04  !  AA general,     (was CT-N-H)
  567. CT   N    CT    50.0      118.00  !  AA pro             (DETAR JACS 99,1232)
  568. CT   N    CX    50.0      118.00  !  AA pro             (DETAR JACS 99,1232) (was CT-N -CT)
  569. H    N    H     35.0      120.00  !  ade,cyt,gua,gln,asn     **
  570. C    NG   CM    70.0      121.60  !
  571. C    NG   CS    70.0      121.60  !
  572. C    NG   CT    70.0      117.60  !
  573. C    NG   H     50.0      119.20  !  changed based on NMA nmodes
  574. CB   NG   CK    70.0      105.40  !
  575. CB   NG   CP    70.0      105.40  !
  576. CB   NG   CT    70.0      125.80  !
  577. CB   NG   H     50.0      125.80  !  for unmethylated n.a. bases,chngd bsd NMA nmodes
  578. CK   NG   CT    70.0      128.80  !
  579. CK   NG   H     50.0      128.80  !  for unmethylated n.a. bases,chngd bsd NMA nmodes
  580. CP   NG   CT    70.0      128.80  !
  581. CP   NG   H     50.0      128.80  !  for unmethylated n.a. bases,chngd bsd NMA nmodes
  582. CM   NG   CT    70.0      121.20  !
  583. CM   NG   H     50.0      121.20  !  for unmethylated n.a. bases,chngd bsd NMA nmodes
  584. CS   NG   CT    70.0      121.20  !
  585. CS   NG   H     50.0      121.20  !  for unmethylated n.a. bases,chngd bsd NMA nmodes
  586. CA   N2   H     50.0      120.00  !  
  587. CA   N2   CT    50.0      123.20  !  AA arg
  588. CT   N2   H     50.0      118.40  !  AA arg
  589. H    N2   H     35.0      120.00  !  
  590. CT   N3   H     50.0      109.50  !  AA lys,     changed based on NMA nmodes
  591. CX   N3   H     50.0      109.50  !  AA lys,     changed based on NMA nmodes (was CT-N3-H )
  592. CT   N3   CT    50.0      109.50  !  AA pro/nt
  593. CT   N3   CX    50.0      109.50  !  AA pro/nt (was CT-N3-CT)
  594. H    N3   H     35.0      109.50  !  AA lys, AA(end)
  595. CT   NT   H     50.0      109.50  !  neutral amines
  596. CT   NT   CT    50.0      109.50  !  neutral amines
  597. H    NT   H     35.0      109.50  !  neutral amines
  598. C    NA   C     70.0      126.40  !
  599. C    NA   CA    70.0      125.20  !
  600. C    NA   H     50.0      116.80  !  changed based on NMA nmodes
  601. CA   NA   H     50.0      118.00  !  changed based on NMA nmodes
  602. CC   NA   CR    70.0      120.00  !  AA his
  603. CC   NA   H     50.0      120.00  !  AA his,    changed based on NMA nmodes
  604. CR   NA   CW    70.0      120.00  !  AA his
  605. CR   NA   H     50.0      120.00  !  AA his,    changed based on NMA nmodes
  606. CW   NA   H     50.0      120.00  !  AA his,    changed based on NMA nmodes
  607. CN   NA   CW    70.0      111.60  !  AA trp
  608. CN   NA   H     50.0      123.10  !  AA trp,    changed based on NMA nmodes
  609. CB   NB   CK    70.0      103.80  !
  610. CB   NB   CP    70.0      103.80  !
  611. CC   NB   CR    70.0      117.00  !  AA his
  612. CR   NB   CV    70.0      117.00  !  AA his
  613. C    NC   CA    70.0      120.50  !
  614. CA   NC   CB    70.0      112.20  !
  615. CA   NC   CQ    70.0      118.60  !
  616. CB   NC   CQ    70.0      111.00  !
  617. C    OH   HO    50.0      113.00  !  (not used in tyr anymore)
  618. CA   OH   HO    50.0      113.00  !  replacement in tyr
  619. CT   OH   HO    55.0      108.50  !
  620. HO   OH   P     45.0      108.50  !
  621. C    OS   CT    60.0      117.00  !  Junmei et al, 1999
  622. CM   OS   CT    60.0      117.00  !  Junmei et al, 1999
  623. CS   OS   CT    60.0      117.00  !  Junmei et al, 1999
  624. CT   OS   CT    60.0      109.50  !
  625. CT   OS   P    100.0      120.50  !
  626. C    OS   P    100.0      120.50  !  phosphotyrosine
  627. P    OS   P    100.0      120.50  !
  628. O2   P    OH    45.0      108.23  !
  629. O2   P    O2   140.0      119.90  !
  630. OP   P    OP   140.0      119.90  !
  631. OP   P    OS   100.0      108.23  !
  632. O2   P    OS   100.0      108.23  !
  633. OH   P    OS    45.0      102.60  !
  634. OS   P    OS    45.0      102.60  !
  635. CT   S    CT    62.0       98.90  !  AA met
  636. CT   S    S     68.0      103.70  !  AA cyx             (SCHERAGA  JPC 79,1428)
  637. CT   SH   HS    43.0       96.00  !  changed from 44.0 based on methanethiol nmodes
  638. HS   SH   HS    35.0       92.07  !  AA cys
  639. CB   NB   EP   150.0       126.0  !  NA
  640. CC   NB   EP   150.0       126.0  !  his,NA
  641. CK   NB   EP   150.0       126.0  !  NA
  642. CP   NB   EP   150.0       126.0  !  NA
  643. CR   NB   EP   150.0       126.0  !  his,NA
  644. CV   NB   EP   150.0       126.0  !  his,NA
  645. C    NC   EP   150.0       120.0  !  NA
  646. CA   NC   EP   150.0       120.0  !  NA
  647. CB   NC   EP   150.0       120.0  !  NA
  648. CQ   NC   EP   150.0       120.0  !  NA
  649. CT   N3   EP   150.0       109.5  !  in neutral lysine
  650. H    N3   EP   150.0       109.5  !  in neutral lysine
  651. CT   NT   EP   150.0       109.5  !
  652. H    NT   EP   150.0       109.5  !
  653. C    O    EP   150.0       120.0  !
  654. EP   O    EP   150.0       120.0  !
  655. C    OH   EP   150.0       120.0  !
  656. CT   OH   EP   150.0       109.5  !
  657. HO   OH   EP   150.0       109.5  !
  658. EP   OH   EP   150.0       109.5  !
  659. C    OS   EP   150.0       109.5  !
  660. CM   OS   EP   150.0       109.5  !  methyl vinyl ether
  661. CS   OS   EP   150.0       109.5  !  methyl vinyl ether
  662. CT   OS   EP   150.0       109.5  !
  663. EP   OS   EP   150.0       109.5  !
  664. CT   S    EP   150.0        90.0  !  cys,cyx,met
  665. CT   SH   EP   150.0        90.0  !  cys,cyx,met
  666. P    OS   EP   150.0       109.5  !  NA
  667. EP   S    EP   150.0       180.0  !  cys,cyx,met
  668. EP   SH   EP   150.0       180.0  !  cys,cyx,met
  669. HS   SH   EP   150.0        90.0  !  cys  
  670. H1   CI   CT    50.0      109.50  !  parmbsc0
  671. H1   CI   H1    35.0      109.50  !  parmbsc0
  672. CI   CT   H1    50.0      109.50  !  parmbsc0
  673. CI   CT   OS    50.0      109.50  !  parmbsc0
  674. CI   CT   CT    40.0      109.50  !  parmbsc0
  675. OS   CI   H1    50.0      109.50  ! parmbsc0
  676. OS   CI   CT    50.0      109.50  ! parmbsc0
  677. P    OS   CI   100.0      120.50  ! parmbsc0
  678. OH   CI   H1    50.0      109.50  ! parmbsc0
  679. OH   CI   CT    50.0      109.50  ! parmbsc0
  680. HO   OH   CI    55.0      108.50  ! parmbsc0
  681. H5   C5   NG    50.0      123.05  !
  682. H5   C5   NB    50.0      123.05  !
  683. NG   C5   NB    70.0      113.90  !
  684. CB   NG   C5    70.0      105.40  !
  685. C5   NG   CT    70.0      128.80  !
  686. CB   NB   C5    70.0      103.80  !
  687. C4   C    NA    70.0      114.10  !
  688. C4   C    O     80.0      125.30  !
  689. C4   CA   N2    70.0      120.10  !
  690. C4   CA   NC    70.0      121.50  !
  691. C    C4   C4    63.0      120.70  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA thy
  692. C    C4   CT    70.0      119.70  !
  693. C    C4   HA    50.0      119.70  !
  694. C    C4   H4    50.0      119.70  !
  695. CA   C4   C4    63.0      117.00  !  changed from 85.0  bsd on C6H6 nmodes; NA cyt
  696. CA   C4   HA    50.0      123.30  !
  697. CA   C4   H4    50.0      123.30  !
  698. C4   C4   CT    70.0      119.70  !
  699. C4   C4   HA    50.0      119.70  !
  700. C4   C4   H4    50.0      119.70  !
  701. C4   C4   NG    70.0      121.20  !
  702. H4   C4   NG    50.0      119.10  !
  703. H1   CT   C4    50.0      109.50  !  Junmei et al, 1999
  704. HC   CT   C4    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes
  705. C    NG   C4    70.0      121.60  !
  706. C4   NG   CT    70.0      121.20  !
  707. EP   S    S    150.0       96.70  !  AA cyx (dac, from parm91 LP-S-S)
  708. N    C    C2  70.0      116.60  !
  709. O    C    C2  80.0      120.40  !
  710. OH   C    C2  80.0      110.00  !
  711. CB   CG   C2  70.0      128.60  !
  712. CW   CG   C2  70.0      125.00  !
  713. C8   C8   C8    40.0      109.50  !
  714. C8   C8   CX    40.0      109.50  !
  715. C8   C8   H1    50.0      109.50  !
  716. C8   C8   HC    50.0      109.50  !
  717. C8   C8   HP    50.0      109.50  !
  718. C8   C8   N2    80.0      111.20  !
  719. C8   C8   N3    80.0      111.20  !
  720. CX   C8   HC    50.0      109.50  !
  721. H1   C8   H1    35.0      109.50  !
  722. H1   C8   N2    50.0      109.50  !
  723. HC   C8   HC    35.0      109.50  !
  724. HP   C8   HP    35.0      109.50  !
  725. HP   C8   N3    50.0      109.50  !
  726. CA   CA   C2  70.0      120.00  !
  727. CV   CC   C2  70.0      120.00  !
  728. CW   CC   C2  70.0      120.00  !
  729. NA   CC   C2  70.0      120.00  !
  730. NB   CC   C2  70.0      120.00  !
  731. O2   CO   O2    80.0      126.00  !
  732. O2   CO   C2  70.0      117.00  !
  733. HC   CT   C2  50.0      109.50  !
  734. HC   CT   C3    50.0      109.50  !
  735. C    CX   C8    63.0      111.10  !
  736. C    CX   C2  63.0      111.10  !
  737. C    CX   C3    63.0      111.10  !
  738. C8   CX   H1    50.0      109.50  !
  739. C8   CX   N     80.0      109.70  !
  740. C8   CX   N3    80.0      111.20  !
  741. H1   CX   C2  50.0      109.50  !
  742. H1   CX   C3    50.0      109.50  !
  743. HP   CX   C8    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
  744. HP   CX   CG    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
  745. HP   CX   C2  50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
  746. HP   CX   C3    50.0      109.50  !  changed based on NMA nmodes (was CT-CT-HP)
  747. N    CX   C2  80.0      109.70  !
  748. N    CX   C3    80.0      109.70  !
  749. N3   CX   C2  80.0      111.20  !
  750. N3   CX   C3    80.0      111.20  !
  751. C8   N2   CA    50.0      123.20  !
  752. C8   N2   H     50.0      118.40  !
  753. C8   N3   H     50.0      109.50  !
  754. HO   OH   C2  55.0      108.50  !
  755. HO   OH   C3    55.0      108.50  !
  756. CT   S    C2  62.0       98.90  !
  757. C2   S    S     68.0      103.70  !
  758. HS   SH   C2  43.0       96.00  !
  759. C    C2 CX    63.0      111.10  !
  760. C    C2 HC    50.0      109.50  !
  761. C    C2 C2    63.0      111.10  !
  762. CG   C2 CX    63.0      115.60  !
  763. CG   C2 HC    50.0      109.50  !
  764. CA   C2 CX    63.0      114.00  !
  765. CA   C2 HC    50.0      109.50  !
  766. CC   C2 CX    63.0      113.10  !
  767. CC   C2 HC    50.0      109.50  !
  768. CO   C2 CX    63.0      111.10  !
  769. CO   C2 HC    50.0      109.50  !
  770. CO   C2 C2    63.0      111.10  !
  771. CT   C2 HC    50.0      109.50  !
  772. CT   C2 C3    40.0      109.50  !
  773. CX   C2 H1    50.0      109.50  !
  774. CX   C2 HC    50.0      109.50  !
  775. CX   C2 OH    50.0      109.50  !
  776. CX   C2 S     50.0      114.70  !
  777. CX   C2 SH    50.0      108.60  !
  778. CX   C2 C2    40.0      109.50  !
  779. CX   C2 C3    40.0      109.50  !
  780. H1   C2 H1    35.0      109.50  !
  781. H1   C2 OH    50.0      109.50  !
  782. H1   C2 S     50.0      109.50  !
  783. H1   C2 SH    50.0      109.50  !
  784. H1   C2 C2    50.0      109.50  !
  785. HC   C2 HC    35.0      109.50  !
  786. HC   C2 C2    50.0      109.50  !
  787. HC   C2 C3    50.0      109.50  !
  788. S    C2 C2    50.0      114.70  !
  789. CT   C3   CT    40.0      109.50  !
  790. CT   C3   CX    40.0      109.50  !
  791. CT   C3   H1    50.0      109.50  !
  792. CT   C3   HC    50.0      109.50  !
  793. CT   C3   OH    50.0      109.50  !
  794. CT   C3   C2  40.0      109.50  !
  795. CX   C3   H1    50.0      109.50  !
  796. CX   C3   HC    50.0      109.50  !
  797. CX   C3   OH    50.0      109.50  !
  798. CX   C3   C2  40.0      109.50  !
  799. H1   C3   OH    50.0      109.50  !
  800. HC   C3   C2  50.0      109.50  !
  801.  
  802. PHI
  803. X   C   C   X    3.62500000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  804. X   C   CA  X    3.62500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  805. X   C   CB  X    3.00000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  806. X   C   CM  X    2.17500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  807. X   C   CS  X    2.17500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  808. X   C   CT  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  809. X   C   CX  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was X -C -CT-X )
  810. X   C   N   X    2.50000000     2   180.0   !  AA,NMA
  811. X   C   NG  X    1.45000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  812. X   C   NA  X    1.35000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  813. X   C   NC  X    4.00000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  814. X   C   O   X    2.80000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  815. X   C   OH  X    2.30000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  816. X   C   OS  X    2.70000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  817. X   CA  CA  X    3.62500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  818. X   CA  CB  X    3.50000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  819. X   CA  CM  X    2.55000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  820. X   CA  CS  X    2.55000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  821. X   CA  CN  X    3.62500000     2   180.0   !  reinterpolated 93'
  822. X   CA  CT  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  823. X   CA  N2  X    2.40000000     2   180.0   !  reinterpolated 93'
  824. X   CA  NA  X    1.50000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  825. X   CA  NC  X    4.80000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  826. X   CA  OH  X    0.90000000     2   180.0   !  Junmei et al, 99
  827. X   CB  CB  X    5.45000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  828. X   CB  CN  X    3.00000000     2   180.0   !  reinterpolated 93'
  829. X   CB  NG  X    1.65000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  830. X   CB  NB  X    2.55000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  831. X   CB  NC  X    4.15000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  832. X   CC  CT  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  833. X   CC  CV  X    5.15000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  834. X   CC  CW  X    5.37500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  835. X   CC  NA  X    1.40000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  836. X   CC  NB  X    2.40000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  837. X   CD  CD  X    1.00000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  838. X   CD  CT  X    0.00000000     2   0.000   !  Junmei et al, 1999
  839. X   CD  CM  X    6.65000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  840. X   CD  CS  X    6.65000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  841. X   CK  NG  X    1.70000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  842. X   CK  NB  X    10.0000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  843. X   CP  NG  X    1.70000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  844. X   CP  NB  X    10.0000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  845. X   CM  CM  X    6.65000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  846. X   CM  CT  X    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  847. X   CM  NG  X    1.85000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  848. X   CM  OS  X    1.05000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  849. X   CS  CS  X    6.65000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  850. X   CS  CT  X    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  851. X   CS  NG  X    1.85000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  852. X   CS  OS  X    1.05000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  853. X   CN  NA  X    1.52500000     2   180.0   !  reinterpolated 93'
  854. X   CQ  NC  X    6.80000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  855. X   CT  CT  X    0.15555556     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  856. X   CT  CX  X    0.15555556     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was X -CT-CT-X )
  857. X   CT  CY  X    0.00000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  858. X   CT  CZ  X    0.00000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  859. X   CT  N   X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  860. X   CX  N   X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was X -CT-N -X )
  861. X   CT  NG  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  862. X   CT  N2  X    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  863. X   CT  NT  X    0.30000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  864. X   CT  N3  X    0.15555556     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  865. X   CX  N3  X    0.15555556     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was X -CT-N3-X )
  866. X   CT  OH  X    0.16666667     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  867. X   CT  OS  X    0.38333333     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  868. X   CT  S   X    0.33333333     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  869. X   CT  SH  X    0.25000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  870. X   CG  CB  X    1.67500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.onC6H6aa
  871. X   CG  CT  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  872. X   CG  CW  X    6.52500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  873. X   CR  NA  X    2.32500000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  874. X   CR  NB  X    5.00000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  875. X   CV  NB  X    2.40000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  876. X   CW  NA  X    1.50000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  877. X   OH  P   X    0.25000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  878. X   OS  P   X    0.25000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  879. X   CI  OS  X    0.38333333     3   0.000   !
  880. X   CI  OH  X    0.16666667     3   0.000   !
  881. X   CI  CT  X    0.15555556     3   0.000   !
  882. X   C5  NG  X    1.70000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  883. X   C5  NB  X    10.0000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  884. X   C   C4  X    2.17500000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  885. X   CA  C4  X    2.55000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  886. X   C4  C4  X    6.65000000     2   180.0   !  intrpol.bsd.on C6H6
  887. X   C4  CT  X    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  888. X   C4  NG  X    1.85000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  889. CT  OS  CT  CI   0.38300000     3   0.000   !
  890. CT  OS  CT  CI   0.10000000     2   180.0   !
  891. H1  CI  CT  OS   0.25000000     1   0.000   !
  892. H1  CI  CT  OH   0.25000000     1   0.000   !
  893. H1  CT  CI  OS   0.25000000     1   0.000   !
  894. H1  CT  CI  OH   0.25000000     1   0.000   !
  895. CI  CT  CT  CT   0.18000000     3   0.000   !
  896. CI  CT  CT  CT   0.25000000     2   180.0   !
  897. CI  CT  CT  CT   0.20000000     1   180.0   !
  898. OP  P   OS  CA   0.00000000     1   180.0   !  phosphotyrosine
  899. CC  NA  P   OP   0.24000000     3   0.000   !  phosphohistidine
  900. CR  NA  P   OP   0.00000000     3   0.000   !  phosphohistidine
  901. OS  P   OS  CI   0.18518100     1   31.79508   !  alfa
  902. OS  P   OS  CI   1.25653100     2   351.95960   !  alfa
  903. OS  P   OS  CI   0.35485800     3   357.24748   !  alfa
  904. OH  P   OS  CI   0.18518100     1   31.79508   !  alfa
  905. OH  P   OS  CI   1.25653100     2   351.95960   !  alfa
  906. OH  P   OS  CI   0.35485800     3   357.24748   !  alfa
  907. CT  CT  CI  OS   1.17804000     1   190.97653   !  gamma
  908. CT  CT  CI  OS   0.09210200     2   295.63279   !  gamma
  909. CT  CT  CI  OS   0.96283000     3   348.09535   !  gamma
  910. CT  CT  CI  OH   1.17804000     1   190.97653   !  gamma
  911. CT  CT  CI  OH   0.09210200     2   295.63279   !  gamma
  912. CT  CT  CI  OH   0.96283000     3   348.09535   !  gamma
  913. HC  CT  C4  C4   0.38000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999
  914. HC  CT  C4  C4   1.15000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  915. C4  C4  C   O    2.17500000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  916. C4  C4  C   O    0.30000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  917. OS  CT  NG  C5   0.96561000     1   68.7902   !  ol3 chi ade
  918. OS  CT  NG  C5   1.07403000     2   15.6360   !  ol3 chi ade
  919. OS  CT  NG  C5   0.45754000     3   171.5787   !  ol3 chi ade
  920. OS  CT  NG  C5   0.30917000     4   19.0921   !  ol3 chi ade
  921. OS  CT  NG  CP   0.70510000     1   74.7558   !  ol3 chi gua
  922. OS  CT  NG  CP   1.06546000     2   6.2286   !  ol3 chi gua
  923. OS  CT  NG  CP   0.44273000     3   168.6503   !  ol3 chi gua
  924. OS  CT  NG  CP   0.25602000     4   3.9746   !  ol3 chi gua
  925. OS  CT  NG  C4   1.22506000     1   146.9892   !  ol3 chi cyt
  926. OS  CT  NG  C4   1.63459000     2   16.4766   !  ol3 chi cyt
  927. OS  CT  NG  C4   0.93747000     3   185.8774   !  ol3 chi cyt
  928. OS  CT  NG  C4   0.31033000     4   32.1590   !  ol3 chi cyt
  929. OS  CT  NG  CS   1.02514000     1   149.8583   !  ol3 chi ura
  930. OS  CT  NG  CS   1.74876000     2   16.7648   !  ol3 chi ura
  931. OS  CT  NG  CS   0.58150000     3   179.3474   !  ol3 chi ura
  932. OS  CT  NG  CS   0.35148000     4   16.0016   !  ol3 chi ura
  933. C   N   CX  C    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  934. C   N   CX  C    0.42000000     3   0.000   !  phases for phi
  935. C   N   CX  C    0.27000000     2   0.000   !
  936. C   N   CX  C    0.00000000     1   0.000   !
  937. N   CX  C   N    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  938. N   CX  C   N    0.55000000     3   180.0   !  phases for psi
  939. N   CX  C   N    1.58000000     2   180.0   !
  940. N   CX  C   N    0.45000000     1   180.0   !
  941. CT  CT  N   C    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  942. CT  CT  N   C    0.40000000     3   0.000   !  phases for phi'
  943. CT  CT  N   C    2.00000000     2   0.000   !
  944. CT  CT  N   C    2.00000000     1   0.000   !
  945. !CT  CX  N   C    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  946. !CT  CX  N   C    0.40000000     3   0.000   !  phases for phi'
  947. !CT  CX  N   C    2.00000000     2   0.000   !
  948. !CT  CX  N   C    2.00000000     1   0.000   !
  949. CT  CT  C   N    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  950. CT  CT  C   N    0.40000000     3   0.000   !  phases for psi'
  951. CT  CT  C   N    0.20000000     2   0.000   !
  952. CT  CT  C   N    0.20000000     1   0.000   !
  953. !CT  CX  C   N    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  954. !CT  CX  C   N    0.40000000     3   0.000   !  phases for psi'
  955. !CT  CX  C   N    0.20000000     2   0.000   !
  956. !CT  CX  C   N    0.20000000     1   0.000   !
  957. CX  CT  C   N    0.00000000     4   0.000   !  four amplitudes and
  958. CX  CT  C   N    0.40000000     3   0.000   !  phases for psi'
  959. CX  CT  C   N    0.20000000     2   0.000   !
  960. CX  CT  C   N    0.20000000     1   0.000   !
  961. H   N   C   O    2.50000000     2   180.0   !  JCC,7,(1986),230
  962. H   N   C   O    2.00000000     1   0.000   !  J.C.cistrans-NMA DE
  963. CT  S   S   CT   3.50000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  964. CT  S   S   CT   0.60000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  965. OH  P   OS  CT   0.25000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  966. OH  P   OS  CT   1.20000000     2   0.000   !  gg&gt ene.631g*/mp2
  967. OS  P   OS  CT   0.25000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  968. OS  P   OS  CT   1.20000000     2   0.000   !  gg&gt ene.631g*/mp2
  969. H1  CT  C   O    0.80000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  970. H1  CT  C   O    0.00000000     2   0.000   !  Explicit of wild card X-C-CT-X
  971. H1  CT  C   O    0.08000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999
  972. H1  CX  C   O    0.80000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was H1-CT-C -O )
  973. H1  CX  C   O    0.00000000     2   0.000   !  Explicit of wild card X-C-CT-X
  974. H1  CX  C   O    0.08000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999 (was H1-CT-C -O )
  975. HC  CT  C   O    0.80000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  976. HC  CT  C   O    0.00000000     2   0.000   !  Explicit of wild card X-C-CT-X
  977. HC  CT  C   O    0.08000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999
  978. HC  CT  CT  HC   0.15000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  979. HC  CT  CT  CT   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  980. HC  CT  CT  CX   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was HC-CT-CT-CT)
  981. HC  CT  CM  CM   0.38000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999
  982. HC  CT  CM  CM   1.15000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  983. HC  CT  CS  CS   0.38000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999
  984. HC  CT  CS  CS   1.15000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  985. HO  OH  CT  CT   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  986. HO  OH  CT  CT   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  987. HO  OH  CT  CX   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was HO-OH-CT-CT)
  988. HO  OH  CT  CX   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was HO-OH-CT-CT)
  989. HO  OH  C   O    2.30000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  990. HO  OH  C   O    1.90000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  991. CM  CM  C   O    2.17500000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  992. CM  CM  C   O    0.30000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  993. CT  CM  CM  CT   6.65000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  994. CT  CM  CM  CT   1.90000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  995. CS  CS  C   O    2.17500000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  996. CS  CS  C   O    0.30000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  997. CT  CS  CS  CT   6.65000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  998. CT  CS  CS  CT   1.90000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  999. CT  CT  CT  CT   0.18000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1000. CT  CT  CT  CT   0.25000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1001. CT  CT  CT  CT   0.20000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1002. CX  CT  CT  CT   0.18000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was CT-CT-CT-CT)
  1003. CX  CT  CT  CT   0.25000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999 (was CT-CT-CT-CT)
  1004. CX  CT  CT  CT   0.20000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999 (was CT-CT-CT-CT)
  1005. CT  CT  NT  CT   0.30000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1006. CT  CT  NT  CT   0.48000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1007. CT  CT  OS  CT   0.38300000     3   0.000   !
  1008. CT  CT  OS  CT   0.10000000     2   180.0   !
  1009. CT  CT  OS  C    0.38300000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1010. CT  CT  OS  C    0.80000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1011. CT  OS  CT  OS   0.10000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1012. CT  OS  CT  OS   0.85000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1013. CT  OS  CT  OS   1.35000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1014. CT  OS  CT  NG   0.38300000     3   0.000   !  parm98.dat, TC,PC,PAK
  1015. CT  OS  CT  NG   0.65000000     2   0.000   !  Piotr et al.
  1016. CT  CZ  CZ  HZ   0.00000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1017. O   C   OS  CT   2.70000000     2   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1018. O   C   OS  CT   1.40000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1019. OS  CT  NG  CK   0.00000000     2   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1020. OS  CT  NG  CK   2.50000000     1   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1021. OS  CT  NG  CM   0.00000000     2   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1022. OS  CT  NG  CM   2.50000000     1   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1023. OS  CT  CT  OS   0.14400000     3   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1024. OS  CT  CT  OS   1.17500000     2   0.000   !  Piotr et al.
  1025. OS  CT  CT  OH   0.14400000     3   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1026. OS  CT  CT  OH   1.17500000     2   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1027. OH  CT  CT  OH   0.14400000     3   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1028. OH  CT  CT  OH   1.17500000     2   0.000   !  parm98, TC,PC,PAK
  1029. F   CT  CT  F    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1030. F   CT  CT  F    1.20000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1031. Cl  CT  CT  Cl   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1032. Cl  CT  CT  Cl   0.45000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1033. Br  CT  CT  Br   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1034. Br  CT  CT  Br   0.00000000     1   180.0   !  Junmei et al, 1999
  1035. H1  CT  CT  OS   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1036. H1  CT  CT  OS   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1037. H1  CT  CT  OH   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1038. H1  CT  CT  OH   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1039. H1  CX  CT  OH   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was H1-CT-CT-OH)
  1040. H1  CX  CT  OH   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was H1-CT-CT-OH)
  1041. H1  CT  CT  F    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1042. H1  CT  CT  F    0.19000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1043. H1  CT  CT  Cl   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1044. H1  CT  CT  Cl   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1045. H1  CT  CT  Br   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1046. H1  CT  CT  Br   0.55000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1047. HC  CT  CT  OS   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1048. HC  CT  CT  OS   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1049. HC  CT  CT  OH   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1050. HC  CT  CT  OH   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1051. HC  CT  CT  F    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1052. HC  CT  CT  F    0.19000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1053. HC  CT  CT  Cl   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1054. HC  CT  CT  Cl   0.25000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1055. HC  CT  CT  Br   0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230
  1056. HC  CT  CT  Br   0.55000000     1   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1057. H1  CT  NT  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1058. CT  CT  NT  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1059. CT  C   N   EP   0.00000000     2   180.000   !
  1060. O   C   N   EP   0.00000000     2   180.000   !
  1061. H1  CT  OH  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1062. CT  CT  OH  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1063. H1  CT  OS  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1064. H2  CT  OS  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1065. CT  CT  OS  EP   0.00000000     3   0.000   !
  1066. CM  CM  OS  EP   0.00000000     2   180.000   !
  1067. HA  CM  OS  EP   0.00000000     2   180.000   !
  1068. H4  CM  OS  EP   0.00000000     2   180.000   !
  1069. CS  CS  OS  EP   0.00000000     2   180.000   !
  1070. HA  CS  OS  EP   0.00000000     2   180.000   !
  1071. H4  CS  OS  EP   0.00000000     2   180.000   !
  1072. N   CT  CT  OH   0.00000000     1   0.000   !  HYP
  1073. N   CT  CT  OH   1.49000000     2   0.000   !  HYP  (JCC 26:1612,2005)
  1074. N   CT  CT  OH   0.15600000     3   0.000   !  HYP
  1075. N   CT  CT  OH   0.00000000     4   0.000   !  HYP
  1076. EP  S   S   CT   0.00000000     3   0.000   !  cyx (dac)
  1077. EP  S   S   EP   0.00000000     3   0.000   !  cyx (dac)
  1078. C8  CX  N   C    0.00000000     4   0.000   !  phi'
  1079. C8  CX  N   C    0.80000000     3   0.000   !
  1080. C8  CX  N   C    1.80000000     2   0.000   !
  1081. C8  CX  N   C    2.00000000     1   0.000   !
  1082. CT  CX  N   C    0.00000000     4   0.000   !
  1083. CT  CX  N   C    0.80000000     3   0.000   !
  1084. CT  CX  N   C    1.80000000     2   0.000   !
  1085. CT  CX  N   C    2.00000000     1   0.000   !
  1086. C2  CX  N   C    0.00000000     4   0.000   !
  1087. C2  CX  N   C    0.80000000     3   0.000   !
  1088. C2  CX  N   C    1.80000000     2   0.000   !
  1089. C2  CX  N   C    2.00000000     1   0.000   !
  1090. C3  CX  N   C    0.00000000     4   0.000   !
  1091. C3  CX  N   C    0.80000000     3   0.000   !
  1092. C3  CX  N   C    1.80000000     2   0.000   !
  1093. C3  CX  N   C    2.00000000     1   0.000   !
  1094. N   C   CX  C8   0.00000000     4   0.000   !  psi'
  1095. N   C   CX  C8   0.40000000     3   0.000   !
  1096. N   C   CX  C8   0.20000000     2   0.000   !
  1097. N   C   CX  C8   0.20000000     1   0.000   !
  1098. N   C   CX  CT   0.00000000     4   0.000   !
  1099. N   C   CX  CT   0.40000000     3   0.000   !
  1100. N   C   CX  CT   0.20000000     2   0.000   !
  1101. N   C   CX  CT   0.20000000     1   0.000   !
  1102. N   C   CX  C2 0.00000000     4   0.000   !
  1103. N   C   CX  C2 0.40000000     3   0.000   !
  1104. N   C   CX  C2 0.20000000     2   0.000   !
  1105. N   C   CX  C2 0.20000000     1   0.000   !
  1106. N   C   CX  C3   0.00000000     4   0.000   !
  1107. N   C   CX  C3   0.40000000     3   0.000   !
  1108. N   C   CX  C3   0.20000000     2   0.000   !
  1109. N   C   CX  C3   0.20000000     1   0.000   !
  1110. N   C   C2  HC   0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (X -C -CT-X )
  1111. O   C   C2  HC   0.08000000     3   180.0   !  Junmei et al, 1999 (HC-CT-C -O )
  1112. O   C   C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1113. O   C   C2  HC   0.80000000     1   0.000   !
  1114. OH  C   C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1115. CB  CG  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (X -C*-CT-X )
  1116. CW  CG  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1117. X   C8  C8  X    0.15555556     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (X -CT-CT-X )
  1118. C8  C8  C8  HC   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999 (was HC-CT-CT-CT)
  1119. CX  C8  C8  HC   0.16000000     3   0.000   !
  1120. HC  C8  C8  HC   0.15000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999 (HC-CT-CT-HC)
  1121. X   C8  CX  X    0.15555556     3   0.000   !
  1122. X   C8  N2  X    0.00000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (X -CT-N2-X )
  1123. X   C8  N3  X    0.15555556     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was X -CT-N3-X )
  1124. X   CA  C2  X    0.00000000     2   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (was X -CA-CT-X )
  1125. C2  CC  CV  H4   5.15000000     2   180.0   !
  1126. C2  CC  CV  NB   5.15000000     2   180.0   !
  1127. C2  CC  CW  H4   5.37500000     2   180.0   !
  1128. C2  CC  CW  NA   5.37500000     2   180.0   !
  1129. C2  CC  NA  CR   1.40000000     2   180.0   !
  1130. C2  CC  NA  H    1.40000000     2   180.0   !
  1131. C2  CC  NB  CR   2.40000000     2   180.0   !
  1132. CV  CC  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1133. CW  CC  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1134. NA  CC  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1135. NB  CC  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1136. O2  CO  C2  HC   0.00000000     2   0.000   !
  1137. H1  CT  S   C2 0.33333333     3   0.000   !
  1138. HC  CT  C2  HC   0.15000000     3   0.000   !
  1139. HC  CT  C2  C3   0.16000000     3   0.000   !
  1140. HC  CT  C3  CT   0.16000000     3   0.000   !
  1141. HC  CT  C3  CX   0.16000000     3   0.000   !
  1142. HC  CT  C3  H1   0.15555556     3   0.000   !
  1143. HC  CT  C3  HC   0.15000000     3   0.000   !
  1144. HC  CT  C3  OH   0.00000000     3   0.000   !
  1145. HC  CT  C3  OH   0.25000000     1   0.000   !
  1146. HC  CT  C3  C2 0.16000000     3   0.000   !
  1147. X   CX  C2  X    0.15555556     3   0.000   !
  1148. H1  CX  C2  OH   0.00000000     3   0.000   !
  1149. H1  CX  C2  OH   0.25000000     1   0.000   !
  1150. X   CX  C3  X    0.15555556     3   0.000   !
  1151. H1  CX  C3  OH   0.00000000     3   0.000   !
  1152. H1  CX  C3  OH   0.25000000     1   0.000   !
  1153. HO  OH  C2  H1   0.16666667     3   0.000   !       JCC,7,(1986),230
  1154. HO  OH  C3  H1   0.16666667     3   0.000   !
  1155. EP  S   S   C2 0.00000000     3   0.000   !  cyx (dac)
  1156. X   S   C2  X    0.33333333     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (X -CT-S -X )
  1157. X   SH  C2  X    0.25000000     3   0.000   !  JCC,7,(1986),230 (X -CT-SH-X )
  1158. X   C2  C2  X    0.15555556     3   0.000   !
  1159. CX  C2  C2  HC   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1160. HC  C2  C2  HC   0.15000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1161. CT  C2  C3  HC   0.16000000     3   0.000   !  Junmei et al, 1999
  1162. CX  C2  C3  HC   0.16000000     3   0.000   !
  1163. HC  C2  C3  CT   0.16000000     3   0.000   !
  1164. HC  C2  C3  CX   0.16000000     3   0.000   !
  1165. HC  C2  C3  HC   0.15000000     3   0.000   !
  1166. C   CX  C8  C8   0.15555556     3   0.000   !  Arg Lys
  1167. N   CX  C8  C8   0.15555556     3   0.000   !
  1168. N3  CX  C8  C8   0.15555556     3   0.000   !
  1169. CX  C8  C8  C8   0.18000000     3   0.000   !
  1170. CX  C8  C8  C8   0.25000000     2   180.0   !
  1171. CX  C8  C8  C8   0.20000000     1   180.0   !
  1172. C8  C8  C8  N2   0.15555556     3   0.000   !
  1173. C8  C8  N2  CA   0.00000000     1   0.000   !
  1174. C8  C8  C8  C8   0.18000000     3   0.000   !
  1175. C8  C8  C8  C8   0.25000000     2   180.0   !
  1176. C8  C8  C8  C8   0.20000000     1   180.0   !
  1177. C8  C8  C8  N3   0.15555556     3   0.000   !
  1178. C8  N2  CA  N2   0.00000000     4   0.000   !  Arg Lys copied
  1179. C8  N2  CA  N2   2.40000000     2   180.0   !
  1180. H   N2  CA  N2   0.00000000     4   0.000   !
  1181. H   N2  CA  N2   2.40000000     2   180.0   !
  1182. C8  C8  N3  H    0.15555556     3   0.000   !
  1183. C   CX  C2  SH   0.07500000     4   0.000   !     C
  1184. C   CX  C2  SH   0.25100000     3   0.000   !
  1185. C   CX  C2  SH   0.33700000     2   180.0   !
  1186. C   CX  C2  SH   0.26900000     1   180.0   !
  1187. N   CX  C2  SH   0.03300000     4   0.000   !
  1188. N   CX  C2  SH   0.25100000     3   0.000   !
  1189. N   CX  C2  SH   0.48600000     2   180.0   !
  1190. N   CX  C2  SH   0.15400000     1   0.000   !
  1191. N3  CX  C2  SH   0.03300000     4   0.000   !
  1192. N3  CX  C2  SH   0.25100000     3   0.000   !
  1193. N3  CX  C2  SH   0.48600000     2   180.0   !
  1194. N3  CX  C2  SH   0.15400000     1   0.000   !
  1195. CX  C2  SH  HS   0.03000000     4   0.000   !
  1196. CX  C2  SH  HS   0.25200000     3   0.000   !
  1197. CX  C2  SH  HS   0.61200000     2   0.000   !
  1198. CX  C2  SH  HS   0.09200000     1   0.000   !
  1199. C   CX  C2  CO   0.15400000     4   0.000   !     D
  1200. C   CX  C2  CO   0.05800000     3   0.000   !
  1201. C   CX  C2  CO   0.45900000     2   180.0   !
  1202. C   CX  C2  CO   0.42400000     1   0.000   !
  1203. N   CX  C2  CO   0.08900000     4   0.000   !
  1204. N   CX  C2  CO   0.05800000     3   0.000   !
  1205. N   CX  C2  CO   0.64700000     2   180.0   !
  1206. N   CX  C2  CO   2.15400000     1   180.0   !
  1207. N3  CX  C2  CO   0.08900000     4   0.000   !
  1208. N3  CX  C2  CO   0.05800000     3   0.000   !
  1209. N3  CX  C2  CO   0.64700000     2   180.0   !
  1210. N3  CX  C2  CO   2.15400000     1   180.0   !
  1211. CX  C2  CO  O2   0.03100000     4   180.0   !
  1212. CX  C2  CO  O2   0.00000000     3   0.000   !
  1213. CX  C2  CO  O2   0.76900000     2   180.0   !
  1214. CX  C2  CO  O2   0.00000000     1   0.000   !
  1215. C   CX  C2  C    0.10700000     4   0.000   !     DhN
  1216. C   CX  C2  C    0.03300000     3   0.000   !
  1217. C   CX  C2  C    0.30300000     2   180.0   !
  1218. C   CX  C2  C    1.04600000     1   0.000   !
  1219. N   CX  C2  C    0.05900000     4   0.000   !
  1220. N   CX  C2  C    0.03300000     3   0.000   !
  1221. N   CX  C2  C    0.29700000     2   180.0   !
  1222. N   CX  C2  C    0.68800000     1   180.0   !
  1223. N3  CX  C2  C    0.05900000     4   0.000   !
  1224. N3  CX  C2  C    0.03300000     3   0.000   !
  1225. N3  CX  C2  C    0.29700000     2   180.0   !
  1226. N3  CX  C2  C    0.68800000     1   180.0   !
  1227. CX  C2  C   O    0.00000000     1   0.000   !
  1228. CX  C2  C   OH   0.19900000     4   180.0   !
  1229. CX  C2  C   OH   0.00800000     3   0.000   !
  1230. CX  C2  C   OH   0.57500000     2   180.0   !
  1231. CX  C2  C   OH   1.19900000     1   180.0   !
  1232. C2  C   OH  HO   0.11300000     4   0.000   !
  1233. C2  C   OH  HO   0.47900000     3   0.000   !
  1234. C2  C   OH  HO   2.70600000     2   180.0   !
  1235. C2  C   OH  HO   0.44800000     1   180.0   !
  1236. CX  C2  C   N    0.00800000     4   0.000   !
  1237. CX  C2  C   N    0.30100000     3   180.0   !
  1238. CX  C2  C   N    0.48500000     2   180.0   !
  1239. CX  C2  C   N    0.82800000     1   180.0   !
  1240. C   CX  CT  CC   0.02500000     4   0.000   !     Hie,dp
  1241. C   CX  CT  CC   0.21900000     3   0.000   !
  1242. C   CX  CT  CC   0.24400000     2   180.0   !
  1243. C   CX  CT  CC   0.14300000     1   180.0   !
  1244. N   CX  CT  CC   0.08900000     4   0.000   !
  1245. N   CX  CT  CC   0.21900000     3   0.000   !
  1246. N   CX  CT  CC   0.22100000     2   180.0   !
  1247. N   CX  CT  CC   0.30600000     1   180.0   !
  1248. N3  CX  CT  CC   0.08900000     4   0.000   !
  1249. N3  CX  CT  CC   0.21900000     3   0.000   !
  1250. N3  CX  CT  CC   0.22100000     2   180.0   !
  1251. N3  CX  CT  CC   0.30600000     1   180.0   !
  1252. CX  CT  CC  NA   0.03700000     4   180.0   !
  1253. CX  CT  CC  NA   0.68600000     3   0.000   !
  1254. CX  CT  CC  NA   0.39200000     2   180.0   !
  1255. CX  CT  CC  NA   0.16000000     1   180.0   !
  1256. CX  CT  CC  CV   0.01000000     4   180.0   !
  1257. CX  CT  CC  CV   0.12200000     3   180.0   !
  1258. CX  CT  CC  CV   0.75000000     2   0.000   !
  1259. CX  CT  CC  CV   0.67400000     1   180.0   !
  1260. CX  CT  CC  NB   0.04700000     4   180.0   !
  1261. CX  CT  CC  NB   0.74000000     3   0.000   !
  1262. CX  CT  CC  NB   0.20400000     2   0.000   !
  1263. CX  CT  CC  NB   0.69000000     1   0.000   !
  1264. C   CX  C3  CT   0.11200000     4   0.000   !     ITV
  1265. C   CX  C3  CT   0.14800000     3   0.000   !
  1266. C   CX  C3  CT   0.28900000     2   180.0   !
  1267. C   CX  C3  CT   0.40600000     1   180.0   !
  1268. C   CX  C3  C2 0.11500000     4   0.000   !
  1269. C   CX  C3  C2 0.11300000     3   0.000   !
  1270. C   CX  C3  C2 0.73500000     2   180.0   !
  1271. C   CX  C3  C2 0.16200000     1   0.000   !
  1272. N   CX  C3  CT   0.00100000     4   180.0   !
  1273. N   CX  C3  CT   0.14800000     3   0.000   !
  1274. N   CX  C3  CT   0.21600000     2   180.0   !
  1275. N   CX  C3  CT   0.33700000     1   0.000   !
  1276. N   CX  C3  C2 0.09700000     4   180.0   !
  1277. N   CX  C3  C2 0.11300000     3   0.000   !
  1278. N   CX  C3  C2 0.14400000     2   180.0   !
  1279. N   CX  C3  C2 0.31000000     1   0.000   !
  1280. N3  CX  C3  CT   0.00100000     4   180.0   !
  1281. N3  CX  C3  CT   0.14800000     3   0.000   !
  1282. N3  CX  C3  CT   0.21600000     2   180.0   !
  1283. N3  CX  C3  CT   0.33700000     1   0.000   !
  1284. N3  CX  C3  C2 0.09700000     4   180.0   !
  1285. N3  CX  C3  C2 0.11300000     3   0.000   !
  1286. N3  CX  C3  C2 0.14400000     2   180.0   !
  1287. N3  CX  C3  C2 0.31000000     1   0.000   !
  1288. CX  C3  C2  CT   0.23000000     4   0.000   !
  1289. CX  C3  C2  CT   0.10700000     3   0.000   !
  1290. CX  C3  C2  CT   0.05300000     2   0.000   !
  1291. CX  C3  C2  CT   0.44700000     1   0.000   !
  1292. CT  C3  C2  CT   0.22400000     4   0.000   !
  1293. CT  C3  C2  CT   0.10700000     3   0.000   !
  1294. CT  C3  C2  CT   0.07700000     2   180.0   !
  1295. CT  C3  C2  CT   0.20200000     1   0.000   !
  1296. C   CX  C3  OH   0.15600000     4   0.000   !
  1297. C   CX  C3  OH   0.31500000     3   0.000   !
  1298. C   CX  C3  OH   0.11900000     2   180.0   !
  1299. C   CX  C3  OH   0.69700000     1   180.0   !
  1300. N   CX  C3  OH   0.09500000     4   0.000   !
  1301. N   CX  C3  OH   0.31500000     3   0.000   !
  1302. N   CX  C3  OH   0.00600000     2   0.000   !
  1303. N   CX  C3  OH   0.67400000     1   0.000   !
  1304. N3  CX  C3  OH   0.09500000     4   0.000   !
  1305. N3  CX  C3  OH   0.31500000     3   0.000   !
  1306. N3  CX  C3  OH   0.00600000     2   0.000   !
  1307. N3  CX  C3  OH   0.67400000     1   0.000   !
  1308. CX  C3  OH  HO   0.01300000     4   0.000   !
  1309. CX  C3  OH  HO   0.23600000     3   0.000   !
  1310. CX  C3  OH  HO   0.25100000     2   0.000   !
  1311. CX  C3  OH  HO   0.00600000     1   180.0   !
  1312. CT  C3  OH  HO   0.04800000     4   0.000   !
  1313. CT  C3  OH  HO   0.23600000     3   0.000   !
  1314. CT  C3  OH  HO   0.07900000     2   180.0   !
  1315. CT  C3  OH  HO   0.64300000     1   0.000   !
  1316. C   CX  C2  C3   0.19000000     4   0.000   !     L
  1317. C   CX  C2  C3   0.14400000     3   0.000   !
  1318. C   CX  C2  C3   0.62000000     2   180.0   !
  1319. C   CX  C2  C3   0.70600000     1   0.000   !
  1320. N   CX  C2  C3   0.07300000     4   0.000   !
  1321. N   CX  C2  C3   0.14400000     3   0.000   !
  1322. N   CX  C2  C3   0.25900000     2   180.0   !
  1323. N   CX  C2  C3   0.09800000     1   0.000   !
  1324. N3  CX  C2  C3   0.07300000     4   0.000   !
  1325. N3  CX  C2  C3   0.14400000     3   0.000   !
  1326. N3  CX  C2  C3   0.25900000     2   180.0   !
  1327. N3  CX  C2  C3   0.09800000     1   0.000   !
  1328. CX  C2  C3  CT   0.17900000     4   0.000   !
  1329. CX  C2  C3  CT   0.14200000     3   0.000   !
  1330. CX  C2  C3  CT   0.02700000     2   180.0   !
  1331. CX  C2  C3  CT   0.37900000     1   0.000   !
  1332. C   CX  C2  OH   0.12900000     4   0.000   !     S
  1333. C   CX  C2  OH   0.40100000     3   0.000   !
  1334. C   CX  C2  OH   0.21800000     2   180.0   !
  1335. C   CX  C2  OH   0.66100000     1   180.0   !
  1336. N   CX  C2  OH   0.16000000     4   0.000   !
  1337. N   CX  C2  OH   0.40100000     3   0.000   !
  1338. N   CX  C2  OH   0.24600000     2   180.0   !
  1339. N   CX  C2  OH   0.66600000     1   0.000   !
  1340. N3  CX  C2  OH   0.16000000     4   0.000   !
  1341. N3  CX  C2  OH   0.40100000     3   0.000   !
  1342. N3  CX  C2  OH   0.24600000     2   180.0   !
  1343. N3  CX  C2  OH   0.66600000     1   0.000   !
  1344. CX  C2  OH  HO   0.00700000     4   0.000   !
  1345. CX  C2  OH  HO   0.26700000     3   0.000   !
  1346. CX  C2  OH  HO   0.44400000     2   0.000   !
  1347. CX  C2  OH  HO   0.21100000     1   0.000   !
  1348. C   CX  CT  CG   0.07400000     4   0.000   !     W_CB
  1349. C   CX  CT  CG   0.23400000     3   0.000   !
  1350. C   CX  CT  CG   0.35300000     2   180.0   !
  1351. C   CX  CT  CG   0.01700000     1   180.0   !
  1352. N   CX  CT  CG   0.03100000     4   0.000   !
  1353. N   CX  CT  CG   0.23400000     3   0.000   !
  1354. N   CX  CT  CG   0.31300000     2   180.0   !
  1355. N   CX  CT  CG   0.07900000     1   0.000   !
  1356. N3  CX  CT  CG   0.03100000     4   0.000   !
  1357. N3  CX  CT  CG   0.23400000     3   0.000   !
  1358. N3  CX  CT  CG   0.31300000     2   180.0   !
  1359. N3  CX  CT  CG   0.07900000     1   0.000   !
  1360. CX  CT  CG  CB   0.09500000     4   180.0   !
  1361. CX  CT  CG  CB   0.81900000     3   0.000   !
  1362. CX  CT  CG  CB   0.40800000     2   0.000   !
  1363. CX  CT  CG  CB   0.36500000     1   0.000   !
  1364. CX  CT  CG  CW   0.00000000     4   0.000   !
  1365. CX  CT  CG  CW   0.00000000     3   0.000   !
  1366. CX  CT  CG  CW   0.00000000     2   0.000   !
  1367. CX  CT  CG  CW   0.00000000     1   0.000   !
  1368. C   CX  CT  CA   0.01200000     4   180.0   !     FY
  1369. C   CX  CT  CA   0.19200000     3   0.000   !
  1370. C   CX  CT  CA   0.46900000     2   180.0   !
  1371. C   CX  CT  CA   0.05500000     1   0.000   !
  1372. N   CX  CT  CA   0.00700000     4   180.0   !
  1373. N   CX  CT  CA   0.19200000     3   0.000   !
  1374. N   CX  CT  CA   0.29000000     2   180.0   !
  1375. N   CX  CT  CA   0.01200000     1   180.0   !
  1376. N3  CX  CT  CA   0.00700000     4   180.0   !
  1377. N3  CX  CT  CA   0.19200000     3   0.000   !
  1378. N3  CX  CT  CA   0.29000000     2   180.0   !
  1379. N3  CX  CT  CA   0.01200000     1   180.0   !
  1380. CX  CT  CA  CA   0.04800000     4   180.0   !
  1381. CX  CT  CA  CA   0.00000000     3   0.000   !
  1382. CX  CT  CA  CA   0.06900000     2   180.0   !
  1383. CX  CT  CA  CA   0.00000000     1   0.000   !
  1384. CA  C   OH  HO   0.06500000     4   0.000   !
  1385. CA  C   OH  HO   0.00000000     3   0.000   !
  1386. CA  C   OH  HO   0.88300000     2   180.0   !
  1387. CA  C   OH  HO   0.00000000     1   0.000   !
  1388. C   CX  C2  C2 0.14500000     4   0.000   !  Glh Gln Glu Met
  1389. C   CX  C2  C2 0.14400000     3   0.000   !
  1390. C   CX  C2  C2 0.39300000     2   180.0   !
  1391. C   CX  C2  C2 0.42100000     1   180.0   !
  1392. N   CX  C2  C2 0.07800000     4   0.000   !
  1393. N   CX  C2  C2 0.14400000     3   0.000   !
  1394. N   CX  C2  C2 0.18400000     2   180.0   !
  1395. N   CX  C2  C2 0.10000000     1   180.0   !
  1396. N3  CX  C2  C2 0.07800000     4   0.000   !
  1397. N3  CX  C2  C2 0.14400000     3   0.000   !
  1398. N3  CX  C2  C2 0.18400000     2   180.0   !
  1399. N3  CX  C2  C2 0.10000000     1   180.0   !
  1400. CX  C2  C2  C    0.13800000     4   0.000   !
  1401. CX  C2  C2  C    0.41200000     3   180.0   !
  1402. CX  C2  C2  C    0.08300000     2   0.000   !
  1403. CX  C2  C2  C    0.19600000     1   180.0   !
  1404. C2  C2  C   O    0.00000000     1   0.000   !
  1405. C2  C2  C   OH   0.06600000     4   180.0   !
  1406. C2  C2  C   OH   0.02500000     3   180.0   !
  1407. C2  C2  C   OH   1.10400000     2   180.0   !
  1408. C2  C2  C   OH   0.82400000     1   180.0   !
  1409. C2  C2  C   N    0.04200000     4   0.000   !
  1410. C2  C2  C   N    0.08500000     3   180.0   !
  1411. C2  C2  C   N    0.84500000     2   180.0   !
  1412. C2  C2  C   N    0.60900000     1   180.0   !
  1413. CX  C2  C2  CO   0.05600000     4   180.0   !
  1414. CX  C2  C2  CO   0.60800000     3   180.0   !
  1415. CX  C2  C2  CO   0.22200000     2   180.0   !
  1416. CX  C2  C2  CO   1.36700000     1   180.0   !
  1417. C2  C2  CO  O2   0.06400000     4   0.000   !
  1418. C2  C2  CO  O2   0.39000000     2   180.0   !
  1419. CX  C2  C2  S    0.02800000     4   0.000   !
  1420. CX  C2  C2  S    0.01600000     3   0.000   !
  1421. CX  C2  C2  S    0.24500000     2   0.000   !
  1422. CX  C2  C2  S    0.41700000     1   0.000   !
  1423. C2  C2  S   CT   0.05700000     4   0.000   !
  1424. C2  C2  S   CT   0.41400000     3   0.000   !
  1425. C2  C2  S   CT   0.44200000     2   0.000   !
  1426. C2  C2  S   CT   0.24700000     1   180.0   !
  1427. C   CX  C2  S    0.27800000     4   0.000   !   C-C
  1428. C   CX  C2  S    0.32300000     3   0.000   !
  1429. C   CX  C2  S    0.39400000     2   180.0   !
  1430. C   CX  C2  S    0.60200000     1   0.000   !
  1431. N   CX  C2  S    0.06400000     4   0.000   !
  1432. N   CX  C2  S    0.32300000     3   0.000   !
  1433. N   CX  C2  S    0.02100000     2   180.0   !
  1434. N   CX  C2  S    0.46900000     1   0.000   !
  1435. N3  CX  C2  S    0.06400000     4   0.000   !
  1436. N3  CX  C2  S    0.32300000     3   0.000   !
  1437. N3  CX  C2  S    0.02100000     2   180.0   !
  1438. N3  CX  C2  S    0.46900000     1   0.000   !
  1439. CX  C2  S   S    0.13500000     4   180.0   !
  1440. CX  C2  S   S    0.30200000     3   0.000   !
  1441. CX  C2  S   S    0.66600000     2   0.000   !
  1442. CX  C2  S   S    0.05600000     1   0.000   !
  1443. C2  S   S   C2 0.37900000     4   0.000   !
  1444. C2  S   S   C2 0.68200000     3   0.000   !
  1445. C2  S   S   C2 4.48000000     2   0.000   !
  1446. C2  S   S   C2 0.42000000     1   0.000   !
  1447.  
  1448. IMPHI
  1449. X   X   C   O   10.5   2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1450. X   O2  C   O2  10.5   2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1451. X   X   N   H   1.0    2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1452. X   X   N2  H   1.0    2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1453. X   X   NA  H   1.0    2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1454. X   N2  CA  N2  10.5   2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1455. X   CT  N   CT  1.0    2   180.0  !  JCC,7,(1986),230
  1456. X   CT  N   CX  1.0    2   180.0  !  JCC,7,(1986),230 (was X -CT-N -CT)
  1457. X   X   CA  HA  1.1    2   180.0  !  bsd.on C6H6 nmodes
  1458. X   X   CW  H4  1.1    2   180.0  !
  1459. X   X   CR  H5  1.1    2   180.0  !
  1460. X   X   CV  H4  1.1    2   180.0  !
  1461. X   X   CQ  H5  1.1    2   180.0  !
  1462. X   X   CK  H5  1.1    2   180.0  !
  1463. X   X   CP  H5  1.1    2   180.0  !
  1464. X   X   CM  H4  1.1    2   180.0  !
  1465. X   X   CM  HA  1.1    2   180.0  !
  1466. X   X   CS  H4  1.1    2   180.0  !
  1467. X   X   CS  HA  1.1    2   180.0  !
  1468. X   X   CA  H4  1.1    2   180.0  !  bsd.on C6H6 nmodes
  1469. X   X   CA  H5  1.1    2   180.0  !  bsd.on C6H6 nmodes
  1470. CB  CK  NG  CT  1.0    2   180.0  !
  1471. CB  CP  NG  CT  1.0    2   180.0  !
  1472. C   CM  NG  CT  1.0    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1473. C   CS  NG  CT  1.0    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1474. C   CS  CM  CT  1.1    2   180.0  !
  1475. CT  O   C   OH  10.5   2   180.0  !
  1476. CT  CV  CC  NA  1.1    2   180.0  !
  1477. CT  CW  CC  NB  1.1    2   180.0  !
  1478. CT  CW  CC  NA  1.1    2   180.0  !
  1479. CB  CT  CG  CW  1.1    2   180.0  !
  1480. CA  CA  CA  CT  1.1    2   180.0  !
  1481. C   CM  CM  CT  1.1    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1482. C   CS  CS  CT  1.1    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1483. CM  N2  CA  NC  1.1    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1484. CS  N2  CA  NC  1.1    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1485. CB  N2  CA  NC  1.1    2   180.0  !  dac, 10/94
  1486. N2  NA  CA  NC  1.1    2   180.0  !  dac, 10/94
  1487. CA  CA  C   OH  1.1    2   180.0  !  (not used in tyr!)
  1488. CA  CA  CA  OH  1.1    2   180.0  !  in tyr
  1489. H5  O   C   OH  1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1490. H5  O   C   OS  1.1    2   180.0  !
  1491. CM  CT  CM  HA  1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1492. CS  CT  CS  HA  1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1493. Br  CA  CA  CA  1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1494. CM  H4  C   O   1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1495. CS  H4  C   O   1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1496. C   CT  N   H   1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1497. C   CX  N   H   1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999 (was C -CT-N -H )
  1498. C   CT  N   O   1.1    2   180.0  !  Junmei et al.1999
  1499. X   X   C5  H5  1.1    2   180.0  !
  1500. CB  C5  NG  CT  1.0    2   180.0  !
  1501. X   X   C4  H4  1.1    2   180.0  !
  1502. X   X   C4  HA  1.1    2   180.0  !
  1503. C   C4  NG  CT  1.0    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1504. C   C4  C4  CT  1.1    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1505. C4  N2  CA  NC  1.1    2   180.0  !  dac guess, 9/94
  1506. CA  CA  C   OS  1.1    2   180.0  !  phosphotyrosine
  1507. CR  CC  NA  P   1.1    2   180.0  !  phosphohistine
  1508. X   O2  CO  O2  10.5   2   180.0  !
  1509. C2  O   C   OH  10.5   2   180.0  !
  1510. CA  CA  CA  C2  1.1    2   180.0  !
  1511.  
  1512. !
  1513. !  Note: the HO and HW parameters, although zero in Cornell et al.
  1514. !  should not have a 0.0 vdw radius in CHARMM to avoid difficulties
  1515. !  with the 0.0/0.0 in the FAST OFF van der Waal code...
  1516. !
  1517. !  NOTE: the defaults chosen here are to match AMBER.  It is not
  1518. !  recommended that users actually run with GROUP based truncation
  1519. !  and a switch.  Better would be ATOM based FSHIFT VSHIFT
  1520. NONBONDED  NBXMOD 5  GROUP SWITCH CDIEL -
  1521.      CUTNB 14.0  CTOFNB 12.0  CTONNB 10.0  EPS 1.0  E14FAC 0.83333333  WMIN 1.4
  1522. !          Emin       Rmin/2         Emin/2      Rmin  (for 1-4's)
  1523. !       (kcal/mol)     (A)
  1524. H  0.0  -0.015700  0.600000  0.0  -0.0078500  0.600000  ! Ferguson base pair geom.
  1525. HO 0.0  -0.000000  0.000000  0.0  -0.0000000  0.000000  ! OPLS Jorgensen, JACS,110,(1988),1657
  1526. HS 0.0  -0.015700  0.600000  0.0  -0.0078500  0.600000  ! W. Cornell CH3SH --> CH3OH FEP
  1527. HC 0.0  -0.015700  1.487000  0.0  -0.0078500  1.487000  ! OPLS
  1528. H1 0.0  -0.015700  1.387000  0.0  -0.0078500  1.387000  ! Veenstra et al JCC,8,(1992),963
  1529. H2 0.0  -0.015700  1.287000  0.0  -0.0078500  1.287000  ! Veenstra et al JCC,8,(1992),963
  1530. H3 0.0  -0.015700  1.187000  0.0  -0.0078500  1.187000  ! Veenstra et al JCC,8,(1992),963
  1531. HP 0.0  -0.015700  1.100000  0.0  -0.0078500  1.100000  ! Veenstra et al JCC,8,(1992),963
  1532. HA 0.0  -0.015000  1.459000  0.0  -0.0075000  1.459000  ! Spellmeyer
  1533. H4 0.0  -0.015000  1.409000  0.0  -0.0075000  1.409000  ! Spellmeyer, one electrowithdr. neighbor
  1534. H5 0.0  -0.015000  1.359000  0.0  -0.0075000  1.359000  ! Spellmeyer, two electrowithdr. neighbor
  1535. HW 0.0  -0.000000  0.000000  0.0  -0.0000000  0.000000  ! TIP3P water model
  1536. HZ 0.0  -0.015000  1.459000  0.0  -0.0075000  1.459000  ! H bonded to sp C (Howard et al JCC 16)
  1537. O  0.0  -0.210000  1.661200  0.0  -0.1050000  1.661200  ! OPLS
  1538. O2 0.0  -0.210000  1.661200  0.0  -0.1050000  1.661200  ! OPLS
  1539. OW 0.0  -0.152000  1.768300  0.0  -0.0760000  1.768300  ! TIP3P water model
  1540. OH 0.0  -0.210400  1.721000  0.0  -0.1052000  1.721000  ! OPLS
  1541. OS 0.0  -0.170000  1.683700  0.0  -0.0850000  1.683700  ! OPLS ether
  1542. OP 0.0  -0.170000  1.850000  0.0  -0.0850000  1.850000  ! Steinbrecher/Latzer for 2- phosphate
  1543. CG 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1544. CA 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1545. CB 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1546. CC 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1547. CD 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1548. CK 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1549. CM 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1550. CN 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1551. CQ 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1552. CR 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1553. CV 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1554. CW 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1555. CY 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1556. CZ 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1557. CP 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1558. CS 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1559. CI 0.0  -0.109400  1.908000  0.0  -0.0547000  1.908000  ! parmbsc0
  1560. C5 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1561. C4 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! Spellmeyer
  1562. CT 0.0  -0.109400  1.908000  0.0  -0.0547000  1.908000  ! Spellmeyer
  1563. CX 0.0  -0.109400  1.908000  0.0  -0.0547000  1.908000  ! Spellmeyer  (was CT)
  1564. C  0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! OPLS
  1565. N  0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1566. NA 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1567. N2 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1568. NG 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1569. NC 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1570. NB 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1571. NT 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1572. NY 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1573. N3 0.0  -0.170000  1.824000  0.0  -0.0850000  1.824000  ! OPLS
  1574. S  0.0  -0.250000  2.000000  0.0  -0.1250000  2.000000  ! W. Cornell CH3SH and CH3SCH3 FEP's
  1575. SH 0.0  -0.250000  2.000000  0.0  -0.1250000  2.000000  ! W. Cornell CH3SH and CH3SCH3 FEP's
  1576. P  0.0  -0.200000  2.100000  0.0  -0.1000000  2.100000  ! JCC,7,(1986),230;
  1577. MG 0.0  -0.894700  0.792600  0.0  -0.4473500  0.792600  ! Mg2+ Aqvist JPC 1990,94,8021.(adapted)
  1578. C0 0.0  -0.459789  1.713100  0.0  -0.2298945  1.713100  ! Ca2+ Aqvist JPC 1990,94,8021.(adapted)
  1579. Zn 0.0  -0.012500  1.100000  0.0  -0.0062500  1.100000  ! Zn2+, Merz,PAK, JACS,113,8262,(1991)
  1580. F  0.0  -0.061000  1.750000  0.0  -0.0305000  1.750000  ! Gough et al. JCC 13,(1992),963.
  1581. Cl 0.0  -0.265000  1.948000  0.0  -0.1325000  1.948000  ! Fox, JPCB,102,8070,(98),flex.mdl CHCl3
  1582. Br 0.0  -0.320000  2.220000  0.0  -0.1600000  2.220000  ! Junmei(?)
  1583. I  0.0  -0.400000  2.350000  0.0  -0.2000000  2.350000  ! JCC,7,(1986),230;
  1584. EP 0.0  -0.000000  0.000000  0.0  -0.0000000  0.000000  ! lone pair
  1585. C2 0.0  -0.109400  1.908000  0.0  -0.0547000  1.908000  ! Spellmeyer
  1586. C3 0.0  -0.109400  1.908000  0.0  -0.0547000  1.908000  ! Spellmeyer
  1587. C8 0.0  -0.109400  1.908000  0.0  -0.0547000  1.908000  ! Spellmeyer
  1588. CO 0.0  -0.086000  1.908000  0.0  -0.0430000  1.908000  ! OPLS
  1589. SOD 0.0  -0.002770   1.8680    0.0  -0.001385   1.8680  ! Na+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  1590. POT 0.0  -0.000328   2.6580    0.0  -0.000164   2.6580  ! K+  Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  1591. CLA 0.0  -0.1        2.47      0.0  -0.05       2.47    ! Cl- Smith, JCP 1994,100:5,3757.
  1592.  
  1593.  
  1594. END

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