TEXT   18

amber.rtf.txt

Guest on 21st May 2021 09:35:34 PM

  1. *  AMBER 2014SB force-field conversion
  2. *  See: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b00255
  3. *  J. Chem. Theory Comput., DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00255
  4. *
  5. 23    1
  6.  
  7. ! This is a semi-automated conversion of the AMBER ff14SB force-field, done by
  8. ! Dr. Xibing He at Florida State University, in July 2015
  9. ! Email: <hexibing_at_gmail.com>
  10. !
  11. ! This conversion work is based on the previous work of:
  12. !
  13. !   (a) Dr. Thomas E. Cheatham, III, who converted the AMBER Cornell force
  14. ! field (ff94):
  15. !  http://home.chpc.utah.edu/~cheatham/software.html
  16. ! Here is the title section of his conversion file:
  17. !   AMBER Cornell et al. (parm94) force field conversion
  18. !   See: JACS (1995) 117, 5179-5197.
  19. !   nucleic acid part converted by tec3, march 1997
  20. !   protein part converted by tec3, february 1999
  21. !
  22. !   (b) Dr. Jeff Klauda, who converted the AMBER99 & AMBER99SB in october 2003:
  23. ! http://terpconnect.umd.edu/~jbklauda/research/download.html
  24. ! Dr. Klauda's conversion work was based on Dr. Cheatham's work.
  25. ! For references about AMBER99 & AMBER99SB, see:
  26. !        J Comp. Chem. (2000) 21, 1049-1074.
  27. !        Proteins, Structure, Function, and Bioinformatics. (2006) 65, 712-725.
  28. !
  29. ! What I have done is as following:
  30. ! (1) Install AmberTools15, take files described in
  31. !    $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB:
  32. !    parm10.dat, frcmod.ff14SB, amino12.lib, aminoct12.lib, aminont12.lib,
  33. !    nucleic12.lib, atomic_ions.lib, and solvents.lib
  34. ! (2) Convert parameters in parm10.dat & frcmod.ff14SB to parm14sb_all.prm,
  35. !    using Dr. Klauda's parm99SB_all.prm as template.
  36. ! (3) Convert the AMBER library files to parm14sb_all.rtf, using Dr. Klauda's
  37. !    parm99sb_all.rtf as template.
  38. ! (4) Set up tri-neucleic-acid systems (RNA or DNA), such as ADE5-ADE-ADE3
  39. !    (RNA), or DOA5-DOA-DOA3 (DNA), for ADE, THY, GUA, CYT, URA.
  40. !    load the pdb files into CHARMM and AMBER(Sander) programs, print out the
  41. !    bond-, angle-, torsion-, and electrostatic energies, and compare.
  42. !    Also, the X-,Y-,Z-forces on each atom are printed out and compared.
  43. !    The pdb files fed to CHARMM and AMBER(Sander) have different atom names
  44. !    according to their conventions, but with the same atom sequences.
  45. ! (5) Set up tri-peptides of all amino acid residues, such as ALA-ALA-ALA,
  46. !    ARG-ARG-ARG, ..., patch the N- and C-termini at the ends respectively,
  47. !    load the pdb files into CHARMM and AMBER(Sander) programs, print out the
  48. !    bond-, angle-, torsion-, and electrostatic energies, and compare.
  49. !    Also, the X-,Y-,Z-forces on each atom are printed out and compared.
  50. !    The pdb files fed to CHARMM and AMBER(Sander) have different atom names
  51. !    according to their conventions, but with the same atom sequences.
  52. ! (6) PRES DISU does not exist in Dr. Cheatham's & Dr. Klauda's files.
  53. !     it is copied from $CHARMMHOME/toppar/non_charmm/top_amber_cornell.inp
  54. !     and modified according to AMBER ff14SB (changing some atom types).
  55. !     A small system of two chains is set up, chain A: GLY-CYS-GLY, chain
  56. !     B: GLY-CYS-GLY, and S-S bond is formed by patch command. This system
  57. !     is tested using CHARMM and AMBER(Sander) respectively, and the resulted
  58. !     energies and forces are printed out and compared.
  59. ! (7) The topologies of TIP3 water, SOD (Na+), POT (K+) and CLA (Cl-), and the
  60. !   parameters are copied from Dr. Cheatham's & Dr. Klauda's files. By the way,
  61. !   the VDW parameter of Na+, K+ and Cl- cannot be found in parm10.dat or
  62. !   frcmod.ff14SB under the AMBER directory $AmberTools15/dat/leap/parm/, but
  63. !   still can be found in parm99.dat, and the parameters agree with those in
  64. !   Dr. Cheatham's & Dr. Klauda's files.
  65. ! (8) Some orders of atoms in the topology file are adjusted in order to get
  66. !     same values of energies and forces from CHARMM and AMBER(Sander).
  67. !     For example:
  68. !     It's said in Dr. Cheatham & Dr. Klauda's conversion files:
  69. !     "TRP: the impropers on "CD1  CD2  CG   CB" are giving a slight
  70. !       energy and force error that I do not understand at present."
  71. !     This problem is solved by changing the atom orders in the declaration
  72. !     of improper torsion in TRP from "IMPROPER CD1  CD2  CG   CB" to
  73. !     "IMPROPER CD2  CB   CG   CD1".
  74. !     Another example:
  75. !     In HID, HIE, & HIP, "IMPROPER ND1 CD2  CG  CB" is changed to
  76. !     "IMPROPER CB  CD2  CG  ND1"
  77. ! (9) The BILD tables from top_all36_na.rtf are used to replace the IC tables
  78. !    in Dr. Klauda & Dr. Cheatham's conversion files for:
  79. !      ADE, URA, THY, CYT, GUA
  80. !    These tables matter if you want to generate coordinates automatically
  81. !    using CHARMM program instead of reading coordinates from files.
  82. !    The old IC tables for nucleic residues are abandoned because they bring
  83. !    a "level -1" error for a test case. Thanks to Prof. Alexander MacKerell
  84. !    (University of Maryland, Baltimore) for the test case.
  85. !
  86. ! Note: The energies and forces agree to within ~0.0002 (mostly within ~0.0001)
  87. !     using both CHARMM and AMBER. A longrange cutoff of 80 Angstroms was used
  88. !     for both AMBER and CHARMM.
  89. !
  90. ! Note: In order to compare energies and forces correctly, CHARMM program should
  91. !  "be compiled with the AMBER keyword added to pref.dat, to get an exact match:
  92. !  a hard-coded electrostatic constant is different for CHARMM and AMBER force
  93. !  fields" (said by Rick Venable, et al. on CHARMM Forum).
  94. !  Also see below for details about the constant.
  95. !
  96. ! Note: Although I have done some test jobs, there is NO guarantee. Therefore,
  97. !      USE AT YOUR OWN RISK!
  98. !
  99. ! For protein residues, changes of atom types from AMBER ff99SB to ff14SB:
  100. ! CT -> CX, for p3 aliphatic C, alpha-C in protein residues.
  101. ! CT -> C8, for sp3 aliphatic C, -CH2-, in side chain of ARG & LYS
  102. ! CT -> 2C, for sp3 aliphatic C, -CH2-, in side chain of ASN ASP CYS CYX GLH GLH
  103. !                                                        GLN GLU ILE LEU MET SER
  104. ! CT -> 3C, for sp3 aliphatic C, -CH-, in side chain of ILE LEU THR VAL
  105. ! C  -> CO, for sp2 C carboxylate group, in side chain of ASP & GLU
  106. ! SH -> S , for S in CYX
  107. !
  108. ! As to the nucleic acids, some atom types are also changed from ff99SB to ff14SB:
  109. ! CT -> CI, for atom name C5' in ADE URA THY CYT GUA and their patches
  110. ! CM -> CS, for atom names C6 & C5 in URA (not in patches)
  111. ! CM -> C4, for atom names C6 & C5 in CYT (not in patches)
  112. ! CK -> CP, for atom name C8 in GUA (not in patches)
  113. !
  114. ! In Dr. Cheatham & Dr. Klauda's conversion files, AMBER atom types with "*"
  115. ! in the name, N* and C*, were renamed to NS and CS, respectively. However,
  116. ! in AMBER ff14SB, atom type CS already exists. Therefore, here N* and C*
  117. ! are renamed to NG and CG, respectively.
  118. !
  119. !
  120. ! The following remarks are copied from Dr. Cheatham & Dr. Klauda's conversion
  121. ! files:
  122. !
  123. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  124. !  WARNING!  Please read through all the comments here in order to
  125. !  properly understand how to set up a CHARMM run with this force
  126. !  field and to properly understand the limitations and potential
  127. !  errors...
  128. !
  129. !  NOTE: the charges here are un-scaled and represent the
  130. !  exact AMBER charges.  See the comment on the electrostatics below.
  131. !
  132. !  Standard CHARMM residue names are utilized:
  133. !
  134. !      ADE, THY, GUA, CYT, URA.
  135. !
  136. !      ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, CYM, CYX, GLN, GLU, GLH,
  137. !      GLY, HID, HIE, HIP, ILE, LEU, LYS, MET, PHE, PRO,
  138. !      SER, THR, TRP, TYR, VAL, ACE, NME
  139. !
  140. !
  141. !  Atom type names conform to the AMBER Cornell et. al. 1995,
  142. !  parm99.dat, all_nuc94.in, and all_amino* naming conventions
  143. !  where possible.  Exceptions to this rule include types with "*"
  144. !  in the name (i.e. N*, C*).  CHARMM atom names are utilized
  145. !  except for sodium.
  146. !  To build the residues, the BILD arrays from the top_all22_na.inp were
  147. !  utilized (since these are actually probably more trustworthy then
  148. !  those supplied in AMBER) and modified where necessary (i.e. THY).
  149. !  They may not be reliable in all cases.  BONDS were also copied from
  150. !  top_all22_na.inp and all angles and dihedrals autogenerated.
  151. !  The impropers were taken straight from the AMBER residue topology
  152. !  files (and placed in proper order).  All this was done by hand editing.
  153. !
  154. !  Results were checked by comparing energies and forces for all the
  155. !  residues defined herein.  In general, in simulations performing a
  156. !  single energy and force evaluation with a cutoff large enough to
  157. !  span the entire system the energies and forces agree
  158. !  to within ~0.0005 using both CHARMM and AMBER.  A longrange cutoff
  159. !  of 80 Angs. was used for both AMBER and CHARMM.  The AMBER energies
  160. !  and forces were calculated using AMBER 7 sander
  161. !  (with &debugf to print out atomic forces to forcedump.dat) and CHARMM
  162. !  c31a1 (ener and coor force comp and print coor comp). Note that
  163. !  differences in the forces may be apparent if the coordinates do not
  164. !  match exactly or in cases where different constants are used between
  165. !  AMBER and CHARMM.  These points require a little more elaboration.
  166. !
  167. !  Differences in the coordinates:
  168. !
  169. !  (*) incorrect mapping between AMBER and CHARMM coordinates
  170. !      (i.e. not 1-to-1).  This is possible with hand editting of the
  171. !      AMBER names to convert to CHARMM if the correct mapping isn't
  172. !      followed.  The only case that was readily apparent in this
  173. !      analysis was incorrect mapping of H2' and H2'' in the DNA
  174. !      residues of ADE, GUA and CYT.  The rename command can be used
  175. !      to swap names and alleviate this problem (which is not a real
  176. !      problem except when comparing forces).
  177. !
  178. !  (*) parm coordinate precision.  If the parm coordinates were
  179. !      created from a PDB file using the link-edit-parm path, improper
  180. !      conversion from text->binary->text in edit/parm leads to
  181. !      differences in the parm coordinates from the PDB file.
  182. !      Therefore, the coordinates will be different than those
  183. !      generated by CHARMM using the same PDB coordinates.  Therefore,
  184. !      prior to comparing forces, the PDB should be converted directly
  185. !      to the parm coordinates (which can be done using xleap).
  186. !
  187. ! Differences in the electrostatic energies:
  188. !
  189. !  (*) The conversion from charge units to kcal/mol in CHARMM is based
  190. !  on the value 332.0716 whereas AMBER uses 18.2223**2 or 332.0522173.
  191. !  The actual value is somewhat lower than both these values
  192. !  (~331.843)!  To convert the charges to "CHARMM", they should be
  193. !  multiplied by 1.000058372.  This was not done within this file.
  194. !  [When this is done, the charges are not rounded and therefore
  195. !  non-integral charges for the residues are apparent.]  To get around
  196. !  this problem either the charges can be scaled within CHARMM (which
  197. !  will still lead to non-integral charge) or in versions of CHARMM
  198. !  beyond c25n3, and through the application of the "AMBER" keyword in
  199. !  pref.dat, the AMBER constant can be used.  By default, the "fast"
  200. !  routines cannot be used with the AMBER-style impropers.  In the
  201. !  later versions of CHARMM, the AMBER keyword circumvents this
  202. !  problem.
  203. !
  204. !  BUILDING NUCLEIC ACID STRUCTURES:
  205. !
  206. !  To build residues, use the standard naming conventions.  By default
  207. !  the 5ter and 3ter patchs are applied which convert the first
  208. !  residue to a 5'-hydroxyl (no terminal phosphate) and the last
  209. !  residue to a 3'-hydroxyl.
  210. !
  211. !  NOTE that in the case of case of ADE, GUA and CYT, by default the
  212. !  system is RIBONUCLEIC acid.  To convert to deoxyribose, use the
  213. !  following patchs:
  214. !
  215. !      patch DOA5  segid residue   <-- 5'-terminal ADE
  216. !      patch DOA   segid residue   <-- standard ADE
  217. !      patch DOA3  segid residue   <-- 3'-terminal ADE
  218. !      patch DOC5  segid residue   <-- 5'-terminal CYT
  219. !      patch DOC   segid residue   <-- standard CYT
  220. !      patch DOC3  segid residue   <-- 3'-terminal CYT
  221. !      patch DOG5  segid residue   <-- 5'-terminal GUA
  222. !      patch DOG   segid residue   <-- standard GUA
  223. !      patch DOG3  segid residue   <-- 3'-terminal GUA
  224. !
  225. !       ...where "segid" is the current segment and "residue" is the
  226. !       residue number
  227. !
  228. !  As an example, let's build a single stranded DNA, d[CATG].  We need
  229. !  to apply 5' and 3' terminal patches and also patches to turn the
  230. !  RNA into DNA for each residue (except THY which is DNA).
  231. !
  232. !     read sequence card
  233. !     4
  234. !     CYT ADE THY GUA
  235. !     generate s1 setup
  236. !     patch doc5 s1 1
  237. !     patch doa  s1 2
  238. !     patch dog3 s1 4
  239. !
  240. !
  241. !  PROTEIN PARAMETERS:
  242. !
  243. !  note: isolated amino acids have not been tested, only tri-peptides
  244. !  with the same amino acids in the chain, i.e. ala-ala-ala, etc.
  245. !  have been tested with charged terminii (i.e. nala-ala-cala).
  246. !  The patches to the terminii (for each residue append N for the
  247. !  N-terminal or C for the C terminal) are applied automatically
  248. !  to the first/last residues.  In general the energy/force comparison
  249. !  is as good as with the nucleic acid parameters, but do note that as
  250. !  the energy increases (such as with large van der Waals overlap) the
  251. !  absolute agreement no longer is as good.  This may relate to (1)
  252. !  slight coordinate differences between AMBER/CHARMM and (2)
  253. !  numerical differences due to differing operations in the
  254. !  calculation.  In any event, equivalent parameters are used and
  255. !  there is an equivalent number of bonds/angles/dihedrals, etc.
  256. !  between the CHARMM PSF files and AMBER prmtop files.
  257. !
  258. !  PROTEIN CONVERSION NOTES:
  259. !
  260. !   (1) there are no terminal CYM (negatively charged CYS) residues
  261. !       within the Cornell et al. force field.  The CYM and CYX
  262. !       residues were not tested for reliability.  Use at own risk.
  263. !   (2) GLH, or neutral glutamic acid isn't available as a C- or N-
  264. !       terminal residue.  This has not been tested for reliability;
  265. !       use at own risk.  Note also that the IC table was not modified
  266. !       to include the extra hydrogen...
  267. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  268. !
  269. !  AMBER atom types and masses (from parm10.dat & frcmod.ff14SB)
  270. !
  271.  
  272. MASS  -1  C         12.01000 ! sp2 C carbonyl group
  273. MASS  -1  CA        12.01000 ! sp2 C pure aromatic (benzene)
  274. MASS  -1  CB        12.01000 ! sp2 aromatic C, 5&6 membered ring junction
  275. MASS  -1  CC        12.01000 ! sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS
  276. MASS  -1  CD        12.01000 ! sp2 C atom in the middle of: C=CD-CD=C
  277. MASS  -1  CI        12.01000 ! parmbsc0
  278. MASS  -1  CK        12.01000 ! sp2 C 5 memb.ring in purines (dA,dG)
  279. MASS  -1  CP        12.01000 ! sp2 C 5 memb.ring in purines (G)
  280. MASS  -1  CM        12.01000 ! sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6 (dT,dC)
  281. MASS  -1  CS        12.01000 ! sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6 (U)
  282. MASS  -1  CN        12.01000 ! sp2 C aromatic 5&6 memb.ring junct.(TRP)
  283. MASS  -1  CQ        12.01000 ! sp2 C in 5 mem.ring of purines between 2 N
  284. MASS  -1  CR        12.01000 ! sp2 arom as CQ but in HIS
  285. MASS  -1  CT        12.01000 ! sp3 aliphatic C
  286. MASS  -1  CV        12.01000 ! sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N and 1 H (HIS)
  287. MASS  -1  CW        12.01000 ! sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N-H and 1 H (HIS)
  288. MASS  -1  CG        12.01000 ! sp2 arom. 5 memb.ring w/1 subst. (TRP)
  289. MASS  -1  CX        12.01000 ! protein C-alpha (new to ff10)
  290. MASS  -1  CY        12.01000 ! nitrile C (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  291. MASS  -1  CZ        12.01000 ! sp C (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  292. MASS  -1  C5        12.01000 ! sp2 C 5 memb.ring in purines (A)
  293. MASS  -1  C4        12.01000 ! sp2 C  pyrimidines in pos. 5 & 6 (C)
  294. MASS  -1  CO        12.01000 ! sp2 C carboxylate group
  295. MASS  -1  C2        12.01000 ! sp3 aliphatic C with two (duo) heavy atoms
  296. MASS  -1  C3        12.01000 ! sp3 aliphatic C with three (tres) heavy atoms
  297. MASS  -1  C8        12.01000 ! sp3 aliphatic C basic AA side chain
  298. MASS  -1  C0        40.08000 ! calcium
  299. MASS  -1  H          1.00800 ! H bonded to nitrogen atoms
  300. MASS  -1  HC         1.00800 ! H aliph. bond. to C without electrwd.group
  301. MASS  -1  H1         1.00800 ! H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group
  302. MASS  -1  H2         1.00800 ! H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups
  303. MASS  -1  H3         1.00800 ! H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups
  304. MASS  -1  HA         1.00800 ! H arom. bond. to C without elctrwd. groups
  305. MASS  -1  H4         1.00800 ! H arom. bond. to C with 1 electrwd. group
  306. MASS  -1  H5         1.00800 ! H arom.at C with 2 elctrwd. gr,+HCOO group
  307. MASS  -1  HO         1.00800 ! hydroxyl group
  308. MASS  -1  HS         1.00800 ! hydrogen bonded to sulphur (pol?)
  309. MASS  -1  HW         1.00800 ! H in TIP3P water
  310. MASS  -1  HP         1.00800 ! H bonded to C next to positively charged gr
  311. MASS  -1  HZ         1.00800 ! H bond sp C (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  312. MASS  -1  F         19.00000 ! fluorine (not fluoride!)
  313. MASS  -1  Cl        35.45000 ! chlorine  (Applequist) (not chloride!)
  314. MASS  -1  Br        79.90000 ! bromine  (Applequist) (not bromide!)
  315. MASS  -1  I        126.90000 ! iodine   (Applequist) (not iodide!)
  316. MASS  -1  MG        24.30500 ! magnesium
  317. MASS  -1  N         14.01000 ! sp2 nitrogen in amide groups
  318. MASS  -1  NA        14.01000 ! sp2 N in 5 memb.ring w/H atom (HIS)
  319. MASS  -1  NB        14.01000 ! sp2 N in 5 memb.ring w/LP (HIS,ADE,GUA)
  320. MASS  -1  NC        14.01000 ! sp2 N in 6 memb.ring w/LP (ADE,GUA)
  321. MASS  -1  N2        14.01000 ! sp2 N in amino groups
  322. MASS  -1  N3        14.01000 ! sp3 N for charged amino groups (Lys, etc)
  323. MASS  -1  NT        14.01000 ! sp3 N for amino groups amino groups
  324. MASS  -1  NG        14.01000 ! sp2 N
  325. MASS  -1  NY        14.01000 ! nitrile N (Howard et al.JCC,16,243,1995)
  326. MASS  -1  O         16.00000 ! carbonyl group oxygen
  327. MASS  -1  O2        16.00000 ! carboxyl and phosphate group oxygen
  328. MASS  -1  OW        16.00000 ! oxygen in TIP3P water
  329. MASS  -1  OH        16.00000 ! oxygen in hydroxyl group
  330. MASS  -1  OS        16.00000 ! ether and ester oxygen
  331. MASS  -1  OP        16.00000 ! 2- phosphate oxygen
  332. MASS  -1  P         30.97000 ! phosphate,pol:JACS,112,8543,90,K.J.Miller
  333. MASS  -1  S         32.06000 ! S in disulfide linkage,pol:JPC,102,2399,98
  334. MASS  -1  SH        32.06000 ! S in cystine
  335. !MASS  -1  CU 63.55   ! copper
  336. !MASS  -1  FE 55.00   ! iron
  337. MASS  -1  Zn        65.40000 ! Zn2+
  338. MASS  -1  EP         0.00000 ! extra point
  339. MASS  -1  SOD       22.99000 ! Na+
  340. MASS  -1  POT       39.10000 ! K+
  341. MASS  -1  CLA       35.45000 ! Cl-
  342.  
  343.  
  344. DECL  -CA                    !  proteins
  345. DECL  -C
  346. DECL  -O
  347. DECL  +N
  348. DECL  +H
  349. DECL  +CA
  350. DECL  +P                     ! nucleic acids
  351. DECL  +O1P
  352. DECL  +O2P
  353. DECL  +O5'
  354. DECL  -O3'
  355.  
  356. DEFAULT FIRST NTER LAST CTER
  357. AUTOGENERATE ANGLES DIHEDRAL
  358.  
  359. !
  360. !  WATER & IONS
  361. !
  362.  
  363. RESI TIP3          0.00   ! TIPS3P WATER MODEL
  364.                           ! GENERATE USING NOANGLE NODIHEDRAL
  365. GROUP
  366. ATOM OH2  OW     -0.834
  367. ATOM H1   HW      0.417
  368. ATOM H2   HW      0.417
  369. BOND OH2  H1     OH2  H2    H1   H2    ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE
  370. ANGLE H1 OH2 H2    ! REQUIRED
  371. PATCHING FIRS NONE LAST NONE
  372.  
  373. RESI SOD      1.00 ! Na+ Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  374. GROUP
  375. ATOM SOD   SOD  1.00
  376. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  377.  
  378. RESI POT      1.00 ! K+  Aqvist JPC 1990,94,8021. (adapted)
  379. GROUP
  380. ATOM POT   POT  1.00
  381. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  382.  
  383. RESI CLA      -1.00 ! Cl- Smith, JCP 1994,100:5,3757.
  384. GROUP
  385. ATOM CLA   CLA  -1.00
  386. PATCHING FIRST NONE LAST NONE
  387.  
  388. !
  389. ! nucleic
  390. !
  391.  
  392. RESI ADE -1.0            ! note: this is RNA, resname A in ff14SB, RA in ff99SB
  393. GROUP                       ! patches to make terminal or deoxyribose are required
  394. ATOM  P     P    1.1662
  395. ATOM  O1P   O2  -0.7760     ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  396. ATOM  O2P   O2  -0.7760     ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  397. ATOM  O5'   OS  -0.4989
  398. ATOM  C5'   CI   0.0558     ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  399. ATOM  H5'   H1   0.0679     ! note: name is H5'1 in ff99SB
  400. ATOM  H5''  H1   0.0679     ! note: name is H5'2 in ff99SB
  401. ATOM  C4'   CT   0.1065
  402. ATOM  H4'   H1   0.1174
  403. ATOM  O4'   OS  -0.3548
  404. ATOM  C1'   CT   0.0394
  405. ATOM  H1'   H2   0.2007
  406. ATOM  N9    NG  -0.0251     ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  407. ATOM  C8    C5   0.2006
  408. ATOM  H8    H5   0.1553
  409. ATOM  N7    NB  -0.6073
  410. ATOM  C5    CB   0.0515
  411. ATOM  C6    CA   0.7009
  412. ATOM  N6    N2  -0.9019
  413. ATOM  H61   H    0.4115
  414. ATOM  H62   H    0.4115
  415. ATOM  N1    NC  -0.7615
  416. ATOM  C2    CQ   0.5875
  417. ATOM  H2    H5   0.0473
  418. ATOM  N3    NC  -0.6997
  419. ATOM  C4    CB   0.3053
  420. ATOM  C3'   CT   0.2022
  421. ATOM  H3'   H1   0.0615
  422. ATOM  C2'   CT   0.0670
  423. ATOM  H2''  H1   0.0972     ! note: name is H2' in ff14SB, H2'1 in ff99SB
  424. ATOM  O2'   OH  -0.6139
  425. ATOM  H2'   HO   0.4186     ! note: name is HO2' in ff14SB, HO'2 in ff99SB
  426. ATOM  O3'   OS  -0.5246
  427.  
  428. !  using charmm bond lists (top_all22_na.inp)
  429. BOND P    O1P       P    O2P       P    O5'
  430. BOND O5'  C5'       C5'  C4'       C4'  O4'       C4'  C3'       O4'  C1'
  431. BOND C1'  N9        C1'  C2'       N9   C4        N9   C8        C4   N3
  432. BOND C4   C5        N3   C2        C2   N1        N1   C6        C6   N6
  433. BOND N6   H61       N6   H62       C6   C5        C5   N7        N7   C8
  434. BOND C2'  C3'       C2'  O2'       O2'  H2'       C3'  O3'       O3'  +P
  435. BOND C1'  H1'       C2'  H2''      C3'  H3'       C4'  H4'       C5'  H5'
  436. BOND C5'  H5''      C8   H8        C2   H2
  437.  
  438. IMPROPER   C4   C8   N9   C1'
  439. IMPROPER   C6   H61  N6   H62
  440. IMPROPER   N7   N9   C8   H8
  441. IMPROPER   N1   N3   C2   H2
  442. IMPROPER   C5   N6   C6   N1
  443.  
  444. DONO H61  N6
  445. DONO H62  N6
  446. DONO H2'  O2'
  447. ACCE N3
  448. ACCE N7
  449. ACCE N1
  450. ACCE O1P  P
  451. ACCE O2P  P
  452. ACCE O2'
  453. ACCE O3'
  454. ACCE O4'
  455. ACCE O5'
  456.  
  457. ! build array from charmm (top_all36_na.rtf)
  458. IC -O3' P    O5'  C5'    1.6001  101.45  -46.90  119.00   1.4401 !alpha
  459. IC -O3' O5'  *P   O1P    1.6001  101.45 -115.82  109.74   1.4802
  460. IC -O3' O5'  *P   O2P    1.6001  101.45  115.90  109.80   1.4801
  461. IC  P   O5'  C5'  C4'    1.5996  119.00 -146.00  110.04   1.5160 !beta
  462. IC O5'  C5'  C4'  C3'    1.4401  108.83   60.00  116.10   1.5284 !gamma
  463. IC C5'  C4'  C3'  O3'    1.5160  116.10  140.00  115.12   1.4212 !delta
  464. IC C4'  C3'  O3'  +P     1.5284  111.92  155.00  119.05   1.6001 !epsilon
  465. IC C3'  O3'  +P   +O5'   1.4212  119.05  -95.20  101.45   1.5996 !zeta
  466. IC O4'  C3'  *C4' C5'    1.4572  104.06 -120.04  116.10   1.5160
  467. IC C2'  C4'  *C3' O3'    1.5284  100.16 -124.08  115.12   1.4212
  468. IC C4'  C3'  C2'  C1'    1.5284  100.16  -30.00  102.04   1.5251 !puck
  469. IC C3'  C2'  C1'  N9     1.5284  101.97  147.80  113.71   1.4896
  470. IC O4'  C1'  N9   C4     1.5251  113.71  -97.2   125.59   1.3783 !chi
  471. IC C1'  C4   *N9  C8     1.4896  125.97 -179.94  106.0    1.367
  472. IC C4   N9   C8   N7     1.376   106.0     0.0   113.6    1.312
  473. IC C8   N9   C4   C5     1.367   106.0     0.0   105.6    1.382
  474. IC C8   N7   C5   C6     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  475. IC N7   C5   C6   N1     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  476. IC C5   C6   N1   C2     0.0       0.0     0.0     0.0    0.0
  477. IC N9   C5   *C4  N3     1.376   105.6  -180.0   126.9    1.342
  478. IC C5   N1   *C6  N6     1.409   117.6  -180.0   121.2    1.337
  479. IC N1   C6   N6   H61    1.337   121.2     0.0   119.0    1.01
  480. IC H61  C6   *N6  H62    1.01    119.0   180.0   119.00   1.01
  481. IC C5   N1   *C6  N6     1.409   117.6  -180.0   119.0    1.337
  482. IC N1   C6   N6   H61    1.337   119.0     0.0   119.0    1.01
  483. IC H61  C6   *N6  H62    1.01    119.0   180.0   121.00   1.01
  484. IC N9   N7   *C8   H8    0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  485. IC N1   N3   *C2   H2    0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  486. IC C1'  C3'  *C2' O2'    1.5284  102.04 -114.67  110.81   1.4212
  487. IC H2'  O2'  C2'  C3'    0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  488. IC O4'  C2'  *C1' H1'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  489. IC C1'  C3'  *C2' H2''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  490. IC C2'  C4'  *C3' H3'    0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  491. IC C3'  O4'  *C4' H4'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  492. IC C4'  O5'  *C5' H5'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  493. IC C4'  O5'  *C5' H5''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  494.  
  495. PATCH FIRST ADE5 LAST ADE3
  496.  
  497.  
  498. RESI URA -1.0            ! note: this is RNA, resname U in ff14SB, RU in ff99SB
  499. GROUP                       ! patches to make terminal or deoxyribose are required
  500. ATOM  P     P    1.1662
  501. ATOM  O1P   O2  -0.7760     ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  502. ATOM  O2P   O2  -0.7760     ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  503. ATOM  O5'   OS  -0.4989
  504. ATOM  C5'   CI   0.0558     ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  505. ATOM  H5'   H1   0.0679     ! note: name is H5'1 in ff99SB
  506. ATOM  H5''  H1   0.0679     ! note: name is H5'2 in ff99SB
  507. ATOM  C4'   CT   0.1065
  508. ATOM  H4'   H1   0.1174
  509. ATOM  O4'   OS  -0.3548
  510. ATOM  C1'   CT   0.0674
  511. ATOM  H1'   H2   0.1824
  512. ATOM  N1    NG   0.0418     ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  513. ATOM  C6    CS  -0.1126     ! note: type changed from CM (ff99SB) to CS (ff14SB)
  514. ATOM  H6    H4   0.2188
  515. ATOM  C5    CS  -0.3635     ! note: type changed from CM (ff99SB) to CS (ff14SB)
  516. ATOM  H5    HA   0.1811
  517. ATOM  C4    C    0.5952
  518. ATOM  O4    O   -0.5761
  519. ATOM  N3    NA  -0.3549
  520. ATOM  H3    H    0.3154
  521. ATOM  C2    C    0.4687
  522. ATOM  O2    O   -0.5477
  523. ATOM  C3'   CT   0.2022
  524. ATOM  H3'   H1   0.0615
  525. ATOM  C2'   CT   0.0670
  526. ATOM  H2''  H1   0.0972    ! note: name is H2' in ff14SB, H2'1 in ff99SB
  527. ATOM  O2'   OH  -0.6139
  528. ATOM  H2'   HO   0.4186    ! note: name is HO2' in ff14SB, HO'2 in ff99SB
  529. ATOM  O3'   OS  -0.5246
  530.  
  531. ! bonds from charmm  (top_all22_na.inp)
  532. BOND P    O1P       P    O2P       P     O5'
  533. BOND O5'  C5'       C5'  C4'       C4'  O4'       C4'  C3'       O4'  C1'
  534. BOND C1'  N1        C1'  C2'       N1   C2        N1   C6        C2   O2
  535. BOND C2   N3        N3   H3        N3   C4        C4   O4        C4   C5
  536. BOND C5   C6        C2'  C3'       C3'  O3'       O3'  +P
  537. BOND C2'  O2'       O2'  H2'
  538. BOND C1'  H1'       C2'  H2''      C3'  H3'       C4'  H4'       C5'  H5'
  539. BOND C5'  H5''      C5   H5        C6   H6
  540.  
  541. IMPROPER  C2   C6   N1   C1'
  542. IMPROPER  C4   C6   C5   H5
  543. IMPROPER  N1   N3   C2   O2
  544. IMPROPER  C5   N3   C4   O4
  545. IMPROPER  C2   C4   N3   H3
  546. IMPROPER  N1   C5   C6   H6
  547.  
  548. DONO H3   N3
  549. DONO H2'  O2'
  550. ACCE O2   C2
  551. ACCE O4   C4
  552. ACCE O1P  P
  553. ACCE O2P  P
  554. ACCE O2'
  555. ACCE O3'
  556. ACCE O4'
  557. ACCE O5'
  558.  
  559. ! build array from charmm (top_all36_na.rtf)
  560. IC -O3' P    O5'  C5'    1.6001  101.45  -39.25  119.00   1.4401
  561. IC -O3' O5'  *P   O1P    1.6001  101.45 -115.82  109.74   1.4802
  562. IC -O3' O5'  *P   O2P    1.6001  101.45  115.90  109.80   1.4801
  563. IC  P   O5'  C5'  C4'    1.5996  119.00 -151.39  110.04   1.5160
  564. IC O5'  C5'  C4'  C3'    1.4401  108.83 -179.85  116.10   1.5284
  565. IC C5'  C4'  C3'  O3'    1.5160  116.10   76.70  115.12   1.4212
  566. IC C4'  C3'  O3'  +P     1.5284  111.92  159.13  119.05   1.6001
  567. IC C3'  O3'  +P   +O5'   1.4212  119.05  -98.86  101.45   1.5996
  568. IC O4'  C3'  *C4' C5'    1.4572  104.06 -120.04  116.10   1.5160
  569. IC C2'  C4'  *C3' O3'    1.5284  100.16 -124.08  115.12   1.4212
  570. IC C4'  C3'  C2'  C1'    1.5284  100.16   39.58  102.04   1.5251
  571. IC C3'  C2'  C1'  N1     1.5284  101.97  144.39  113.71   1.4896
  572. IC O4'  C1'  N1   C2     1.5251  113.71  -96.0   117.06   1.3746
  573. IC C1'  C2   *N1  C6     1.4896  117.06 -180.0   121.3    1.379
  574. IC C2   N1   C6   C5     1.379   121.3     0.0   122.8    1.338
  575. IC C6   N1   C2   N3     1.380   121.3     0.0   114.8    1.373
  576. IC N1   N3   *C2  O2     1.379   114.8  -180.0   122.0    1.218
  577. IC N1   C2   N3   C4     1.379   114.8     0.0   127.0    1.383
  578. IC C5   N3   *C4  O4     1.440   114.7   180.0   119.8    1.227
  579. IC C2   C4   *N3  H3     1.373   127.0   180.0   116.5    1.03
  580. IC C6   C4   *C5  H5     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  581. IC N1   C5   *C6  H6     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  582. IC C1'  C3'  *C2' O2'    1.5284  102.04 -114.67  110.81   1.4212
  583. IC H2'  O2'  C2'  C3'    0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  584. IC O4'  C2'  *C1' H1'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  585. IC C1'  C3'  *C2' H2''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  586. IC C2'  C4'  *C3' H3'    0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  587. IC C3'  O4'  *C4' H4'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  588. IC C4'  O5'  *C5' H5'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  589. IC C4'  O5'  *C5' H5''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  590.  
  591. PATCH FIRST URA5 LAST URA3
  592.  
  593.  
  594. RESI THY -1.0            ! note: this is DNA,resname DT in ff14SB & ff99SB
  595. GROUP                       ! patches to make terminal are required
  596. ATOM  P     P     1.1659
  597. ATOM  O1P   O2   -0.7761    ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  598. ATOM  O2P   O2   -0.7761    ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  599. ATOM  O5'   OS   -0.4954
  600. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  601. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! name is H5'1 in ff99SB
  602. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! name is H5'2 in ff99SB
  603. ATOM  C4'   CT    0.1629
  604. ATOM  H4'   H1    0.1176
  605. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  606. ATOM  C1'   CT    0.0680
  607. ATOM  H1'   H2    0.1804
  608. ATOM  N1    NG   -0.0239    ! type is N* in ff14SB & ff99SB
  609. ATOM  C6    CM   -0.2209
  610. ATOM  H6    H4    0.2607
  611. ATOM  C5    CM    0.0025
  612. ATOM  C7    CT   -0.2269
  613. ATOM  H71   HC    0.0770
  614. ATOM  H72   HC    0.0770
  615. ATOM  H73   HC    0.0770
  616. ATOM  C4    C     0.5194
  617. ATOM  O4    O    -0.5563
  618. ATOM  N3    NA   -0.4340
  619. ATOM  H3    H     0.3420
  620. ATOM  C2    C     0.5677
  621. ATOM  O2    O    -0.5881
  622. ATOM  C3'   CT    0.0713
  623. ATOM  H3'   H1    0.0985
  624. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  625. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! name is H2'1 in ff99SB
  626. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! name is H2'2 in ff99SB
  627. ATOM  O3'   OS   -0.5232
  628.  
  629. ! bonds from charmm (top_all22_na.inp)
  630. !   swapped C5M with C7
  631. !   swapped H5? with H7?
  632. BOND P    O1P       P    O2P       P     O5'
  633. BOND O5'  C5'       C5'  C4'       C4'  O4'       C4'  C3'       O4'  C1'
  634. BOND C1'  N1        C1'  C2'       N1   C2        N1   C6        C2   O2
  635. BOND C2   N3        N3   H3        N3   C4        C4   O4        C4   C5
  636. BOND C5   C7        C5   C6        C2'  C3'       C3'  O3'       O3'  +P
  637. BOND C1'  H1'       C2'  H2''      C3'  H3'       C4'  H4'       C5'  H5'
  638. BOND C5'  H5''      C6   H6        C7   H71       C7   H72       C7   H73
  639. BOND C2'  H2'
  640.  
  641. IMPROPER  C2   C6   N1   C1'
  642. IMPROPER  C4   C6   C5   C7
  643. IMPROPER  N1   N3   C2   O2
  644. IMPROPER  C5   N3   C4   O4
  645. IMPROPER  C2   C4   N3   H3
  646. IMPROPER  N1   C5   C6   H6
  647.  
  648.  
  649. DONO H3   N3
  650. ACCE O2   C2
  651. ACCE O4   C4
  652. ACCE O1P  P
  653. ACCE O2P  P
  654. ACCE O3'
  655. ACCE O4'
  656. ACCE O5'
  657.  
  658. ! build from charmm (top_all36_na.rtf)
  659. ! name swapping as above, delete references to O2'
  660. IC -O3' P    O5'  C5'    1.6001  101.45  -46.90  119.00   1.4401 !alpha
  661. IC -O3' O5'  *P   O1P    1.6001  101.45 -115.82  109.74   1.4802
  662. IC -O3' O5'  *P   O2P    1.6001  101.45  115.90  109.80   1.4801
  663. IC  P   O5'  C5'  C4'    1.5996  119.00 -146.00  110.04   1.5160 !beta
  664. IC O5'  C5'  C4'  C3'    1.4401  108.83   60.00  116.10   1.5284
  665. IC C5'  C4'  C3'  O3'    1.5160  116.10  140.00  115.12   1.4212
  666. IC C4'  C3'  O3'  +P     1.5284  111.92  155.00  119.05   1.6001
  667. IC C3'  O3'  +P   +O5'   1.4212  119.05  -95.20  101.45   1.5996
  668. IC O4'  C3'  *C4' C5'    1.4572  104.06 -120.04  116.10   1.5160
  669. IC C2'  C4'  *C3' O3'    1.5284  100.16 -124.08  115.12   1.4212
  670. IC C4'  C3'  C2'  C1'    1.5284  100.16  -30.00  102.04   1.5251
  671. IC C3'  C2'  C1'  N1     1.5284  101.97  147.89  113.71   1.4896
  672. IC O4'  C1'  N1   C2     1.5251  113.71  -97.2   125.59   1.3783 !chi
  673. IC C1'  C2   *N1  C6     1.4896  117.06 -179.96  122.08   1.3704
  674. IC C2   N1   C6   C5     1.3746  122.08   -0.02  121.23   1.3432
  675. IC C6   N1   C2   N3     1.3704  122.08    0.06  115.38   1.3813
  676. IC N1   N3   *C2  O2     1.3746  115.38 -179.95  121.70   1.2191
  677. IC N1   C2   N3   C4     1.3746  115.38   -0.07  126.46   1.3795
  678. IC C5   N3   *C4  O4     1.4439  114.07  179.98  120.59   1.2327
  679. IC C2   C4   *N3  H3     1.3813  126.46  180.00  116.77   1.0900
  680. IC C4   C6   *C5  C7     1.4439  120.78 -179.94  121.63   1.5000
  681. IC N1   C5   *C6  H6     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  682. IC C6   C5   C7   H71    0.0       0.0     0.0     0.0    0.0
  683. IC C5   H71  *C7  H72    0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  684. IC H71  H72  *C7  H73    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  685. IC C1'  C3'  *C2' H2'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0     !kept from Klauda's f99sb rtf file
  686. IC C1'  C3'  *C2' H2''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  687. IC O4'  C2'  *C1' H1'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  688. IC C2'  C4'  *C3' H3'    0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  689. IC C3'  O4'  *C4' H4'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  690. IC C4'  O5'  *C5' H5'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  691. IC C4'  O5'  *C5' H5''   0.0       0.    115.0     0.0    0.0
  692.  
  693. PATCH FIRST THY5 LAST THY3
  694.  
  695.  
  696. RESI CYT  -1.0           ! note: this is RNA, resname C in ff14SB, RC in ff99SB
  697. GROUP                       ! patches to make terminal or deoxyribose are required
  698. ATOM  P     P     1.1662
  699. ATOM  O1P   O2   -0.7760    ! name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  700. ATOM  O2P   O2   -0.7760    ! name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  701. ATOM  O5'   OS   -0.4989
  702. ATOM  C5'   CI    0.0558    ! type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  703. ATOM  H5'   H1    0.0679    ! name is H5'1 in ff99SB
  704. ATOM  H5''  H1    0.0679    ! name is H5'2 in ff99SB
  705. ATOM  C4'   CT    0.1065
  706. ATOM  H4'   H1    0.1174
  707. ATOM  O4'   OS   -0.3548
  708. ATOM  C1'   CT    0.0066
  709. ATOM  H1'   H2    0.2029
  710. ATOM  N1    NG   -0.0484    ! name is type N* in ff14SB & ff99SB
  711. ATOM  C6    C4    0.0053    ! type changed from CM (ff99SB) to C4 (ff14SB)
  712. ATOM  H6    H4    0.1958
  713. ATOM  C5    C4   -0.5215    ! type changed from CM (ff99SB) to C4 (ff14SB)
  714. ATOM  H5    HA    0.1928
  715. ATOM  C4    CA    0.8185
  716. ATOM  N4    N2   -0.9530
  717. ATOM  H41   H     0.4234
  718. ATOM  H42   H     0.4234
  719. ATOM  N3    NC   -0.7584
  720. ATOM  C2    C     0.7538
  721. ATOM  O2    O    -0.6252
  722. ATOM  C3'   CT    0.2022
  723. ATOM  H3'   H1    0.0615
  724. ATOM  C2'   CT    0.0670
  725. ATOM  H2''  H1    0.0972    ! name is H2' in ff14SB, H2'1 in ff99SB
  726. ATOM  O2'   OH   -0.6139
  727. ATOM  H2'   HO    0.4186    ! name is HO2' in ff14SB, HO'2 in ff99SB
  728. ATOM  O3'   OS   -0.5246
  729.  
  730. BOND P    O1P       P    O2P       P     O5'
  731. BOND O5'  C5'       C5'  C4'       C4'  O4'       C4'  C3'       O4'  C1'
  732. BOND C1'  N1        C1'  C2'       N1   C2        N1   C6        C2   O2
  733. BOND C2   N3        N3   C4        C4   N4        N4   H41       N4   H42
  734. BOND C4   C5        C5   C6        C2'  C3'       C3'  O3'       O3'  +P
  735. BOND C2'  O2'       O2'  H2'
  736. BOND C1'  H1'       C2'  H2''      C3'  H3'       C4'  H4'       C5'  H5'
  737. BOND C5'  H5''      C5   H5        C6   H6
  738.  
  739. IMPROPER  C2   C6   N1   C1'
  740. IMPROPER  N1   N3   C2   O2
  741. IMPROPER  C4   H41  N4   H42
  742. IMPROPER  N1   C5   C6   H6
  743. IMPROPER  C6   C4   C5   H5
  744. IMPROPER  C5   N4   C4   N3
  745.  
  746. DONO H42  N4
  747. DONO H2'  O2'
  748. DONO H41  N4
  749. ACCE O2   C2
  750. ACCE N3
  751. ACCE O1P  P
  752. ACCE O2P  P
  753. ACCE O2'
  754. ACCE O3'
  755. ACCE O4'
  756. ACCE O5'
  757.  
  758. ! build array from charmm (top_all36_na.rtf)
  759. IC -O3' P    O5'  C5'    1.6001  101.45  -46.90  119.00   1.4401 !alpha
  760. IC -O3' O5'  *P   O1P    1.6001  101.45 -115.82  109.74   1.4802
  761. IC -O3' O5'  *P   O2P    1.6001  101.45  115.90  109.80   1.4801
  762. IC  P   O5'  C5'  C4'    1.5996  119.00 -146.00  110.04   1.5160 !beta
  763. IC O5'  C5'  C4'  C3'    1.4401  108.83   60.00  116.10   1.5284 !gamma
  764. IC C5'  C4'  C3'  O3'    1.5160  116.10  140.00  115.12   1.4212 !delta
  765. IC C4'  C3'  O3'  +P     1.5284  111.92  155.00  119.05   1.6001 !epsilon
  766. IC C3'  O3'  +P   +O5'   1.4212  119.05  -95.20  101.45   1.5996 !zeta
  767. IC O4'  C3'  *C4' C5'    1.4572  104.06 -120.04  116.10   1.5160
  768. IC C2'  C4'  *C3' O3'    1.5284  100.16 -124.08  115.12   1.4212
  769. IC C4'  C3'  C2'  C1'    1.5284  100.16  -30.00  102.04   1.5251
  770. IC C3'  C2'  C1'  N1     1.5284  101.97  147.89  113.71   1.4896
  771. IC O4'  C1'  N1   C2     1.5251  113.71  -97.2   125.59   1.3783 !chi
  772. IC C1'  C2   *N1  C6     1.4896  117.79 -180.00  120.6    1.364
  773. IC C2   N1   C6   C5     1.399   120.6     0.0   121.0    1.337
  774. IC C6   N1   C2   N3     1.364   120.6     0.0   118.9    1.356
  775. IC N1   N3   *C2  O2     1.399   118.9   180.0   121.9    1.237
  776. IC N1   C2   N3   C4     1.399   118.9     0.0   120.0    1.334
  777. IC C5   N3   *C4  N4     1.426   121.8   180.00  118.9    1.337
  778. IC N3   C4   N4   H41    1.337   117.9     0.00  118.9    1.01
  779. IC H41  C4   *N4  H42    1.01    118.9   180.00  120.7    1.01
  780. IC C6   C4   *C5  H5     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  781. IC N1   C5   *C6  H6     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  782. IC C1'  C3'  *C2' O2'    1.5284  102.04 -114.67  110.81   1.4212
  783. IC H2'  O2'  C2'  C3'    0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  784. IC O4'  C2'  *C1' H1'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  785. IC C1'  C3'  *C2' H2''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  786. IC C2'  C4'  *C3' H3'    0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  787. IC C3'  O4'  *C4' H4'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  788. IC C4'  O5'  *C5' H5'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  789. IC C4'  O5'  *C5' H5''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  790.  
  791. PATCH FIRST CYT5 LAST CYT3
  792.  
  793.  
  794. RESI GUA  -1.0           ! note: this is RNA, resname G in ff14SB, RG in ff99SB
  795. GROUP                       ! patches to make terminal or deoxyribose are required
  796. ATOM  P     P     1.1662
  797. ATOM  O1P   O2   -0.7760    ! name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  798. ATOM  O2P   O2   -0.7760    ! name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  799. ATOM  O5'   OS   -0.4989
  800. ATOM  C5'   CI    0.0558    ! type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  801. ATOM  H5'   H1    0.0679    ! name is H5'1 in ff99SB
  802. ATOM  H5''  H1    0.0679    ! name is H5'2 in ff99SB
  803. ATOM  C4'   CT    0.1065
  804. ATOM  H4'   H1    0.1174
  805. ATOM  O4'   OS   -0.3548
  806. ATOM  C1'   CT    0.0191
  807. ATOM  H1'   H2    0.2006
  808. ATOM  N9    NG    0.0492    ! type is N* in ff14SB & ff99SB
  809. ATOM  C8    CP    0.1374    ! type changed from CK (ff99SB) to CP (ff14SB)
  810. ATOM  H8    H5    0.1640
  811. ATOM  N7    NB   -0.5709
  812. ATOM  C5    CB    0.1744
  813. ATOM  C6    C     0.4770
  814. ATOM  O6    O    -0.5597
  815. ATOM  N1    NA   -0.4787
  816. ATOM  H1    H     0.3424
  817. ATOM  C2    CA    0.7657
  818. ATOM  N2    N2   -0.9672
  819. ATOM  H21   H     0.4364
  820. ATOM  H22   H     0.4364
  821. ATOM  N3    NC   -0.6323
  822. ATOM  C4    CB    0.1222
  823. ATOM  C3'   CT    0.2022
  824. ATOM  H3'   H1    0.0615
  825. ATOM  C2'   CT    0.0670
  826. ATOM  H2''  H1    0.0972    ! name is H2' in ff14SB, H2'1 in ff99SB
  827. ATOM  O2'   OH   -0.6139
  828. ATOM  H2'   HO    0.4186    ! name is HO2' in ff14SB, HO'2 in ff99SB
  829. ATOM  O3'   OS   -0.5246
  830.  
  831. ! bonds from charmm (top_all22_na.inp)
  832. BOND P    O1P       P    O2P       P     O5'
  833. BOND O5'  C5'       C5'  C4'       C4'  O4'       C4'  C3'       O4'  C1'
  834. BOND C1'  N9        C1'  C2'       N9   C4        N9   C8        C4   N3
  835. BOND C4   C5        N3   C2        C2   N2        C2   N1        N2   H21
  836. BOND N2   H22       N1   H1        N1   C6        C6   O6        C6   C5
  837. BOND C5   N7        N7   C8        C2'  C3'       C3'  O3'       O3'  +P
  838. BOND C2'  O2'       O2'  H2'
  839. BOND C1'  H1'       C2'  H2''      C3'  H3'       C4'  H4'       C5'  H5'
  840. BOND C5'  H5''      C8   H8
  841.  
  842. IMPROPER  C4   C8   N9   C1'
  843. IMPROPER  C5   N1   C6   O6
  844. IMPROPER  C6   C2   N1   H1
  845. IMPROPER  C2   H21  N2   H22
  846. IMPROPER  N7   N9   C8   H8
  847. IMPROPER  N2   N1   C2   N3
  848.  
  849. DONO H21  N2
  850. DONO H22  N2
  851. DONO H1   N1
  852. DONO H2'  O2'
  853. ACCE O6   C6
  854. ACCE N3
  855. ACCE N7
  856. ACCE O1P  P
  857. ACCE O2P  P
  858. ACCE O2'
  859. ACCE O3'
  860. ACCE O4'
  861. ACCE O5'
  862.  
  863. ! build array from charmm (top_all36_na.rtf)
  864. ! Chi and sugar-phosphate backbone in B-DNA like conformation (top_all36_na.rtf)
  865. IC -O3' P    O5'  C5'    1.6001  101.45  -46.90  119.00   1.4401 !alpha
  866. IC -O3' O5'  *P   O1P    1.6001  101.45 -115.82  109.74   1.4802
  867. IC -O3' O5'  *P   O2P    1.6001  101.45  115.90  109.80   1.4801
  868. IC  P   O5'  C5'  C4'    1.5996  119.00 -146.00  110.04   1.5160 !beta
  869. IC O5'  C5'  C4'  C3'    1.4401  108.83   60.00  116.10   1.5284 !gamma
  870. IC C5'  C4'  C3'  O3'    1.5160  116.10  140.00  115.12   1.4212 !delta
  871. IC C4'  C3'  O3'  +P     1.5284  111.92  155.00  119.05   1.6001 !epsilon
  872. IC C3'  O3'  +P   +O5'   1.4212  119.05  -95.20  101.45   1.5996 !zeta
  873. IC O4'  C3'  *C4' C5'    1.4572  104.06 -120.04  116.10   1.5160
  874. IC C2'  C4'  *C3' O3'    1.5284  100.16 -124.08  115.12   1.4212
  875. IC C4'  C3'  C2'  C1'    1.5284  100.16  -30.00  102.04   1.5251 !puck
  876. IC C3'  C2'  C1'  N9     1.5284  101.97  147.80  113.71   1.4896
  877. IC O4'  C1'  N9   C4     1.5251  113.71  -97.2   125.59   1.3783 !chi
  878. IC C1'  C4   *N9  C8     1.4896  125.59 -179.99  106.0    1.374
  879. IC C4   N9   C8   N7     1.377   106.0     0.0   113.5    1.304
  880. IC C8   N9   C4   C5     1.374   106.0     0.0   105.6    1.377
  881. IC N9   C5   *C4  N3     1.377   105.6   180.0   128.4    1.355
  882. IC C5   C4   N3   C2     1.377   128.4     0.0   111.8    1.327
  883. IC C4   N3   C2   N1     1.355   111.8     0.0   124.0    1.375
  884. IC N1   N3   *C2  N2     1.375   124.0   180.0   119.7    1.341
  885. IC N3   C2   N2   H21    1.327   119.7   180.0   127.0    1.01
  886. IC H21  C2   *N2  H22    1.01    127.0  -180.0   116.5    1.01
  887. IC N3   C2   N1   C6     1.327   124.0     0.0   124.9    1.393
  888. IC C6   C2   *N1  H1     1.393   124.9   180.0   117.4    1.03
  889. IC C5   N1   *C6  O6     1.415   111.7   180.0   120.0    1.239
  890. IC N9   N7   *C8  H8     0.0       0.0   180.0     0.0    0.0
  891. IC C1'  C3'  *C2' O2'    1.5284  102.04 -114.67  110.81   1.4212
  892. IC H2'  O2'  C2'  C3'    0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  893. IC O4'  C2'  *C1' H1'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  894. IC C1'  C3'  *C2' H2''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  895. IC C2'  C4'  *C3' H3'    0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  896. IC C3'  O4'  *C4' H4'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  897. IC C4'  O5'  *C5' H5'    0.0       0.0  -115.0     0.0    0.0
  898. IC C4'  O5'  *C5' H5''   0.0       0.0   115.0     0.0    0.0
  899.  
  900. PATCH FIRST GUA5 LAST GUA3
  901.  
  902. !
  903. !  PROTEIN RESIDUES
  904. !
  905.  
  906. RESI ALA          0.00
  907. GROUP  
  908. ATOM N    N      -0.41570  !     |
  909. ATOM HN   H       0.27190  !  HN-N
  910. ATOM CA   CX      0.03370  !     |     HB1
  911. ATOM HA   H1      0.08230  !     |    /
  912. ATOM CB   CT     -0.18250  !  HA-CA--CB-HB2            ALANINE
  913. ATOM HB1  HC      0.06030  !     |    \      
  914. ATOM HB2  HC      0.06030  !     |     HB2
  915. ATOM HB3  HC      0.06030  !   O=C  
  916. ATOM C    C       0.59730  !     |
  917. ATOM O    O      -0.56790
  918.  
  919. BOND   CB  CA   N   HN   N  CA   C  CA     C  +N
  920. BOND   CA  HA   CB  HB1  CB HB2  CB HB3    C  O
  921.  
  922. IMPROPER  -C  CA   N   HN
  923. IMPROPER  CA  +N   C   O
  924.  
  925. DONOR HN N  
  926. ACCEPTOR O C  
  927.  
  928. IC -C   CA   *N   HN    1.3551 126.4900  180.0000 115.4200  0.9996
  929. IC -C   N    CA   C     1.3551 126.4900  180.0000 114.4400  1.5390
  930. IC N    CA   C    +N    1.4592 114.4400  180.0000 116.8400  1.3558
  931. IC +N   CA   *C   O     1.3558 116.8400  180.0000 122.5200  1.2297
  932. IC CA   C    +N   +CA   1.5390 116.8400  180.0000 126.7700  1.4613
  933. IC N    C    *CA  CB    1.4592 114.4400  123.2300 111.0900  1.5461
  934. IC N    C    *CA  HA    1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900  1.0840
  935. IC C    CA   CB   HB1   1.5390 111.0900  177.2500 109.6000  1.1109
  936. IC HB1  CA   *CB  HB2   1.1109 109.6000  119.1300 111.0500  1.1119
  937. IC HB1  CA   *CB  HB3   1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100  1.1114
  938.  
  939. PATCH FIRST NALA LAST CALA
  940.  
  941.  
  942. RESI ARG          1.00
  943. GROUP  
  944. ATOM N    N      -0.34790    !     |                      HH11
  945. ATOM HN   H       0.27470    !  HN-N                       |
  946. ATOM CA   CX     -0.26370    !     |   HB1 HG1 HD1 HE     NH1-HH12
  947. ATOM HA   H1      0.15600    !     |   |   |   |   |    //(+)  
  948. ATOM CB   C8     -0.00070    !  HA-CA--CB--CG--CD--NE--CZ          
  949. ATOM HB1  HC      0.03270    !     |   |   |   |         \        
  950. ATOM HB2  HC      0.03270    !     |   HB2 HG2 HD2        NH2-HH22
  951. ATOM CG   C8      0.03900    !   O=C                       |      
  952. ATOM HG1  HC      0.02850    !     |                      HH21    
  953. ATOM HG2  HC      0.02850  
  954. ATOM CD   C8      0.04860  
  955. ATOM HD1  H1      0.06870  
  956. ATOM HD2  H1      0.06870  
  957. ATOM NE   N2     -0.52950  
  958. ATOM HE   H       0.34560  
  959. ATOM CZ   CA      0.80760  
  960. ATOM NH1  N2     -0.86270  
  961. ATOM HH11 H       0.44780  
  962. ATOM HH12 H       0.44780  
  963. ATOM NH2  N2     -0.86270  
  964. ATOM HH21 H       0.44780  
  965. ATOM HH22 H       0.44780  
  966. ATOM C    C       0.73410  
  967. ATOM O    O      -0.58940  
  968.  
  969. BOND  CB   CA    CG   CB    CD   CG    NE  CD    CZ NE  
  970. BOND  NH2  CZ    N    HN    N    CA  
  971. BOND  C    CA    C    +N    CA   HA    CB  HB1  
  972. BOND  CB   HB2   CG   HG1   CG   HG2   CD  HD1   CD HD2  
  973. BOND  NE   HE    NH1  HH11  NH1  HH12  NH2 HH21  NH2 HH22
  974. BOND  O    C     CZ   NH1
  975.  
  976. IMPROPER  -C   CA   N    HN
  977. IMPROPER  CA   +N   C    O
  978. IMPROPER  NE   NH1  CZ   NH2
  979. IMPROPER  CD   CZ   NE   HE
  980. IMPROPER  CZ   HH11 NH1  HH12
  981. IMPROPER  CZ   HH21 NH2  HH22
  982.  
  983. DONOR HN N  
  984. DONOR HE NE  
  985. DONOR HH11 NH1  
  986. DONOR HH12 NH1  
  987. DONOR HH21 NH2  
  988. DONOR HH22 NH2  
  989. ACCEPTOR O C  
  990.  
  991. IC -C   CA   *N   HN    1.3496 122.4500  180.0000 116.6700  0.9973
  992. IC -C   N    CA   C     1.3496 122.4500  180.0000 109.8600  1.5227
  993. IC N    CA   C    +N    1.4544 109.8600  180.0000 117.1200  1.3511
  994. IC +N   CA   *C   O     1.3511 117.1200  180.0000 121.4000  1.2271
  995. IC CA   C    +N   +CA   1.5227 117.1200  180.0000 124.6700  1.4565
  996. IC N    C    *CA  CB    1.4544 109.8600  123.6400 112.2600  1.5552
  997. IC N    C    *CA  HA    1.4544 109.8600 -117.9300 106.6100  1.0836
  998. IC N    CA   CB   CG    1.4544 110.7000  180.0000 115.9500  1.5475
  999. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5475 115.9500  120.0500 106.4000  1.1163
  1000. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5475 115.9500 -125.8100 109.5500  1.1124
  1001. IC CA   CB   CG   CD    1.5552 115.9500  180.0000 114.0100  1.5384
  1002. IC CD   CB   *CG  HG1   1.5384 114.0100  125.2000 108.5500  1.1121
  1003. IC CD   CB   *CG  HG2   1.5384 114.0100 -120.3000 108.9600  1.1143
  1004. IC CB   CG   CD   NE    1.5475 114.0100  180.0000 107.0900  1.5034
  1005. IC NE   CG   *CD  HD1   1.5034 107.0900  120.6900 109.4100  1.1143
  1006. IC NE   CG   *CD  HD2   1.5034 107.0900 -119.0400 111.5200  1.1150
  1007. IC CG   CD   NE   CZ    1.5384 107.0900  180.0000 123.0500  1.3401
  1008. IC CZ   CD   *NE  HE    1.3401 123.0500  180.0000 113.1400  1.0065
  1009. IC CD   NE   CZ   NH1   1.5034 123.0500  180.0000 118.0600  1.3311
  1010. IC NE   CZ   NH1  HH11  1.3401 118.0600 -178.2800 120.6100  0.9903
  1011. IC HH11 CZ   *NH1 HH12  0.9903 120.6100  171.1900 116.2900  1.0023
  1012. IC NH1  NE   *CZ  NH2   1.3311 118.0600  178.6400 122.1400  1.3292
  1013. IC NE   CZ   NH2  HH21  1.3401 122.1400 -174.1400 119.9100  0.9899
  1014. IC HH21 CZ   *NH2 HH22  0.9899 119.9100  166.1600 116.8800  0.9914
  1015.  
  1016. PATCH FIRST NARG LAST CARG
  1017.  
  1018.  
  1019. RESI ASN          0.00
  1020. GROUP  
  1021. ATOM N    N      -0.41570  !     |                                  
  1022. ATOM HN   H       0.27190  !  HN-N                                  
  1023. ATOM CA   CX      0.01430  !     |   HB1 OD1    HD21 (cis to OD1)    
  1024. ATOM HA   H1      0.10480  !     |   |   ||    /                    
  1025. ATOM CB   C2     -0.20410  !  HA-CA--CB--CG--ND2                    
  1026. ATOM HB1  HC      0.07970  !     |   |         \                    
  1027. ATOM HB2  HC      0.07970  !     |   HB2        HD22 (trans to OD1)  
  1028. ATOM CG   C       0.71300  !   O=C                                  
  1029. ATOM OD1  O      -0.59310  !     |                                  
  1030. ATOM ND2  N      -0.91910
  1031. ATOM HD21 H       0.41960
  1032. ATOM HD22 H       0.41960
  1033. ATOM C    C       0.59730
  1034. ATOM O    O      -0.56790
  1035.  
  1036. BOND   CB  CA    CG  CB    ND2  CG  
  1037. BOND   N   HN    N   CA    C    CA    C   +N  
  1038. BOND   CA  HA    CB  HB1   CB   HB2   ND2 HD21  ND2 HD22
  1039. BOND   C   O     CG  OD1
  1040.  
  1041. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1042. IMPROPER CA  +N   C   O
  1043. IMPROPER CB  ND2  CG  OD1
  1044. IMPROPER CG  HD21 ND2 HD22
  1045.  
  1046. DONOR HN N  
  1047. DONOR HD21 ND2  
  1048. DONOR HD22 ND2  
  1049. ACCEPTOR OD1 CG  
  1050. ACCEPTOR O C  
  1051. IC -C   CA   *N   HN    1.3480 124.0500  180.0000 114.4900  0.9992
  1052. IC -C   N    CA   C     1.3480 124.0500  180.0000 105.2300  1.5245
  1053. IC N    CA   C    +N    1.4510 105.2300  180.0000 117.3800  1.3467
  1054. IC +N   CA   *C   O     1.3467 117.3800  180.0000 120.3200  1.2282
  1055. IC CA   C    +N   +CA   1.5245 117.3800  180.0000 124.8800  1.4528
  1056. IC N    C    *CA  CB    1.4510 105.2300  121.1800 113.0400  1.5627
  1057. IC N    C    *CA  HA    1.4510 105.2300 -115.5200 107.6300  1.0848
  1058. IC N    CA   CB   CG    1.4510 110.9100  180.0000 114.3000  1.5319
  1059. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5319 114.3000  119.1700 107.8200  1.1120
  1060. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5319 114.3000 -123.7400 110.3400  1.1091
  1061. IC CA   CB   CG   OD1   1.5627 114.3000  180.0000 122.5600  1.2323
  1062. IC OD1  CB   *CG  ND2   1.2323 122.5600 -179.1900 116.1500  1.3521
  1063. IC CB   CG   ND2  HD21  1.5319 116.1500 -179.2600 117.3500  0.9963
  1064. IC HD21 CG   *ND2 HD22  0.9963 117.3500  178.0200 120.0500  0.9951
  1065.  
  1066. PATCH FIRST NASN LAST CASN
  1067.  
  1068.  
  1069. RESI ASP         -1.00
  1070. GROUP  
  1071. ATOM N    N      -0.51630  !     |                
  1072. ATOM HN   H       0.29360  !  HN-N                
  1073. ATOM CA   CX      0.03810  !     |   HB1   OD1    
  1074. ATOM HA   H1      0.08800  !     |   |    //      
  1075. ATOM CB   C2     -0.03030  !  HA-CA--CB--CG        
  1076. ATOM HB1  HC     -0.01220  !     |   |    \        
  1077. ATOM HB2  HC     -0.01220  !     |   HB2   OD2(-)  
  1078. ATOM CG   CO      0.79940  !   O=C                
  1079. ATOM OD1  O2     -0.80140  !     |                
  1080. ATOM OD2  O2     -0.80140
  1081. ATOM C    C       0.53660
  1082. ATOM O    O      -0.58190
  1083. BOND CB CA  CG CB  OD2 CG  
  1084. BOND N  HN  N  CA   C   CA  C +N  
  1085. BOND CA HA  CB HB1  CB HB2  
  1086. BOND O  C   CG OD1
  1087.  
  1088. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1089. IMPROPER CA  +N   C   O
  1090. IMPROPER CB  OD1  CG  OD2
  1091.  
  1092. DONOR HN N  
  1093. ACCEPTOR OD1 CG  
  1094. ACCEPTOR OD2 CG  
  1095. ACCEPTOR O C  
  1096.  
  1097. IC -C   CA   *N   HN    1.3465 125.3100  180.0000 112.9400  0.9966
  1098. IC -C   N    CA   C     1.3465 125.3100  180.0000 105.6300  1.5315
  1099. IC N    CA   C    +N    1.4490 105.6300  180.0000 117.0600  1.3478
  1100. IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.0600  180.0000 120.7100  1.2330
  1101. IC CA   C    +N   +CA   1.5315 117.0600  180.0000 125.3900  1.4484
  1102. IC N    C    *CA  CB    1.4490 105.6300  122.3300 114.1000  1.5619
  1103. IC N    C    *CA  HA    1.4490 105.6300 -116.4000 106.7700  1.0841
  1104. IC N    CA   CB   CG    1.4490 111.1000  180.0000 112.6000  1.5218
  1105. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5218 112.6000  119.2200 109.2300  1.1086
  1106. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5218 112.6000 -121.6100 110.6400  1.1080
  1107. IC CA   CB   CG   OD1   1.5619 112.6000  180.0000 117.9900  1.2565
  1108. IC OD1  CB   *CG  OD2   1.2565 117.9900 -170.2300 117.7000  1.2541
  1109.  
  1110. PATCH FIRST NASP LAST CASP
  1111.  
  1112. RESI MES           -1.00      ! NOTE: there is no terminal negative CYS
  1113. GROUP                       !       residues within Cornell et al.!!!
  1114. ATOM CB   CT     -0.24130    !  HA-CA--CB--SG    
  1115. ATOM HB1  H1      0.0419     !     |   |     (-)    
  1116. ATOM HB2  H1      0.0419    !     |   HB2  
  1117. ATOM HB3  H1      0.0419    !     |   HB2  
  1118. ATOM SG   SH     -0.88440    !   O=C              
  1119. BOND SG CB
  1120. BOND CB HB1  CB HB2  
  1121. BOND CB HB3
  1122.  
  1123.  
  1124. RESI MESH          0.00
  1125. GROUP  
  1126. ATOM CB   C2     -0.12310    !  HA-CA--CB--SG    
  1127. ATOM HB1  H1      0.080567    !     |   |     \    
  1128. ATOM HB2  H1      0.080567    !     |   HB2    HG1
  1129. ATOM HB3  H1      0.080567    !     |   HB2    HG1
  1130. ATOM SG   SH     -0.31190    !   O=C              
  1131. ATOM HG1  HS      0.19330    !     |              
  1132. BOND SG CB
  1133. BOND CB HB1  CB HB2  
  1134. BOND CB HB3  SG HG1
  1135.  
  1136.  
  1137. RESI CYS          0.00
  1138. GROUP  
  1139. ATOM N    N      -0.41570    !     |              
  1140. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N              
  1141. ATOM CA   CX      0.02130    !     |   HB1        
  1142. ATOM HA   H1      0.11240    !     |   |          
  1143. ATOM CB   C2     -0.12310    !  HA-CA--CB--SG    
  1144. ATOM HB1  H1      0.11120    !     |   |     \    
  1145. ATOM HB2  H1      0.11120    !     |   HB2    HG1
  1146. ATOM SG   SH     -0.31190    !   O=C              
  1147. ATOM HG1  HS      0.19330    !     |              
  1148. ATOM C    C       0.59730
  1149. ATOM O    O      -0.56790
  1150. BOND CB CA   SG CB   N HN  N  CA  
  1151. BOND C  CA   C +N  CA HA  CB HB1  
  1152. BOND CB HB2  SG HG1
  1153. BOND O  C
  1154.  
  1155. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1156. IMPROPER CA  +N   C   O
  1157.  
  1158. DONOR HN N  
  1159. DONOR HG1 SG  
  1160. ACCEPTOR O C  
  1161.  
  1162. IC -C   CA   *N   HN    1.3479 123.9300  180.0000 114.7700  0.9982
  1163. IC -C   N    CA   C     1.3479 123.9300  180.0000 105.8900  1.5202
  1164. IC N    CA   C    +N    1.4533 105.8900  180.0000 118.3000  1.3498
  1165. IC +N   CA   *C   O     1.3498 118.3000  180.0000 120.5900  1.2306
  1166. IC CA   C    +N   +CA   1.5202 118.3000  180.0000 124.5000  1.4548
  1167. IC N    C    *CA  CB    1.4533 105.8900  121.7900 111.9800  1.5584
  1168. IC N    C    *CA  HA    1.4533 105.8900 -116.3400 107.7100  1.0837
  1169. IC N    CA   CB   SG    1.4533 111.5600  180.0000 113.8700  1.8359
  1170. IC SG   CA   *CB  HB1   1.8359 113.8700  119.9100 107.2400  1.1134
  1171. IC SG   CA   *CB  HB2   1.8359 113.8700 -125.3200 109.8200  1.1124
  1172. IC CA   CB   SG   HG1   1.5584 113.8700  176.9600  97.1500  1.3341
  1173.  
  1174. PATCH FIRST NCYS LAST CCYS
  1175.  
  1176.  
  1177. RESI CYM         -1.00      ! NOTE: there is no terminal negative CYS
  1178. GROUP                       !       residues within Cornell et al.!!!
  1179. ATOM N    N      -0.41570    !     |              
  1180. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N              
  1181. ATOM CA   CX     -0.03510    !     |   HB1        
  1182. ATOM HA   H1      0.05080    !     |   |          
  1183. ATOM CB   CT     -0.24130    !  HA-CA--CB--SG    
  1184. ATOM HB1  H1      0.11220    !     |   |     (-)    
  1185. ATOM HB2  H1      0.11220    !     |   HB2  
  1186. ATOM SG   SH     -0.88440    !   O=C              
  1187. ATOM C    C       0.59730    !     |
  1188. ATOM O    O      -0.56790
  1189. BOND CB CA   SG CB   N HN  N  CA  
  1190. BOND C  CA   C +N  CA HA  CB HB1  
  1191. BOND CB HB2  
  1192. BOND O  C
  1193.  
  1194. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1195. IMPROPER CA  +N   C   O
  1196.  
  1197. DONOR HN N  
  1198. ACCEPTOR O C  
  1199.  
  1200. IC -C   CA   *N   HN    1.3479 123.9300  180.0000 114.7700  0.9982
  1201. IC -C   N    CA   C     1.3479 123.9300  180.0000 105.8900  1.5202
  1202. IC N    CA   C    +N    1.4533 105.8900  180.0000 118.3000  1.3498
  1203. IC +N   CA   *C   O     1.3498 118.3000  180.0000 120.5900  1.2306
  1204. IC CA   C    +N   +CA   1.5202 118.3000  180.0000 124.5000  1.4548
  1205. IC N    C    *CA  CB    1.4533 105.8900  121.7900 111.9800  1.5584
  1206. IC N    C    *CA  HA    1.4533 105.8900 -116.3400 107.7100  1.0837
  1207. IC N    CA   CB   SG    1.4533 111.5600  180.0000 113.8700  1.8359
  1208. IC SG   CA   *CB  HB1   1.8359 113.8700  119.9100 107.2400  1.1134
  1209. IC SG   CA   *CB  HB2   1.8359 113.8700 -125.3200 109.8200  1.1124
  1210.  
  1211. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  1212.  
  1213.  
  1214. RESI CYX          0.00
  1215. GROUP  
  1216. ATOM N    N      -0.41570    !     |              
  1217. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N              
  1218. ATOM CA   CX      0.04290    !     |   HB1        
  1219. ATOM HA   H1      0.07660    !     |   |          
  1220. ATOM CB   C2     -0.07900    !  HA-CA--CB--SG    
  1221. ATOM HB1  H1      0.09100    !     |   |     (-)    
  1222. ATOM HB2  H1      0.09100    !     |   HB2  
  1223. ATOM SG   S      -0.10810    !   O=C              
  1224. ATOM C    C       0.59730    !     |
  1225. ATOM O    O      -0.56790
  1226. BOND CB CA   SG CB   N HN  N  CA  
  1227. BOND C  CA   C +N  CA HA  CB HB1  
  1228. BOND CB HB2  
  1229. BOND O  C
  1230.  
  1231. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1232. IMPROPER CA  +N   C   O
  1233.  
  1234. DONOR HN N  
  1235. ACCEPTOR O C  
  1236.  
  1237. IC -C   CA   *N   HN    1.3479 123.9300  180.0000 114.7700  0.9982
  1238. IC -C   N    CA   C     1.3479 123.9300  180.0000 105.8900  1.5202
  1239. IC N    CA   C    +N    1.4533 105.8900  180.0000 118.3000  1.3498
  1240. IC +N   CA   *C   O     1.3498 118.3000  180.0000 120.5900  1.2306
  1241. IC CA   C    +N   +CA   1.5202 118.3000  180.0000 124.5000  1.4548
  1242. IC N    C    *CA  CB    1.4533 105.8900  121.7900 111.9800  1.5584
  1243. IC N    C    *CA  HA    1.4533 105.8900 -116.3400 107.7100  1.0837
  1244. IC N    CA   CB   SG    1.4533 111.5600  180.0000 113.8700  1.8359
  1245. IC SG   CA   *CB  HB1   1.8359 113.8700  119.9100 107.2400  1.1134
  1246. IC SG   CA   *CB  HB2   1.8359 113.8700 -125.3200 109.8200  1.1124
  1247.  
  1248. PATCH FIRST NCYX LAST CCYX
  1249.  
  1250.  
  1251. RESI GLN          0.00
  1252. GROUP  
  1253. ATOM N    N      -0.41570     !     |                                    
  1254. ATOM HN   H       0.27190     !  HN-N                                    
  1255. ATOM CA   CX     -0.00310     !     |   HB1 HG1 OE1   HE21 (cis to OE1)  
  1256. ATOM HA   H1      0.08500     !     |   |   |   ||    /                  
  1257. ATOM CB   C2     -0.00360     !  HA-CA--CB--CG--CD--NE2                  
  1258. ATOM HB1  HC      0.01710     !     |   |   |         \                  
  1259. ATOM HB2  HC      0.01710     !     |   HB2 HG2       HE22 (trans to OE1)
  1260. ATOM CG   C2     -0.06450     !   O=C                                    
  1261. ATOM HG1  HC      0.03520     !     |                                    
  1262. ATOM HG2  HC      0.03520
  1263. ATOM CD   C       0.69510
  1264. ATOM OE1  O      -0.60860
  1265. ATOM NE2  N      -0.94070
  1266. ATOM HE21 H       0.42510
  1267. ATOM HE22 H       0.42510
  1268. ATOM C    C       0.59730
  1269. ATOM O    O      -0.56790
  1270. BOND CB CA  CG  CB   CD  CG   NE2 CD  
  1271. BOND N  HN  N   CA   C   CA  
  1272. BOND C  +N  CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG HG1  
  1273. BOND CG HG2 NE2 HE21 NE2 HE22  
  1274. BOND O  C   CD  OE1
  1275.  
  1276. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1277. IMPROPER CA  +N   C   O
  1278. IMPROPER CG  NE2  CD  OE1
  1279. IMPROPER CD  HE21 NE2 HE22
  1280.  
  1281. DONOR HN N  
  1282. DONOR HE21 NE2  
  1283. DONOR HE22 NE2  
  1284. ACCEPTOR OE1 CD  
  1285. ACCEPTOR O C  
  1286. IC -C   CA   *N   HN    1.3477 123.9300  180.0000 114.4500  0.9984
  1287. IC -C   N    CA   C     1.3477 123.9300  180.0000 106.5700  1.5180
  1288. IC N    CA   C    +N    1.4506 106.5700  180.0000 117.7200  1.3463
  1289. IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.7200  180.0000 120.5900  1.2291
  1290. IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.7200  180.0000 124.3500  1.4461
  1291. IC N    C    *CA  CB    1.4506 106.5700  121.9100 111.6800  1.5538
  1292. IC N    C    *CA  HA    1.4506 106.5700 -116.8200 107.5300  1.0832
  1293. IC N    CA   CB   CG    1.4506 111.4400  180.0000 115.5200  1.5534
  1294. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5534 115.5200  120.9300 106.8000  1.1147
  1295. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5534 115.5200 -124.5800 109.3400  1.1140
  1296. IC CA   CB   CG   CD    1.5538 115.5200  180.0000 112.5000  1.5320
  1297. IC CD   CB   *CG  HG1   1.5320 112.5000  118.6900 110.4100  1.1112
  1298. IC CD   CB   *CG  HG2   1.5320 112.5000 -121.9100 110.7400  1.1094
  1299. IC CB   CG   CD   OE1   1.5534 112.5000  180.0000 121.5200  1.2294
  1300. IC OE1  CG   *CD  NE2   1.2294 121.5200  179.5700 116.8400  1.3530
  1301. IC CG   CD   NE2  HE21  1.5320 116.8400 -179.7200 116.8600  0.9959
  1302. IC HE21 CD   *NE2 HE22  0.9959 116.8600 -178.9100 119.8300  0.9943
  1303.  
  1304. PATCH FIRST NGLN LAST CGLN
  1305.  
  1306.  
  1307. RESI GLU         -1.00
  1308. ATOM N    N      -0.51630  !     |                      
  1309. ATOM HN   H       0.29360  !  HN-N                      
  1310. ATOM CA   CX      0.03970  !     |   HB1 HG1   OE1      
  1311. ATOM HA   H1      0.11050  !     |   |   |    //        
  1312. ATOM CB   C2      0.05600  !  HA-CA--CB--CG--CD          
  1313. ATOM HB1  HC     -0.01730  !     |   |   |    \          
  1314. ATOM HB2  HC     -0.01730  !     |   HB2 HG2   OE2(-)    
  1315. ATOM CG   C2      0.01360  !   O=C                      
  1316. ATOM HG1  HC     -0.04250  !     |                      
  1317. ATOM HG2  HC     -0.04250
  1318. ATOM CD   CO      0.80540
  1319. ATOM OE1  O2     -0.81880
  1320. ATOM OE2  O2     -0.81880
  1321. ATOM C    C       0.53660
  1322. ATOM O    O      -0.58190
  1323. BOND CB CA  CG CB  CD CG  OE2 CD  
  1324. BOND N  HN  N  CA C   CA  
  1325. BOND C  +N  CA HA  CB HB1 CB  HB2 CG  HG1  
  1326. BOND CG HG2 O  C   CD OE1
  1327.  
  1328. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1329. IMPROPER CA  +N   C   O
  1330. IMPROPER CG  OE1  CD  OE2
  1331.  
  1332. DONOR HN N  
  1333. ACCEPTOR OE1 CD  
  1334. ACCEPTOR OE2 CD  
  1335. ACCEPTOR O C  
  1336. IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.4500  180.0000 113.9900  0.9961
  1337. IC -C   N    CA   C     1.3471 124.4500  180.0000 107.2700  1.5216
  1338. IC N    CA   C    +N    1.4512 107.2700  180.0000 117.2500  1.3501
  1339. IC +N   CA   *C   O     1.3501 117.2500  180.0000 121.0700  1.2306
  1340. IC CA   C    +N   +CA   1.5216 117.2500  180.0000 124.3000  1.4530
  1341. IC N    C    *CA  CB    1.4512 107.2700  121.9000 111.7100  1.5516
  1342. IC N    C    *CA  HA    1.4512 107.2700 -118.0600 107.2600  1.0828
  1343. IC N    CA   CB   CG    1.4512 111.0400  180.0000 115.6900  1.5557
  1344. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5557 115.6900  121.2200 108.1600  1.1145
  1345. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5557 115.6900 -123.6500 109.8100  1.1131
  1346. IC CA   CB   CG   CD    1.5516 115.6900  180.0000 115.7300  1.5307
  1347. IC CD   CB   *CG  HG1   1.5307 115.7300  117.3800 109.5000  1.1053
  1348. IC CD   CB   *CG  HG2   1.5307 115.7300 -121.9600 111.0000  1.1081
  1349. IC CB   CG   CD   OE1   1.5557 115.7300  180.0000 114.9900  1.2590
  1350. IC OE1  CG   *CD  OE2   1.2590 114.9900 -179.1000 120.0800  1.2532
  1351.  
  1352. PATCH FIRST NGLU LAST CGLU
  1353.  
  1354.  
  1355. RESI GLH          0.00
  1356. GROUP
  1357. ATOM N    N      -0.41570  !     |                      
  1358. ATOM HN   H       0.27190  !  HN-N                      
  1359. ATOM CA   CX      0.01450  !     |   HB1 HG1   OE1      
  1360. ATOM HA   H1      0.07790  !     |   |   |    //        
  1361. ATOM CB   C2     -0.00710  !  HA-CA--CB--CG--CD          
  1362. ATOM HB1  HC      0.02560  !     |   |   |    \          
  1363. ATOM HB2  HC      0.02560  !     |   HB2 HG2   OE2(-)    
  1364. ATOM CG   C2     -0.01740  !   O=C                      
  1365. ATOM HG1  HC      0.04300  !     |                      
  1366. ATOM HG2  HC      0.04300
  1367. ATOM CD   C       0.68010
  1368. ATOM OE1  O      -0.58380
  1369. ATOM OE2  OH     -0.65110
  1370. ATOM HE2  HO      0.46410
  1371. ATOM C    C       0.59730
  1372. ATOM O    O      -0.56790
  1373. BOND CB CA  CG CB  CD CG  OE2 CD  
  1374. BOND N  HN  N  CA C   CA  
  1375. BOND C  +N  CA HA  CB HB1 CB  HB2 CG  HG1  
  1376. BOND CG HG2 O  C   CD OE1 OE2 HE2
  1377.  
  1378. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1379. IMPROPER CA  +N   C   O
  1380. IMPROPER CG  OE1  CD  OE2
  1381.  
  1382. DONOR HN N
  1383. DONOR HE2 OE2
  1384. ACCEPTOR OE1 CD  
  1385. ACCEPTOR OE2 CD  
  1386. ACCEPTOR O C  
  1387. IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.4500  180.0000 113.9900  0.9961
  1388. IC -C   N    CA   C     1.3471 124.4500  180.0000 107.2700  1.5216
  1389. IC N    CA   C    +N    1.4512 107.2700  180.0000 117.2500  1.3501
  1390. IC +N   CA   *C   O     1.3501 117.2500  180.0000 121.0700  1.2306
  1391. IC CA   C    +N   +CA   1.5216 117.2500  180.0000 124.3000  1.4530
  1392. IC N    C    *CA  CB    1.4512 107.2700  121.9000 111.7100  1.5516
  1393. IC N    C    *CA  HA    1.4512 107.2700 -118.0600 107.2600  1.0828
  1394. IC N    CA   CB   CG    1.4512 111.0400  180.0000 115.6900  1.5557
  1395. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5557 115.6900  121.2200 108.1600  1.1145
  1396. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5557 115.6900 -123.6500 109.8100  1.1131
  1397. IC CA   CB   CG   CD    1.5516 115.6900  180.0000 115.7300  1.5307
  1398. IC CD   CB   *CG  HG1   1.5307 115.7300  117.3800 109.5000  1.1053
  1399. IC CD   CB   *CG  HG2   1.5307 115.7300 -121.9600 111.0000  1.1081
  1400. IC CB   CG   CD   OE1   1.5557 115.7300  180.0000 114.9900  1.2590
  1401. IC OE1  CG   *CD  OE2   1.2590 114.9900 -179.1000 120.0800  1.2532
  1402.  
  1403. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  1404.  
  1405.  
  1406. RESI GLY          0.00
  1407. GROUP                         !     |      
  1408. ATOM N    N      -0.41570     !     N-H    
  1409. ATOM HN   H       0.27190     !     |      
  1410. ATOM CA   CX     -0.02520     !     |      
  1411. ATOM HA1  H1      0.06980     ! HA1-CA-HA2  
  1412. ATOM HA2  H1      0.06980     !     |      
  1413. ATOM C    C       0.59730     !     |      
  1414. ATOM O    O      -0.56790     !     C=O    
  1415.                               !     |      
  1416. BOND N HN  N  CA  C CA  
  1417. BOND C +N  CA HA1 CA HA2  
  1418. BOND O  C
  1419.  
  1420. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1421. IMPROPER CA  +N   C   O
  1422.  
  1423. DONOR HN N  
  1424. ACCEPTOR O C  
  1425. IC -C   CA   *N   HN    1.3475 122.8200  180.0000 115.6200  0.9992
  1426. IC -C   N    CA   C     1.3475 122.8200  180.0000 108.9400  1.4971
  1427. IC N    CA   C    +N    1.4553 108.9400  180.0000 117.6000  1.3479
  1428. IC +N   CA   *C   O     1.3479 117.6000  180.0000 120.8500  1.2289
  1429. IC CA   C    +N   +CA   1.4971 117.6000  180.0000 124.0800  1.4560
  1430. IC N    C    *CA  HA1   1.4553 108.9400  117.8600 108.0300  1.0814
  1431. IC N    C    *CA  HA2   1.4553 108.9400 -118.1200 107.9500  1.0817
  1432.  
  1433. PATCH FIRST NGLY LAST CGLY
  1434.  
  1435.  
  1436. RESI HID          0.00  ! neutral HIS, proton on ND1
  1437. GROUP  
  1438. ATOM N    N      -0.41570  !     |          HD1    HE1  
  1439. ATOM HN   H       0.27190  !  HN-N           |     /    
  1440. ATOM CA   CX      0.01880  !     |   HB1    ND1--CE1    
  1441. ATOM HA   H1      0.08810  !     |   |     /      ||    
  1442. ATOM ND1  NA     -0.38110  !  HA-CA--CB--CG       ||    
  1443. ATOM HD1  H       0.36490  !     |   |     \\     ||    
  1444. ATOM CG   CC     -0.02660  !     |   HB2    CD2--NE2    
  1445. ATOM CB   CT     -0.04620  !   O=C           |          
  1446. ATOM HB1  HC      0.04020  !     |          HD2        
  1447. ATOM HB2  HC      0.04020
  1448. ATOM NE2  NB     -0.57270
  1449. ATOM CD2  CV      0.12920
  1450. ATOM HD2  H4      0.11470
  1451. ATOM CE1  CR      0.20570
  1452. ATOM HE1  H5      0.13920
  1453. ATOM C    C       0.59730
  1454. ATOM O    O      -0.56790
  1455. BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1  
  1456. BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA  
  1457. BOND C   CA   C   +N   CA  HA   CB  HB1  
  1458. BOND CB  HB2  ND1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1  
  1459. BOND O  C   CG  CD2   CE1  NE2
  1460.  
  1461. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1462. IMPROPER CA  +N   C   O
  1463. IMPROPER CG  CE1  ND1 HD1
  1464. IMPROPER CG  NE2  CD2 HD2
  1465. IMPROPER ND1 NE2  CE1 HE1
  1466. IMPROPER CB  CD2  CG  ND1
  1467. !!IMPROPER ND1 CD2  CG  CB !! from Klauda, this order gives wrong improper energy.
  1468.  
  1469. DONOR HN N  
  1470. DONOR HD1 ND1  
  1471. ACCEPTOR NE2  
  1472. ACCEPTOR O C  
  1473. IC -C   CA   *N   HN    1.3475 123.2700  180.0000 115.2100  0.9988
  1474. IC -C   N    CA   C     1.3475 123.2700  180.0000 107.7000  1.5166
  1475. IC N    CA   C    +N    1.4521 107.7000  180.0000 117.5700  1.3509
  1476. IC +N   CA   *C   O     1.3509 117.5700  180.0000 120.2400  1.2273
  1477. IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.5700  180.0000 123.7200  1.4545
  1478. IC N    C    *CA  CB    1.4521 107.7000  122.4600 109.9900  1.5519
  1479. IC N    C    *CA  HA    1.4521 107.7000 -117.4900 107.3700  1.0830
  1480. IC N    CA   CB   CG    1.4521 112.1200  180.0000 114.0500  1.5041
  1481. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5041 114.0500  121.1700 109.0100  1.1118
  1482. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5041 114.0500 -122.3600 109.5300  1.1121
  1483. IC CA   CB   CG   ND1   1.5519 114.0500   90.0000 124.1000  1.3783
  1484. IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3783 124.1000 -171.2900 129.6000  1.3597
  1485. IC CB   CG   ND1  CE1   1.5041 124.1000 -173.2100 107.0300  1.3549
  1486. IC CB   CG   CD2  NE2   1.5041 129.6000  171.9900 110.0300  1.3817
  1487. IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3166 111.6300 -179.6300 123.8900  1.0932
  1488. IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3549 107.0300 -174.6500 126.2600  1.0005
  1489. IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3817 110.0300 -177.8500 129.6300  1.0834
  1490.  
  1491. PATCH FIRST NHID LAST CHID
  1492.  
  1493.  
  1494. RESI HIE          0.00  ! neutral His, proton on NE2
  1495. GROUP  
  1496. ATOM N    N      -0.41570      !     |                 HE1  
  1497. ATOM HN   H       0.27190     !  HN-N             __  /    
  1498. ATOM CA   CX     -0.05810     !     |   HB1    ND1--CE1    
  1499. ATOM HA   H1      0.13600     !     |   |     /      |    
  1500. ATOM NE2  NA     -0.27950     !  HA-CA--CB--CG       |    
  1501. ATOM HE2  H       0.33390     !     |   |     \\     |    
  1502. ATOM CD2  CW     -0.22070     !     |   HB2    CD2--NE2    
  1503. ATOM HD2  H4      0.18620     !   O=C           |     \    
  1504. ATOM ND1  NB     -0.54320      !     |          HD2    HE2  
  1505. ATOM CG   CC      0.18680
  1506. ATOM CE1  CR      0.16350
  1507. ATOM HE1  H5      0.14350
  1508. ATOM CB   CT     -0.00740
  1509. ATOM HB1  HC      0.03670
  1510. ATOM HB2  HC      0.03670
  1511. ATOM C    C       0.59730
  1512. ATOM O    O      -0.56790
  1513. BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG    
  1514. BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA      
  1515. BOND C   CA   C   +N   NE2 CE1  CA  HA   CB HB1  
  1516. BOND CB  HB2  NE2 HE2  CD2 HD2  CE1 HE1
  1517. BOND O   C    CD2 CG   CE1 ND1
  1518.  
  1519. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1520. IMPROPER CA  +N   C   O
  1521. IMPROPER CE1 CD2  NE2 HE2
  1522. IMPROPER CG  NE2  CD2 HD2
  1523. IMPROPER ND1 NE2  CE1 HE1
  1524. IMPROPER CB  CD2  CG  ND1
  1525. !!IMPROPER ND1 CD2  CG  CB !! from Klauda, this order gives wrong improper energy.
  1526.  
  1527. DONOR HN N  
  1528. DONOR HE2 NE2  
  1529. ACCEPTOR ND1  
  1530. ACCEPTOR O C  
  1531. IC -C   CA   *N   HN    1.3472 124.1600  180.0000 114.3600  0.9991
  1532. IC -C   N    CA   C     1.3472 124.1600  180.0000 106.4300  1.5166
  1533. IC N    CA   C    +N    1.4532 106.4300  180.0000 116.9700  1.3446
  1534. IC +N   CA   *C   O     1.3446 116.9700  180.0000 120.6800  1.2290
  1535. IC CA   C    +N   +CA   1.5166 116.9700  180.0000 124.9500  1.4505
  1536. IC N    C    *CA  CB    1.4532 106.4300  123.5200 111.6700  1.5578
  1537. IC N    C    *CA  HA    1.4532 106.4300 -116.4900 107.0800  1.0833
  1538. IC N    CA   CB   CG    1.4532 112.8200  180.0000 116.9400  1.5109
  1539. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 116.9400  119.8000 107.9100  1.1114
  1540. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 116.9400 -124.0400 109.5000  1.1101
  1541. IC CA   CB   CG   ND1   1.5578 116.9400   90.0000 120.1700  1.3859
  1542. IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3859 120.1700 -178.2600 129.7100  1.3596
  1543. IC CB   CG   ND1  CE1   1.5109 120.1700 -179.2000 105.2000  1.3170
  1544. IC CB   CG   CD2  NE2   1.5109 129.7100  178.6600 105.8000  1.3782
  1545. IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3539 111.7600  179.6900 124.5800  1.0929
  1546. IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3539 107.1500 -178.6900 125.8600  0.9996
  1547. IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3782 105.8000 -179.3500 129.8900  1.0809
  1548.  
  1549. PATCH FIRST NHIE LAST CHIE
  1550.  
  1551.  
  1552. RESI HIP          1.00  ! Protonated His
  1553. GROUP  
  1554. ATOM N    N      -0.34790  !     |          HD1    HE1
  1555. ATOM HN   H       0.27470  !  HN-N           |     /  
  1556. ATOM CA   CX     -0.13540  !     |   HB1    ND1--CE1  
  1557. ATOM HA   H1      0.12120  !     |   |     /      ||  
  1558. ATOM ND1  NA     -0.15130  !  HA-CA--CB--CG       ||  
  1559. ATOM HD1  H       0.38660  !     |   |     \\     ||  
  1560. ATOM NE2  NA     -0.17180  !     |   HB2    CD2--NE2(+)
  1561. ATOM HE2  H       0.39110  !   O=C           |     \  
  1562. ATOM CE1  CR     -0.01700  !     |          HD2    HE2
  1563. ATOM HE1  H5      0.26810
  1564. ATOM CD2  CW     -0.11410
  1565. ATOM HD2  H4      0.23170
  1566. ATOM CG   CC     -0.00120
  1567. ATOM CB   CT     -0.04140
  1568. ATOM HB1  HC      0.08100
  1569. ATOM HB2  HC      0.08100
  1570. ATOM C    C       0.73410
  1571. ATOM O    O      -0.58940
  1572. BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1  
  1573. BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA  
  1574. BOND C   CA   C   +N  CA  HA  CB HB1  
  1575. BOND CB  HB2  ND1 HD1  NE2 HE2  CD2 HD2 CE1 HE1
  1576. BOND O   C    CD2 CG     NE2 CE1
  1577.  
  1578. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1579. IMPROPER CA  +N   C   O
  1580. IMPROPER CG   CE1  ND1  HD1
  1581. IMPROPER CE1  CD2  NE2  HE2
  1582. IMPROPER CG   NE2  CD2  HD2
  1583. IMPROPER ND1  NE2  CE1  HE1
  1584. IMPROPER CB  CD2  CG  ND1
  1585. !!IMPROPER ND1  CD2  CG   CB !! from Klauda, this order gives wrong improper energy.
  1586.  
  1587. DONOR HN N  
  1588. DONOR HD1 ND1  
  1589. DONOR HE2 NE2  
  1590. ACCEPTOR O C  
  1591. IC -C   CA   *N   HN    1.3489 123.9300  180.0000 118.8000  1.0041
  1592. IC -C   N    CA   C     1.3489 123.9300  180.0000 112.0300  1.5225
  1593. IC N    CA   C    +N    1.4548 112.0300  180.0000 116.4900  1.3464
  1594. IC +N   CA   *C   O     1.3464 116.4900  180.0000 121.2000  1.2284
  1595. IC CA   C    +N   +CA   1.5225 116.4900  180.0000 124.2400  1.4521
  1596. IC N    C    *CA  CB    1.4548 112.0300  125.1300 109.3800  1.5533
  1597. IC N    C    *CA  HA    1.4548 112.0300 -119.2000 106.7200  1.0832
  1598. IC N    CA   CB   CG    1.4548 112.2500  180.0000 114.1800  1.5168
  1599. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5168 114.1800  122.5000 108.9900  1.1116
  1600. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5168 114.1800 -121.5100 108.9700  1.1132
  1601. IC CA   CB   CG   ND1   1.5533 114.1800   90.0000 122.9400  1.3718
  1602. IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3718 122.9400 -165.2600 128.9300  1.3549
  1603. IC CB   CG   ND1  CE1   1.5168 122.9400 -167.6200 108.9000  1.3262
  1604. IC CB   CG   CD2  NE2   1.5168 128.9300  167.1300 106.9300  1.3727
  1605. IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3256 108.5000  178.3900 125.7600  1.0799
  1606. IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3256 108.8200 -172.9400 125.5200  1.0020
  1607. IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3262 108.9000  171.4900 126.0900  1.0018
  1608. IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3727 106.9300 -174.4900 128.4100  1.0867
  1609.  
  1610. PATCH FIRST NHIP LAST CHIP
  1611.  
  1612.  
  1613. RESI ILE          0.00
  1614. GROUP  
  1615. ATOM N    N      -0.41570  !     |    HG21 HG22    
  1616. ATOM HN   H       0.27190  !  HN-N      | /        
  1617. ATOM CA   CX     -0.05970  !     |     CG2--HG23    
  1618. ATOM HA   H1      0.08690  !     |    /            
  1619. ATOM CB   C3      0.13030  !  HA-CA--CB-HB    HD1  
  1620. ATOM HB   HC      0.01870  !     |    \       /    
  1621. ATOM CG2  CT     -0.32040  !     |     CG1--CD--HD2
  1622. ATOM HG21 HC      0.08820  !   O=C    / \     \    
  1623. ATOM HG22 HC      0.08820  !     | HG11 HG12  HD3  
  1624. ATOM HG23 HC      0.08820
  1625. ATOM CG1  C2     -0.04300
  1626. ATOM HG11 HC      0.02360
  1627. ATOM HG12 HC      0.02360
  1628. ATOM CD   CT     -0.06600
  1629. ATOM HD1  HC      0.01860
  1630. ATOM HD2  HC      0.01860
  1631. ATOM HD3  HC      0.01860
  1632. ATOM C    C       0.59730
  1633. ATOM O    O      -0.56790
  1634. BOND CB  CA   CG1 CB   CG2 CB   CD  CG1  
  1635. BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N  
  1636. BOND CA  HA   CB  HB   CG1 HG11 CG1 HG12 CG2 HG21  
  1637. BOND CG2 HG22 CG2 HG23 CD  HD1  CD  HD2  CD  HD3
  1638. BOND O   C
  1639.  
  1640. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1641. IMPROPER CA  +N   C   O
  1642.  
  1643. DONOR HN N  
  1644. ACCEPTOR O C  
  1645. IC -C   CA   *N   HN    1.3470 124.1600  180.0000 114.1900  0.9978
  1646. IC -C   N    CA   C     1.3470 124.1600  180.0000 106.3500  1.5190
  1647. IC N    CA   C    +N    1.4542 106.3500  180.0000 117.9700  1.3465
  1648. IC +N   CA   *C   O     1.3465 117.9700  180.0000 120.5900  1.2300
  1649. IC CA   C    +N   +CA   1.5190 117.9700  180.0000 124.2100  1.4467
  1650. IC N    C    *CA  CB    1.4542 106.3500  124.2200 112.9300  1.5681
  1651. IC N    C    *CA  HA    1.4542 106.3500 -115.6300 106.8100  1.0826
  1652. IC N    CA   CB   CG1   1.4542 112.7900  180.0000 113.6300  1.5498
  1653. IC CG1  CA   *CB  HB    1.5498 113.6300  114.5500 104.4800  1.1195
  1654. IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5498 113.6300 -130.0400 113.9300  1.5452
  1655. IC CA   CB   CG2  HG21  1.5681 113.9300 -171.3000 110.6100  1.1100
  1656. IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1100 110.6100  119.3500 110.9000  1.1102
  1657. IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1100 110.6100 -120.0900 110.9700  1.1105
  1658. IC CA   CB   CG1  CD    1.5681 113.6300  180.0000 114.0900  1.5381
  1659. IC CD   CB   *CG1 HG11  1.5381 114.0900  122.3600 109.7800  1.1130
  1660. IC CD   CB   *CG1 HG12  1.5381 114.0900 -120.5900 108.8900  1.1141
  1661. IC CB   CG1  CD   HD1   1.5498 114.0900 -176.7800 110.3100  1.1115
  1662. IC HD1  CG1  *CD  HD2   1.1115 110.3100  119.7500 110.6500  1.1113
  1663. IC HD1  CG1  *CD  HD3   1.1115 110.3100 -119.7000 111.0200  1.1103
  1664.  
  1665. PATCH FIRST NILE LAST CILE
  1666.  
  1667.  
  1668. RESI LEU          0.00
  1669. GROUP  
  1670. ATOM N    N      -0.41570    !     |        HD11 HD12  
  1671. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N          | /      
  1672. ATOM CA   CX     -0.05180    !     |   HB1   CD1--HD13
  1673. ATOM HA   H1      0.09220    !     |   |    /          
  1674. ATOM CB   C2     -0.11020    !  HA-CA--CB--CG-HG      
  1675. ATOM HB1  HC      0.04570    !     |   |    \          
  1676. ATOM HB2  HC      0.04570    !     |   HB2   CD2--HD23
  1677. ATOM CG   C3      0.35310    !   O=C          | \      
  1678. ATOM HG   HC     -0.03610    !     |        HD21 HD22  
  1679. ATOM CD1  CT     -0.41210
  1680. ATOM HD11 HC      0.10000
  1681. ATOM HD12 HC      0.10000
  1682. ATOM HD13 HC      0.10000
  1683. ATOM CD2  CT     -0.41210
  1684. ATOM HD21 HC      0.10000
  1685. ATOM HD22 HC      0.10000
  1686. ATOM HD23 HC      0.10000
  1687. ATOM C    C       0.59730
  1688. ATOM O    O      -0.56790
  1689. BOND CB  CA   CG  CB   CD1 CG   CD2 CG  
  1690. BOND N   HN   N   CA    C   CA   C +N  
  1691. BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG  HG   CD1 HD11  
  1692. BOND CD1 HD12 CD1 HD13 CD2 HD21 CD2 HD22 CD2 HD23
  1693. BOND O   C
  1694.  
  1695. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1696. IMPROPER CA  +N   C   O
  1697.  
  1698. DONOR HN N  
  1699. ACCEPTOR O C  
  1700. IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3100  180.0000 114.2600  0.9979
  1701. IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3100  180.0000 106.0500  1.5184
  1702. IC N    CA   C    +N    1.4508 106.0500  180.0000 117.9300  1.3463
  1703. IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.9300  180.0000 120.5600  1.2299
  1704. IC CA   C    +N   +CA   1.5184 117.9300  180.0000 124.2600  1.4467
  1705. IC N    C    *CA  CB    1.4508 106.0500  121.5200 112.1200  1.5543
  1706. IC N    C    *CA  HA    1.4508 106.0500 -116.5000 107.5700  1.0824
  1707. IC N    CA   CB   CG    1.4508 111.1900  180.0000 117.4600  1.5472
  1708. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5472 117.4600  120.9800 107.1700  1.1145
  1709. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5472 117.4600 -124.6700 108.9800  1.1126
  1710. IC CA   CB   CG   CD1   1.5543 117.4600  180.0000 110.4800  1.5361
  1711. IC CD1  CB   *CG  CD2   1.5361 110.4800 -123.7500 112.5700  1.5360
  1712. IC CD1  CD2  *CG  HG    1.5361 110.2600 -116.6300 108.0200  1.1168
  1713. IC CB   CG   CD1  HD11  1.5472 110.4800  177.3300 110.5400  1.1111
  1714. IC HD11 CG   *CD1 HD12  1.1111 110.5400  119.9600 110.6200  1.1112
  1715. IC HD11 CG   *CD1 HD13  1.1111 110.5400 -119.8500 110.6900  1.1108
  1716. IC CB   CG   CD2  HD21  1.5472 112.5700  178.9600 110.3200  1.1116
  1717. IC HD21 CG   *CD2 HD22  1.1116 110.3200  119.7100 111.6900  1.1086
  1718. IC HD21 CG   *CD2 HD23  1.1116 110.3200 -119.6100 110.4900  1.1115
  1719.  
  1720. PATCH FIRST NLEU LAST CLEU
  1721.  
  1722.  
  1723. RESI LYS          1.00
  1724. GROUP  
  1725. ATOM N    N      -0.34790     !     |                            
  1726. ATOM HN   H       0.27470     !  HN-N                            
  1727. ATOM CA   CX     -0.24000     !     |   HB1 HG1 HD1 HE1    HZ1    
  1728. ATOM HA   H1      0.14260     !     |   |   |   |   |     /      
  1729. ATOM CB   C8     -0.00940     !  HA-CA--CB--CG--CD--CE--NZ--HZ2  
  1730. ATOM HB1  HC      0.03620     !     |   |   |   |   |     \      
  1731. ATOM HB2  HC      0.03620     !     |   HB2 HG2 HD2 HE2    HZ3    
  1732. ATOM CG   C8      0.01870     !   O=C                            
  1733. ATOM HG1  HC      0.01030     !     |                            
  1734. ATOM HG2  HC      0.01030
  1735. ATOM CD   C8     -0.04790
  1736. ATOM HD1  HC      0.06210
  1737. ATOM HD2  HC      0.06210
  1738. ATOM CE   C8     -0.01430
  1739. ATOM HE1  HP      0.11350
  1740. ATOM HE2  HP      0.11350
  1741. ATOM NZ   N3     -0.38540
  1742. ATOM HZ1  H       0.34000
  1743. ATOM HZ2  H       0.34000
  1744. ATOM HZ3  H       0.34000
  1745. ATOM C    C       0.73410
  1746. ATOM O    O      -0.58940
  1747. BOND CB CA   CG CB   CD CG   CE CD   NZ CE  
  1748. BOND N  HN   N  CA    C  CA  
  1749. BOND C  +N   CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1  
  1750. BOND CG HG2  CD HD1  CD HD2  CE HE1  CE HE2
  1751. BOND O  C  
  1752. BOND NZ HZ1  NZ HZ2  NZ HZ3  
  1753.  
  1754. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1755. IMPROPER CA  +N   C   O
  1756.  
  1757. DONOR HN N  
  1758. DONOR HZ1 NZ  
  1759. DONOR HZ2 NZ  
  1760. DONOR HZ3 NZ  
  1761. ACCEPTOR O C  
  1762. IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5700  180.0000 115.1100  0.9988
  1763. IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5700  180.0000 107.2900  1.5187
  1764. IC N    CA   C    +N    1.4504 107.2900  180.0000 117.2700  1.3478
  1765. IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.2700  180.0000 120.7900  1.2277
  1766. IC CA   C    +N   +CA   1.5187 117.2700  180.0000 124.9100  1.4487
  1767. IC N    C    *CA  CB    1.4504 107.2900  122.2300 111.3600  1.5568
  1768. IC N    C    *CA  HA    1.4504 107.2900 -116.8800 107.3600  1.0833
  1769. IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.4700  180.0000 115.7600  1.5435
  1770. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5435 115.7600  120.9000 107.1100  1.1146
  1771. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5435 115.7600 -124.4800 108.9900  1.1131
  1772. IC CA   CB   CG   CD    1.5568 115.7600  180.0000 113.2800  1.5397
  1773. IC CD   CB   *CG  HG1   1.5397 113.2800  120.7400 109.1000  1.1138
  1774. IC CD   CB   *CG  HG2   1.5397 113.2800 -122.3400 108.9900  1.1143
  1775. IC CB   CG   CD   CE    1.5435 113.2800  180.0000 112.3300  1.5350
  1776. IC CE   CG   *CD  HD1   1.5350 112.3300  122.2500 108.4100  1.1141
  1777. IC CE   CG   *CD  HD2   1.5350 112.3300 -121.5900 108.1300  1.1146
  1778. IC CG   CD   CE   NZ    1.5397 112.3300  180.0000 110.4600  1.4604
  1779. IC NZ   CD   *CE  HE1   1.4604 110.4600  119.9100 110.5100  1.1128
  1780. IC NZ   CD   *CE  HE2   1.4604 110.4600 -120.0200 110.5700  1.1123
  1781. IC CD   CE   NZ   HZ1   1.5350 110.4600  179.9200 110.0200  1.0404
  1782. IC HZ1  CE   *NZ  HZ2   1.0404 110.0200  120.2700 109.5000  1.0402
  1783. IC HZ1  CE   *NZ  HZ3   1.0404 110.0200 -120.1300 109.4000  1.0401
  1784.  
  1785. PATCH FIRST NLYS LAST CLYS
  1786.  
  1787.  
  1788. RESI MET          0.00
  1789. GROUP  
  1790. ATOM N    N      -0.41570   !     |                        
  1791. ATOM HN   H       0.27190   !  HN-N                        
  1792. ATOM CA   CX     -0.02370   !     |   HB1 HG1     HE1      
  1793. ATOM HA   H1      0.08800   !     |   |   |       |        
  1794. ATOM CB   C2      0.03420   !  HA-CA--CB--CG--SD--CE--HE3  
  1795. ATOM HB1  HC      0.02410   !     |   |   |       |        
  1796. ATOM HB2  HC      0.02410   !     |   HB2 HG2     HE2      
  1797. ATOM CG   C2      0.00180   !   O=C                        
  1798. ATOM HG1  H1      0.04400   !     |                        
  1799. ATOM HG2  H1      0.04400
  1800. ATOM SD   S      -0.27370
  1801. ATOM CE   CT     -0.05360
  1802. ATOM HE1  H1      0.06840
  1803. ATOM HE2  H1      0.06840
  1804. ATOM HE3  H1      0.06840
  1805. ATOM C    C       0.59730
  1806. ATOM O    O      -0.56790
  1807. BOND CB CA   CG CB   SD CG   CE SD  
  1808. BOND N  HN   N  CA    C  CA   C  +N  
  1809. BOND CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1  CG HG2  
  1810. BOND CE HE1  CE HE2  CE HE3  
  1811. BOND O  C  
  1812.  
  1813. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1814. IMPROPER CA  +N   C   O
  1815.  
  1816. DONOR HN N  
  1817. ACCEPTOR O C  
  1818. IC -C   CA   *N   HN    1.3478 124.2100  180.0000 114.3900  0.9978
  1819. IC -C   N    CA   C     1.3478 124.2100  180.0000 106.3100  1.5195
  1820. IC N    CA   C    +N    1.4510 106.3100  180.0000 117.7400  1.3471
  1821. IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.7400  180.0000 120.6400  1.2288
  1822. IC CA   C    +N   +CA   1.5195 117.7400  180.0000 124.5200  1.4471
  1823. IC N    C    *CA  CB    1.4510 106.3100  121.6200 111.8800  1.5546
  1824. IC N    C    *CA  HA    1.4510 106.3100 -116.9800 107.5700  1.0832
  1825. IC N    CA   CB   CG    1.4510 111.2500  180.0000 115.9200  1.5460
  1826. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5460 115.9200  120.5600 106.9000  1.1153
  1827. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5460 115.9200 -124.8000 109.3800  1.1129
  1828. IC CA   CB   CG   SD    1.5546 115.9200  180.0000 110.2800  1.8219
  1829. IC SD   CB   *CG  HG1   1.8219 110.2800  120.5000 110.3400  1.1106
  1830. IC SD   CB   *CG  HG2   1.8219 110.2800 -121.1600 109.6400  1.1119
  1831. IC CB   CG   SD   CE    1.5460 110.2800  180.0000  98.9400  1.8206
  1832. IC CG   SD   CE   HE1   1.8219  98.9400 -179.4200 110.9100  1.1111
  1833. IC HE1  SD   *CE  HE2   1.1111 110.9100  119.9500 111.0300  1.1115
  1834. IC HE1  SD   *CE  HE3   1.1111 110.9100 -119.9500 111.0900  1.1112
  1835.  
  1836. PATCH FIRST NMET LAST CMET
  1837.  
  1838.  
  1839. RESI PHE          0.00
  1840. GROUP  
  1841. ATOM N    N      -0.41570    !     |        HD1  HE1      
  1842. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N         |    |        
  1843. ATOM CA   CX     -0.00240    !     |   HB1  CD1--CE1      
  1844. ATOM HA   H1      0.09780    !     |   |    //     \\      
  1845. ATOM CB   CT     -0.03430    !  HA-CA--CB--CG      CZ--HZ  
  1846. ATOM HB1  HC      0.02950    !     |   |    \  __  /      
  1847. ATOM HB2  HC      0.02950    !     |   HB2  CD2--CE2      
  1848. ATOM CG   CA      0.01180    !   O=C         |    |        
  1849. ATOM CD1  CA     -0.12560    !     |        HD2  HE2      
  1850. ATOM HD1  HA      0.13300
  1851. ATOM CE1  CA     -0.17040
  1852. ATOM HE1  HA      0.14300
  1853. ATOM CZ   CA     -0.10720
  1854. ATOM HZ   HA      0.12970
  1855. ATOM CE2  CA     -0.17040
  1856. ATOM HE2  HA      0.14300
  1857. ATOM CD2  CA     -0.12560
  1858. ATOM HD2  HA      0.13300
  1859. ATOM C    C       0.59730
  1860. ATOM O    O      -0.56790
  1861. BOND CB  CA   CG CB   CD2 CG   CE1 CD1  
  1862. BOND CZ  CE2  N   HN  
  1863. BOND N   CA    C   CA   C   +N   CA  HA  
  1864. BOND CB  HB1  CB HB2  CD1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1  
  1865. BOND O   C    CD1 CG  CZ CE1   CE2 CD2
  1866. BOND CE2 HE2  CZ HZ  
  1867.  
  1868. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1869. IMPROPER CA  +N   C   O
  1870. IMPROPER CG   CE2  CD2  HD2
  1871. !IMPROPER CD2  CZ   CE2  HE2
  1872. IMPROPER CZ   CD2  CE2  HE2
  1873. IMPROPER CE1  CE2  CZ   HZ
  1874. IMPROPER CD1  CZ   CE1  HE1
  1875. IMPROPER CG   CE1  CD1  HD1
  1876. IMPROPER CD1  CD2  CG   CB
  1877.  
  1878. DONOR HN N  
  1879. ACCEPTOR O C  
  1880. IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8900  180.0000 114.4700  0.9987
  1881. IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8900  180.0000 106.3800  1.5229
  1882. IC N    CA   C    +N    1.4504 106.3800  180.0000 117.6500  1.3483
  1883. IC +N   CA   *C   O     1.3483 117.6500  180.0000 120.4900  1.2287
  1884. IC CA   C    +N   +CA   1.5229 117.6500  180.0000 124.1000  1.4523
  1885. IC N    C    *CA  CB    1.4504 106.3800  122.4900 112.4500  1.5594
  1886. IC N    C    *CA  HA    1.4504 106.3800 -115.6300 107.0500  1.0832
  1887. IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.6300  180.0000 112.7600  1.5109
  1888. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 112.7600  118.2700 109.1000  1.1119
  1889. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 112.7600 -123.8300 111.1100  1.1113
  1890. IC CA   CB   CG   CD1   1.5594 112.7600   90.0000 120.3200  1.4059
  1891. IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4059 120.3200 -177.9600 120.7600  1.4062
  1892. IC CB   CG   CD1  CE1   1.5109 120.3200 -177.3700 120.6300  1.4006
  1893. IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4006 120.6300  179.7000 119.6500  1.0814
  1894. IC CB   CG   CD2  CE2   1.5109 120.7600  177.2000 120.6200  1.4002
  1895. IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4002 120.6200 -178.6900 119.9900  1.0811
  1896. IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4059 120.6300   -0.1200 119.9300  1.4004
  1897. IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.4004 119.9300 -179.6900 120.0100  1.0808
  1898. IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.4000 119.9600 -179.9300 119.8700  1.0811
  1899. IC CE1  CE2  *CZ  HZ    1.4004 119.9800  179.5100 119.9700  1.0807
  1900.  
  1901. PATCH FIRST NPHE LAST CPHE
  1902.  
  1903.  
  1904. RESI PRO          0.00
  1905. GROUP                  
  1906. ATOM N    N      -0.25480       !       HD1 HD2      
  1907. ATOM CD   CT      0.01920       !     |   \ /        
  1908. ATOM HD1  H1      0.03910       !     N---CD   HG1    
  1909. ATOM HD2  H1      0.03910       !     |     \  /      
  1910. ATOM CG   CT      0.01890       !     |      CG      
  1911. ATOM HG1  HC      0.02130       !     |     /  \      
  1912. ATOM HG2  HC      0.02130       !  HA-CA--CB   HG2    
  1913. ATOM CB   CT     -0.00700       !     |   / \        
  1914. ATOM HB1  HC      0.02530       !     | HB1 HB2      
  1915. ATOM HB2  HC      0.02530       !   O=C              
  1916. ATOM CA   CX     -0.02660       !     |                    
  1917. ATOM HA   H1      0.06410
  1918. ATOM C    C       0.58960
  1919. ATOM O    O      -0.57480
  1920. BOND C   CA  C   +N  
  1921. BOND N  CA  CA  CB  CB  CG  CG  CD  N   CD  
  1922. BOND HA CA  HG1 CG  HG2 CG  HD1 CD  HD2 CD  HB1 CB  HB2 CB
  1923. BOND O  C      
  1924.  
  1925. IMPROPER -C  CD   N   CA
  1926. IMPROPER CA  +N   C   O
  1927.  
  1928. ACCEPTOR O C  
  1929. IC -C   CA   *N   CD    1.3366 122.9400  178.5100 112.7500  1.4624
  1930. IC -C   N    CA   C     1.3366 122.9400  -76.1200 110.8600  1.5399
  1931. IC N    CA   C    +N    1.4585 110.8600  180.0000 114.7500  1.3569
  1932. IC +N   CA   *C   O     1.3569 114.7500  177.1500 120.4600  1.2316
  1933. IC CA   C    +N   +CA   1.5399 116.1200  180.0000 124.8900  1.4517
  1934. IC N    C    *CA  CB    1.4585 110.8600  113.7400 111.7400  1.5399
  1935. IC N    C    *CA  HA    1.4585 110.8600 -122.4000 109.0900  1.0837
  1936. IC N    CA   CB   CG    1.4585 102.5600   31.6100 104.3900  1.5322
  1937. IC CA   CB   CG   CD    1.5399 104.3900  -34.5900 103.2100  1.5317
  1938. IC N    CA   CB   HB1   1.4585 102.5600  -84.9400 109.0200  1.1131
  1939. IC N    CA   CB   HB2   1.4585 102.5600  153.9300 112.7400  1.1088
  1940. IC CA   CB   CG   HG1   1.5399 104.3900 -156.7200 112.9500  1.1077
  1941. IC CA   CB   CG   HG2   1.5399 104.3900   81.2600 109.2200  1.1143
  1942. IC CB   CG   CD   HD1   1.5322 103.2100  -93.5500 110.0300  1.1137
  1943. IC CB   CG   CD   HD2   1.5322 103.2100  144.5200 110.0000  1.1144
  1944.  
  1945. PATCH FIRST NPRO LAST CPRO
  1946.  
  1947.  
  1948. RESI SER          0.00
  1949. GROUP  
  1950. ATOM N    N      -0.41570      !     |              
  1951. ATOM HN   H       0.27190      !  HN-N              
  1952. ATOM CA   CX     -0.02490      !     |   HB1        
  1953. ATOM HA   H1      0.08430      !     |   |          
  1954. ATOM CB   C2      0.21170      !  HA-CA--CB--OG      
  1955. ATOM HB1  H1      0.03520      !     |   |     \    
  1956. ATOM HB2  H1      0.03520      !     |   HB2    HG1  
  1957. ATOM OG   OH     -0.65460      !   O=C              
  1958. ATOM HG1  HO      0.42750      !     |              
  1959. ATOM C    C       0.59730
  1960. ATOM O    O      -0.56790
  1961.  
  1962. BOND CB CA   OG CB  N HN  N  CA  
  1963. BOND C  CA  C +N  CA HA  CB HB1  
  1964. BOND CB HB2  OG HG1  
  1965. BOND O  C      
  1966.  
  1967. IMPROPER -C  CA   N   HN
  1968. IMPROPER CA  +N   C   O
  1969.  
  1970. DONOR HN N  
  1971. DONOR HG1 OG  
  1972. ACCEPTOR OG  
  1973. ACCEPTOR O C  
  1974. IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3700  180.0000 114.1800  0.9999
  1975. IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3700  180.0000 105.8100  1.5166
  1976. IC N    CA   C    +N    1.4579 105.8100  180.0000 117.7200  1.3448
  1977. IC +N   CA   *C   O     1.3448 117.7200  180.0000 120.2500  1.2290
  1978. IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.7200  180.0000 124.6300  1.4529
  1979. IC N    C    *CA  CB    1.4579 105.8100  124.7500 111.4000  1.5585
  1980. IC N    C    *CA  HA    1.4579 105.8100 -115.5600 107.3000  1.0821
  1981. IC N    CA   CB   OG    1.4579 114.2800  180.0000 112.4500  1.4341
  1982. IC OG   CA   *CB  HB1   1.4341 112.4500  119.3200 108.1000  1.1140
  1983. IC OG   CA   *CB  HB2   1.4341 112.4500 -123.8600 110.3800  1.1136
  1984. IC CA   CB   OG   HG1   1.5585 112.4500  165.9600 107.0800  0.9655
  1985.  
  1986. PATCH FIRST NSER LAST CSER
  1987.  
  1988.  
  1989. RESI THR          0.00
  1990. GROUP  
  1991. ATOM N    N      -0.41570     !     |              
  1992. ATOM HN   H       0.27190     !  HN-N              
  1993. ATOM CA   CX     -0.03890     !     |     OG1--HG1  
  1994. ATOM HA   H1      0.10070     !     |    /          
  1995. ATOM CB   C3      0.36540     !  HA-CA--CB-HB      
  1996. ATOM HB   H1      0.00430     !     |    \          
  1997. ATOM CG2  CT     -0.24380     !     |     CG2--HG21
  1998. ATOM HG21 HC      0.06420     !   O=C    / \        
  1999. ATOM HG22 HC      0.06420     !     | HG21 HG22    
  2000. ATOM HG23 HC      0.06420
  2001. ATOM OG1  OH     -0.67610
  2002. ATOM HG1  HO      0.41020
  2003. ATOM C    C       0.59730
  2004. ATOM O    O      -0.56790
  2005.  
  2006. BOND CB CA  OG1 CB   CG2 CB    N   HN  
  2007. BOND N  CA    C   CA    C   +N    CA  HA  
  2008. BOND CB HB  OG1 HG1  CG2 HG21  CG2 HG22  CG2 HG23
  2009. BOND O   C    
  2010.  
  2011. IMPROPER -C  CA   N   HN
  2012. IMPROPER CA  +N   C   O
  2013.  
  2014. DONOR HN N  
  2015. DONOR HG1 OG1  
  2016. ACCEPTOR OG1  
  2017. ACCEPTOR O C  
  2018. IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.1200  180.0000 114.2600  0.9995
  2019. IC -C   N    CA   C     1.3471 124.1200  180.0000 106.0900  1.5162
  2020. IC N    CA   C    +N    1.4607 106.0900  180.0000 117.6900  1.3449
  2021. IC +N   CA   *C   O     1.3449 117.6900  180.0000 120.3000  1.2294
  2022. IC CA   C    +N   +CA   1.5162 117.6900  180.0000 124.6600  1.4525
  2023. IC N    C    *CA  CB    1.4607 106.0900  126.4600 112.7400  1.5693
  2024. IC N    C    *CA  HA    1.4607 106.0900 -114.9200 106.5300  1.0817
  2025. IC N    CA   CB   OG1   1.4607 114.8100  180.0000 112.1600  1.4252
  2026. IC OG1  CA   *CB  HB    1.4252 112.1600  116.3900 106.1100  1.1174
  2027. IC OG1  CA   *CB  CG2   1.4252 112.1600 -124.1300 115.9100  1.5324
  2028. IC CA   CB   OG1  HG1   1.5693 112.1600 -179.2800 105.4500  0.9633
  2029. IC CA   CB   CG2  HG21  1.5693 115.9100 -173.6500 110.8500  1.1104
  2030. IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1104 110.8500  119.5100 110.4100  1.1109
  2031. IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1104 110.8500 -120.3900 111.1100  1.1113
  2032.  
  2033. PATCH FIRST NTHR LAST CTHR
  2034.  
  2035.  
  2036. RESI TRP          0.00
  2037. GROUP  
  2038. ATOM N    N      -0.41570    !     |                  HE3        
  2039. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N                   |          
  2040. ATOM CA   CX     -0.02750    !     |   HB1            CE3        
  2041. ATOM HA   H1      0.11230    !     |   |             /  \\        
  2042. ATOM CB   CT     -0.00500    !  HA-CA--CB---CG-----CD2   CZ3-HZ3  
  2043. ATOM HB1  HC      0.03390    !     |   |    ||     ||     |      
  2044. ATOM HB2  HC      0.03390    !     |   HB2  CD1    CE2   CH2-HH2  
  2045. ATOM CG   CG     -0.14150    !   O=C       /   \   / \  //        
  2046. ATOM CD1  CW     -0.16380    !     |     HD1    NE1   CZ2        
  2047. ATOM HD1  H4      0.20620    !                   |     |          
  2048. ATOM NE1  NA     -0.34180    !                  HE1   HZ2        
  2049. ATOM HE1  H       0.34120
  2050. ATOM CE2  CN      0.13800
  2051. ATOM CZ2  CA     -0.26010
  2052. ATOM HZ2  HA      0.15720
  2053. ATOM CH2  CA     -0.11340
  2054. ATOM HH2  HA      0.14170
  2055. ATOM CZ3  CA     -0.19720
  2056. ATOM HZ3  HA      0.14470
  2057. ATOM CE3  CA     -0.23870
  2058. ATOM HE3  HA      0.17000        
  2059. ATOM CD2  CB      0.12430
  2060. ATOM C    C       0.59730
  2061. ATOM O    O      -0.56790
  2062. BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   NE1 CD1  
  2063. BOND CZ2 CE2  
  2064. BOND N   HN   N   CA     C   CA   C   +N  
  2065. BOND CZ3 CH2  CD2 CE3  NE1 CE2  CA  HA   CB  HB1  
  2066. BOND CB  HB2  CD1 HD1  NE1 HE1  CE3 HE3  CZ2 HZ2  
  2067. BOND CZ3 HZ3  CH2 HH2
  2068. BOND O   C    CD1 CG   CE2 CD2  CZ3 CE3  CH2 CZ2    
  2069.  
  2070. IMPROPER -C  CA   N   HN
  2071. IMPROPER CA  +N   C   O
  2072. IMPROPER CD1  CE2  NE1  HE1
  2073. IMPROPER CE2  CH2  CZ2  HZ2
  2074. IMPROPER CZ2  CZ3  CH2  HH2
  2075. IMPROPER CH2  CE3  CZ3  HZ3
  2076. IMPROPER CZ3  CD2  CE3  HE3
  2077. IMPROPER CG   NE1  CD1  HD1
  2078. IMPROPER CD2  CB   CG   CD1
  2079. !!IMPROPER CD1  CD2  CG   CB !! from Klauda, this order gives wrong improper energy.
  2080.  
  2081. DONOR HN N  
  2082. DONOR HE1 NE1  
  2083. ACCEPTOR O C  
  2084. IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5100  180.0000 115.0200  0.9972
  2085. IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5100  180.0000 107.6900  1.5202
  2086. IC N    CA   C    +N    1.4507 107.6900  180.0000 117.5700  1.3505
  2087. IC +N   CA   *C   O     1.3505 117.5700  180.0000 121.0800  1.2304
  2088. IC CA   C    +N   +CA   1.5202 117.5700  180.0000 124.8800  1.4526
  2089. IC N    C    *CA  CB    1.4507 107.6900  122.6800 111.2300  1.5560
  2090. IC N    C    *CA  HA    1.4507 107.6900 -117.0200 106.9200  1.0835
  2091. IC N    CA   CB   CG    1.4507 111.6800  180.0000 115.1400  1.5233
  2092. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5233 115.1400  119.1700 107.8400  1.1127
  2093. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5233 115.1400 -124.7300 109.8700  1.1118
  2094. IC CA   CB   CG   CD2   1.5560 115.1400   90.0000 123.9500  1.4407
  2095. IC CD2  CB   *CG  CD1   1.4407 123.9500 -172.8100 129.1800  1.3679
  2096. IC CD1  CG   CD2  CE2   1.3679 106.5700   -0.0800 106.6500  1.4126
  2097. IC CG   CD2  CE2  NE1   1.4407 106.6500    0.1400 107.8700  1.3746
  2098. IC CE2  CG   *CD2 CE3   1.4126 106.6500  179.2100 132.5400  1.4011
  2099. IC CE2  CD2  CE3  CZ3   1.4126 120.8000   -0.2000 118.1600  1.4017
  2100. IC CD2  CE3  CZ3  CH2   1.4011 118.1600    0.1000 120.9700  1.4019
  2101. IC CE3  CZ3  CH2  CZ2   1.4017 120.9700    0.0100 120.8700  1.4030
  2102. IC CZ3  CD2  *CE3 HE3   1.4017 118.1600 -179.6200 121.8400  1.0815
  2103. IC CH2  CE3  *CZ3 HZ3   1.4019 120.9700 -179.8200 119.4500  1.0811
  2104. IC CZ2  CZ3  *CH2 HH2   1.4030 120.8700 -179.9200 119.5700  1.0811
  2105. IC CE2  CH2  *CZ2 HZ2   1.3939 118.4200  179.8700 120.0800  1.0790
  2106. IC CD1  CE2  *NE1 HE1   1.3752 108.8100  177.7800 124.6800  0.9767
  2107. IC CG   NE1  *CD1 HD1   1.3679 110.1000  178.1000 125.4300  1.0820
  2108.  
  2109. PATCH FIRST NTRP LAST CTRP
  2110.  
  2111.  
  2112. RESI TYR          0.00
  2113. GROUP  
  2114. ATOM N    N      -0.41570    !     |        HD1  HE1        
  2115. ATOM HN   H       0.27190    !  HN-N         |    |          
  2116. ATOM CA   CX     -0.00140    !     |   HB1  CD1--CE1        
  2117. ATOM HA   H1      0.08760    !     |   |   //      \\        
  2118. ATOM CB   CT     -0.01520    !  HA-CA--CB--CG      CZ--OH    
  2119. ATOM HB1  HC      0.02950    !     |   |    \  __  /     \  
  2120. ATOM HB2  HC      0.02950    !     |   HB2  CD2--CE2     HH  
  2121. ATOM CG   CA     -0.00110    !   O=C         |    |          
  2122. ATOM CD1  CA     -0.19060    !     |        HD2  HE2        
  2123. ATOM HD1  HA      0.16990
  2124. ATOM CE1  CA     -0.23410
  2125. ATOM HE1  HA      0.16560
  2126. ATOM CZ   C       0.32260
  2127. ATOM OH   OH     -0.55790
  2128. ATOM HH   HO      0.39920
  2129. ATOM CE2  CA     -0.23410
  2130. ATOM HE2  HA      0.16560
  2131. ATOM CD2  CA     -0.19060
  2132. ATOM HD2  HA      0.16990
  2133. ATOM C    C       0.59730
  2134. ATOM O    O      -0.56790
  2135. BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   CE1 CD1  
  2136. BOND CZ  CE2  OH  CZ  
  2137. BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N  
  2138. BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CD1 HD1  CD2 HD2  
  2139. BOND CE1 HE1  CE2 HE2  OH  HH
  2140. BOND O   C    CD1 CG  CE1  CZ  CE2 CD2      
  2141.  
  2142. IMPROPER -C  CA   N   HN
  2143. IMPROPER CA  +N   C   O
  2144. IMPROPER CG   CE2  CD2  HD2
  2145. !IMPROPER CD2  CZ   CE2  HE2
  2146. IMPROPER CZ   CD2  CE2  HE2
  2147. IMPROPER CD1  CZ   CE1  HE1
  2148. IMPROPER CG   CE1  CD1  HD1
  2149. IMPROPER CD1  CD2  CG   CB
  2150. IMPROPER CE1  CE2  CZ   OH
  2151.  
  2152.  
  2153. DONOR HN N  
  2154. DONOR HH OH  
  2155. ACCEPTOR OH  
  2156. ACCEPTOR O C  
  2157. IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8100  180.0000 114.5400  0.9986
  2158. IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8100  180.0000 106.5200  1.5232
  2159. IC N    CA   C    +N    1.4501 106.5200  180.0000 117.3300  1.3484
  2160. IC +N   CA   *C   O     1.3484 117.3300  180.0000 120.6700  1.2287
  2161. IC CA   C    +N   +CA   1.5232 117.3300  180.0000 124.3100  1.4513
  2162. IC N    C    *CA  CB    1.4501 106.5200  122.2700 112.3400  1.5606
  2163. IC N    C    *CA  HA    1.4501 106.5200 -116.0400 107.1500  1.0833
  2164. IC N    CA   CB   CG    1.4501 111.4300  180.0000 112.9400  1.5113
  2165. IC CG   CA   *CB  HB1   1.5113 112.9400  118.8900 109.1200  1.1119
  2166. IC CG   CA   *CB  HB2   1.5113 112.9400 -123.3600 110.7000  1.1115
  2167. IC CA   CB   CG   CD1   1.5606 112.9400   90.0000 120.4900  1.4064
  2168. IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4064 120.4900 -176.4600 120.4600  1.4068
  2169. IC CB   CG   CD1  CE1   1.5113 120.4900 -175.4900 120.4000  1.4026
  2170. IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4026 120.4000  178.9400 119.8000  1.0814
  2171. IC CB   CG   CD2  CE2   1.5113 120.4600  175.3200 120.5600  1.4022
  2172. IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4022 120.5600 -177.5700 119.9800  1.0813
  2173. IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4064 120.4000   -0.1900 120.0900  1.3978
  2174. IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.3978 120.0900  179.6400 120.5800  1.0799
  2175. IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.3979 119.9200 -178.6900 119.7600  1.0798
  2176. IC CE1  CE2  *CZ  OH    1.3978 120.0500 -178.9800 120.2500  1.4063
  2177. IC CE1  CZ   OH   HH    1.3978 119.6800  175.4500 107.4700  0.9594
  2178.  
  2179. PATCH FIRST NTYR LAST CTYR
  2180.  
  2181.  
  2182. RESI VAL          0.00
  2183. GROUP  
  2184. ATOM N    N      -0.41570   !     |    HG11 HG12  
  2185. ATOM HN   H       0.27190   !  HN-N      | /      
  2186. ATOM CA   CX     -0.08750   !     |     CG1--HG13  
  2187. ATOM HA   H1      0.09690   !     |    /          
  2188. ATOM CB   C3      0.29850   !  HA-CA--CB-HB        
  2189. ATOM HB   HC     -0.02970   !     |    \          
  2190. ATOM CG1  CT     -0.31920   !     |     CG2--HG21  
  2191. ATOM HG11 HC      0.07910   !   O=C    / \        
  2192. ATOM HG12 HC      0.07910   !     | HG21 HG22      
  2193. ATOM HG13 HC      0.07910
  2194. ATOM CG2  CT     -0.31920
  2195. ATOM HG21 HC      0.07910
  2196. ATOM HG22 HC      0.07910
  2197. ATOM HG23 HC      0.07910
  2198. ATOM C    C       0.59730
  2199. ATOM O    O      -0.56790
  2200. BOND CB  CA    CG1 CB    CG2 CB    N   HN  
  2201. BOND N   CA     C   CA    C   +N    CA HA  
  2202. BOND CB  HB    CG1 HG11  CG1 HG12  CG1 HG13  CG2 HG21  
  2203. BOND CG2 HG22  CG2 HG23
  2204. BOND O   C  
  2205.  
  2206. IMPROPER -C  CA   N   HN
  2207. IMPROPER CA  +N   C   O
  2208.  
  2209. DONOR HN N  
  2210. ACCEPTOR O C  
  2211. IC -C   CA   *N   HN    1.3482 124.5700  180.0000 114.4100  0.9966
  2212. IC -C   N    CA   C     1.3482 124.5700  180.0000 105.5400  1.5180
  2213. IC N    CA   C    +N    1.4570 105.5400  180.0000 117.8300  1.3471
  2214. IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.8300  180.0000 120.7000  1.2297
  2215. IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.8300  180.0000 124.0800  1.4471
  2216. IC N    C    *CA  CB    1.4570 105.5400  122.9500 111.2300  1.5660
  2217. IC N    C    *CA  HA    1.4570 105.5400 -117.2400 107.4600  1.0828
  2218. IC N    CA   CB   CG1   1.4570 113.0500  180.0000 113.9700  1.5441
  2219. IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5441 113.9700  123.9900 112.1700  1.5414
  2220. IC CG1  CA   *CB  HB    1.5441 113.9700 -119.1700 107.5700  1.1178
  2221. IC CA   CB   CG1  HG11  1.5660 113.9700  177.8300 110.3000  1.1114
  2222. IC HG11 CB   *CG1 HG12  1.1114 110.3000  119.2500 111.6700  1.1097
  2223. IC HG11 CB   *CG1 HG13  1.1114 110.3000 -119.4900 110.7000  1.1110
  2224. IC CA   CB   CG2  HG21  1.5660 112.1700 -177.7800 110.7100  1.1108
  2225. IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1108 110.7100  120.0800 110.5600  1.1115
  2226. IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1108 110.7100 -119.5500 111.2300  1.1098
  2227.  
  2228. PATCH FIRST NVAL LAST CVAL
  2229.  
  2230.  
  2231. RESI ACE         0.00     ! acetylated N-terminus
  2232. GROUP                     !
  2233. ATOM HY1  HC      0.11230  ! HY1 HY2 HY3              
  2234. ATOM CAY  CT     -0.36620  !    \ | /    
  2235. ATOM HY2  HC      0.11230  !     CAY    
  2236. ATOM HY3  HC      0.11230  !      |      
  2237. ATOM C    C       0.59720  !      C=O  
  2238. ATOM O    O      -0.56790  !      |      
  2239.  
  2240. BOND C  CAY C +N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3
  2241. BOND O  C  
  2242.  
  2243. IMPROPER CAY +N   C   O
  2244.  
  2245. ACCEPTOR O C  
  2246.  
  2247. IC C    N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000
  2248. IC C    CA   *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2249. IC CAY  C    N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2250. IC N    CAY  *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2251. IC O    C    CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2252. IC O    C    CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000
  2253. IC O    C    CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000
  2254.  
  2255. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  2256.  
  2257.  
  2258. RESI NME           0.00 ! N-Methylamide C-terminus
  2259. GROUP                  
  2260. ATOM N    N      -0.41570   !      |        
  2261. ATOM HN   H       0.27190   !      N-HN
  2262. ATOM CAT  CT     -0.14900   !      |        
  2263. ATOM HT1  H1      0.09760   ! HT1-CAT-HT3  
  2264. ATOM HT2  H1      0.09760   !      |        
  2265. ATOM HT3  H1      0.09760   !     HT2      
  2266.                        
  2267.  
  2268. BOND  N  HN  N  CAT  CAT HT1  CAT HT2  CAT HT3  
  2269.  
  2270. IMPROPER -C  CAT   N   HN
  2271.  
  2272. DONOR HN N  
  2273. IC N    CA   -C   -O    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2274. IC -C   CAT  *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2275. IC C    N    CAT  HT1   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000
  2276. IC C    N    CAT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2277. IC C    N    CAT  HT3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000
  2278.  
  2279. PATCH FIRST NONE LAST NONE
  2280.  
  2281.  
  2282. PRES NALA    1.0
  2283. DELETE ATOM HN
  2284. GROUP
  2285. ATOM N    N3      0.14140  !
  2286. ATOM HT1  H       0.19970  !    HT2
  2287. ATOM HT2  H       0.19970  !     |(+)
  2288. ATOM HT3  H       0.19970  ! HT1-N-HT3
  2289. ATOM CA   CX      0.09620  !     |     HB1
  2290. ATOM HA   HP      0.08890  !     |    /
  2291. ATOM CB   CT     -0.05970  !  HA-CA--CB-HB2            ALANINE
  2292. ATOM HB1  HC      0.03000  !     |    \      
  2293. ATOM HB2  HC      0.03000  !     |     HB2
  2294. ATOM HB3  HC      0.03000  !   O=C  
  2295. ATOM C    C       0.61630  !     |
  2296. ATOM O    O      -0.57220
  2297. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2298.  
  2299. DONOR HT1 N
  2300. DONOR HT2 N
  2301. DONOR HT3 N
  2302. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2303. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2304. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2305.  
  2306.  
  2307. PRES CALA    -1.0
  2308. DELETE ATOM O
  2309. GROUP
  2310. ATOM N    N      -0.38210  !     |
  2311. ATOM HN   H       0.26810  !  HN-N
  2312. ATOM CA   CX     -0.17470  !     |     HB1
  2313. ATOM HA   H1      0.10670  !     |    /
  2314. ATOM CB   CT     -0.20930  !  HA-CA--CB-HB2            ALANINE
  2315. ATOM HB1  HC      0.07640  !     |    \      
  2316. ATOM HB2  HC      0.07640  !     |     HB2
  2317. ATOM HB3  HC      0.07640  ! OT1=C  
  2318. ATOM C    C       0.77310  !     |
  2319. ATOM OT1  O2     -0.80550  !     OT2
  2320. ATOM OT2  O2     -0.80550
  2321. BOND C OT2
  2322. BOND C OT1
  2323. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2324. ACCEPTOR OT1 C
  2325. ACCEPTOR OT2 C
  2326. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2327. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2328.  
  2329.  
  2330. PRES NARG     2.0
  2331. DELETE ATOM HN
  2332. GROUP
  2333. ATOM N    N3      0.13050  
  2334. ATOM HT1  H       0.20830  
  2335. ATOM HT2  H       0.20830   !    HT2
  2336. ATOM HT3  H       0.20830   !     |(+)                   HH11    
  2337. ATOM CA   CX     -0.02230   ! HT1-N-HT3                   |      
  2338. ATOM HA   HP      0.12420   !     |   HB1 HG1 HD1 HE     NH1-HH12
  2339. ATOM CB   C8      0.01180   !     |   |   |   |   |    //(+)      
  2340. ATOM HB1  HC      0.02260   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE--CZ          
  2341. ATOM HB2  HC      0.02260   !     |   |   |   |         \        
  2342. ATOM CG   C8      0.02360   !     |   HB2 HG2 HD2        NH2-HH22
  2343. ATOM HG1  HC      0.03090   !   O=C                       |      
  2344. ATOM HG2  HC      0.03090   !     |                      HH21    
  2345. ATOM CD   C8      0.09350
  2346. ATOM HD1  H1      0.05270
  2347. ATOM HD2  H1      0.05270
  2348. ATOM NE   N2     -0.56500
  2349. ATOM HE   H       0.35920
  2350. ATOM CZ   CA      0.82810
  2351. ATOM NH1  N2     -0.86930
  2352. ATOM HH11 H       0.44940
  2353. ATOM HH12 H       0.44940
  2354. ATOM NH2  N2     -0.86930
  2355. ATOM HH21 H       0.44940
  2356. ATOM HH22 H       0.44940
  2357. ATOM C    C       0.72140
  2358. ATOM O    O      -0.60130
  2359. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2360.  
  2361. DONOR HT1 N
  2362. DONOR HT2 N
  2363. DONOR HT3 N
  2364.  
  2365. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2366. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2367. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2368.  
  2369.  
  2370. PRES CARG      0.0
  2371. GROUP
  2372. DELETE ATOM O
  2373. ATOM N    N      -0.34810    !     |                      HH11
  2374. ATOM HN   H       0.27640    !  HN-N                       |
  2375. ATOM CA   CX     -0.30680    !     |   HB1 HG1 HD1 HE     NH1-HH12
  2376. ATOM HA   H1      0.14470    !     |   |   |   |   |    //(+)  
  2377. ATOM CB   C8     -0.03740    !  HA-CA--CB--CG--CD--NE--CZ          
  2378. ATOM HB1  HC      0.03710    !     |   |   |   |         \        
  2379. ATOM HB2  HC      0.03710    !     |   HB2 HG2 HD2        NH2-HH22
  2380. ATOM CG   C8      0.07440    ! OT1=C                       |      
  2381. ATOM HG1  HC      0.01850    !     |                      HH21    
  2382. ATOM HG2  HC      0.01850    !     OT2
  2383. ATOM CD   C8      0.11140  
  2384. ATOM HD1  H1      0.04680  
  2385. ATOM HD2  H1      0.04680  
  2386. ATOM NE   N2     -0.55640  
  2387. ATOM HE   H       0.34790  
  2388. ATOM CZ   CA      0.83680  
  2389. ATOM NH1  N2     -0.87370  
  2390. ATOM HH11 H       0.44930  
  2391. ATOM HH12 H       0.44930  
  2392. ATOM NH2  N2     -0.87370  
  2393. ATOM HH21 H       0.44930  
  2394. ATOM HH22 H       0.44930  
  2395. ATOM C    C       0.85570  
  2396. ATOM OT1  O2     -0.82660  
  2397. ATOM OT2  O2     -0.82660  
  2398. BOND C OT2
  2399. BOND C OT1
  2400. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2401. ACCEPTOR OT1 C
  2402. ACCEPTOR OT2 C
  2403. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2404. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2405.  
  2406.  
  2407. PRES NASN    1.0
  2408. GROUP
  2409. DELETE ATOM HN
  2410. ATOM N    N3      0.18010
  2411. ATOM HT1  H       0.19210
  2412. ATOM HT2  H       0.19210
  2413. ATOM HT3  H       0.19210
  2414. ATOM CA   CX      0.03680
  2415. ATOM HA   HP      0.12310
  2416. ATOM CB   C2     -0.02830
  2417. ATOM HB1  HC      0.05150
  2418. ATOM HB2  HC      0.05150
  2419. ATOM CG   C       0.58330
  2420. ATOM OD1  O      -0.57440
  2421. ATOM ND2  N      -0.86340
  2422. ATOM HD21 H       0.40970
  2423. ATOM HD22 H       0.40970
  2424. ATOM C    C       0.61630
  2425. ATOM O    O      -0.57220
  2426. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2427.  
  2428. DONOR HT1 N
  2429. DONOR HT2 N
  2430. DONOR HT3 N
  2431.  
  2432. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2433. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2434. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2435.  
  2436.  
  2437. PRES CASN  -1.0
  2438. DELETE ATOM O
  2439. GROUP
  2440. ATOM N    N      -0.38210
  2441. ATOM HN   H       0.26810
  2442. ATOM CA   CX     -0.20800
  2443. ATOM HA   H1      0.13580
  2444. ATOM CB   C2     -0.22990
  2445. ATOM HB1  HC      0.10230
  2446. ATOM HB2  HC      0.10230
  2447. ATOM CG   C       0.71530
  2448. ATOM OD1  O      -0.60100
  2449. ATOM ND2  N      -0.90840
  2450. ATOM HD21 H       0.41500
  2451. ATOM HD22 H       0.41500
  2452. ATOM C    C       0.80500
  2453. ATOM OT1  O2     -0.81470
  2454. ATOM OT2  O2     -0.81470
  2455. BOND C OT2
  2456. BOND C OT1
  2457. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2458. ACCEPTOR OT1 C
  2459. ACCEPTOR OT2 C
  2460. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2461. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2462.  
  2463.  
  2464. PRES NASP     0.0
  2465. DELETE ATOM HN
  2466. GROUP
  2467. ATOM N    N3      0.07820
  2468. ATOM HT1  H       0.22000
  2469. ATOM HT2  H       0.22000
  2470. ATOM HT3  H       0.22000
  2471. ATOM CA   CX      0.02920
  2472. ATOM HA   HP      0.11410
  2473. ATOM CB   C2     -0.02350
  2474. ATOM HB1  HC     -0.01690
  2475. ATOM HB2  HC     -0.01690
  2476. ATOM CG   CO      0.81940
  2477. ATOM OD1  O2     -0.80840
  2478. ATOM OD2  O2     -0.80840
  2479. ATOM C    C       0.56210
  2480. ATOM O    O      -0.58890
  2481. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2482.  
  2483. DONOR HT1 N
  2484. DONOR HT2 N
  2485. DONOR HT3 N
  2486.  
  2487. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2488. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2489. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2490.  
  2491.  
  2492. PRES CASP  -2.0
  2493. DELETE ATOM O
  2494. GROUP
  2495. ATOM N    N      -0.51920
  2496. ATOM HN   H       0.30550
  2497. ATOM CA   CX     -0.18170
  2498. ATOM HA   H1      0.10460
  2499. ATOM CB   C2     -0.06770
  2500. ATOM HB1  HC     -0.02120
  2501. ATOM HB2  HC     -0.02120
  2502. ATOM CG   CO      0.88510
  2503. ATOM OD1  O2     -0.81620
  2504. ATOM OD2  O2     -0.81620
  2505. ATOM C    C       0.72560
  2506. ATOM OT1  O2     -0.78870
  2507. ATOM OT2  O2     -0.78870
  2508. BOND C OT2
  2509. BOND C OT1
  2510. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2511. ACCEPTOR OT1 C
  2512. ACCEPTOR OT2 C
  2513. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2514. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2515.  
  2516.  
  2517. PRES NCYS    1.0
  2518. DELETE ATOM HN
  2519. GROUP
  2520. ATOM N    N3      0.13250
  2521. ATOM HT1  H       0.20230
  2522. ATOM HT2  H       0.20230
  2523. ATOM HT3  H       0.20230
  2524. ATOM CA   CX      0.09270
  2525. ATOM HA   HP      0.14110
  2526. ATOM CB   C2     -0.11950
  2527. ATOM HB1  H1      0.11880
  2528. ATOM HB2  H1      0.11880
  2529. ATOM SG   SH     -0.32980
  2530. ATOM HG1  HS      0.19750
  2531. ATOM C    C       0.61230
  2532. ATOM O    O      -0.57130
  2533. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2534.  
  2535. DONOR HT1 N
  2536. DONOR HT2 N
  2537. DONOR HT3 N
  2538.  
  2539. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2540. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2541. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2542.  
  2543.  
  2544. PRES CCYS    -1.0
  2545. DELETE ATOM O
  2546. GROUP
  2547. ATOM N    N      -0.38210
  2548. ATOM HN   H       0.26810
  2549. ATOM CA   CX     -0.16350
  2550. ATOM HA   H1      0.13960
  2551. ATOM CB   C2     -0.19960
  2552. ATOM HB1  H1      0.14370
  2553. ATOM HB2  H1      0.14370
  2554. ATOM SG   SH     -0.31020
  2555. ATOM HG1  HS      0.20680
  2556. ATOM C    C       0.74970
  2557. ATOM OT1  O2     -0.79810
  2558. ATOM OT2  O2     -0.79810
  2559. BOND C OT2
  2560. BOND C OT1
  2561. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2562. ACCEPTOR OT1 C
  2563. ACCEPTOR OT2 C
  2564. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2565. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2566.  
  2567.  
  2568. PRES NCYX   1.0
  2569. DELETE ATOM HN
  2570. GROUP
  2571. ATOM N    N3      0.20690
  2572. ATOM HT1  H       0.18150
  2573. ATOM HT2  H       0.18150
  2574. ATOM HT3  H       0.18150
  2575. ATOM CA   CX      0.10550
  2576. ATOM HA   HP      0.09220
  2577. ATOM CB   C2     -0.02770
  2578. ATOM HB1  H1      0.06800
  2579. ATOM HB2  H1      0.06800
  2580. ATOM SG   S      -0.09840
  2581. ATOM C    C       0.61230
  2582. ATOM O    O      -0.57130
  2583. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2584.  
  2585. DONOR HT1 N
  2586. DONOR HT2 N
  2587. DONOR HT3 N
  2588.  
  2589. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2590. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2591. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2592.  
  2593.  
  2594. PRES CCYX  -1.0
  2595. DELETE ATOM O
  2596. GROUP
  2597. ATOM N    N      -0.38210
  2598. ATOM HN   H       0.26810
  2599. ATOM CA   CX     -0.13180
  2600. ATOM HA   H1      0.09380
  2601. ATOM CB   C2     -0.19430
  2602. ATOM HB1  H1      0.12280
  2603. ATOM HB2  H1      0.12280
  2604. ATOM SG   S      -0.05290
  2605. ATOM C    C       0.76180
  2606. ATOM OT1  O2     -0.80410
  2607. ATOM OT2  O2     -0.80410
  2608. BOND C OT2
  2609. BOND C OT1
  2610. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2611. ACCEPTOR OT1 C
  2612. ACCEPTOR OT2 C
  2613. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2614. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2615.  
  2616.  
  2617. PRES NGLN  +1.0
  2618. DELETE ATOM HN
  2619. GROUP
  2620. ATOM N    N3      0.14930
  2621. ATOM HT1  H       0.19960
  2622. ATOM HT2  H       0.19960
  2623. ATOM HT3  H       0.19960
  2624. ATOM CA   CX      0.05360
  2625. ATOM HA   HP      0.10150
  2626. ATOM CB   C2      0.06510
  2627. ATOM HB1  HC      0.00500
  2628. ATOM HB2  HC      0.00500
  2629. ATOM CG   C2     -0.09030
  2630. ATOM HG1  HC      0.03310
  2631. ATOM HG2  HC      0.03310
  2632. ATOM CD   C       0.73540
  2633. ATOM OE1  O      -0.61330
  2634. ATOM NE2  N      -1.00310
  2635. ATOM HE21 H       0.44290
  2636. ATOM HE22 H       0.44290
  2637. ATOM C    C       0.61230
  2638. ATOM O    O      -0.57130
  2639. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2640.  
  2641. DONOR HT1 N
  2642. DONOR HT2 N
  2643. DONOR HT3 N
  2644.  
  2645. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2646. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2647. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2648.  
  2649.  
  2650. PRES CGLN  -1.0
  2651. DELETE ATOM O
  2652. GROUP
  2653. ATOM N    N      -0.38210
  2654. ATOM HN   H       0.26810
  2655. ATOM CA   CX     -0.22480
  2656. ATOM HA   H1      0.12320
  2657. ATOM CB   C2     -0.06640
  2658. ATOM HB1  HC      0.04520
  2659. ATOM HB2  HC      0.04520
  2660. ATOM CG   C2     -0.02100
  2661. ATOM HG1  HC      0.02030
  2662. ATOM HG2  HC      0.02030
  2663. ATOM CD   C       0.70930
  2664. ATOM OE1  O      -0.60980
  2665. ATOM NE2  N      -0.95740
  2666. ATOM HE21 H       0.43040
  2667. ATOM HE22 H       0.43040
  2668. ATOM C    C       0.77750
  2669. ATOM OT1  O2     -0.80420
  2670. ATOM OT2  O2     -0.80420
  2671. BOND C OT2
  2672. BOND C OT1
  2673. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2674. ACCEPTOR OT1 C
  2675. ACCEPTOR OT2 C
  2676. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2677. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2678.  
  2679.  
  2680. PRES NGLU   0.0
  2681. DELETE ATOM HN
  2682. GROUP
  2683. ATOM N    N3      0.00170
  2684. ATOM HT1  H       0.23910
  2685. ATOM HT2  H       0.23910
  2686. ATOM HT3  H       0.23910
  2687. ATOM CA   CX      0.05880
  2688. ATOM HA   HP      0.12020
  2689. ATOM CB   C2      0.09090
  2690. ATOM HB1  HC     -0.02320
  2691. ATOM HB2  HC     -0.02320
  2692. ATOM CG   C2     -0.02360
  2693. ATOM HG1  HC     -0.03150
  2694. ATOM HG2  HC     -0.03150
  2695. ATOM CD   CO      0.80870
  2696. ATOM OE1  O2     -0.81890
  2697. ATOM OE2  O2     -0.81890
  2698. ATOM C    C       0.56210
  2699. ATOM O    O      -0.58890
  2700.  
  2701. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2702.  
  2703. DONOR HT1 N
  2704. DONOR HT2 N
  2705. DONOR HT3 N
  2706.  
  2707. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2708. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2709. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2710.  
  2711.  
  2712. PRES CGLU  -2.0
  2713. DELETE ATOM O
  2714. GROUP
  2715. ATOM N    N      -0.51920
  2716. ATOM HN   H       0.30550
  2717. ATOM CA   CX     -0.20590
  2718. ATOM HA   H1      0.13990
  2719. ATOM CB   C2      0.00710
  2720. ATOM HB1  HC     -0.00780
  2721. ATOM HB2  HC     -0.00780
  2722. ATOM CG   C2      0.06750
  2723. ATOM HG1  HC     -0.05480
  2724. ATOM HG2  HC     -0.05480
  2725. ATOM CD   CO      0.81830
  2726. ATOM OE1  O2     -0.82200
  2727. ATOM OE2  O2     -0.82200
  2728. ATOM C    C       0.74200
  2729. ATOM OT1  O2     -0.79300
  2730. ATOM OT2  O2     -0.79300
  2731.  
  2732. BOND C OT2
  2733. BOND C OT1
  2734. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2735. ACCEPTOR OT1 C
  2736. ACCEPTOR OT2 C
  2737. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2738. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2739.  
  2740.  
  2741. PRES NGLY     1.0
  2742. DELETE ATOM HN
  2743. GROUP
  2744. ATOM N    N3      0.29430
  2745. ATOM HT1  H       0.16420
  2746. ATOM HT2  H       0.16420
  2747. ATOM HT3  H       0.16420
  2748. ATOM CA   CX     -0.01000
  2749. ATOM HA1  HP      0.08950
  2750. ATOM HA2  HP      0.08950
  2751. ATOM C    C       0.61630
  2752. ATOM O    O      -0.57220
  2753.  
  2754. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2755.  
  2756. DONOR HT1 N
  2757. DONOR HT2 N
  2758. DONOR HT3 N
  2759.  
  2760. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2761. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2762. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2763.  
  2764.  
  2765. PRES CGLY   -1.0
  2766. DELETE ATOM O
  2767. GROUP
  2768. ATOM N    N      -0.38210
  2769. ATOM HN   H       0.26810
  2770. ATOM CA   CX     -0.24930
  2771. ATOM HA1  H1      0.10560
  2772. ATOM HA2  H1      0.10560
  2773. ATOM C    C       0.72310
  2774. ATOM OT1  O2     -0.78550
  2775. ATOM OT2  O2     -0.78550
  2776.  
  2777. BOND C OT2
  2778. BOND C OT1
  2779. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2780. ACCEPTOR OT1 C
  2781. ACCEPTOR OT2 C
  2782. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2783. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2784.  
  2785.  
  2786. PRES NHID    1.0
  2787. DELETE ATOM HN
  2788. GROUP
  2789. ATOM N    N3      0.15420
  2790. ATOM HT1  H       0.19630
  2791. ATOM HT2  H       0.19630
  2792. ATOM HT3  H       0.19630
  2793. ATOM CA   CX      0.09640
  2794. ATOM HA   HP      0.09580
  2795. ATOM ND1  NA     -0.38190
  2796. ATOM HD1  H       0.36320
  2797. ATOM CG   CC     -0.03990
  2798. ATOM CB   CT      0.02590
  2799. ATOM HB1  HC      0.02090
  2800. ATOM HB2  HC      0.02090
  2801. ATOM NE2  NB     -0.57110
  2802. ATOM CD2  CV      0.10460
  2803. ATOM HD2  H4      0.12990
  2804. ATOM CE1  CR      0.21270
  2805. ATOM HE1  H5      0.13850
  2806. ATOM C    C       0.61230
  2807. ATOM O    O      -0.57130
  2808.  
  2809. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2810.  
  2811. DONOR HT1 N
  2812. DONOR HT2 N
  2813. DONOR HT3 N
  2814.  
  2815. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2816. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2817. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2818.  
  2819.  
  2820. PRES CHID   -1.0
  2821. DELETE ATOM O
  2822. GROUP
  2823. ATOM N    N      -0.38210
  2824. ATOM HN   H       0.26810
  2825. ATOM CA   CX     -0.17390
  2826. ATOM HA   H1      0.11000
  2827. ATOM ND1  NA     -0.38920
  2828. ATOM HD1  H       0.37550
  2829. ATOM CG   CC      0.02930
  2830. ATOM CB   CT     -0.10460
  2831. ATOM HB1  HC      0.05650
  2832. ATOM HB2  HC      0.05650
  2833. ATOM NE2  NB     -0.56290
  2834. ATOM CD2  CV      0.10010
  2835. ATOM HD2  H4      0.12410
  2836. ATOM CE1  CR      0.19250
  2837. ATOM HE1  H5      0.14180
  2838. ATOM C    C       0.76150
  2839. ATOM OT1  O2     -0.80160
  2840. ATOM OT2  O2     -0.80160
  2841.  
  2842. BOND C OT2
  2843. BOND C OT1
  2844. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2845. ACCEPTOR OT1 C
  2846. ACCEPTOR OT2 C
  2847. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2848. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2849.  
  2850.  
  2851. PRES NHIE    1.0
  2852. DELETE ATOM HN
  2853. GROUP
  2854. ATOM N    N3      0.14720
  2855. ATOM HT1  H       0.20160
  2856. ATOM HT2  H       0.20160
  2857. ATOM HT3  H       0.20160
  2858. ATOM CA   CX      0.02360
  2859. ATOM HA   HP      0.13800
  2860. ATOM NE2  NA     -0.27810
  2861. ATOM HE2  H       0.33240
  2862. ATOM CD2  CW     -0.23490
  2863. ATOM HD2  H4      0.19630
  2864. ATOM ND1  NB     -0.55790
  2865. ATOM CG   CC      0.17400
  2866. ATOM CE1  CR      0.18040
  2867. ATOM HE1  H5      0.13970
  2868. ATOM CB   CT      0.04890
  2869. ATOM HB1  HC      0.02230
  2870. ATOM HB2  HC      0.02230
  2871. ATOM C    C       0.61230
  2872. ATOM O    O      -0.57130
  2873.  
  2874. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2875.  
  2876. DONOR HT1 N
  2877. DONOR HT2 N
  2878. DONOR HT3 N
  2879.  
  2880. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2881. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2882. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2883.  
  2884.  
  2885. PRES CHIE  -1.0
  2886. DELETE ATOM O
  2887. GROUP
  2888. ATOM N    N      -0.38210
  2889. ATOM HN   H       0.26810
  2890. ATOM CA   CX     -0.26990
  2891. ATOM HA   H1      0.16500
  2892. ATOM NE2  NA     -0.26700
  2893. ATOM HE2  H       0.33190
  2894. ATOM CD2  CW     -0.25880
  2895. ATOM HD2  H4      0.19570
  2896. ATOM ND1  NB     -0.55170
  2897. ATOM CG   CC      0.27240
  2898. ATOM CE1  CR      0.15580
  2899. ATOM HE1  H5      0.14480
  2900. ATOM CB   CT     -0.10680
  2901. ATOM HB1  HC      0.06200
  2902. ATOM HB2  HC      0.06200
  2903. ATOM C    C       0.79160
  2904. ATOM OT1  O2     -0.80650
  2905. ATOM OT2  O2     -0.80650
  2906.  
  2907. BOND C OT2
  2908. BOND C OT1
  2909. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2910. ACCEPTOR OT1 C
  2911. ACCEPTOR OT2 C
  2912. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2913. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2914.  
  2915.  
  2916. PRES NHIP  2.0
  2917. DELETE ATOM HN
  2918. GROUP
  2919. ATOM N    N3      0.25600
  2920. ATOM HT1  H       0.17040
  2921. ATOM HT2  H       0.17040
  2922. ATOM HT3  H       0.17040
  2923. ATOM CA   CX      0.05810
  2924. ATOM HA   HP      0.10470
  2925. ATOM ND1  NA     -0.15100
  2926. ATOM HD1  H       0.38210
  2927. ATOM NE2  NA     -0.17390
  2928. ATOM HE2  H       0.39210
  2929. ATOM CE1  CR     -0.00110
  2930. ATOM HE1  H5      0.26450
  2931. ATOM CD2  CW     -0.14330
  2932. ATOM HD2  H4      0.24950
  2933. ATOM CG   CC     -0.02360
  2934. ATOM CB   CT      0.04840
  2935. ATOM HB1  HC      0.05310
  2936. ATOM HB2  HC      0.05310
  2937. ATOM C    C       0.72140
  2938. ATOM O    O      -0.60130
  2939.  
  2940. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  2941.  
  2942. DONOR HT1 N
  2943. DONOR HT2 N
  2944. DONOR HT3 N
  2945.  
  2946. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2947. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2948. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  2949.  
  2950.  
  2951. PRES CHIP  0.0
  2952. DELETE ATOM O
  2953. GROUP
  2954. ATOM N    N      -0.34810
  2955. ATOM HN   H       0.27640
  2956. ATOM CA   CX     -0.14450
  2957. ATOM HA   H1      0.11150
  2958. ATOM ND1  NA     -0.15010
  2959. ATOM HD1  H       0.38830
  2960. ATOM NE2  NA     -0.16830
  2961. ATOM HE2  H       0.39130
  2962. ATOM CE1  CR     -0.02510
  2963. ATOM HE1  H5      0.26940
  2964. ATOM CD2  CW     -0.12560
  2965. ATOM HD2  H4      0.23360
  2966. ATOM CG   CC      0.02980
  2967. ATOM CB   CT     -0.08000
  2968. ATOM HB1  HC      0.08680
  2969. ATOM HB2  HC      0.08680
  2970. ATOM C    C       0.80320
  2971. ATOM OT1  O2     -0.81770
  2972. ATOM OT2  O2     -0.81770
  2973.  
  2974. BOND C OT2
  2975. BOND C OT1
  2976. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  2977. ACCEPTOR OT1 C
  2978. ACCEPTOR OT2 C
  2979. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2980. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  2981.  
  2982.  
  2983. PRES NILE 1.0
  2984. DELETE ATOM HN
  2985. GROUP
  2986. ATOM N    N3      0.03110
  2987. ATOM HT1  H       0.23290
  2988. ATOM HT2  H       0.23290
  2989. ATOM HT3  H       0.23290
  2990. ATOM CA   CX      0.02570
  2991. ATOM HA   HP      0.10310
  2992. ATOM CB   C3      0.18850
  2993. ATOM HB   HC      0.02130
  2994. ATOM CG2  CT     -0.37200
  2995. ATOM HG21 HC      0.09470
  2996. ATOM HG22 HC      0.09470
  2997. ATOM HG23 HC      0.09470
  2998. ATOM CG1  C2     -0.03870
  2999. ATOM HG11 HC      0.02010
  3000. ATOM HG12 HC      0.02010
  3001. ATOM CD   CT     -0.09080
  3002. ATOM HD1  HC      0.02260
  3003. ATOM HD2  HC      0.02260
  3004. ATOM HD3  HC      0.02260
  3005. ATOM C    C       0.61230
  3006. ATOM O    O      -0.57130
  3007.  
  3008. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3009.  
  3010. DONOR HT1 N
  3011. DONOR HT2 N
  3012. DONOR HT3 N
  3013.  
  3014. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3015. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3016. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3017.  
  3018.  
  3019. PRES CILE   -1.0
  3020. DELETE ATOM O
  3021. GROUP
  3022. ATOM N    N      -0.38210
  3023. ATOM HN   H       0.26810
  3024. ATOM CA   CX     -0.31000
  3025. ATOM HA   H1      0.13750
  3026. ATOM CB   C3      0.03630
  3027. ATOM HB   HC      0.07660
  3028. ATOM CG2  CT     -0.34980
  3029. ATOM HG21 HC      0.10210
  3030. ATOM HG22 HC      0.10210
  3031. ATOM HG23 HC      0.10210
  3032. ATOM CG1  C2     -0.03230
  3033. ATOM HG11 HC      0.03210
  3034. ATOM HG12 HC      0.03210
  3035. ATOM CD   CT     -0.06990
  3036. ATOM HD1  HC      0.01960
  3037. ATOM HD2  HC      0.01960
  3038. ATOM HD3  HC      0.01960
  3039. ATOM C    C       0.83430
  3040. ATOM OT1  O2     -0.81900
  3041. ATOM OT2  O2     -0.81900
  3042.  
  3043. BOND C OT2
  3044. BOND C OT1
  3045. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3046. ACCEPTOR OT1 C
  3047. ACCEPTOR OT2 C
  3048. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3049. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3050.  
  3051.  
  3052. PRES NLEU   1.0
  3053. DELETE ATOM HN
  3054. GROUP
  3055. ATOM N    N3      0.10100
  3056. ATOM HT1  H       0.21480
  3057. ATOM HT2  H       0.21480
  3058. ATOM HT3  H       0.21480
  3059. ATOM CA   CX      0.01040
  3060. ATOM HA   HP      0.10530
  3061. ATOM CB   C2     -0.02440
  3062. ATOM HB1  HC      0.02560
  3063. ATOM HB2  HC      0.02560
  3064. ATOM CG   C3      0.34210
  3065. ATOM HG   HC     -0.03800
  3066. ATOM CD1  CT     -0.41060
  3067. ATOM HD11 HC      0.09800
  3068. ATOM HD12 HC      0.09800
  3069. ATOM HD13 HC      0.09800
  3070. ATOM CD2  CT     -0.41040
  3071. ATOM HD21 HC      0.09800
  3072. ATOM HD22 HC      0.09800
  3073. ATOM HD23 HC      0.09800
  3074. ATOM C    C       0.61230
  3075. ATOM O    O      -0.57130
  3076.  
  3077. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3078.  
  3079. DONOR HT1 N
  3080. DONOR HT2 N
  3081. DONOR HT3 N
  3082.  
  3083. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3084. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3085. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3086.  
  3087.  
  3088. PRES CLEU  -1.0
  3089. DELETE ATOM O
  3090. GROUP
  3091. ATOM N    N      -0.38210
  3092. ATOM HN   H       0.26810
  3093. ATOM CA   CX     -0.28470
  3094. ATOM HA   H1      0.13460
  3095. ATOM CB   C2     -0.24690
  3096. ATOM HB1  HC      0.09740
  3097. ATOM HB2  HC      0.09740
  3098. ATOM CG   C3      0.37060
  3099. ATOM HG   HC     -0.03740
  3100. ATOM CD1  CT     -0.41630
  3101. ATOM HD11 HC      0.10380
  3102. ATOM HD12 HC      0.10380
  3103. ATOM HD13 HC      0.10380
  3104. ATOM CD2  CT     -0.41630
  3105. ATOM HD21 HC      0.10380
  3106. ATOM HD22 HC      0.10380
  3107. ATOM HD23 HC      0.10380
  3108. ATOM C    C       0.83260
  3109. ATOM OT1  O2     -0.81990
  3110. ATOM OT2  O2     -0.81990
  3111.  
  3112. BOND C OT2
  3113. BOND C OT1
  3114. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3115. ACCEPTOR OT1 C
  3116. ACCEPTOR OT2 C
  3117. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3118. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3119.  
  3120.  
  3121. PRES NLYS  2.0
  3122. DELETE ATOM HN
  3123. GROUP
  3124. ATOM N    N3      0.09660
  3125. ATOM HT1  H       0.21650
  3126. ATOM HT2  H       0.21650
  3127. ATOM HT3  H       0.21650
  3128. ATOM CA   CX     -0.00150
  3129. ATOM HA   HP      0.11800
  3130. ATOM CB   C8      0.02120
  3131. ATOM HB1  HC      0.02830
  3132. ATOM HB2  HC      0.02830
  3133. ATOM CG   C8     -0.00480
  3134. ATOM HG1  HC      0.01210
  3135. ATOM HG2  HC      0.01210
  3136. ATOM CD   C8     -0.06080
  3137. ATOM HD1  HC      0.06330
  3138. ATOM HD2  HC      0.06330
  3139. ATOM CE   C8     -0.01810
  3140. ATOM HE1  HP      0.11710
  3141. ATOM HE2  HP      0.11710
  3142. ATOM NZ   N3     -0.37640
  3143. ATOM HZ1  H       0.33820
  3144. ATOM HZ2  H       0.33820
  3145. ATOM HZ3  H       0.33820
  3146. ATOM C    C       0.72140
  3147. ATOM O    O      -0.60130
  3148.  
  3149. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3150.  
  3151. DONOR HT1 N
  3152. DONOR HT2 N
  3153. DONOR HT3 N
  3154.  
  3155. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3156. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3157. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3158.  
  3159.  
  3160. PRES CLYS   0.0
  3161. DELETE ATOM O
  3162. GROUP
  3163. ATOM N    N      -0.34810
  3164. ATOM HN   H       0.27640
  3165. ATOM CA   CX     -0.29030
  3166. ATOM HA   H1      0.14380
  3167. ATOM CB   C8     -0.05380
  3168. ATOM HB1  HC      0.04820
  3169. ATOM HB2  HC      0.04820
  3170. ATOM CG   C8      0.02270
  3171. ATOM HG1  HC      0.01340
  3172. ATOM HG2  HC      0.01340
  3173. ATOM CD   C8     -0.03920
  3174. ATOM HD1  HC      0.06110
  3175. ATOM HD2  HC      0.06110
  3176. ATOM CE   C8     -0.01760
  3177. ATOM HE1  HP      0.11210
  3178. ATOM HE2  HP      0.11210
  3179. ATOM NZ   N3     -0.37410
  3180. ATOM HZ1  H       0.33740
  3181. ATOM HZ2  H       0.33740
  3182. ATOM HZ3  H       0.33740
  3183. ATOM C    C       0.84880
  3184. ATOM OT1  O2     -0.82520
  3185. ATOM OT2  O2     -0.82520
  3186.  
  3187. BOND C OT2
  3188. BOND C OT1
  3189. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3190. ACCEPTOR OT1 C
  3191. ACCEPTOR OT2 C
  3192. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3193. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3194.  
  3195.  
  3196. PRES NMET  1.0
  3197. DELETE ATOM HN
  3198. GROUP
  3199. ATOM N    N3      0.15920
  3200. ATOM HT1  H       0.19840
  3201. ATOM HT2  H       0.19840
  3202. ATOM HT3  H       0.19840
  3203. ATOM CA   CX      0.02210
  3204. ATOM HA   HP      0.11160
  3205. ATOM CB   C2      0.08650
  3206. ATOM HB1  HC      0.01250
  3207. ATOM HB2  HC      0.01250
  3208. ATOM CG   C2      0.03340
  3209. ATOM HG1  H1      0.02920
  3210. ATOM HG2  H1      0.02920
  3211. ATOM SD   S      -0.27740
  3212. ATOM CE   CT     -0.03410
  3213. ATOM HE1  H1      0.05970
  3214. ATOM HE2  H1      0.05970
  3215. ATOM HE3  H1      0.05970
  3216. ATOM C    C       0.61230
  3217. ATOM O    O      -0.57130
  3218.  
  3219. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3220.  
  3221. DONOR HT1 N
  3222. DONOR HT2 N
  3223. DONOR HT3 N
  3224.  
  3225. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3226. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3227. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3228.  
  3229.  
  3230. PRES CMET   -1.0
  3231. DELETE ATOM O
  3232. GROUP
  3233. ATOM N    N      -0.38210
  3234. ATOM HN   H       0.26810
  3235. ATOM CA   CX     -0.25970
  3236. ATOM HA   H1      0.12770
  3237. ATOM CB   C2     -0.02360
  3238. ATOM HB1  HC      0.04800
  3239. ATOM HB2  HC      0.04800
  3240. ATOM CG   C2      0.04920
  3241. ATOM HG1  H1      0.03170
  3242. ATOM HG2  H1      0.03170
  3243. ATOM SD   S      -0.26920
  3244. ATOM CE   CT     -0.03760
  3245. ATOM HE1  H1      0.06250
  3246. ATOM HE2  H1      0.06250
  3247. ATOM HE3  H1      0.06250
  3248. ATOM C    C       0.80130
  3249. ATOM OT1  O2     -0.81050
  3250. ATOM OT2  O2     -0.81050
  3251.  
  3252. BOND C OT2
  3253. BOND C OT1
  3254. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3255. ACCEPTOR OT1 C
  3256. ACCEPTOR OT2 C
  3257. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3258. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3259.  
  3260.  
  3261. PRES NPHE   1.0
  3262. DELETE ATOM HN
  3263. GROUP
  3264. ATOM N    N3      0.17370
  3265. ATOM HT1  H       0.19210
  3266. ATOM HT2  H       0.19210
  3267. ATOM HT3  H       0.19210
  3268. ATOM CA   CX      0.07330
  3269. ATOM HA   HP      0.10410
  3270. ATOM CB   CT      0.03300
  3271. ATOM HB1  HC      0.01040
  3272. ATOM HB2  HC      0.01040
  3273. ATOM CG   CA      0.00310
  3274. ATOM CD1  CA     -0.13920
  3275. ATOM HD1  HA      0.13740
  3276. ATOM CE1  CA     -0.16020
  3277. ATOM HE1  HA      0.14330
  3278. ATOM CZ   CA     -0.12080
  3279. ATOM HZ   HA      0.13290
  3280. ATOM CE2  CA     -0.16030
  3281. ATOM HE2  HA      0.14330
  3282. ATOM CD2  CA     -0.13910
  3283. ATOM HD2  HA      0.13740
  3284. ATOM C    C       0.61230
  3285. ATOM O    O      -0.57130
  3286.  
  3287. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3288.  
  3289. DONOR HT1 N
  3290. DONOR HT2 N
  3291. DONOR HT3 N
  3292.  
  3293. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3294. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3295. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3296.  
  3297.  
  3298. PRES CPHE  -1.0
  3299. DELETE ATOM O
  3300. GROUP
  3301. ATOM N    N      -0.38210
  3302. ATOM HN   H       0.26810
  3303. ATOM CA   CX     -0.18250
  3304. ATOM HA   H1      0.10980
  3305. ATOM CB   CT     -0.09590
  3306. ATOM HB1  HC      0.04430
  3307. ATOM HB2  HC      0.04430
  3308. ATOM CG   CA      0.05520
  3309. ATOM CD1  CA     -0.13000
  3310. ATOM HD1  HA      0.14080
  3311. ATOM CE1  CA     -0.18470
  3312. ATOM HE1  HA      0.14610
  3313. ATOM CZ   CA     -0.09440
  3314. ATOM HZ   HA      0.12800
  3315. ATOM CE2  CA     -0.18470
  3316. ATOM HE2  HA      0.14610
  3317. ATOM CD2  CA     -0.13000
  3318. ATOM HD2  HA      0.14080
  3319. ATOM C    C       0.76600
  3320. ATOM OT1  O2     -0.80260
  3321. ATOM OT2  O2     -0.80260
  3322.  
  3323. BOND C OT2
  3324. BOND C OT1
  3325. !IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3326. IMPROPER CA OT1 C  OT2
  3327. ACCEPTOR OT1 C
  3328. ACCEPTOR OT2 C
  3329. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3330. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3331.  
  3332.  
  3333. PRES NPRO  1.0
  3334. GROUP
  3335. ATOM N    N3     -0.20200
  3336. ATOM HN1  H       0.31200
  3337. ATOM HN2  H       0.31200
  3338. ATOM CD   CT     -0.01200
  3339. ATOM HD1  HP      0.10000
  3340. ATOM HD2  HP      0.10000
  3341. ATOM CG   CT     -0.12100
  3342. ATOM HG1  HC      0.10000
  3343. ATOM HG2  HC      0.10000
  3344. ATOM CB   CT     -0.11500
  3345. ATOM HB1  HC      0.10000
  3346. ATOM HB2  HC      0.10000
  3347. ATOM CA   CX      0.10000
  3348. ATOM HA   HP      0.10000
  3349. ATOM C    C       0.52600
  3350. ATOM O    O      -0.50000
  3351.  
  3352. BOND HN1 N HN2 N       !  HD1 HD2
  3353. DONOR HN1 N  
  3354. DONOR HN2 N  
  3355. IC HN1  CA   *N   CD    0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3356. IC HN2  CA   *N   HN1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3357.  
  3358.  
  3359. PRES CPRO  -1.0
  3360. DELETE ATOM O
  3361. GROUP
  3362. ATOM N    N      -0.28020
  3363. ATOM CD   CT      0.04340
  3364. ATOM HD1  H1      0.03310
  3365. ATOM HD2  H1      0.03310
  3366. ATOM CG   CT      0.04660
  3367. ATOM HG1  HC      0.01720
  3368. ATOM HG2  HC      0.01720
  3369. ATOM CB   CT     -0.05430
  3370. ATOM HB1  HC      0.03810
  3371. ATOM HB2  HC      0.03810
  3372. ATOM CA   CX     -0.13360
  3373. ATOM HA   H1      0.07760
  3374. ATOM C    C       0.66310
  3375. ATOM OT1  O2     -0.76970
  3376. ATOM OT2  O2     -0.76970
  3377.  
  3378. BOND C OT2
  3379. BOND C OT1
  3380. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3381. ACCEPTOR OT1 C
  3382. ACCEPTOR OT2 C
  3383. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3384. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3385.  
  3386.  
  3387. PRES NSER   1.0
  3388. DELETE ATOM HN
  3389. GROUP
  3390. ATOM N    N3      0.18490
  3391. ATOM HT1  H       0.18980
  3392. ATOM HT2  H       0.18980
  3393. ATOM HT3  H       0.18980
  3394. ATOM CA   CX      0.05670
  3395. ATOM HA   HP      0.07820
  3396. ATOM CB   C2      0.25960
  3397. ATOM HB1  H1      0.02730
  3398. ATOM HB2  H1      0.02730
  3399. ATOM OG   OH     -0.67140
  3400. ATOM HG1  HO      0.42390
  3401. ATOM C    C       0.61630
  3402. ATOM O    O      -0.57220
  3403.  
  3404. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3405.  
  3406. DONOR HT1 N
  3407. DONOR HT2 N
  3408. DONOR HT3 N
  3409.  
  3410. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3411. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3412. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3413.  
  3414.  
  3415. PRES CSER  -1.0
  3416. DELETE ATOM O
  3417. GROUP
  3418. ATOM N    N      -0.38210
  3419. ATOM HN   H       0.26810
  3420. ATOM CA   CX     -0.27220
  3421. ATOM HA   H1      0.13040
  3422. ATOM CB   C2      0.11230
  3423. ATOM HB1  H1      0.08130
  3424. ATOM HB2  H1      0.08130
  3425. ATOM OG   OH     -0.65140
  3426. ATOM HG1  HO      0.44740
  3427. ATOM C    C       0.81130
  3428. ATOM OT1  O2     -0.81320
  3429. ATOM OT2  O2     -0.81320
  3430.  
  3431. BOND C OT2
  3432. BOND C OT1
  3433. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3434. ACCEPTOR OT1 C
  3435. ACCEPTOR OT2 C
  3436. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3437. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3438.  
  3439.  
  3440. PRES NTHR   1.0
  3441. DELETE ATOM HN
  3442. GROUP
  3443. ATOM N    N3      0.18120
  3444. ATOM HT1  H       0.19340
  3445. ATOM HT2  H       0.19340
  3446. ATOM HT3  H       0.19340
  3447. ATOM CA   CX      0.00340
  3448. ATOM HA   HP      0.10870
  3449. ATOM CB   C3      0.45140
  3450. ATOM HB   H1     -0.03230
  3451. ATOM CG2  CT     -0.25540
  3452. ATOM HG21 HC      0.06270
  3453. ATOM HG22 HC      0.06270
  3454. ATOM HG23 HC      0.06270
  3455. ATOM OG1  OH     -0.67640
  3456. ATOM HG1  HO      0.40700
  3457. ATOM C    C       0.61630
  3458. ATOM O    O      -0.57220
  3459.  
  3460. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3461.  
  3462. DONOR HT1 N
  3463. DONOR HT2 N
  3464. DONOR HT3 N
  3465.  
  3466. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3467. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3468. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3469.  
  3470.  
  3471. PRES CTHR  -1.0
  3472. DELETE ATOM O
  3473. GROUP
  3474. ATOM N    N      -0.38210
  3475. ATOM HN   H       0.26810
  3476. ATOM CA   CX     -0.24200
  3477. ATOM HA   H1      0.12070
  3478. ATOM CB   C3      0.30250
  3479. ATOM HB   H1      0.00780
  3480. ATOM CG2  CT     -0.18530
  3481. ATOM HG21 HC      0.05860
  3482. ATOM HG22 HC      0.05860
  3483. ATOM HG23 HC      0.05860
  3484. ATOM OG1  OH     -0.64960
  3485. ATOM HG1  HO      0.41190
  3486. ATOM C    C       0.78100
  3487. ATOM OT1  O2     -0.80440
  3488. ATOM OT2  O2     -0.80440
  3489.  
  3490. BOND C OT2
  3491. BOND C OT1
  3492. IMPROPER CA OT1 C  OT2
  3493. ACCEPTOR OT1 C
  3494. ACCEPTOR OT2 C
  3495. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3496. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3497.  
  3498.  
  3499. PRES NTRP  1.0
  3500. DELETE ATOM HN
  3501. GROUP
  3502. ATOM N    N3      0.19130
  3503. ATOM HT1  H       0.18880
  3504. ATOM HT2  H       0.18880
  3505. ATOM HT3  H       0.18880
  3506. ATOM CA   CX      0.04210
  3507. ATOM HA   HP      0.11620
  3508. ATOM CB   CT      0.05430
  3509. ATOM HB1  HC      0.02220
  3510. ATOM HB2  HC      0.02220
  3511. ATOM CG   CG     -0.16540
  3512. ATOM CD1  CW     -0.17880
  3513. ATOM HD1  H4      0.21950
  3514. ATOM NE1  NA     -0.34440
  3515. ATOM HE1  H       0.34120
  3516. ATOM CE2  CN      0.15750
  3517. ATOM CZ2  CA     -0.27100
  3518. ATOM HZ2  HA      0.15890
  3519. ATOM CH2  CA     -0.10800
  3520. ATOM HH2  HA      0.14110
  3521. ATOM CZ3  CA     -0.20340
  3522. ATOM HZ3  HA      0.14580
  3523. ATOM CE3  CA     -0.22650
  3524. ATOM HE3  HA      0.16460
  3525. ATOM CD2  CB      0.11320
  3526. ATOM C    C       0.61230
  3527. ATOM O    O      -0.57130
  3528.  
  3529. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3530.  
  3531. DONOR HT1 N
  3532. DONOR HT2 N
  3533. DONOR HT3 N
  3534.  
  3535. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3536. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3537. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3538.  
  3539.  
  3540. PRES CTRP  -1.0
  3541. DELETE ATOM O
  3542. GROUP
  3543. ATOM N    N      -0.38210
  3544. ATOM HN   H       0.26810
  3545. ATOM CA   CX     -0.20840
  3546. ATOM HA   H1      0.12720
  3547. ATOM CB   CT     -0.07420
  3548. ATOM HB1  HC      0.04970
  3549. ATOM HB2  HC      0.04970
  3550. ATOM CG   CG     -0.07960
  3551. ATOM CD1  CW     -0.18080
  3552. ATOM HD1  H4      0.20430
  3553. ATOM NE1  NA     -0.33160
  3554. ATOM HE1  H       0.34130
  3555. ATOM CE2  CN      0.12220
  3556. ATOM CZ2  CA     -0.25940
  3557. ATOM HZ2  HA      0.15670
  3558. ATOM CH2  CA     -0.10200
  3559. ATOM HH2  HA      0.14010
  3560. ATOM CZ3  CA     -0.22870
  3561. ATOM HZ3  HA      0.15070
  3562. ATOM CE3  CA     -0.18370
  3563. ATOM HE3  HA      0.14910
  3564. ATOM CD2  CB      0.10780
  3565. ATOM C    C       0.76580
  3566. ATOM OT1  O2     -0.80110
  3567. ATOM OT2  O2     -0.80110
  3568.  
  3569. BOND C OT2
  3570. BOND C OT1
  3571. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3572. ACCEPTOR OT1 C
  3573. ACCEPTOR OT2 C
  3574. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3575. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3576.  
  3577.  
  3578. PRES NTYR   1.0
  3579. DELETE ATOM HN
  3580. GROUP
  3581. ATOM N    N3      0.19400  
  3582. ATOM HT1  H       0.18730
  3583. ATOM HT2  H       0.18730
  3584. ATOM HT3  H       0.18730
  3585. ATOM CA   CX      0.05700
  3586. ATOM HA   HP      0.09830
  3587. ATOM CB   CT      0.06590
  3588. ATOM HB1  HC      0.01020
  3589. ATOM HB2  HC      0.01020
  3590. ATOM CG   CA     -0.02050
  3591. ATOM CD1  CA     -0.20020
  3592. ATOM HD1  HA      0.17200
  3593. ATOM CE1  CA     -0.22390
  3594. ATOM HE1  HA      0.16500
  3595. ATOM CZ   C       0.31390
  3596. ATOM OH   OH     -0.55780
  3597. ATOM HH   HO      0.40010
  3598. ATOM CE2  CA     -0.22390
  3599. ATOM HE2  HA      0.16500
  3600. ATOM CD2  CA     -0.20020
  3601. ATOM HD2  HA      0.17200
  3602. ATOM C    C       0.61230
  3603. ATOM O    O      -0.57130
  3604.  
  3605. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3606.  
  3607. DONOR HT1 N
  3608. DONOR HT2 N
  3609. DONOR HT3 N
  3610.  
  3611. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3612. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3613. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3614.  
  3615.  
  3616. PRES CTYR  -1.0
  3617. DELETE ATOM O
  3618. GROUP
  3619. ATOM N    N      -0.38210
  3620. ATOM HN   H       0.26810
  3621. ATOM CA   CX     -0.20150
  3622. ATOM HA   H1      0.10920
  3623. ATOM CB   CT     -0.07520
  3624. ATOM HB1  HC      0.04900
  3625. ATOM HB2  HC      0.04900
  3626. ATOM CG   CA      0.02430
  3627. ATOM CD1  CA     -0.19220
  3628. ATOM HD1  HA      0.17800
  3629. ATOM CE1  CA     -0.24580
  3630. ATOM HE1  HA      0.16730
  3631. ATOM CZ   C       0.33950
  3632. ATOM OH   OH     -0.56430
  3633. ATOM HH   HO      0.40170
  3634. ATOM CE2  CA     -0.24580
  3635. ATOM HE2  HA      0.16730
  3636. ATOM CD2  CA     -0.19220
  3637. ATOM HD2  HA      0.17800
  3638. ATOM C    C       0.78170
  3639. ATOM OT1  O2     -0.80700
  3640. ATOM OT2  O2     -0.80700
  3641.  
  3642. BOND C OT2
  3643. BOND C OT1
  3644. IMPROPER CA OT1 C  OT2
  3645. ACCEPTOR OT1 C
  3646. ACCEPTOR OT2 C
  3647. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3648. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3649.  
  3650.  
  3651. PRES NVAL  1.0
  3652. DELETE ATOM HN
  3653. GROUP
  3654. ATOM N    N3      0.05770
  3655. ATOM HT1  H       0.22720
  3656. ATOM HT2  H       0.22720
  3657. ATOM HT3  H       0.22720
  3658. ATOM CA   CX     -0.00540
  3659. ATOM HA   HP      0.10930
  3660. ATOM CB   C3      0.31960
  3661. ATOM HB   HC     -0.02210
  3662. ATOM CG1  CT     -0.31290
  3663. ATOM HG11 HC      0.07350
  3664. ATOM HG12 HC      0.07350
  3665. ATOM HG13 HC      0.07350
  3666. ATOM CG2  CT     -0.31290
  3667. ATOM HG21 HC      0.07350
  3668. ATOM HG22 HC      0.07350
  3669. ATOM HG23 HC      0.07350
  3670. ATOM C    C       0.61630
  3671. ATOM O    O      -0.57220
  3672.  
  3673. BOND HT1 N  HT2 N  HT3 N
  3674.  
  3675. DONOR HT1 N
  3676. DONOR HT2 N
  3677. DONOR HT3 N
  3678.  
  3679. IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3680. IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3681. IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000
  3682.  
  3683.  
  3684. PRES CVAL  -1.0
  3685. DELETE ATOM O
  3686. GROUP
  3687. ATOM N    N      -0.38210
  3688. ATOM HN   H       0.26810
  3689. ATOM CA   CX     -0.34380
  3690. ATOM HA   H1      0.14380
  3691. ATOM CB   C3      0.19400
  3692. ATOM HB   HC      0.03080
  3693. ATOM CG1  CT     -0.30640
  3694. ATOM HG11 HC      0.08360
  3695. ATOM HG12 HC      0.08360
  3696. ATOM HG13 HC      0.08360
  3697. ATOM CG2  CT     -0.30640
  3698. ATOM HG21 HC      0.08360
  3699. ATOM HG22 HC      0.08360
  3700. ATOM HG23 HC      0.08360
  3701. ATOM C    C       0.83500
  3702. ATOM OT1  O2     -0.81730
  3703. ATOM OT2  O2     -0.81730
  3704.  
  3705. BOND C OT2
  3706. BOND C OT1
  3707. IMPROPER CA OT2 C  OT1
  3708. ACCEPTOR OT1 C
  3709. ACCEPTOR OT2 C
  3710. IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3711. IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3712.  
  3713. PRES DISU         0.2288 ! patch for disulfides. Patch must be 1-CYS and 2-CYS.
  3714. GROUP                    ! use in a patch statement
  3715.                          ! originally added by adm jr. based on CYX for top_amber_cornell.inp
  3716.                          ! modified by Xibing He for parm14sb_all.rtf
  3717. !1st cys
  3718. ATOM 1CA  CX      0.042900
  3719. ATOM 1HA  H1      0.076600  
  3720. ATOM 1CB  C2     -0.079000  
  3721. ATOM 1HB1 H1      0.091000 !           2SG--2CB--
  3722. ATOM 1HB2 H1      0.091000 !          /
  3723. ATOM 1SG  S      -0.108100 ! -1CB--1SG
  3724. !2nd cys  
  3725. ATOM 2CA  CX      0.042900  
  3726. ATOM 2HA  H1      0.076600  
  3727. ATOM 2CB  C2     -0.079000  
  3728. ATOM 2HB1 H1      0.091000
  3729. ATOM 2HB2 H1      0.091000
  3730. ATOM 2SG  S      -0.108100
  3731. DELETE ATOM 1HG1
  3732. DELETE ATOM 2HG1
  3733. BOND 1SG 2SG
  3734. ANGLE 1CB 1SG 2SG 1SG 2SG 2CB
  3735. DIHE 1HB1 1CB 1SG 2SG 1HB2 1CB 1SG 2SG
  3736. DIHE 2HB1 2CB 2SG 1SG 2HB2 2CB 2SG 1SG
  3737. DIHE 1CA 1CB 1SG 2SG 1SG 2SG 2CB 2CA
  3738. DIHE 1CB 1SG 2SG 2CB
  3739. IC 1CA  1CB  1SG  2SG   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3740. IC 1CB  1SG  2SG  2CB   0.0000  0.0000   90.0000  0.0000  0.0000
  3741. IC 1SG  2SG  2CB  2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000
  3742.  
  3743. !
  3744. !  5'-terminal adenine, replace phosphate by hydroxyl
  3745. !
  3746. PRES ADE5       -0.1928
  3747. ATOM  H5T   HO   0.4295   ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  3748. ATOM  O5'   OH  -0.6223
  3749.  
  3750. DELETE ATOM P
  3751. DELETE ATOM O1P
  3752. DELETE ATOM O2P
  3753.  
  3754. BOND H5T    O5'
  3755. IC H5T    O5'   C5'  C4'   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  3756.  
  3757.  
  3758. !
  3759. !  5'-terminal uracil, replace phosphate by hydroxyl
  3760. !
  3761. PRES URA5       -0.1928
  3762. ATOM  H5T   HO   0.4295   ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  3763. ATOM  O5'   OH  -0.6223
  3764.  
  3765. DELETE ATOM P
  3766. DELETE ATOM O1P
  3767. DELETE ATOM O2P
  3768.  
  3769. BOND H5T    O5'
  3770. DONO H5T    O5'
  3771. IC H5T    O5'   C5'  C4'   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  3772.  
  3773.  
  3774. !
  3775. !  5'-terminal thymine, replace phosphate by hydroxyl
  3776. !
  3777. PRES THY5       -0.1896
  3778. ATOM  H5T   HO   0.4422   ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  3779. ATOM  O5'   OH  -0.6318
  3780.  
  3781. DELETE ATOM P
  3782. DELETE ATOM O1P
  3783. DELETE ATOM O2P
  3784.  
  3785. BOND H5T    O5'
  3786. DONO H5T    O5'
  3787. IC H5T    O5'   C5'  C4'   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  3788.  
  3789.  
  3790. !
  3791. !  5'-terminal cytosine, replace phosphate by hydroxyl
  3792. !
  3793. PRES CYT5       -0.1928
  3794. ATOM  H5T   HO   0.4295   ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  3795. ATOM  O5'   OH  -0.6223
  3796.  
  3797. DELETE ATOM P
  3798. DELETE ATOM O1P
  3799. DELETE ATOM O2P
  3800.  
  3801. BOND H5T    O5'
  3802. DONO H5T    O5'
  3803. IC H5T    O5'   C5'  C4'   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  3804.  
  3805. !
  3806. !  5'-terminal guanine, replace phosphate by hydroxyl
  3807. !
  3808. PRES GUA5       -0.1928
  3809. ATOM  H5T   HO   0.4295   ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  3810. ATOM  O5'   OH  -0.6223
  3811.  
  3812. DELETE ATOM P
  3813. DELETE ATOM O1P
  3814. DELETE ATOM O2P
  3815.  
  3816. BOND H5T    O5'
  3817. DONO H5T    O5'
  3818. IC H5T    O5'   C5'  C4'   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
  3819.  
  3820.  
  3821. !
  3822. !  3'-terminal adenine, add terminal hydrogen
  3823. !
  3824. PRES ADE3       -0.2165
  3825. ATOM  O3'   OH  -0.6541
  3826. ATOM  H3T   HO   0.4376   ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  3827.  
  3828. BOND O3'  H3T
  3829. DONO H3T  O3'
  3830. IC H3T  O3'   C3'  C4'   0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  3831.  
  3832.  
  3833. !
  3834. !  3'-terminal uracil, add terminal hydrogen
  3835. !
  3836. PRES URA3       -0.2165
  3837. ATOM  O3'   OH  -0.6541
  3838. ATOM  H3T   HO   0.4376   ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  3839.  
  3840. BOND O3'  H3T
  3841. DONO H3T  O3'
  3842. IC H3T  O3'   C3'  C4'   0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  3843.  
  3844.  
  3845. !
  3846. !  3'-terminal thymine, add terminal hydrogen
  3847. !
  3848. PRES THY3       -0.2153
  3849. ATOM  O3'   OH  -0.6549
  3850. ATOM  H3T   HO   0.4396   ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  3851.  
  3852. BOND O3'  H3T
  3853. DONO H3T  O3'
  3854. IC H3T  O3'   C3'  C4'   0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  3855.  
  3856.  
  3857. !
  3858. !  3'-terminal cytosine, add terminal hydrogen
  3859. !
  3860. PRES CYT3       -0.2165
  3861. ATOM  O3'   OH  -0.6541
  3862. ATOM  H3T   HO   0.4376   ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  3863.  
  3864. BOND O3'  H3T
  3865. DONO H3T  O3'
  3866. IC H3T  O3'   C3'  C4'   0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  3867.  
  3868.  
  3869. !
  3870. !  3'-terminal guanine, add terminal hydrogen
  3871. !
  3872. PRES GUA3       -0.2165
  3873. ATOM  O3'   OH  -0.6541
  3874. ATOM  H3T   HO   0.4376   ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  3875.  
  3876. BOND O3'  H3T
  3877. DONO H3T  O3'
  3878. IC H3T  O3'   C3'  C4'   0.9600  114.97  148.63  111.92   1.5284
  3879.  
  3880.  
  3881. !
  3882. !  DEOXYRIBOSE PATCHES, NOTE: these are made extra tricky by the fact
  3883. !  that all the charges change upon conversion from RNA to DNA and
  3884. !  some atom types change as well.  This requires special patches for
  3885. !  5'-terminal, standard and 3'-terminal residues.
  3886. !
  3887.  
  3888. !
  3889. !  deoxyribose patch for adenine 5'-terminal
  3890. !
  3891. PRES DOA5   -0.3079         ! note: resname DA5 in ff14SB & ff99SB
  3892. DELETE ATOM O2'
  3893. GROUP
  3894. ATOM  H5T   HO    0.4422    ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  3895. ATOM  O5'   OH   -0.6318
  3896. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  3897. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! note: name is H5'1 in ff99SB
  3898. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! note: name is H5'2 in ff99SB
  3899. ATOM  C4'   CT    0.1629
  3900. ATOM  H4'   H1    0.1176
  3901. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  3902. ATOM  C1'   CT    0.0431
  3903. ATOM  H1'   H2    0.1838
  3904. ATOM  N9    NG   -0.0268    ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  3905. ATOM  C8    CK    0.1607
  3906. ATOM  H8    H5    0.1877
  3907. ATOM  N7    NB   -0.6175
  3908. ATOM  C5    CB    0.0725
  3909. ATOM  C6    CA    0.6897
  3910. ATOM  N6    N2   -0.9123
  3911. ATOM  H61   H     0.4167
  3912. ATOM  H62   H     0.4167
  3913. ATOM  N1    NC   -0.7624
  3914. ATOM  C2    CQ    0.5716
  3915. ATOM  H2    H5    0.0598
  3916. ATOM  N3    NC   -0.7417
  3917. ATOM  C4    CB    0.3800
  3918. ATOM  C3'   CT    0.0713
  3919. ATOM  H3'   H1    0.0985
  3920. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  3921. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! note: name is H2'1 in ff99SB
  3922. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! note: name is H2'2 in ff99SB
  3923. ATOM  O3'   OS   -0.5232
  3924.  
  3925. BOND C2'  H2'
  3926. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  3927. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N9    H2'  C2'  C1'  H1'
  3928. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  3929. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  3930.  
  3931. !
  3932. !  deoxyribose patch for adenine
  3933. !
  3934. PRES DOA    -1.0             ! note: resname DA in ff14SB & ff99SB
  3935. DELETE ATOM O2'
  3936. GROUP
  3937. ATOM  P     P     1.1659
  3938. ATOM  O1P   O2   -0.7761     ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  3939. ATOM  O2P   O2   -0.7761     ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  3940. ATOM  O5'   OS   -0.4954
  3941. ATOM  C5'   CI   -0.0069     ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  3942. ATOM  H5'   H1    0.0754     ! note: name is H5'1 in ff99SB
  3943. ATOM  H5''  H1    0.0754     ! note: name is H5'2 in ff99SB
  3944. ATOM  C4'   CT    0.1629
  3945. ATOM  H4'   H1    0.1176
  3946. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  3947. ATOM  C1'   CT    0.0431
  3948. ATOM  H1'   H2    0.1838
  3949. ATOM  N9    NG   -0.0268     ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  3950. ATOM  C8    CK    0.1607
  3951. ATOM  H8    H5    0.1877
  3952. ATOM  N7    NB   -0.6175
  3953. ATOM  C5    CB    0.0725
  3954. ATOM  C6    CA    0.6897
  3955. ATOM  N6    N2   -0.9123
  3956. ATOM  H61   H     0.4167
  3957. ATOM  H62   H     0.4167
  3958. ATOM  N1    NC   -0.7624
  3959. ATOM  C2    CQ    0.5716
  3960. ATOM  H2    H5    0.0598
  3961. ATOM  N3    NC   -0.7417
  3962. ATOM  C4    CB    0.3800
  3963. ATOM  C3'   CT    0.0713
  3964. ATOM  H3'   H1    0.0985
  3965. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  3966. ATOM  H2'   HC    0.0718     ! note: name is H2'1 in ff99SB
  3967. ATOM  H2''  HC    0.0718     ! note: name is H2'2 in ff99SB
  3968. ATOM  O3'   OS   -0.5232
  3969.  
  3970. BOND C2'  H2'
  3971. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  3972. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N9    H2'  C2'  C1'  H1'
  3973. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  3974. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  3975.  
  3976. !
  3977. !  deoxyribose patch for 3'-terminal adenine
  3978. !
  3979. PRES DOA3   -0.6921           ! note: resname is DA3 in ff14SB & ff99SB
  3980. DELETE ATOM O2'
  3981. GROUP
  3982. ATOM  P     P      1.1659
  3983. ATOM  O1P   O2    -0.7761     ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  3984. ATOM  O2P   O2    -0.7761     ! note: name is OP2 in ff14SB, O1P in ff99SB
  3985. ATOM  O5'   OS    -0.4954
  3986. ATOM  C5'   CI    -0.0069     ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  3987. ATOM  H5'   H1     0.0754     ! note: name is H5'1 in ff99SB
  3988. ATOM  H5''  H1     0.0754     ! note: name is H5'2 in ff99SB
  3989. ATOM  C4'   CT     0.1629
  3990. ATOM  H4'   H1     0.1176
  3991. ATOM  O4'   OS    -0.3691
  3992. ATOM  C1'   CT     0.0431
  3993. ATOM  H1'   H2     0.1838
  3994. ATOM  N9    NG    -0.0268     ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  3995. ATOM  C8    CK     0.1607
  3996. ATOM  H8    H5     0.1877
  3997. ATOM  N7    NB    -0.6175
  3998. ATOM  C5    CB     0.0725
  3999. ATOM  C6    CA     0.6897
  4000. ATOM  N6    N2    -0.9123
  4001. ATOM  H61   H      0.4167
  4002. ATOM  H62   H      0.4167
  4003. ATOM  N1    NC    -0.7624
  4004. ATOM  C2    CQ     0.5716
  4005. ATOM  H2    H5     0.0598
  4006. ATOM  N3    NC    -0.7417
  4007. ATOM  C4    CB     0.3800
  4008. ATOM  C3'   CT     0.0713
  4009. ATOM  H3'   H1     0.0985
  4010. ATOM  C2'   CT    -0.0854
  4011. ATOM  H2'   HC     0.0718     ! note: name is H2'1 in ff99SB
  4012. ATOM  H2''  HC     0.0718     ! note: name is H2'2 in ff99SB
  4013. ATOM  O3'   OH    -0.6549
  4014. ATOM  H3T   HO     0.4396     ! name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  4015.  
  4016. BOND C2'  H2'
  4017. THET C1'  C2'  H2'  C3'   C2'  H2'  H2'  C2'  H2''
  4018. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N9    H2'  C2'  C1'  H1'
  4019. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4020. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4021.  
  4022.  
  4023. !
  4024. !  deoxyribose patch for 5'-terminal cytosine
  4025. !
  4026. PRES DOC5   -0.3079         ! note: resname is DC5 in ff14SB & ff99SB
  4027. DELETE ATOM O2'
  4028. GROUP
  4029. ATOM  H5T   HO  0.4422      ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  4030. ATOM  O5'   OH -0.6318
  4031. ATOM  C5'   CI -0.0069      ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  4032. ATOM  H5'   H1  0.0754      ! note: name is H5'1 in ff99SB
  4033. ATOM  H5''  H1  0.0754      ! note: name is H5'2 in ff99SB
  4034. ATOM  C4'   CT  0.1629
  4035. ATOM  H4'   H1  0.1176
  4036. ATOM  O4'   OS -0.3691
  4037. ATOM  C1'   CT -0.0116
  4038. ATOM  H1'   H2  0.1963
  4039. ATOM  N1    NG -0.0339      ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  4040. ATOM  C6    CM -0.0183
  4041. ATOM  H6    H4  0.2293
  4042. ATOM  C5    CM -0.5222
  4043. ATOM  H5    HA  0.1863
  4044. ATOM  C4    CA  0.8439
  4045. ATOM  N4    N2 -0.9773
  4046. ATOM  H41   H   0.4314
  4047. ATOM  H42   H   0.4314
  4048. ATOM  N3    NC -0.7748
  4049. ATOM  C2    C   0.7959
  4050. ATOM  O2    O  -0.6548
  4051. ATOM  C3'   CT  0.0713
  4052. ATOM  H3'   H1  0.0985
  4053. ATOM  C2'   CT -0.0854
  4054. ATOM  H2'   HC  0.0718      ! this is H2'1 in ff99SB
  4055. ATOM  H2''  HC  0.0718      ! this is H2'2 in ff99SB -- ? need to check
  4056. ATOM  O3'   OS -0.5232
  4057.  
  4058. BOND C2'  H2'
  4059. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  4060. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N1    H2'  C2'  C1'  H1'
  4061. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4062. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4063.  
  4064.  
  4065. !
  4066. !  deoxyribose patch for cytosine
  4067. !
  4068. PRES DOC    -1.00           ! note: resname is DC in ff14SB & ff99SB
  4069. DELETE ATOM O2'
  4070. GROUP
  4071. ATOM  P     P     1.1659
  4072. ATOM  O1P   O2   -0.7761    ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  4073. ATOM  O2P   O2   -0.7761    ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  4074. ATOM  O5'   OS   -0.4954
  4075. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  4076. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! note: name is H5'1 in ff99SB
  4077. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! note: name is H5'2 in ff99SB
  4078. ATOM  C4'   CT    0.1629
  4079. ATOM  H4'   H1    0.1176
  4080. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  4081. ATOM  C1'   CT   -0.0116
  4082. ATOM  H1'   H2    0.1963
  4083. ATOM  N1    NG   -0.0339    ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  4084. ATOM  C6    CM   -0.0183
  4085. ATOM  H6    H4    0.2293
  4086. ATOM  C5    CM   -0.5222
  4087. ATOM  H5    HA    0.1863
  4088. ATOM  C4    CA    0.8439
  4089. ATOM  N4    N2   -0.9773
  4090. ATOM  H41   H     0.4314
  4091. ATOM  H42   H     0.4314
  4092. ATOM  N3    NC   -0.7748
  4093. ATOM  C2    C     0.7959
  4094. ATOM  O2    O    -0.6548
  4095. ATOM  C3'   CT    0.0713
  4096. ATOM  H3'   H1    0.0985
  4097. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  4098. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! note: name is H2'1 in ff99SB
  4099. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! note: name is H2'2 in ff99SB
  4100. ATOM  O3'   OS   -0.5232
  4101.  
  4102. BOND C2'  H2'
  4103. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  4104. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N1    H2'  C2'  C1'  H1'
  4105. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4106. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4107.  
  4108.  
  4109. !
  4110. !  deoxyribose patch for 3'-terminal cytosine
  4111. !
  4112. PRES DOC3   -0.6921         ! note: resname is DC3 in ff14SB & ff99SB
  4113. DELETE ATOM O2'
  4114. GROUP
  4115. ATOM  P     P     1.1659
  4116. ATOM  O1P   O2   -0.7761    ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  4117. ATOM  O2P   O2   -0.7761    ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  4118. ATOM  O5'   OS   -0.4954
  4119. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  4120. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! note: name is H5'1 in ff99SB
  4121. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! note: name is H5'2 in ff99SB
  4122. ATOM  C4'   CT    0.1629
  4123. ATOM  H4'   H1    0.1176
  4124. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  4125. ATOM  C1'   CT   -0.0116
  4126. ATOM  H1'   H2    0.1963
  4127. ATOM  N1    NG   -0.0339    ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  4128. ATOM  C6    CM   -0.0183
  4129. ATOM  H6    H4    0.2293
  4130. ATOM  C5    CM   -0.5222
  4131. ATOM  H5    HA    0.1863
  4132. ATOM  C4    CA    0.8439
  4133. ATOM  N4    N2   -0.9773
  4134. ATOM  H41   H     0.4314
  4135. ATOM  H42   H     0.4314
  4136. ATOM  N3    NC   -0.7748
  4137. ATOM  C2    C     0.7959
  4138. ATOM  O2    O    -0.6548
  4139. ATOM  C3'   CT    0.0713
  4140. ATOM  H3'   H1    0.0985
  4141. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  4142. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! note: name is H2'1 in ff99SB
  4143. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! note: name is H2'2 in ff99SB
  4144. ATOM  O3'   OH   -0.6549
  4145. ATOM  H3T   HO    0.4396    ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  4146.  
  4147. BOND C2'  H2'
  4148. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  4149. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N1    H2'  C2'  C1'  H1'
  4150. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4151. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4152.  
  4153.  
  4154. !
  4155. !  deoxyribose patch for 5'-terminal guanine
  4156. !
  4157. PRES DOG5   -0.3079         ! note: resname is DG5 in ff14SB & ff99SB
  4158. DELETE ATOM O2'
  4159. GROUP
  4160. ATOM  H5T   HO    0.4422    ! note: name is HO5' in ff14SB, H5T in ff99SB
  4161. ATOM  O5'   OH   -0.6318
  4162. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  4163. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! note: name is H5'1 in ff99SB
  4164. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! note: name is H5'2 in ff99SB
  4165. ATOM  C4'   CT    0.1629
  4166. ATOM  H4'   H1    0.1176
  4167. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  4168. ATOM  C1'   CT    0.0358
  4169. ATOM  H1'   H2    0.1746
  4170. ATOM  N9    NG    0.0577    ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  4171. ATOM  C8    CK    0.0736
  4172. ATOM  H8    H5    0.1997
  4173. ATOM  N7    NB   -0.5725
  4174. ATOM  C5    CB    0.1991
  4175. ATOM  C6    C     0.4918
  4176. ATOM  O6    O    -0.5699
  4177. ATOM  N1    NA   -0.5053
  4178. ATOM  H1    H     0.3520
  4179. ATOM  C2    CA    0.7432
  4180. ATOM  N2    N2   -0.9230
  4181. ATOM  H21   H     0.4235
  4182. ATOM  H22   H     0.4235
  4183. ATOM  N3    NC   -0.6636
  4184. ATOM  C4    CB    0.1814
  4185. ATOM  C3'   CT    0.0713
  4186. ATOM  H3'   H1    0.0985
  4187. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  4188. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! note: name is H2'1 in ff99SB
  4189. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! note: name is H2'2 in ff99SB
  4190. ATOM  O3'   OS   -0.5232
  4191.  
  4192. BOND C2'  H2'
  4193. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  4194. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N9    H2'  C2'  C1'  H1'
  4195. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4196. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4197.  
  4198. !
  4199. !  deoxyribose patch for guanine
  4200. !
  4201. PRES DOG         -1.00      ! note: resname is DG in ff14SB & ff99SB
  4202. DELETE ATOM O2'
  4203. GROUP
  4204. ATOM  P     P     1.1659
  4205. ATOM  O1P   O2   -0.7761    ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  4206. ATOM  O2P   O2   -0.7761    ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  4207. ATOM  O5'   OS   -0.4954
  4208. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  4209. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! note: name is H5'1 in ff99SB
  4210. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! note: name is H5'2 in ff99SB
  4211. ATOM  C4'   CT    0.1629
  4212. ATOM  H4'   H1    0.1176
  4213. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  4214. ATOM  C1'   CT    0.0358
  4215. ATOM  H1'   H2    0.1746
  4216. ATOM  N9    NG    0.0577    ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  4217. ATOM  C8    CK    0.0736
  4218. ATOM  H8    H5    0.1997
  4219. ATOM  N7    NB   -0.5725
  4220. ATOM  C5    CB    0.1991
  4221. ATOM  C6    C     0.4918
  4222. ATOM  O6    O    -0.5699
  4223. ATOM  N1    NA   -0.5053
  4224. ATOM  H1    H     0.3520
  4225. ATOM  C2    CA    0.7432
  4226. ATOM  N2    N2   -0.9230
  4227. ATOM  H21   H     0.4235
  4228. ATOM  H22   H     0.4235
  4229. ATOM  N3    NC   -0.6636
  4230. ATOM  C4    CB    0.1814
  4231. ATOM  C3'   CT    0.0713
  4232. ATOM  H3'   H1    0.0985
  4233. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  4234. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! note: name is H2'1 in ff99SB
  4235. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! note: name is H2'2 in ff99SB
  4236. ATOM  O3'   OS   -0.5232
  4237.  
  4238. BOND C2'  H2'
  4239. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  4240. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N9    H2'  C2'  C1'  H1'
  4241. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4242. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4243.  
  4244.  
  4245. !
  4246. !  deoxyribose patch for 3'-terminal guanine
  4247. !
  4248. PRES DOG3   -0.6921         ! note: resname is DG3 in ff14SB & ff99SB
  4249. DELETE ATOM O2'
  4250. GROUP
  4251. ATOM  P     P     1.1659
  4252. ATOM  O1P   O2   -0.7761    ! note: name is OP1 in ff14SB, O1P in ff99SB
  4253. ATOM  O2P   O2   -0.7761    ! note: name is OP2 in ff14SB, O2P in ff99SB
  4254. ATOM  O5'   OS   -0.4954
  4255. ATOM  C5'   CI   -0.0069    ! note: type changed from CT (ff99SB) to CI (ff14SB)
  4256. ATOM  H5'   H1    0.0754    ! note: name is H5'1 in ff99SB
  4257. ATOM  H5''  H1    0.0754    ! note: name is H5'2 in ff99SB
  4258. ATOM  C4'   CT    0.1629
  4259. ATOM  H4'   H1    0.1176
  4260. ATOM  O4'   OS   -0.3691
  4261. ATOM  C1'   CT    0.0358
  4262. ATOM  H1'   H2    0.1746
  4263. ATOM  N9    NG    0.0577    ! note: type is N* in ff14SB & ff99SB
  4264. ATOM  C8    CK    0.0736
  4265. ATOM  H8    H5    0.1997
  4266. ATOM  N7    NB   -0.5725
  4267. ATOM  C5    CB    0.1991
  4268. ATOM  C6    C     0.4918
  4269. ATOM  O6    O    -0.5699
  4270. ATOM  N1    NA   -0.5053
  4271. ATOM  H1    H     0.3520
  4272. ATOM  C2    CA    0.7432
  4273. ATOM  N2    N2   -0.9230
  4274. ATOM  H21   H     0.4235
  4275. ATOM  H22   H     0.4235
  4276. ATOM  N3    NC   -0.6636
  4277. ATOM  C4    CB    0.1814
  4278. ATOM  C3'   CT    0.0713
  4279. ATOM  H3'   H1    0.0985
  4280. ATOM  C2'   CT   -0.0854
  4281. ATOM  H2'   HC    0.0718    ! note: name is H2'1 in ff99SB
  4282. ATOM  H2''  HC    0.0718    ! note: name is H2'2 in ff99SB
  4283. ATOM  O3'   OH   -0.6549
  4284. ATOM  H3T   HO    0.4396    ! note: name is HO3' in ff14SB, H3T in ff99SB
  4285.  
  4286. BOND C2'  H2'
  4287. THET C1'  C2'  H2'   C3'  C2'  H2'   H2'  C2'  H2''
  4288. DIHE H2'  C2'  C1'  O4'   H2'  C2'  C1'  N9    H2'  C2'  C1'  H1'
  4289. DIHE H2'  C2'  C3'  C4'   H2'  C2'  C3'  O3'   H2'  C2'  C3'  H3'
  4290. IC C1'  C3'  *C2' H2' 0.0 0.0 -115.0 0.0 0.0
  4291.  
  4292. END

Raw Paste


Login or Register to edit or fork this paste. It's free.