public Set<PhyloTree> findByTopology3(TaxonVariant a, TaxonVariant b, TaxonVariant c) {

                Set<PhyloTree> returnVal = new HashSet<PhyloTree>();

                               

                Set<TaxonVariant> aTV = getTaxonLabelHome().expandTaxonVariant(a);

                Set<TaxonVariant> bTV = getTaxonLabelHome().expandTaxonVariant(b);

                Set<TaxonVariant> cTV = getTaxonLabelHome().expandTaxonVariant(c);

               

                if (aTV.isEmpty() || bTV.isEmpty() || cTV.isEmpty()) {

                        // XXX This avoids a query syntax error later on but maybe isn't

                        // the best behavior.

                        return new HashSet<PhyloTree> ();

                }

               

                String query = "select distinct a.tree.rootNode "

                        +

                        // Find the trees with three nodes a, b, and c, such that...

                        "from PhyloTreeNode as a, PhyloTreeNode as b, PhyloTreeNode as c, "

                        +

                        // There's a node "ab" (which will be an ancestor of both a and b)

                        "PhyloTreeNode as ab "

                        +

                        // All four nodes are in the same tree

                        "where a.tree = b.tree " + "and a.tree = c.tree " + "and a.tree = ab.tree "

                        +

                        "and a.taxonLabel.taxonVariant in (:a) " +

                        "and b.taxonLabel.taxonVariant in (:b) " +

                        "and c.taxonLabel.taxonVariant in (:c) " +

                                                // ab is an ancestor of a

                        "and ab.leftNode < a.leftNode and ab.rightNode > a.rightNode " +

                        // ab is an ancestor of b

                        "and ab.leftNode < b.leftNode and ab.rightNode > b.rightNode " +

                        // ab is NOT an ancestor of c

                        "and (ab.leftNode >= c.leftNode or ab.rightNode <= c.rightNode) ";

               

                Query q = getSession().createQuery(query);

 

                q.setParameterList("a", aTV);

                q.setParameterList("b", bTV);

                q.setParameterList("c", cTV);

                List<PhyloTreeNode> rootNodes = q.list();

 

                if (rootNodes.isEmpty()) {

                        return returnVal;

                }

 

                Query t = getSession().createQuery("from PhyloTree where rootNode in (:roots)");

                t.setParameterList("roots", rootNodes);

 

                returnVal.addAll(t.list());

                return returnVal;

        }