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PhyloTreeDAO
Guest on 22nd April 2022 01:10:13 AM

1.         public Set<PhyloTree> findByTopology3(TaxonVariant a, TaxonVariant b, TaxonVariant c) {
2.                 Set<PhyloTree> returnVal = new HashSet<PhyloTree>();
3.
4.                 Set<TaxonVariant> aTV = getTaxonLabelHome().expandTaxonVariant(a);
5.                 Set<TaxonVariant> bTV = getTaxonLabelHome().expandTaxonVariant(b);
6.                 Set<TaxonVariant> cTV = getTaxonLabelHome().expandTaxonVariant(c);
7.
8.                 if (aTV.isEmpty() || bTV.isEmpty() || cTV.isEmpty()) {
9.                         // XXX This avoids a query syntax error later on but maybe isn't
10.                         // the best behavior.
11.                         return new HashSet<PhyloTree> ();
12.                 }
13.
14.                 String query = "select distinct a.tree.rootNode "
15.                         +
16.                         // Find the trees with three nodes a, b, and c, such that...
17.                         "from PhyloTreeNode as a, PhyloTreeNode as b, PhyloTreeNode as c, "
18.                         +
19.                         // There's a node "ab" (which will be an ancestor of both a and b)
20.                         "PhyloTreeNode as ab "
21.                         +
22.                         // All four nodes are in the same tree
23.                         "where a.tree = b.tree " + "and a.tree = c.tree " + "and a.tree = ab.tree "
24.                         +
25.                         "and a.taxonLabel.taxonVariant in (:a) " +
26.                         "and b.taxonLabel.taxonVariant in (:b) " +
27.                         "and c.taxonLabel.taxonVariant in (:c) " +
28.                                                 // ab is an ancestor of a
29.                         "and ab.leftNode < a.leftNode and ab.rightNode > a.rightNode " +
30.                         // ab is an ancestor of b
31.                         "and ab.leftNode < b.leftNode and ab.rightNode > b.rightNode " +
32.                         // ab is NOT an ancestor of c
33.                         "and (ab.leftNode >= c.leftNode or ab.rightNode <= c.rightNode) ";
34.
35.                 Query q = getSession().createQuery(query);
36.
37.                 q.setParameterList("a", aTV);
38.                 q.setParameterList("b", bTV);
39.                 q.setParameterList("c", cTV);
40.                 List<PhyloTreeNode> rootNodes = q.list();
41.
42.                 if (rootNodes.isEmpty()) {
43.                         return returnVal;
44.                 }
45.
46.                 Query t = getSession().createQuery("from PhyloTree where rootNode in (:roots)");
47.                 t.setParameterList("roots", rootNodes);
48.