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Readseq version
Guest on 12th February 2023 01:31:17 PM


  1. Readseq version 2.1.3
  2.  
  3.   Read & reformat biosequences, Java command-line version
  4.   Usage: java -cp readseq.jar run [options] input-file(s)
  5.   For more details: java -cp readseq.jar help more
  6.  
  7.   Options
  8.     -a[ll]              select All sequences
  9.     -c[aselower]        change to lower case
  10.     -C[ASEUPPER]        change to UPPER CASE
  11.     -ch[ecksum]         calculate & print checksum of sequences
  12.     -degap[=-]          remove gap symbols
  13.     -f[ormat=]#         Format number for output,  or
  14.     -f[ormat=]Name      Format name for output
  15.           see Formats   list below for names and numbers
  16.     -inform[at]=#       input format number,  or
  17.     -inform[at]=Name    input format name.  Assume input data is this format
  18.     -i[tem=2,3,4]       select Item number(s) from several
  19.     -l[ist]             List sequences only
  20.     -o[utput=]out.seq   redirect Output
  21.     -p[ipe]             Pipe (command line, < stdin, > stdout)
  22.     -r[everse]          reverse-complement of input sequence
  23.     -t[ranslate=]io     translate input symbol [i] to output symbol [o]
  24.                         use several -tio to translate several symbols
  25.     -v[erbose]          Verbose progress
  26.                 -compare=1          Compare to sequence files, reporting differences
  27.                
  28.    Documentation and Feature Table extraction:
  29.     -feat[ures]=exon,CDS...   extract sequence of selected features
  30.     -nofeat[ures]=repeat_region,intron... remove sequence of selected features
  31.     -field=AC,ID...      include selected document fields in output
  32.     -nofield=COMMENT,... remove selected document fields from output
  33.    
  34.     -extract=1000..9999  * extract all features, sequence from given base range
  35.     -subrange=-1000..10  * extract subrange of sequence for feature locations
  36.     -subrange=1..end      
  37.     -subrange=end-10..end+99  
  38.     -pair=1              * combine features (fff,gff) and sequence files to one output
  39.     -unpair=1            * split features,sequence from one input to two files
  40.                              
  41.    Pretty format options:
  42.     -wid[th]=#            sequence line width
  43.     -tab=#                left indent
  44.     -col[space]=#         column space within sequence line on output
  45.     -gap[count]           count gap chars in sequence numbers
  46.     -nameleft, -nameright[=#]   name on left/right side [=max width]
  47.     -nametop              name at top/bottom
  48.     -numleft, -numright   seq index on left/right side
  49.     -numtop, -numbot      index on top/bottom
  50.     -match[=.]            use match base for 2..n species
  51.     -inter[line=#]        blank line(s) between sequence blocks
  52.  
  53. This program requires a Java runtime (java or jre) program, version 1.1.x, 1.2 or later
  54. The leading '-' on option is optional if '=' is present.  All non-options
  55. (no leading '-' or embedded '=') are used as input file names.
  56. These options and call format are compatible with the classic readseq (v.1992)
  57. * New experimental feature handling options, may not yet work as desired.
  58. To test readeq, use: java -cp readseq.jar test
  59.  
  60.   Known biosequence formats:
  61.  ID  Name             Read  Write  Int'leaf  Features  Sequence  Suffix  Content-type
  62.   1  IG|Stanford      yes    yes        --        --       yes   .ig     biosequence/ig
  63.   2  GenBank|gb       yes    yes        --       yes       yes   .gb     biosequence/genbank
  64.   3  NBRF             yes    yes        --        --       yes   .nbrf   biosequence/nbrf
  65.   4  EMBL|em          yes    yes        --       yes       yes   .embl   biosequence/embl
  66.   5  GCG              yes    yes        --        --       yes   .gcg    biosequence/gcg
  67.   6  DNAStrider       yes    yes        --        --       yes   .strider  biosequence/strider
  68.   7  Fitch             --     --        --        --       yes   .fitch  biosequence/fitch
  69.   8  Pearson|Fasta|fa   yes    yes        --        --       yes   .fasta  biosequence/fasta
  70.   9  Zuker             --     --        --        --       yes   .zuker  biosequence/zuker
  71.  10  Olsen             --     --       yes        --       yes   .olsen  biosequence/olsen
  72.  11  Phylip3.2        yes    yes       yes        --       yes   .phylip2  biosequence/phylip2
  73.  12  Phylip|Phylip4   yes    yes       yes        --       yes   .phylip  biosequence/phylip
  74.  13  Plain|Raw        yes    yes        --        --       yes   .seq    biosequence/plain
  75.  14  PIR|CODATA       yes    yes        --        --       yes   .pir    biosequence/codata
  76.  15  MSF              yes    yes       yes        --       yes   .msf    biosequence/msf
  77.  16  ASN.1             --     --        --        --       yes   .asn    biosequence/asn1
  78.  17  PAUP|NEXUS       yes    yes       yes        --       yes   .nexus  biosequence/nexus
  79.  18  Pretty            --    yes       yes        --       yes   .pretty  biosequence/pretty
  80.  19  XML              yes    yes        --       yes       yes   .xml    biosequence/xml
  81.  20  BLAST            yes     --       yes        --       yes   .blast  biosequence/blast
  82.  21  SCF              yes     --        --        --       yes   .scf    biosequence/scf
  83.  22  Clustal          yes    yes       yes        --       yes   .aln    biosequence/clustal
  84.  23  FlatFeat|FFF     yes    yes        --       yes        --   .fff    biosequence/fff
  85.  24  GFF              yes    yes        --       yes        --   .gff    biosequence/gff
  86.  25  ACEDB            yes    yes        --        --       yes   .ace    biosequence/acedb
  87.    (Int'leaf = interleaved format; Features = documentation/features are parsed)
  88.  
  89.  
  90.   Readseq version 2.1.3 (06 June 2001)
  91.  
  92.   Read & reformat biosequences, Java command-line version
  93.   Usage: java -cp readseq.jar run [options] input-file(s)
  94.   For more details: java -cp readseq.jar help more
  95.  
  96.   Options
  97.     -a[ll]              select All sequences
  98.     -c[aselower]        change to lower case
  99.     -C[ASEUPPER]        change to UPPER CASE
  100.     -ch[ecksum]         calculate & print checksum of sequences
  101.     -degap[=-]          remove gap symbols
  102.     -f[ormat=]#         Format number for output,  or
  103.     -f[ormat=]Name      Format name for output
  104.           see Formats   list below for names and numbers
  105.     -inform[at]=#       input format number,  or
  106.     -inform[at]=Name    input format name.  Assume input data is this format
  107.     -i[tem=2,3,4]       select Item number(s) from several
  108.     -l[ist]             List sequences only
  109.     -o[utput=]out.seq   redirect Output
  110.     -p[ipe]             Pipe (command line, < stdin, > stdout)
  111.     -r[everse]          reverse-complement of input sequence
  112.     -t[ranslate=]io     translate input symbol [i] to output symbol [o]
  113.                         use several -tio to translate several symbols
  114.     -v[erbose]          Verbose progress
  115.                 -compare=1          Compare to sequence files, reporting differences
  116.                
  117.    Documentation and Feature Table extraction:
  118.     -feat[ures]=exon,CDS...   extract sequence of selected features
  119.     -nofeat[ures]=repeat_region,intron... remove sequence of selected features
  120.     -field=AC,ID...      include selected document fields in output
  121.     -nofield=COMMENT,... remove selected document fields from output
  122.    
  123.     -extract=1000..9999  * extract all features, sequence from given base range
  124.     -subrange=-1000..10  * extract subrange of sequence for feature locations
  125.     -subrange=1..end      
  126.     -subrange=end-10..end+99  
  127.     -pair=1              * combine features (fff,gff) and sequence files to one output
  128.     -unpair=1            * split features,sequence from one input to two files
  129.                              
  130.    Pretty format options:
  131.     -wid[th]=#            sequence line width
  132.     -tab=#                left indent
  133.     -col[space]=#         column space within sequence line on output
  134.     -gap[count]           count gap chars in sequence numbers
  135.     -nameleft, -nameright[=#]   name on left/right side [=max width]
  136.     -nametop              name at top/bottom
  137.     -numleft, -numright   seq index on left/right side
  138.     -numtop, -numbot      index on top/bottom
  139.     -match[=.]            use match base for 2..n species
  140.     -inter[line=#]        blank line(s) between sequence blocks
  141.  
  142. This program requires a Java runtime (java or jre) program, version 1.1.x, 1.2 or later
  143. The leading '-' on option is optional if '=' is present.  All non-options
  144. (no leading '-' or embedded '=') are used as input file names.
  145. These options and call format are compatible with the classic readseq (v.1992)
  146. * New experimental feature handling options, may not yet work as desired.
  147. To test readeq, use: java -cp readseq.jar test
  148.  
  149.   Known biosequence formats:
  150.  ID  Name             Read  Write  Int'leaf  Features  Sequence  Suffix  Content-type
  151.   1  IG|Stanford      yes    yes        --        --       yes   .ig     biosequence/ig
  152.   2  GenBank|gb       yes    yes        --       yes       yes   .gb     biosequence/genbank
  153.   3  NBRF             yes    yes        --        --       yes   .nbrf   biosequence/nbrf
  154.   4  EMBL|em          yes    yes        --       yes       yes   .embl   biosequence/embl
  155.   5  GCG              yes    yes        --        --       yes   .gcg    biosequence/gcg
  156.   6  DNAStrider       yes    yes        --        --       yes   .strider  biosequence/strider
  157.   7  Fitch             --     --        --        --       yes   .fitch  biosequence/fitch
  158.   8  Pearson|Fasta|fa   yes    yes        --        --       yes   .fasta  biosequence/fasta
  159.   9  Zuker             --     --        --        --       yes   .zuker  biosequence/zuker
  160.  10  Olsen             --     --       yes        --       yes   .olsen  biosequence/olsen
  161.  11  Phylip3.2        yes    yes       yes        --       yes   .phylip2  biosequence/phylip2
  162.  12  Phylip|Phylip4   yes    yes       yes        --       yes   .phylip  biosequence/phylip
  163.  13  Plain|Raw        yes    yes        --        --       yes   .seq    biosequence/plain
  164.  14  PIR|CODATA       yes    yes        --        --       yes   .pir    biosequence/codata
  165.  15  MSF              yes    yes       yes        --       yes   .msf    biosequence/msf
  166.  16  ASN.1             --     --        --        --       yes   .asn    biosequence/asn1
  167.  17  PAUP|NEXUS       yes    yes       yes        --       yes   .nexus  biosequence/nexus
  168.  18  Pretty            --    yes       yes        --       yes   .pretty  biosequence/pretty
  169.  19  XML              yes    yes        --       yes       yes   .xml    biosequence/xml
  170.  20  BLAST            yes     --       yes        --       yes   .blast  biosequence/blast
  171.  21  SCF              yes     --        --        --       yes   .scf    biosequence/scf
  172.  22  Clustal          yes    yes       yes        --       yes   .aln    biosequence/clustal
  173.  23  FlatFeat|FFF     yes    yes        --       yes        --   .fff    biosequence/fff
  174.  24  GFF              yes    yes        --       yes        --   .gff    biosequence/gff
  175.  25  ACEDB            yes    yes        --        --       yes   .ace    biosequence/acedb
  176.    (Int'leaf = interleaved format; Features = documentation/features are parsed)
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